巫术与科学的关系其实可以从前述的宗教和巫术、宗教和科学的关系间接得到说明。在真正的科学诞生之前，巫术就己经在世界的许多地方存在、盛行。而宗教、科学诞生之后，巫术又和它们一道发生着关系，并各自扮演着不同角色，服务于人类生活的方方面面。但三者之中，巫术和宗教性质上更为接近，差别主要在于层次上宗教高于巫术，形式上宗教比巫术精致。而科学和巫术性质各异。巫术在科学无能为力、束手无策的时候趁虚而入。甚至可以说它继续存在的必要性是以科学的有限性和局限性为前提的。马林诺斯基说：“即使是文化较低的民族，亦是完全明了知识的力量，并且知道知识的限度。也就是，他们的经验和他们的理智告诉他们科学所无能为力的一个领域。在这领域内，亦只在这领域内，他们疑心有另一种在那里支配着的力量。巫术决不是原始科学。它的发生是出于他们认识到科学有它的限度，及人类的聪明、人类的技术有没有办法的时候。巫术在它的夸大性、在它的‘万能性’上，和情感冲动、白天做梦以及强烈而不能实现的欲望是极相似的。”贵州雷山巫师用来降妖伏魔的《雷山凝咒》就是很好的例子。据说念动此咒，便会天降霜雪，使妖魔鬼怪凝冻而亡。其咒云：“仰请雪山童子一双，雷公雷母下凡来。一更之时下大雪，二更之时下大霜，三更金鸡来报晓，四更雪上又加霜。凝住邪魔当石柱，凝住妖魔当石桩。凝人人不动，凝鬼当时亡。仰请南斗六星北斗七星，吾师奉起急急如律令。”正安、道真、务川、思南等地仡佬族有“还傩愿”之俗。举行仪式时，要在堂屋神龛上挂有儒、释、道各教圣人头像。其下有真武祖师、五猖、城隍、五岳大帝、西官菩萨等众神像，神龛上还供有红脸长须之傩公和白脸傩母头像。在冲傩过程中，演员戴上诸神面具跳和唱。在仡佬族聚居的道真自治县农村，一些村民按相邻的地域和传承关系，自行组合（通常为七八十人，有事则聚，无事则散），接受约请，为人择吉断事，禳灾祈福，资荐亡灵。当地人通称其为“道士先生”。其实，他们并不全是道门中的人士。他们有的属于佛门，有的属于巫门，更多的还同属于佛、巫二门或道、巫二门。总尊神案为三清图。奉请的神有：开荒明山圣公尊祖爷爷、华山圣母掌印仙君娘娘，率统天下七十二傩：上楼傩三十六傩天将，中楼傩二十四傩天神，下楼傩一十二傩海会天兵、海会地兵。道老真君、道老真人、左衙张天师、右衙李老君、左坛龙树王、右坛真武将、十极高真、飞天五岳、八洞神仙、中天星主、北极紫微元乡大帝、二十八宿星君、十二宫分尊神、满天星斗、河汉群真，恭望星慈，俯降凡居。受今开坛启请，冲降仙傩（酬恩东皇），祈恩运禳，保吉迎祥，清泰功德等。巫术和科学的区别在于：前者的联系是臆想的，后者的联系是实际的；前者的联系是主观臆断的，后者的联系是客观真实的；前者的行为是象征性的，后者的行为是经验性的。“巫术师的错误在于推论说，由于事物是相似的，它们之间便有一种神秘的联系；这样便误将理想的联系当作实际的联系，误将主观的联系当作客观的联系……如果巫术未能达到其目的，它便会借口忽视了某种规定，或借口某种禁令被忽视了，或敌对的力量妨碍了它而得到合理的解释。”“在巫术和科学之间也没有一种真正的模拟……在象征性的行为与经验性的行为之间是有差别的。因此，巫术乃是在缺乏达到某一目的的实际手段的情况下的一种替代品，其功能要么是宣泄性的，要么是激发性的，它给人以勇气、安慰、希望和韧性。”这里，普里查德的剖析可谓一针见血。
虽然如此，巫术和科学还不至于势不两立，二者仍有类似之处。这可以从弗雷泽的观点得到证明。“巫术与科学在认识世界的概念上，两者是相近的。两者都认定事件的演替是完全有规律的和确定的。并且由于这些演替是由不变的规律所决定的，所以它们是可以准确地预见到和推算出来。……巫术就这样成为科学的近亲。”列维·斯特劳斯也说：“我们最好不要把巫术和科学对立起来，而应把它们比作获取知识的两种平行的方式……与其说二者在性质上不同，不如说它们只是适用于不同种类的现象。”胡新生则试图进行调和，把巫术和科学结合起来考察，指出它们各自的本质。“巫术相信超自然力但并不必然地以鬼神崇拜观念为基础，而且它的起源可能早于鬼神意识的出现，因而可以称其为前宗教或准宗教现象；巫术特别是人人可施的那类巫术，强调仪法程序的固定和准确，相信按同样的规程操作无误即可导致同样的结果，这一点与重视因果关系的科学有相似之处，然而巫术认定的因果关系纯粹出自意愿、幻想和比附，所以它本质上是迷信而不是科学。”
可见，巫术与科学之间界限明确。在科学尚处于萌芽时期和起步阶段，巫术大显身手、大行其道是可以理解的；一旦科学发展到能解决人类面临的绝大部分生活实际问题时，巫术就会逐渐退避到那些很不显眼的隐蔽的角落，因为巫术的本质是迷信，它与邪教有天然的联系。贵州佛道儒巫宗教文化与邪教的关联性主要在前者之巫文化色彩所致。
人类进入了现代社会，宗教消亡就一直被关注。孔德曾把人类思想分为神学（虚构）、形而上学（抽象）、科学（实证）三个阶段。弗雷泽则把它分为巫术、宗教和科学三个阶段。的确，科学一直被视为人类理性主义的最高成就和中心堡垒，但它同样无法避免自身的有限性和局限性。它不仅受到逻辑主义的挑战，还受到证伪主义的挑战，以及历史主义或方法论上的无政府主义的挑战，从而其不确定性、有限性及局限性也就被暴露出来。马克思指出：宗教的消亡“需要有一定的社会物质基础或一系列物质生存条件，而这些条件本身又是长期的、痛苦的发展史的自然产物。”在缺乏这些基础或条件的情况下，人为地废除宗教或根除宗教都是不可能的。只要人类一天不从根本上摆脱自然和社会的奴役状态，不从根本上消除自身的有限性，人类就一天不可能从根本上清除掉自身的宗教情结，宗教都会以这样或那样的方式持续存在下去。恩格斯曾经说：“当社会通过占有和有计划地使用全部生产数据而使自己和一切社会成员摆脱奴役状态的时候……当谋事在人，成事也在人的时候，现在还在宗教中反映出来的最后的异己力量才会消失。”江****也说：“从长远看，随着社会主义物质文明和精神文明的发展，人们不断掌握自然界的奥秘和自己的命运，对客观世界、生命运动和宗教本质的认识不断趋于科学和理性，有利于宗教最终走向消亡，但这绝不是短时期内可以达到的。……可以说，宗教走向最终消亡可能比阶级、国家的消亡还要久远。”但无论如何，科学正以其无法抗拒的力量渗透到人类的生产和生活内部，科学在人类的生存和发展中日益发挥着令人吃惊、不可思议的作用。在生产中，科学的应用可以节省生产时间，增加生产速度，提高生产效率；在生活中，科学可以为人们提供更多便利。科学的观念已经深入人心，科学的触须己经伸向世界的各个角落和众多领域。从这个意义上看，未来的世界必然是由科学所支配、主导的世界，因为科学代表了时代的发展趋势和事物的前进方向，充满着勃勃生机和旺盛活力。在这一背景下，巫术、宗教和科学之间必然此消彼长，它们之间的力量对比也会发生相应变化。贵州佛、道、儒、巫混杂合流，科学、宗教、巫术同时并存，但这并不意味着孔德和弗雷泽关于人类思想的理论己经过时或缺乏理论和事实依据，主要是因为他们的三个阶段理论的考察角度是历史角度，或者说他们进行的是一种历时性研究，他们着重探讨的是人类思想演变发展的轨迹和趋势问题，也就是科学、宗教和巫术最终谁会取代谁的问题。
当我们把研宄的角度和考察的重点重新进行了调整，即从历时性研究转向共时性研究，我们发现：撇开时间维度，科学、宗教和巫术之间的关系问题就不仅是谁先谁后的问题，而且是谁占的比重大、在人们生活中起主要作用，谁占的比重小、在人们生活中起次要作用的问题。贵州如此，中国乃至整个世界无不如此。随着科学不断从贵州的政治经济文化中心向外围和边缘、从城市向乡村、从先进发达地区向边远落后地区、从信息灵通地区向信息闭塞地区推进和深入，贵州佛道儒巫宗教文化现象的存在和影响尤其是巫术的存在和影响可能会逐渐减弱，范围可能会逐渐缩小。但这需要一个相当漫长的历史过程。从巫术崇拜和宗教信仰的地域看，如今贵州信奉巫术神灵者主要集中在比较边远、落后、闭塞的农村；从信奉主体的年龄看，大部分为中老年人；从受教育的程度看，多数人为文盲和半文盲；从性别看，主要是女性。形成这种状况的原因很多，但总的说来，不外乎文化程度、科学理念、宣传导向、自身能力、风俗习惯等方面。如果一个人的文化程度越高，科学意识和观念越浓，自身能力越强，所受传统风俗习惯的熏染越少，巫术之类的东西对他就越没有吸引力。反之，就越会深信不疑，甚至达到痴迷程度。在这种情况下，邪教的渗透就有了可乘之机。