自从刘福通牺牲以后，朱元璋把小明王接到滁州，名义上还接受小明王的领导。到了这时候，他做皇帝的思想膨胀起来，觉得留着小明王对他是个障碍。公元1366年，他用船把小明王接到应天，趁小明王在瓜步（今江苏六台东南）过江的时候，派人暗暗凿沉了船，把小明王淹死了。
第二年，朱元璋消灭了张士诚割据势力，接着，命令徐达为征虏大将军，常遇春为副将军，率领二十五万大军北伐。过了两个月，徐达的军队旗开得胜，占领了山东。公元1368年正月，朱元璋在应天即位称皇帝，国号叫明。他就是明太祖。
明军乘胜进军，元兵节节败退。这年八月，徐达率领大军直捣大都，元顺帝逃往上都。统治中国九十七年的元王朝终于被推翻了。
杨继盛冒死劾严嵩
明武宗死后，他的堂弟朱厚熜（音cōng）继承皇位，这就是明世宗。明世宗刚即位的时候，在政治上采取一些改良措施，象限制宦官权力，整顿税收等等。但是后来迷信道教，在宫内设坛求仙，渐渐不大过问朝政。凡是迎合他信道的，就得到重用，大学土严嵩（音sōng），就是因为他善于起草祭神的文书，逐步取得了内阁首辅（相当于宰相）的地位的。
严嵩并没有什么才能，他只知道奉承拍马，讨得世宗的欢心。他当上首辅后，和他儿子严世蕃一起，结党营私，贪赃枉法，干尽坏事。当时一些没骨气的朝臣都投靠他，有三十多个官员做了他的干儿子。有了这些爪牙，他更加可以操纵朝政了。
严嵩掌权的时候，北面鞑靼部（蒙古族的一支）强大起来，统一了蒙古各部，成为明朝很大的威胁。严嵩不但不想加强战备，反而贪污军饷，让兵士们受饥挨饿。鞑靼首领俺答好几次打进内地，明军没有力量抵抗。公元1550年，俺答带兵长驱直入，一直打到北京城郊。明世宗派严嵩的同党仇鸾为大将军，统率各路援军保卫京城。严嵩怕仇鸾打败仗，指使仇鸾不要抵抗。结果，让鞑靼兵在北京附近掳掠了大批人口。牲畜、财物，满载回去。京城附近十几万明军，竟一箭不发。
过了一年，仇鸾又勾结俺答，准备和鞑靼讲和。这件事引起了一些正直大臣的愤慨，特别是兵部员外郎杨继盛。
杨继盛，保定容城人，出身贫苦。他七岁的时候，就失去了母亲，继母待他不好，让他去放牛。杨继盛放牛经过私塾，看到村里一些孩子们在读书，十分羡慕，向他哥哥请求让他读书。哥哥说：“你年纪太小，读什么书？”杨继盛回答说：“我能放牛，就不能读书？”他父亲见他有志气，就让他一面读书，一面放牛，果然上进很快。后来应科举考试，中了进士，在京城里受到不少大臣的赏识。
杨继盛为人正直，看到严嵩、仇鸾一伙丧权辱国的行为，怎么也忍受不了，他向明世宗上奏章，反对议和，希望朝廷发奋图强，选将练兵，抵抗鞑靼。明世宗看了奏章。也有点心动，但是禁不起仇鸾一撺掇，反把杨继盛降职到狄道（今甘肃临洮）做典史。
杨继盛到了狄道，并不灰心丧气。狄道是少数民族聚居的地方，当地人不识字。杨继盛到了那里，挑选了一百多个青少年，请个老师教他们念书。学生家里没有钱，杨继盛把自己的马和妻子的衣服变卖了帮助他们。当地百姓都爱戴杨继盛，称呼他“杨父”。
杨继盛被贬谪后，明朝和鞑靼讲和，互相通商。但是不久俺答就破坏和议，多次进攻边境。仇鸾的密谋暴露，吓得发病死了。这时候，明世宗才想到杨继盛的意见是对的，把他调回京城。严嵩也想拉拢杨继盛，哪知道杨继盛对严嵩更是深恶痛绝。他回到京城刚一个月，就上奏章给明世宗弹劾（音hé间严嵩，大胆揭发严嵩十大罪状，条条都有真凭实据。他在奏章中还说，严嵩有十大罪，却可以蒙蔽皇上，因为还有“五奸”帮助他，这就是严嵩的问谍、爪牙、亲戚、奴才、心腹，都密布在世宗的左右。
这道奏章打中严嵩的要害，严嵩气急败坏，在明世宗面前诬陷杨继盛。明世宗大怒，把杨继盛打了一百板廷杖，关进大牢。
杨继盛被廷杖打得遍体鳞伤，腿肉也打烂了，连狱卒看了也心酸，杨继盛却态度泰然，象没事儿一样。亲友们听到杨继盛伤势重，通过狱卒送给他一只蛇胆当伤药，杨继盛推辞不受，说：“我自己有胆，用不着这个！”
杨继盛在监狱里被关了三年，实在审不出什么罪状，一些官员想营救他出狱。严嵩同党跟严嵩说：“你不杀杨继盛，不是养老虎给自己留后患吗？”严嵩下个狠心，撺掇明世宗把杨继盛杀害了。
严嵩掌权二十一年，把他的党羽安插在朝廷重要职位，权力越来越大，明世宗也渐渐讨厌他。有一次，明世宗请道士蓝道行扶乩（一种迷信活动），蓝道行借乩仙的意旨，劝世宗除掉严嵩，明世宗也有点心动。这件事让御史邹应龙打听到了，觉得这是打击严嵩的好时机，但他想想杨继盛的下场，又有点犹豫。经过周密考虑，决定先从弹劾严世蕃下手。
严世蕃依仗他父亲权势，作恶多端。邹应龙弹劾严世蕃的奏章一上去，明世宗果然下令把严世蕃办罪，充军到雷州，并且勒令严嵩退休。
严世蕃和他的同党是一批亡命之徒，他们没到雷州，就偷偷溜回老家，收容了一批江洋大盗，还勾结汉奸汪直和倭寇，准备逃亡到日本去。这一件事又被另一个御史林润揭发。
昏庸的明世宗看到这份奏章，也大为震惊，立刻下令把严世蕃和他的同党斩头示众，把严嵩革职为民。明朝最大的权奸，终于倒台。
胡惟庸案
明太祖在惩治贪官污吏的同时，又在诛杀大臣。当时的两个特大案件就是“胡、蓝”两次大狱。“胡、蓝”是两个人，一个文臣，一个武将。文的就是左丞相胡惟庸，武的是大将军蓝玉。他们都以“谋反”罪被杀，且夷灭三族，还牵连了一大批功臣。
胡惟庸案发生在洪武十三年（公元1380年）正月。传说胡惟庸要谋反，是真是假，已无定论。胡惟庸在这一年被捕后，立即被酷刑处死，全家被抄斩。这个案子在当时牵涉的人并不多，只有御史大夫陈宁和御史中丞涂节等数人，他们的罪状都是因想篡夺皇位，但犯罪的具体事实却都不明确。胡惟庸的罪状在于他骄横专权。在右丞相汪广洋和杨宪被杀之后，胡惟庸独占相位数年，其间独断专行，把生杀予夺的大权抓在自己手中，不向皇帝请示就擅自处理政务。他还私自拆看各地呈给皇帝的奏章，不利于自己的就扣压下来。因为这些遭到明太祖斥责后，他心中产生怨恨，就趁机图谋不轨。这显然是皇帝和宰相之间的权力斗争，明太祖不愿大权旁落，才借口杀掉了胡惟庸。
从此，明太祖废除了丞相制，由皇帝直接管辖吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部六个部的尚书；又把掌握军权的大都督府废了，改设左、右、中、前、后五个都督府，分别训练兵士，要打仗的时候，由皇帝直接发布命令。这样一来，加强了中央集权的专制统治。
事隔十年之后，这个案子突然又有了新的发展。有人揭发胡惟庸曾经私下里与日本和元朝的残余势力相勾结，以成功后向他们臣服、纳贡作为条件，请他们出兵协助发动政变，说得像真的一样。明太祖这时已到了晚年，猜忌之心就更大了，这样就有人混水摸鱼，“揭发”的事情越来越多，受牵连的人也越来越多。明太祖普遍追究，一时之间锦衣卫四处抓人，屈打成招，于是很多功臣大将都被诬陷。其中包括一个王公，十四个侯和三个将军，他们被硬说成和胡惟庸串通一气，阴谋叛乱，谋害皇上。于是他们全部被抄家诛族，一共死了三万多人。
事隔两年以后，又发生了蓝玉案。这次又杀了一公二伯十三侯，还有数十名能征善战的将领和高级文官。
“胡、蓝”两次大案，使那些跟随明太祖出生入死，为他打江山的文武大臣都被杀得差不多了。这种诛杀功臣的行为，在历史上也是少见的。明太祖为什么要大加杀戮功臣呢？原来当时皇太子已经死了，皇太孙是皇位的继承人，年纪小而又文弱，明太祖担心自己死后年幼的皇帝制服不了权高位重的功臣，而对朱家天下造成威胁。这样，明太祖就需要寻找口实杀戮功臣，从而消除隐患。
在这两个大案之外，剩下的没有牵连进去的几个功臣，最后也没有幸免。在蓝玉案结束的第二年，明太祖又杀了定远侯王弼和永平侯谢成，同样也没有说出他们的大罪状。又过了一年，颍国公傅友德和宋国公冯胜不明不白地自杀了。为了实现专制独裁，确保朱家的统治，朱元璋六亲不认，几乎杀尽了功臣，而他们都是跟他出生入死过的。
在明太祖大杀功臣的恐怖中，只有开国元勋信国公汤和幸免于难。汤和自小与明太祖一起长大，非常了解朱元璋好猜忌的性情，所以他大功告成便急流勇退，及早回乡养老去了，才得以保全性命。
袁崇焕蒙冤
自从萨尔浒之战以后，努尔哈赤在短短几年的时间里，先后攻克了七十多座城池，东北大部落入后金手中，明朝廷一片慌乱。就在这样的形势下，袁崇焕挺身而出，上疏皇帝，请求带兵与后金作战。朝廷正愁无人可用，便越级提升他，命他监军关外。
经过仔细考察，袁崇焕认为只有坚守关外，才能保卫关内，因此，他力排众议，决定把宁远（今辽宁兴城县）当做一个坚固据点来牵制后金。
天启六年（公元1626年），努尔哈赤率大军渡过辽河，直抵宁远城下。他先向袁崇焕劝降，被严辞拒绝后，努尔哈赤决定攻城。
这年正月二十四日，后金开始进攻宁远城。经过几天血战，后金兵终于凿破了几处城墙，幸亏天寒，墙土冻住了，城墙才没有塌，但也已十分危急了。袁崇焕非常冷静，命人拉出十一门红夷大炮，对后金兵就近射击，后金兵被炮弹打得伤亡惨重，努尔哈赤也被打伤，只得铩（shā）羽而归。这是明与后金战争中最大的一场胜利，历史上称为“宁远大捷”。努尔哈赤从未打过这样的败仗，气愤难平，加上伤势恶化，于这年八月去世了。
努尔哈赤死后，皇太极登上汗位，他又发动了进攻锦州与宁远的战役。这次败得更惨，后金兵死伤无数，历史上称之为“宁锦大捷”。
不久，明熹宗死了，崇祯即位。他很想有所作为，但他有一个很大的缺点，那就是疑心太重。针对这点，皇太极想出了一条可以除掉袁崇焕的毒计。
崇祯二年（公元1629年），皇太极率后金兵避开宁锦防线，挥师直奔北京，袁崇焕忙率军追赶，两军在北京城下打了好几仗，不分胜负。不料这时候，京城里却流传着袁崇焕引后金兵入关的谣言。崇祯听了，虽不全信，却也有些怀疑了。袁崇焕率军在城外经过血战，打退了后金兵，但崇祯疑神疑鬼，不许他率军队入城休息。
在此之前，当后金兵临北京城下时，曾抓到两个太监，皇太极假装和部将在靠近关押太监的牢房附近大声议事，说：“今天撤兵是计谋，和袁督师早就商量好了，这回大事可成了。”太监把这一切都听在耳里，然后，后金守兵又假装大意，让两个太监跑了。他们一回到北京，立即向崇祯汇报，崇祯本来便对立有大功的袁崇焕不放心，这回又听了谣言和太监的汇报，便认定袁崇焕勾结后金。于是在第二天，借口议事，把袁崇焕骗入京城，然后宣布“罪状”，将他关押起来。
袁崇焕被捕以后，他的将士们十分焦急。大家决心以杀敌立功这一形式向朝廷表明自己的元帅是忠于大明的。但崇祯帝认定袁崇焕通敌卖国，在第二年八月，他命令把“叛徒”袁崇焕处以凌迟之刑。这位爱国将领一心保卫大明，却蒙受投敌叛国的奇耻大辱，身遭酷刑，含冤地下，兄弟妻子被流放到三千里之外的穷荒之地。
崇祯因刚愎自用、疑心太重而自毁长城，不久便受到了惩罚。袁崇焕被处死后，他的将士有的不辞而别，有的走投无路降了后金，结果这支极有战斗力的队伍就这样解散了。袁崇焕一死，明朝再没有可用将才，皇太极不久便扫平了东北，他死后，他的弟弟多尔衮率后金兵攻入中原，建立了清王朝。