绍兴二十九年【1159年】，监察御史任古督浚平江水道，从常熟东栅至雉浦入丁泾。开福山塘自丁泾口至高墅桥，北注长江。是年，知平江府陈正同报经户部奏准禁止围垦湖田，并立界碑，约束人户。
隆兴二年【1164年】七月，平江大水，浸城郭，坏庐舍，淹圩田，决堤岸。人操舟行市累数月。八月，知平江沈度，役夫浚浒浦、白茆、崔浦、黄泗、茜泾、下张、七鸦、川涉、杨林、掘浦等常昆十浦，用工300余万。
乾道五年【1169年】，增置平江撩湖军民，确定太湖管辖范围，不许人户佃种茭菱等阻水易淤的水生植物，以畅河流。
淳熙元年【1174年】，提举浙西常平薛元鼎督开茜泾、七鸦、下张等浦及运河。是年，平江府知府韩彦左与浒浦驻军戚世明，组织军民开浚浒浦港。淳熙二年，立庸田司于平江，专责苏州的水利工程。是年，平江知府陈岘开浒浦，浚塘筑堤，植柳一万株。淳熙十三年，常平提举罗点，以淀山湖泄水诸道为戚里豪强侵占为田，宣泄不畅，民田积水，上疏开浚，从之。民闻欢跃，不等告谕，各带粮合伙先行开挖。积水骤退，复为良田。
嘉定十年【1217年】，知平江府赵彦肃疏锦帆泾，纵横四出，以达运河，建桥55座，开河1190丈，计工3万，费钱3000余缗。
至元二十四年【1287年】，苏州水灾。宣慰使朱清喻上户循娄江故道开浚，导水由刘家港入海，并通海运。
大德二年【1298年】，置浙西都水监庸田使司于平江路，专主水利。大德十年，行都水少监任仁发役夫大浚吴淞江下游段。
至大元年【1308年】，江浙行省督治田围之岸，岸分五等，高止七尺五寸，低止三尺，以水与田相等，地分高下为差。此为苏州修圩堤有统一防洪高程的开始。
天历二年【1329年】，吴江知州孙伯恭以巨石大修吴江塘路，并相其地势，凿水窦百余个，以通太湖泄水，翌年塘成，长四十余里。后于至正六年至七年【1346年至1347年】又续建加固，表名至正石塘，由张天英撰《至正石塘记》。至正二十四年，张士诚据吴为王，起兵、民夫十万，命左丞吕珍督浚白茆港，堑其地为港，长亘90里，广36丈。
封建后期农田水利建设多由地方自办，兴修普遍，而著名的大型工程则较少。成绩突出的是江南地区的水利。随着东南地区的进一步开发，海塘因而大规模兴修。这一时期，是古代农田水利技术的总结时期，水利专著大量出现。除《农书》、《农政全书》、《授时通考》等外，就农田水利而言，出版了许多流域范围的水利书。如归有光的《三吴水利录》、王太岳的《经渠志》和康基田的《河渠纪闻》等。
太湖地区经过历史上长期的开发及经营，逐渐成为天下富庶之地。明代，经济比前代更为发达。明初建都南京，经济上直接依赖太湖地区。永乐以后迁都北京，仍然靠南方运去大批漕粮。据明代《万历会典》统计，成化八年【1472年】定全国漕运总数为400万石，其中江浙地区漕粮就近200万石。又如明天顺时全国税粮总数为2656万石，其中苏、松、常、镇、杭、嘉、湖七府税粮为586万石。在七府中，漕粮和税粮又以苏、松二府为最多。由于太湖地区经济地位重要，所以明代对太湖水利的治理，也颇重视。
明时太湖下游排洪干流吴淞江淤塞严重，为了减少吴淞江的排泄负担，明代在上游修建工程，减少太湖的来水。明初建都南京，苏浙漕粮要逆长江而上，为了避免江涛之险，洪武二十五年【1392年】疏浚胥溪运河，在今天的东坝处建了一座石闸，名为广通镇闸。又开凿了溧水县胭脂岗，通过胭脂河把石臼湖与秦淮河连接起来。苏浙漕运由太湖经荆溪、胥溪，过广通镇闸，到固城、石臼二湖，东北入胭脂河，下秦淮河，直达南京。永乐十九年，迁都北京，江浙漕舟改由京口渡江北上，胥溪运河遂失去其重要地位。当时太湖下游水患严重，苏州人吴相五引宋单锷议上奏，认为筑坝可减轻苏松地区水患。单锷的意见当时被采纳，于是废闸为坝，称为上坝或东坝。设官吏看守，每年派溧阳、溧水民夫各四十人看守。自此宣、歙之水很少进入太湖。但坝犹低薄，水易漏泄，船只还能越坝而过。正统六年【1441年】长江水泛涨，坝大决，苏、常一带遭受水灾。巡抚周忱召集民工重新修筑，并订定坝规，规定极严，如有走漏水，淹没苏松田禾的，坝官吏处斩，民夫充军十二年。
明代太湖水利由朝廷派官员主持较大的治理工程的有十多人。成绩比较显著的有永乐初夏原吉、正统间周忱、天顺初崔恭、弘治间徐贯、正德嘉靖间李充嗣、隆庆时海瑞、万历初林应训等人。
明洪武元年【1368年】，敕工部遣官修筑苏南海塘，南起嘉定县界，北至刘家港。洪武九年，开浚刘家港、白茆塘及邻近昆承湖南诸泾、至和塘等淤浅处，并置长洲、常熟、昆山三县吐纳湖海水堰坝。
永乐元年【1403年】，苏松水患，工部尚书夏原吉奉命治水。夏弃吴淞江下游易淤段不治，而浚吴淞江南北诸浦，导水入浏河入海。史称“制淞入浏”。夏又于淀山湖、泖湖众水汇集之处，开范家浜，上接大黄浦，导水向东出海。这条水道，百余年后，逐渐被冲大淘深，成为太湖排水主干黄浦江。夏原吉又督浚白茆、福山、耿泾等入江港浦，导昆承、阳澄诸湖以及东北地区涝水入长江。
天顺二年【1458年】，巡抚崔薛檄苏州知府姚堂、松江通判洪景德和有关知县等大浚吴淞江，自苏州夏驾口，经上海白鹤江、嘉定卡家渡至庄家泾出旧长，长万余丈，底宽四丈。此为夏原吉治水五十余年后的第一次复治吴淞江。
成化八年【1472年】，置苏松水利浙江佥事，专治苏松水利。是年，兴筑海塘自宝山北至刘家港两千丈，为浙西海塘延筑至苏境之始。是年，吴县知县雍泰修复穹窿山废堰，为苏州历史上最大的山塘。
弘治六年【1493年】，苏州府水利通判应能主持浚治府城内河，又浚枫塘、虎丘山塘。
嘉靖二年【1523年】，工部郎中林文沛檄太仓州及昆山、吴县、吴江三县大兴水利。开浚杨林塘，泄阳澄湖水入海。开南大虞浦，泄阳澄湖水入娄江。开光福胥江，泄太湖水入娄江。开太湖南诸娄港，导天目、嘉兴诸水归太湖。常熟县开市河、梅李塘、福山港，导水入扬子江。
万历三十四年【1606年】，常熟知县耿桔组织民工浚三丈浦、奚浦、盐铁塘等干河，水流畅通。并以治水经验和体会，撰成《常熟水利全书》。
崇祯八年【1635年】至十年，巡抚都御史张国维主持修葺吴江石塘全坍、半坍及续建共四千丈，并疏导长桥桥下出湖河流，重修至和塘长洲东境45里石塘。
这些大的治水活动，花费帑银常达几万、十几万、二十多万两，投入人工很可观。频繁的治理，反映了太湖治水的不易。
治水必须与治田相结合，这是太湖地区长期以来治水的经验。明代比较重视圩田水利的治理。圩区水利以地方为主，以民办为主，治理活动频繁。在朝廷派员主持治水时，一般也督责各府县兴修圩区水利。据武同举《江苏水利全书》统计，明代兴修太湖水利工程大小有一千多次，主要为塘浦圩区的浚河、筑圩、建闸工程。这些事迹在各地方志中记载很多。
在唐、五代时，太湖地区圩里已经设有圩长，每一两年圩长率其圩之人修筑堤防，浚治浦港，使低田之堤常固，旱田之浦港常通流。明代除设有圩长外，每一行政区又设塘长，管理该区水利。
在频繁的圩田水利建设中，圩田治理技术有了较大的进步。如在圩内筑“径滕”和“戗岸”，实行高低分级控制，可以减少洪涝损失。当时圩子面积较小，一般为几百亩、数十亩，为抗御较大的洪涝灾害，一些圩区衽联圩并圩，如万历时耿桔在常熟就推行过。对圩岸的规格、修筑方法、养护管理措施，都作了较严格的规定。圩内河渠、堰闸的布置也能因地制宜。有关浚河的技术工作、组织工作也有了一套办法，从而保证了工程的质量。明代关于圩田水利技术的论述比前代都多。如周忱、姚文灏、史鉴、金藻、吕光洵、何宜、吴诏、耿桔、陈瑚、徐光启等，都曾论及圩田水利。万历三十四年耿桔所著《常熟水利全书》，则对浚河筑圩技术进行了系统的总结。
明代太湖水利活动虽然频繁，但水旱灾害仍然十分严重。首先这与水利工作的复杂难治有关。如浚治吴淞江，明代二百七十六年，大的浚治有十一次，平均二十多年治理一次，但渐浚渐淤，周期缩短，淤积越来越严重。太湖洪水出路问题不能很好地解决，是水旱灾害多的重要原因。其他港浦淤积也相当严重。明代张应武说：“宋人引清障浊之法已不可施于今，每岁所开塘浦还为潮汐之所填淤，三岁而浅，四岁而湮，五岁又复重修，亦无一劳永逸之术。”另一原因是治理没有全面的战略。嘉靖时沈启在《吴江水考》中指出太湖水利的病症为“上不节，中不分，下不利”。往往是遭灾后影响到国家的赋税收了，才会派官员去进行治理。有时工程施行得很急促，达不到应有的成效。再则，明代民修小圩，堤岸单薄，民力分散，不易抗御洪涝，容易遭到破坏，灾害自然经常发生。
当然，政治的腐败，也极大地影响了明代的水利建设。
清代康熙年间修闸，规模宏大，投入资金也巨大。康熙十年【1671年】，巡抚马祐督浚浏河淤道三十里，又于天妃宫建大闸一座。康熙二十年二月，巡抚慕天颜督浚白茆港，自支塘至海口四十三里，又修闸一座。共用民夫百万，费银四万两。直至四月底才竣工。康熙四十七年，总督邵穆布、巡抚于准督浚浏河，起凝碧桥，东至袁家渡，长三十里。又建七鸦口闸于浮桥东玉皇庙前。翌年又浚白茆、福山两港，修白茆旧闸，建福山新闸。共用银3.5万两。
雍正年间投入水利的资金和力度，似也不亚于康熙大帝。雍正五年【1727年】，诏发库银兴修江南水利，命副都统李淑德、江苏巡抚陈时、总河齐苏勒等大臣踏勘太湖及通江汇海河道，檄行浚治。翌年，浚浏河、白茆二港，修理旧闸。又浚徐六泾、福山塘、七浦塘。共发官银十二万余两。雍正八年，总督尹继善檄苏州知府徐永佑修筑吴江塘路和GFBC2塘，建大浦桥，扩建三江桥一孔为三孔。又修至和塘。移址重建浏河天妃闸。雍正十二年春，总督高其倬檄原任苏州知府徐永佑浚杨林塘，自蔡家湾至海口，长四千余丈。
乾隆皇帝统治的六十余年中，对水利的重视和投入，当然也不会逊色于其父亲与祖父。江南水利也有许多大手笔。乾隆十七年【1752年】，江苏巡抚庄有薛檄常熟、太仓等八州县，按酌亩捐，起役浚治浏河、福山入江河港，得旨嘉奖。是年，常熟浚三丈浦，太仓浚浏河。乾隆二十八年，巡抚庄有薛借库银22万两，檄苏松两府各州县大修水利。凡太湖出水诸口、吴淞江、娄江等入海口河道淤浅及河中有碍行洪的芦苇鱼簖，尽数铲除。并加培圩岸，改移闸座。翌年三月工毕。乾隆三十五年九月，巡抚萨载督浚白茆、徐六泾两入江河道。白茆自支塘至滚水坝，长6500余丈。徐六泾自陈荡至田家坝，长5900余丈。两河因滚坝已坍，增筑裹头，以束潮水。十一月竣工，借官银16万两。
乾隆年间苏州府所立的一块石碑，今天还能在山塘街边看到它。它确凿记录了一个两百多年前由民间力量促使政府注重环保的事件，非常有意思。当时，山塘一带开设了很多染坊，河水受到了很大的污染。乾隆二年【1737年】，苏州城里108个民间人士联名上书，强烈要求政府关闭污染严重的染坊，并最终取得胜利。苏州府于是发布“永禁虎丘开设染坊污染河道”的文告。文告中还明确划出了禁开染坊的地段。勒石立碑，立于山塘河旁。
嘉庆道光年间，虽然国家开始出现颓势，但治水仍为各级政府主要工作。嘉庆二年【1797年】，巡抚费淳、太仓知州鳌图役夫浚治浏河，起新造桥，至石家塘口，工长万丈，面宽十二丈至十五丈不等。借支库银近八万两。嘉庆二十三年，巡抚陈桂生檄苏松太道候补道唐仲冕督浚吴淞江黄渡至万安桥段，长万余丈，并浚治上源庞山湖等处。借库银近三十万两，由长洲等十六州县各按岁征粮额分两年摊征。
道光四年【1824年】江苏按察使林则徐总办江浙水利，浚治太湖诸出水娄港和庞山湖沙淤，令东注之水通畅无滞。道光七年九月，巡抚陶澍檄署巡道陈銮组织上海、元和、吴江等十县民工分段浚吴淞江下游段，再裁弯取直，工长万余丈。次年二月工竣，计用银三十万两。道光十年，太湖同知刘鸿翔役夫浚治大缺口，长千余丈，及附近支河两千余丈。用银一万五千两，由地方绅士捐款。道光十四年三月，总督陶澍、巡抚林则徐借款13.4万余两，督浚浏河，起吴家坟港至白家石基东止，长八千余丈。又建滚水涵洞石坝一道，至八月完工。所借款项由长洲等十四州县分八年按亩摊缴还。同年三月，官民捐挑白茆港及徐六泾，以工代赈，五月工竣。又建白茆老新闸。共用银十二万两。道光十五年春，太仓知州李正鼎、镇洋知县孔绍显以浏河工程余款近四万两，组织民工挑浚七浦塘沙溪至浮桥段，工长五千余丈，及浚太仓杨林塘和吴江瓜泾港。
大清帝国到了同光年间，已是江河日下，呈现出落日之相。国力衰败，水患似虎如狼。各级政府在水利上的投入，虽然看似不逊前朝，但依然努力，与清政府的苟延残喘相对应。同治五年【1866年】十一月，巡抚郭伯荫役夫督浚浏河浮桥以下段八千丈，又重修浏河天妃闸，翌年正月完工，共用银十七万两，由苏松太十六州县按亩摊征归还。同治七年冬，巡抚西日昌役夫督浚白茆塘，自王家庄至土塘内止，工长六千丈，并移建石闸至苏常石闸之东，翌年正月工竣，又挑南盐铁塘两百余丈，共用银七万两。由常熟、吴县、无锡、江阴等七县分三年按成摊征归还。同治十年，成立了苏城水利局，总办苏属水利工程，由藩臬两司及苏松太道主持其事，嗣委候补道一人。是年苏城水利局动用库存水利经费，大兴水利，浚太湖娄港29处，计万余丈。又浚杨林、七浦入江港浦八千余丈。并以机器船挖浚泖湖、拦路港三十余里、吴淞江下游段七百余丈。人工浚吴淞江下段近万丈。又修吴江震泽水窦百个，等水利工程。修建桥梁五十余座。共用银近三十万两。同治十二年，苏城水利局总办藩司应宝时主持浚治瓜泾分水港，又建瓜泾桥导太湖水注入吴淞江。并立碑记于分水墩上。光绪三年【1877年】春，浚苏州护城河，自渡僧桥至大日晖桥。光绪十六年十一月，巡抚刚毅组织营勇、民夫大浚吴淞江，自四江口至新闸大王庙止，长万余丈。次年三月竣工，共用银十六万余两。光绪二十四年，江苏即补道钱志澄役夫浚浏河，由司道库苏沪两厘局借支银十万两，由苏松太16州分四年摊征归款。