诊断原则
手足口病是由多种人肠道病毒引起的一种儿童急性传染病，其病原体型别众多，各型之间无交叉免疫，儿童普遍易感，且肠道病毒传染性强、传播途径复杂、传染速度快，在短时间内可造成较大范围的流行。因此，手足口病早期准确的诊断无论是对患儿的救治、预后，还是对及时发现疫情，及早采取预防措施，防止疫情扩散均有重要意义。
临床诊断应遵循以下原则：根据流行病学资料、临床表现及实验室检查综合分析。无皮疹病例，临床不易诊断为手足口病。确诊病例必须有血清或病原学检查依据。
诊断依据
1.在流行季节发病，常见于学龄前儿童，以婴幼儿多见。发病前患儿有直接或间接接触史。
2.以发热，手、足、口、臀部出现斑丘疹、疱疹为主要表现，可伴有上呼吸道感染症状。
3.部分病例仅表现为手、足、臀部皮疹或疱疹性咽峡炎。
4.重症病例可出现神经系统受累、呼吸及循环衰竭等表现，实验室检查可有末梢血白细胞总数增高、血糖增高及脑脊液改变，脑电图、MRI、胸部X线检查可有异常。5.确诊依据：在临床诊断的基础上，至少须具备以下条件之一。
（1）从患者咽拭子、粪便、脑脊液、疤疹液、血清及脑、肺、脾、淋巴结组织等标本中检测到肠道病毒（包括EV71、CVA16等有明确证据表明可以导致手足口病的肠道病毒）特异性核酸。
（2）从患者咽拭子、粪便等标本分离到EV71、CVA16或其他可引起手足口病的肠道病毒。
（3）患者血清标本人肠道病毒型特异性中和抗体滴度≥1∶256，或急性期与恢复期血清肠道病毒特异性中和抗体有4倍或4倍以上的升高。
临床分类
一、普通病例普通病例可见手、足、口、臀部皮疹，伴或不伴发热。二、重症病例重症病例又分为重型病例和危重型病例。
（一）重型病例
出现神经系统受累表现，如精神差、嗜睡、易惊、谵妄；头痛、呕吐；肢体抖动，肌阵挛、眼球震动、共济失调、眼球运动障碍；无力或急性弛缓性麻痹；惊厥。体征可见脑膜刺激征，腱反射减弱或消失。
（二）危重型病例出现下列情况之一者即为危重型病例。1.频繁抽搐、昏迷、脑疝。
2.呼吸困难、发绀、血性泡沫痰、肺部啰音等。
3.休克等循环功能不全表现。
鉴别诊断
在流行期，手足口病典型病例诊断一般不困难，但是对散发病例或不典型病例诊断时，须与以下疾病进行鉴别诊断。
一、麻疹
麻疹指由麻疹病毒引起的急性呼吸道传染病，多发病于冬春季节，传染性极强，在人口密集而未普种疫苗的地区易发生流行。发病前，一般都有高热过程，早期就像病毒性感冒一样，发热、流涕、流泪、畏光，最具特点的是，发热天后，在发热不退的情况下出疹。出疹规律是先从头颈部开始，自上而下有顺序地向胸、腹及四肢蔓延，最后达手掌与足底。退疹也是按先出先退的顺序，疹退后皮肤上有糠麸样细小脱屑及色素沉着。而手足口病皮疹多局限于手足口部位，疹退后皮肤恢复正常。
二、水痘
水痘指由水痘带状疱疹病毒感染所引起的一种急性传染病，冬春季节发病，夏季少见。水痘皮疹呈向心性分布，多见于躯干和头面部，四肢较少，手掌、脚心稀少。皮疹初为红色斑疹，数小时后变为丘疹，后成疱疹。疱疹为单房性，毫米椭圆形，壁薄易破，疱疹处常伴瘙痒，结痂脱落后不留瘢痕。由于皮疹可分期分批出现，因此在同一部位可同时存在斑疹、丘疹、疱疹及痂疹等多态性。而手足口病皮疹多见于手、足、臀皮肤及口腔黏膜，不痒，疱疹不易破溃，形态也有差异，仔细观察可资鉴别。
三、幼儿急疹
幼儿急疹也叫婴儿玫瑰疹，是由病毒引起的一种小儿急性传染病。好发于春、秋雨季，发病以6～18个月小儿多见，3岁后少见。临床特征为急性起病，突发高热，体温达39℃或更高，持续2～5天骤退，随之出现大小不一的红色充血性斑丘疹，压之退色；皮疹呈向心性分布，初起于躯干，很快波及全身，腰部和臀部较多，在1～2天可消退，无色素沉着或脱屑。
手足口病一般热程短、热度不高，多为38.5℃，很少超过39℃，皮疹呈离心性分布，口腔内疱疹或溃疡较多见。
四、丘疹性荨麻疹
丘疹性荨麻疹又称为“虫咬皮炎”，主要与节肢动物（如螨）的叮咬有关。
本病好发于夏秋季节。皮疹多为花生米大小的风团样红斑，纺锤形，中央有针头大小的水疱或丘疹，奇痒，好发于四肢伸面，尤以下肢多见；呈散在性，无口腔黏膜损害，不伴有发热。病程较长，预后留有色素沉着。而手足口病常伴有发热，皮疹主要分布于手、足、口腔、臀部。皮疹具有不痛、不痒、不结痂、不留瘢的特征。
五、口蹄疫
口蹄疫是由口蹄疫病毒引起的一种人畜共患传染病，主要通过接触病畜口腔、蹄冠部的溃疡烂斑，经皮肤黏膜感染，偶有饮用被病毒污染而未加热的奶而感染。全年均可发病，常散在发生，发病年龄广泛，以成人牧民多见。临床表现为发热等全身中毒和局部疱疹损害两大特征。发病时患者有发热、头痛、全身不适，1～2天后在口腔黏膜、舌边、手指间、足趾段发生大而清亮的水疱，疱疹易溃破，形成烂斑，继发感染成脓疱，后结痂、脱落，一般不留瘢痕。而手足口病多发于4～7月，5岁以下小儿多见，常在一定的范围内流行，且手足疱疹壁厚，不易溃破。
六、风疹
风疹又称“风痧”，是由风疹病毒引起的急性呼吸道传染病，多见于1～5岁儿童，病后可获持久免疫。6个月以内婴儿因有来自母亲的抗体，很少发病。临床特征以低度发热和中度发热为主，发病1～2天后出现皮疹，在24小时内迅速由面、颈部蔓延到全身。皮疹呈浅红色斑丘疹，分布均匀，疹间皮肤正常。患儿口腔黏膜光滑，无充血及黏膜斑，可伴有耳后、枕部淋巴结肿大，轻度压痛。皮疹一般在3天内迅速消退，退疹后无色素沉着和脱屑。患儿在出疹期体温不再上升，常无疾病感觉，饮食嬉戏如常。
七、汗疱疹
汗疱疹是发生在掌跖的水疱性皮肤病。病因不明，夏季多见，好发于手足多汗者。水疱较小，多且密集，略高于皮肤表面，疱液清澈透明，疱周常无红晕。水疱多对称发生于掌跖及指（趾）侧，伴有不同程度的灼热及瘙痒感，1～2周后干涸脱皮成屑。该病无口腔黏膜损害及全身症状，一般在发生后数周会自然痊愈，只有少数患者会有一年四季反复发作。
八、沙土皮炎
沙土皮炎又称为幼儿丘疹性皮炎或摩擦性苔藓样疹，以学龄前儿童发病居多。发病前患儿往往有在草地、沙土或地毯上爬行，挖沙子或玩积木，用肥皂水或洗衣粉水吹泡泡等游戏经历，患儿手背、手腕部位的皮肤受摩擦刺激或对其中某些物质发生过敏反应，从而导致皮肤发炎。皮肤损害表现为正常肤色或淡红色丘疹、小水疱，大小如针头至小米粒不等，散在或密集分布但不融合，可呈轻度苔藓样变。
皮疹对称，好发于手指背、手腕和前臂，局部灼热、刺痒，常常影响患儿睡眠。严重者挠抓后局部皮肤可出现肿胀、糜烂、流液等感染表现。
九、疱疹性口炎
疱疹性口炎是Ⅰ型单纯疱疹病毒引起的急性口腔黏膜感染，全年均可发病，冬季为流行高峰，呈散在发生，好发于6个月到2岁的婴幼儿。临床表现为发病时可有38～40℃的发热，1～2天后口唇及口腔黏膜出现单个或成簇的小水疱，周围有红晕，初起时发痒，继而有痛感。水疱很快溃破，形成表浅溃疡并迅即结痂，数日脱痂自愈。发病时可伴有颌下淋巴结肿痛，手、足等部位皮肤无皮疹发生。病程约2周，可自愈。
十、其他病毒所致脑炎或脑膜炎
由其他病毒引起的脑炎或脑膜炎如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒（CMV）、EB病毒、呼吸道病毒等临床表现与手足口病合并中枢神经系统损害的重症病例表现相似。对皮疹不典型者，应根据流行病学史尽快留取标本进行肠道病毒（尤其是EV71的病毒学检查），结合病原学或血清学检查做出诊断。
十一、脊髓灰质炎
重症手足口病合并急性弛缓性瘫痪（AFP）时需与脊髓灰质炎鉴别。后者主要表现为双峰热，病程第2周退热前或退热过程中出现弛缓性瘫痪，病情多在退热后到达顶点，无皮疹。
十二、肺炎
重症手足口病可发生神经源性肺水肿，应与肺炎鉴别。肺炎主要表现为发热、咳嗽、呼吸急促等呼吸道症状，一般无皮疹，无粉红色或血性泡沫痰；胸片加重或减轻均呈逐渐演变，可见肺实变病灶、肺不张及胸腔积液等。
十三、暴发性心肌炎
以循环障碍为主要表现的重症手足口病病例需与暴发性心肌炎鉴别。暴发性心肌炎无皮疹，有严重心律失常、心源性休克、阿斯综合征发作表现；心肌酶谱多有明显升高；胸片或心脏彩超提示心脏扩大，心功能异常恢复较慢。可依据病原学和血清学检测进行鉴别。