噶尔丹的一再兴兵南下，不但威胁清政府对漠南的统治，甚至对京师自身都造成了严重的威胁。终于，康熙果断地采取了行动：“二十九年，癸卯，(皇)上亲征，发京师。”同年，“噶尔丹入犯乌珠穆秦”，康熙命裕亲王福全为抚远大将军，皇子胤禔副之，“出古北口，恭亲王常宁为安远大将军，简亲王喇布、信郡王鄂扎副之，出喜峰口”，严阵以待。但是噶尔丹叛军在沙俄支持下继续向南侵犯内蒙的乌珠穆沁，并打败了清骑兵，逼近乌兰布通。在乌兰布通，清军全力反击，终于打败准噶尔叛军，噶尔丹逃走。
康熙三十年(1691年)，康熙亲自到达多伦诺尔“封阿禄科尔沁贝勒楚依为郡王”，与内外蒙古各部首领会盟，举行大典，赐予蒙古贵族满洲贵族封号。编设旗队，结束了喀尔喀蒙古长期混乱的局面，巩固了中央对喀尔喀蒙古的管理。利用喇嘛教作为统治蒙古的手段，在多伦建一大喇嘛庙，即“汇宗寺”，以统一蒙古各部的精神思想。这种措施应该说是积极的，它加强了中央王朝对北部少数民族地区的管理。
康熙三十五年(1696年)，康熙亲征噶尔丹。
据《清史稿》载，“(康熙)三十五年丙子春正月甲午，下诏亲征噶尔丹。”二月癸丑，告祭郊庙社稷。甲寅，命令皇太子胤礽留守。丙辰，皇帝亲自统率六师出兵。
然而，对于他们而言，前往西北的行军异常遥远与艰辛：天寒地冻，雨雪交加，休息时康熙每次都等士兵们安顿好了才入营休息；每次都等士兵们吃完了才用膳；总为后来者留有军需物资。即使天气如此恶劣，路途如此艰辛，康熙带领军队仍然奋勇前进。
前哨中书阿必达探报，说康熙皇帝的六师大军将至，此时的噶尔丹震惊极了，他怎么也无法相信清朝皇帝居然亲自带兵来了，赶紧登孟纳尔山，望见对面遍地都是用黄布扎的行军蓬帐，一个个纵横交错着，就像一张铺在大地上的营网。整个大军像云一样屯集着，漫无涯际，似云海翻腾。
噶尔丹大惊曰：“这些军队哪来得这么容易呢？”于是赶紧抛弃了自己的营帐，趁着天黑消失在夜色之中。
清军发现噶尔丹逃跑后，在其曾驻扎的营地查验军马遗留的粪便，但见有些干硬，推断他们已经逃跑两天了。康熙遂率领轻骑顺着逃跑的踪迹追进了山区。沿途发现噶尔丹丢弃的行李、驼马到处都是，甚至还有抛弃的妇孺在路边哭泣。“抚远大将军伯费扬古大败噶尔丹于昭莫多，斩级三千，阵斩其妻阿奴”。
但噶尔丹终“以数骑遁”，带领几个骑兵暂时逃脱，成为败亡的残匪到处打游击。后来，西路军费扬古又大败噶尔丹。至康熙三十六年(1697年)二月，康熙又亲征噶尔丹，誓将其抓获。最后，这个危害国家边疆安全的反叛者，被沙俄彻底抛弃，在次年康熙亲赴宁夏进剿时暴病而亡。
至此，噶尔丹在西北蒙古和新疆地区的叛乱，在康熙的坚决讨伐中被彻底平定下去了。康熙三十五年，击败噶尔丹后，清朝让此前被准噶尔入侵而投靠清廷的喀尔喀蒙古返回原地居住，从此，喀尔喀蒙古成为清朝的组成部分。
康熙在对蒙古、新疆的民族关系上处理得较为成功，乾隆具有将“康乾盛世”推向顶峰的盛世功绩，镇压蒙古境内残余的叛军，完成了蒙古统一的大业，清朝的统治达到了新的巩固程度。康熙三十六年(1697年)，青海蒙古也全部投降于清朝。
乾隆帝时，清军持续不懈地与准噶尔叛清的残余部首战斗，直至全面征服这个长期与清王朝对抗的蒙古部。至此，整个蒙古地区和蒙古族都列入清朝的统治之下了。
从清太祖努尔哈赤、太宗皇太极到顺治、康熙和乾隆，清廷统治者完全统一了蒙古族，是清朝稳定统治的重要因素。努尔哈赤是打开后金与漠南蒙古关系的开创者，他的奠基业绩在清与蒙古关系的发展中，占有重要地位。皇太极时期与漠北蒙古以及天山、青海的蒙古保持良好的往来关系。后金政权支持黄教，赢得蒙古民心，使众多的蒙古族民众归顺。顺治时期继续其父辈的抚蒙政策。到了康熙帝时，清朝已经基本清除掉了明朝残余力量，并镇压了各地的抗清斗争，国家开始走上比较安定的局面。
努尔哈赤所创立的民族政策和统治思想一直延续到乾隆皇帝，对于一个大国处理好国内各民族间的复杂关系，做出了前所未有的历史贡献。其实，这也是世界难题。他们为有清一代的民族统治政策奠定了基础，对清朝多民族统一国家的巩固和发展起到了一定作用，对于中国边疆的维护起到了关键的稳定作用。特别是到了康乾阶段，尤能继承和发挥努尔哈赤的民族政策，较好地处理了民族之间的关系，为康乾盛世的出现奠定了基础，促进了清朝初年社会经济的发展。
呼和浩特康熙平定噶尔丹纪功碑
使西藏臣服
西藏乃宗教圣地，信徒众多。清王朝以明智之法处理了与西藏地方的关系，维护了国家领土与主权，具有伟大的历史意义。
藏传佛教即喇嘛教，可分为黄教和红教。清王朝根据西藏的宗教形势，尊重西藏的选择而尊重黄教。而蒙古的黄教，也是从西藏传入的。
从后金时期的皇太极到清王朝后继统治者，对藏传佛教均极力支持。皇太极于崇德三年(1638年)在盛京(今沈阳)建成了后金最大的喇嘛庙实胜寺，并听从大喇嘛的建议在盛京修建了四塔、四庙，象征着四方一统。后金与西藏宗教人士保持的友好往来，成为后来清王朝与西藏良好关系的开端。
清廷统治者入京后，从顺治十年(1653年)开始，清朝一直对西藏的达赖、班禅进行册封。1653年(顺治十年)顺治皇帝册封了达赖喇嘛，在历史上起到了举足轻重的作用，它代表着西藏对清王朝的臣服，从此历代达赖喇嘛都必须经过清王朝的认定。它使黄教的地位大大提高，确立了达赖喇嘛的宗教领袖地位。它使西藏的僧俗统治被纳入了清王朝的统治范围，为以后清朝对西藏进行全面统治打下了良好的基础。班禅世系和喇嘛世系一样是黄教的重要世系。康熙五十二年(1713年)清朝册封罗桑益喜为“班禅额尔德尼”，“著照封达赖喇嘛之例，给以印册。封为班禅额尔德尼”并赐金册一份、金印一颗。此后，喇嘛专管前藏，班禅专管后藏。从这开始为五世班禅，他及其后继班禅，都忠于清王朝，促进了西藏的安定，为维护祖国统一和西藏繁荣做出了杰出贡献。
清王朝在将西藏纳入自己的管理之后，乾隆十二年(1747年)、乾隆五十六年(1791年)、道光二十四年(1844年)制定了三道章程进行治理，分别是《酌定西藏善后章程》、《钦定章程》和《琦善修订章程》。这些章程反映了清朝治理西藏的思想由浅入深、由抽象到具体的过程。章程的制定，使驻藏大臣享有与达赖喇嘛相等的地位得到明确规定，有助于后来中央王朝对西藏的治理；使治理西藏的一些具体事宜如对外政策、军事设置、地方司法等得到明确规定。这些章程，体现了清王朝对西藏治理的政策方向，贯穿于清朝的统治。
为了维护西藏的统一，清初几位帝王曾千里迢迢出兵藏区平定内乱、抗击外来侵略者，有力地巩固了边疆。
蒙古叛部准噶尔曾占据西藏，威胁清王朝的统治，清朝于康熙四十七年(1708年)派兵进藏，但是由于路途遥远、供给困难而战败。乃又于康熙五十七年(1718年)经过充分准备后，派皇子进藏西征，占领了拉萨，将准噶尔部驱逐出了西藏。
雍正时期清军又出兵西藏平定了西藏内部争乱，并完善驻藏大臣制度。到了乾隆朝，西藏遭受了廓尔喀(今尼泊尔)的两次入侵，被其劫掠而圣地遭辱。清朝又出兵两次，克服冰雪和缺氧的阻碍，终将廓尔喀驱逐出境。这是清统治者驱逐外来侵略者的重大胜利。
清朝共五次出兵西藏，最终在西藏成功平定内乱、驱逐外敌。清军在进藏路上历尽艰难险阻，在高寒地带和山路跋涉，只为了安定边疆的神圣使命，对