不过，让马云没有想到的是，就在自己全面整改雅虎中国时，却出现了不和谐的声音。“现在有些人不惜一切代价破坏雅虎中国的外界形象，这让我们整个团队非常懊恼。很不可思议的是，‘我’创造的公司，在‘我’离开后，会想要把它毁掉！”马云很气愤地说。很显然，这个“我”指的是周鸿祎。此时，已创办了奇虎公司的周，据说在雅虎中国开展了“有针对性的挖脚”。周鸿祎对此还戏称：“感谢马云源源不断地将优秀人才向奇虎输送。”
自此，几年前还是“西湖论剑”座上宾的周鸿祎（时任3721董事长），开始与马云结下了“梁子”。仇恨的种子一旦埋下，就总有爆发的时刻，那是后话。
2005年11月8日，在宣布改版的前一天，雅虎中国顺利拿到了北京市通信管理局的ICP经营许可证书，其业务包括3721、一搜及雅虎中国网站，这曾经是雅虎中国一度绕着走的政策壁垒。
次日，马云终于正式喊出了那句后来名噪一时的话——“在中国，雅虎就是搜索，搜索就是雅虎。”这或许意味着，被阿里巴巴收购的雅虎中国，将从此改头换面，并以全新面孔示人。此时，作为全球网络巨头的雅虎中文站点，一贯白底蓝字的门户版面，已被搜索条框彻底取代。
据说，在改版当天，马云就收到了来自杨致远的第一封祝贺邮件——“改得很好！”而在此之前，作为“雅虎酋长”的他，并未收到任何关于雅虎中国重大调整的消息。即便是马云将雅虎的LOGO换掉这样的大事，据说杨致远也是在美国看新闻才知道的。
“现在的雅虎中国，仅仅是阿里巴巴的一家子公司，我们想怎么改就怎么改，甚至把它关掉！”几天之后，在北京和乔大厦六层的办公室里，马云脱了皮鞋，双脚很随意地搭在窗台上，颇为得意地笑着说，“雅虎中国犯了7年的错误，所以我们就要找这样既聪明又经常犯错误的人合作。”
“中途领养的孩子”
不过，马云高兴得早了些。
在整合的“蜜月期”过后，双方在文化及价值观上的冲突，不可避免地开始暴露出来。
马云后来曾透露说，从一开始，自己就觉得“不爽”，“我也不喜欢他们，他们有一种小团队倾向，不喜欢沟通，似乎能说不能干，阿里巴巴说到必须做到。他们也不喜欢我们，因为他们认为自己在技术上比我们厉害。”
“周鸿袆就够疯狂的了，没想到阿里巴巴的人更疯狂。”当时，雅虎中国的老员工也表示，对阿里巴巴适应起来比较难。
对于马云，雅虎中国的员工甚至听不懂他到底在讲些什么，但阿里人对马云却非常崇拜，甚至到了“神化”的地步。阿里巴巴的人还说，一星期见不到马云，感觉就活不下去了。
戴珊当时曾被派到雅虎中国去做人事工作。“去雅虎最大的感受是什么？其实你会发现，并购一家公司最难的是文化的整合，所以去了以后你会看到跟杭州不一样的东西。比如说我们可能都是一个公司的，但是在电梯里不会互相打招呼，就会感觉有一些冷漠。第二，阿里巴巴是一个以结果为导向的公司，但过去了却发现他们的目标感并不是特别强。”
另外，她还发现，雅虎中国没有绩效文化。而这恰恰是阿里巴巴非常重视的，其中，价值观和业绩会各占50%。
对此，彭蕾也曾形容说，“就像中途领养的孩子，跟你自己生一个孩子养到这个程度的时候完全是不一样的感觉。”
不适应归不适应，马云还是按照自己的想法在推动雅虎中国。
第一步，照旧是声势浩大的宣传。2005年11月18日，在中央电视台的广告招标会上，阿里巴巴以8000万元的价格拿下黄金广告段位。这是阿里巴巴第一次参与广告招标会，而巨额的投资当然也预示着马云做大雅虎中国搜索业务的决心。
仅仅广告的投入是不够的——中国的搜索市场，“两强鼎立”的局面已初步形成。
此时，被华尔街视为“中国版Google”的百度，已于2005年8月5日在美国纳斯达克上市。当日，时代广场上的大屏幕上，24小时不间断地滚动着“欢迎百度”的字样，百度也成为纳斯达克有史以来第一个在首发日价格上升幅度最大的非美国公司——发行价27美元，第一笔成交价66美元，一路飙升到151美元，收于122美元。那一天，“百度奇迹”震惊了华尔街。百度有理由享受这一殊荣：根据其财务报告，过去三年中百度公司年均收入增长近400%。
事实上，百度还强烈吸引了美国搜索巨头。上市之前的6月30日，Google总裁施密特曾在北京拜会百度总裁李彦宏。有报道称，双方会谈的主题是Google对百度实施协议收购。不过，李拒绝了这一提议。
根据2005年8月29日中国互联网络信息中心（CNNIC）公布的北京、上海、广州三地《2005年中国搜索引擎市场调查报告》，中国搜索市场当时是“两强多极”的竞争格局，百度和Google的市场份额大大高于其他公司，二者合计在北京和上海各占有超过80%的市场份额，在广州合计占有率也接近达到75%。
尽管马云一再强调，“我们没有外部的压力，百度、Google都没有给我们造成任何压力，压力都在于我们自己。”但是，既然选择了去做搜索，必然要遭遇这两强，而若想在百度、Google两强中杀出一条生路，不下血本恐怕难有成效，退一步讲，即使下了血本，仍有可能血本无归。
2006年1月4日，马云对外透露，雅虎搜索已联手湖南卫视和华谊兄弟，一同打造全新的2006年超级娱乐表演秀“雅虎搜星”——这被外界视为马云准备与Google和百度争夺中国第一搜索引擎地位的第一招。
当天，雅虎中国正式宣布，投资3000万元，联手华谊兄弟传媒集团，力邀陈凯歌、冯小刚、张纪中三大导演围绕“雅虎搜索”的主题，各自创作一部时长2～3分钟的短片，并用电视广告和网络电影的方式传播。“雅虎从此要踏入中国娱乐圈。”马云调侃说，他们要大搞娱乐营销，以推广雅虎搜索。
这一奇招，无疑也受了2005年蒙牛与湖南卫视合作“超级女声”营销神话的启发；马云的密友牛根生就在其中受益颇深，毕竟，蒙牛是一家靠营销起家的公司。一时间，在北京的地铁站等地，“雅虎搜星”的大幅广告铺天盖地，随处可见。
与此同时，马云还将2000多台服务器从美国搬至北京。而在美国，还成立了由30多位顶尖华人科学家组成的搜索技术研发团队。与之配合，吴炯也搞了个“本地化专项组”，雅虎中国的几十名搜索工程师参与其中。
不过，与“超级女声”在2006年人气大跌类似，“雅虎搜星”似乎也出师不利。仅仅一个月之后，“雅虎搜星”的合作计划就意外生变，合作伙伴将不再是湖南卫视，而改由马云老家的浙江卫视担当。有分析认为，雅虎中国与湖南卫视的合作生变，主要原因还是湖南卫视很难给前者以“超级女声”的待遇，在资源配备上，也很难让雅虎中国满意。
在忙于“雅虎搜星”的同时，马云还不断对雅虎中国进行“小手术”。
2005年年底，雅虎中国进行了一次大规模的校园招聘，以补充并购中人员流失造成的“空档”。对此，马云非常重视，他还亲自面试，并在一个月内招聘到100多名应届毕业生。对这些“新鲜血液”，马云采取的做法是，先让他们接受阿里巴巴的企业文化与价值观。“雅虎中国的核心就是人。”他说。
此外，为了让雅虎中国尽快融入，他还“割断”了雅虎美国与雅虎中国的“脐带”，尽力减少甚至杜绝双方员工的接触与联系。
不过，2006年2月，马云对雅虎中国看似过于“激进”的尝试，开始遇到了阻力。
这个月，马云前往美国与杨致远会面。据说，当时杨致远要求他恢复一些被改动的内容。“目前中国的搜索，包括雅虎搜索都不是真正意义上的搜索。”美国归来后，马云如此表示。很显然，与几个月前的豪言相比，此时的马云或许更为务实了。
同是这个月，马云还放弃了让雅虎中国全盘学习阿里巴巴的尝试，而让雅虎中国保持其独立性。在管理团队上，马云也作出了调整。许多过去直接向马云汇报的事，此后则只要向雅虎中国执行总经理田健汇报即可。据说，马云没给田健强制性的指标，只是希望“第一，雅虎要把技术搞好，团队要建好，组织要建起来；第二，公司要有安全健康的结构，把公司的浏览量变得更稳定，把收入变得更健康。所有的工作都是将雅虎从过去高风险变成低风险的，这是核心的目标，收入是次要的。”
但是，打击还是在3月份如期而至。当时的《艾瑞2005年中国搜索引擎市场年度报告》显示：百度的市场份额由2004年的33.1%跃升到2005年的46.5%，Google也由22.4%提升到26.9%，雅虎中国的市场份额却从30.2%下降到2005年的15.6%。
“什么时候雅虎不像雅虎了，雅虎就成功了。”此后，马云对雅虎中国作出如此要求。
3月31日，雅虎中国的首页又变回了最初的门户风格，这距离马云的改版不过5个多月。一时间，外界猜测不断、说法众多，主要观点是，马云的改版并不成功：阿里巴巴入主前，雅虎中国日浏览量为6000万次；而马云接手不到半年，浏览量就骤降到1500万次。
就在3月份，雅虎中国还将办公地址搬迁到了和乔大厦以东几百米的温特莱中心，据说，马云认为那边风水不错。
不过，温特莱中心也没能成为马云的“福地”，正如北京不是他的“福地”一样。
再度南归
事实上，雅虎中国此时的并购“后遗症”已经开始显现。
“五一”之后，雅虎中国市场部总监程小咚就没有再现身过，其后，他出任淘宝网副总裁。
对此，外界当时有说法认为，这是“阿里系”的程小咚与“雅虎系”的田健无法继续合作的信号。当时，阿里巴巴的内部人士确认说：“其实这些，都跟雅虎中国的执行总经理田健有关，雅虎的人不喜欢阿里巴巴的人。”
不止程小咚，此后，2005年开进雅虎中国的“阿里巴巴小分队”，许多人也于6月份前后陆续撤出，返回杭州。当时，公关总监王帅回杭州去淘宝做总编辑，因为他以前做过雅虎中国总编辑和阿里巴巴网站总编辑，所以属于“平级调动”。
当时，即使是阿里巴巴的人，似乎也猜不透马云的心思。但有知情者分析说，让“小分队”撤退之后，可以让总是对阿里人“挑刺、找茬”的田健继续折腾，比如，“把雅虎的业绩做得很差，然后干掉他”。那么，为什么田健会“挑刺”呢？“他可能是觉得自己比较牛，非常懂。马云搞搜索和竞价排名，肯定有失误的地方，他可能就说，你看你不懂，结果一团糟了吧。”
事实上，天生缺乏安全感的马云，早在2005年年底，即再度宣布阿里巴巴处于“高危时期”。而据知情者透露，让马云起疑心的，还不止田健一人，“淘宝网的孙彤宇觉得自己很有功劳，可能就有二心。淘宝‘招财进宝’计划的失利，跟孙执行不利就有关系，而且，不排除那些网民背后受人指使了。负责阿里巴巴的李琪，也有二心。根据他们平时的言行判断，这两人可能都有造反的意思，你看淘宝和阿里巴巴的内部论坛，他们经常和马云意见不一致，也说过一些过激的话。”这些说法，尤其是事关“十八罗汉”去留的问题，尽管当时看起来不可思议，但不幸的是，一年半之后，却都一一验证了。
不过，“小分队”撤离之后，雅虎中国出人意料地“好起来了”。
7月，在员工大会上，枯燥的工作汇报被充满人情味的轮番上台表演代替，一些之前离开的雅虎老员工，也陆续回来了。此时，雅虎中国的人员规模已增加了一倍，达到800人。
“雅虎中国活了。”马云在会上宣布说，“现在雅虎是什么概念，就好比一棵濒临死亡的树，我现在把这个树移了一个坑，移了以后经过一年长了新的枝叶出来。”
与此同时，雅虎中国办公室的墙壁，也被涂成了阿里巴巴特有的橘黄色，而且挂满了展示员工个人风采的照片。这些，都被视为“阿里化”的表现。