明初，夏元吉的《苏松水利疏》说：“吴淞江延袤二百五十余里，广一百五十丈，西接太湖，东通大海，前代屡疏导之。然当潮汐之冲，沙泥淤积，屡浚屡塞，不能经久。自吴江长桥至夏驾浦约一百二十余里，虽云通流多有浅狭之处；自夏驾浦抵上海县南跄浦口一百三十余里，泥沙渐涨，潮汐壅障，茭芦丛生，已成平陆，欲即开浚，工费浩大，且流沙淤泥浮泛动荡，难以施工。”因而，夏元吉疏浚吴淞江南北两岸支流，引太湖水入浏河、白茆直注长江，此即“制淞入浏”。另外，黄浦【鸦片战争后始称黄浦江】原经上海浦【今虹口港】在今虹口区嘉兴路桥附近与吴淞江汇合【此处曾称黄浦口】，系其支流；鉴于黄浦口已淤塞不通，夏元吉又疏浚上海县城东北的范家浜【今外白渡桥至复兴岛段黄浦江】，使黄浦从今复兴岛向西北流至吴淞口入注长江。这时吴淞口实际成了黄浦口，明弘治《上海志》称黄浦嗣后“潮汐悍甚，润及数百里”，水势大增。随着“黄浦夺淞”局面的出现，吴淞江逐渐处于次要地位。所以，金藻在弘治九年【1496年】前后写的《论治水六事》中提及：“顺形势者”认为“黄浦通，淞江通矣”。
夏元吉脚踏实地，勤政爱民，与民同甘共苦，为吴、浙水利建设作出了重大的贡献。据史载，明朝永乐元年【1403年】吴浙两地水患严重，地方官连年治理无效，洪涝成灾，百姓流离失所。明成祖朱棣特遣户部夏元吉前往治水。八月夏元吉到吴浙之地后，立即查看灾情，勘察河道，发现太湖流域下游地势平缓，河道弯曲、狭窄，经常淤塞。因此，疏浚下游河道【吴淞江、刘家河、白茆河】畅流入海，乃是治理吴浙水利的关键。于是他动员两地民工十余万人，日夜奋战，先后疏浚吴淞江、白茆塘、刘家河、范家浜、大黄浦等河道，引吴淞江上游之水取道刘家河入长江，重点凿范家浜，使之与黄浦江相接，将太湖东部河湖之水，特别是浙西来水循黄浦江排入长江，使黄浦江成为太湖主要排洪通道，并因地建闸，用以蓄泄。通过这次疏浚，不仅改善了太湖下游的泄水状况，而且改变了泄水格局，由从前以吴淞江为主泄道，逐步变成以黄浦江为主泄道，这种情况，一直延续至今。十万大军在辽阔的江南大地上开河疏浚，这也许是当时世界上最为壮观宏伟的治水场面。治水期间，夏元吉身体力行，布衣徒步，风餐露宿，日夜奔波于工地，终于彻底根治了太湖流域吴浙两地频繁的水灾，从而使永乐年间苕溪、太湖两地的水患得到治理，使民获其利。同时他还上书朝廷，如实详申百姓受灾苦饥，要求减免灾民税赋，请发赈粮三十万石，以赈济灾民。明朝大臣【太子少师】姚广孝称赞夏元吉曰：“古之遗爱也。”
当年追随夏元吉治水的，还有一位值得一提的人物：叶宗行。叶宗行名宗人，鲁汇叶港人，是名臣叶梦得的后裔。当年，黄浦江水道由闸港直接往东出海，一旦上海地区连降大雨，因浦江下游壅塞，吴淞江水流难以入海，致苏州、松江府一带遭灾。明永乐年初，各界呼吁抗御水患，须彻底治理黄浦江水系，挺身而出的便是叶宗行，他以诸生身份上书朝廷，主张开挖范家浜，接通大黄浦，汇入吴淞江，实现江浦合流，以增强水势，冲泻入海，以防水患。朝廷采纳了他的意见，并命他跟随户部尚书夏元吉，治理黄浦江水道。第二年，叶宗行和夏元吉一起，组织治理大军，引太湖水进入刘家港、白茆港，又疏浚吴淞江、大黄浦、赤雁浦，并开通南北走向的范家浜，使黄浦江下游水系构成网络，畅通无阻，水患遂除。叶宗行因治水有功，经夏尚书举荐，被提为浙江省钱塘知县。时钱塘县是浙江省会，徭役繁重，财主豪门可花钱逃避，而百姓则备受徭役之苦。叶宗行上任后，首先修订役法，规定按人口分成甲、乙两批，轮流服役。不出数月，徭役均衡，社会安定。钱塘百姓称叶宗行为“钱塘一叶清”。
据清康熙《松江府志》记载：明正德十六年【1521年】，李允嗣率民工“自夏驾浦浚江，改入浦之道”。当时在吴淞江下游开通今北新泾至曹家渡段苏州河，连接拓宽的宋家浜【今曹家渡至外白渡桥段苏州河】。明隆庆三年【1569年】，海瑞治理吴淞江，对北新泾以下段并未恢复旧河道，而是疏浚半世纪前“改”的“入浦之道”，即李允嗣昔日主持的工程所留下的“故道”【今市区苏州河】。海瑞正是看到“江浦合流”后，下游狭窄的吴淞江实际已成黄浦支流，因而在《开吴淞江疏》中说：“吴淞江泄太湖之水，由黄浦入海”；并确定，“原江面阔三十丈，今议开十五丈”。由此，基本奠定了今市区苏州河的河形。
吴淞江的这些演变，均有史料可查。近年出版的好多地方史权威性专著，对此也作了记述，如褚绍唐的《上海历史地理》认为：“吴淞江下游段自明中叶引入今道之后，遂成为黄浦江的支流”；《上海通史》指出：“到明中叶，黄浦江的地位便超过了吴淞江”；《上海水利志》则阐明：“在巡抚海瑞主持下，始将吴淞江作为黄浦江支流进行整治，对吴淞江宋家浜新道加以疏浚……至此，吴淞江下游完全改入苏州河今道，由外白渡桥入黄浦江，成为黄浦江支流”。因地理情况变化，吴淞江的太湖主要泄水道地位很早就受挑战，而海瑞正视现实，首先将它作为黄浦支流疏浚，治水之功不可磨灭。
林则徐“虎门销烟”，举世瞩目，无人不知。据说在“销烟”之前，他曾组织翻译班子将英国《地理大全》与瑞士法学家瓦特尔《国际法》都翻译过来，以求知己知彼，战而胜之。可见他不仅是一位政治家，也有严谨的科学态度。在“治水”方面，林则徐也有远见，有实绩，世人很少知晓。
1811年，林则徐始入官场。四十年间均以“经世”自励。据其六世孙女林岷所写《先祖林则徐的几件往事》称，他曾自刻一方图章明志，印文便是“管理江淮河汉”六字。综合有关历史资料可知，林则徐的确做到了“为官一任，造福一方”。在为官之地，办了几件在当时来说是很了不起的水利大事，足可称道。在京师七年期间，他曾广泛搜集元、明以来数十水利专家关于兴修畿辅水利著述，上《畿辅水利议》，主张发展华北水利，推广种稻，就地解决漕粮，合理解决南粮北运及以往的漕运积弊。历史证明这是一个远见卓识。
林则徐后任江苏按察使，又有善治江南高家堰、洪泽湖水患之举。最著名的则要算1833年治理江苏古“三江”【即吴淞江、黄浦江、娄河】及与之相关的白河工程。是时，“三江”一河年久失修，河道淤塞而酿成大水灾。林则徐采取“以工代赈”之策，娄河由官府借支兴修，白河则由官员捐资兴修，林自捐一千两。工程数月完工，“太仓之水道无不贯通，以达于尾闾”。江南“黎愚妇贱，羔酒歌鸣”，当时有人将他比作海瑞。
清道光十五年【1835年】，时任江苏巡抚的林则徐来松江巡察。他视察了黄浦江堤，又向北经走马塘出泖口，到达泖河北部的澄照禅寺，并登上泖塔眺望三泖水系现状。他与闻讯赶来的娄县【时松江属娄县】知县毛应观，青浦知县蔡维新共商治水大计，三县合力施工，共疏浚泖滩2965丈，于第二年完工。从此，泖河水道畅通，太湖之水直抵黄浦江，对这一地区的泄洪防涝和农田灌溉起到了很大的作用。
宣战
岁月如江河长流不息。苏州河，黄浦江见证了上海这座东方大都市由小而大，由简陋而繁华，由贫穷而富饶。而在河畔生活的几代上海人，也见证了这两条母亲河由清而浊的过程。
一个世纪前，苏州河河水清澈，鱼虾成群。当时的租界当局为建造自来水厂选址，曾对苏州河、黄浦江、淀山湖水质进行采样，并将样本送到英国分析，结果发现苏州河的水质最好。所以自来水厂就建在苏州河畔，苏州河水，就是上海人饮用的自来水。然而好景不长，第一次世界大战期间，苏州河两岸的工业和人口迅速发展和增长，大量生活污水和工业废水排入苏州河，到1920年，苏州河水开始出现黑臭。尽管每个水体都有与生俱来的自净能力，只要有足够的清水和流速，就能使水中的污染物质降解或稀释，然而苏州河却是一条清水少、流速小的河流，自净能力极差，随着两岸工厂增多，居民聚居，大量工业废水和生活污水排向河中，以致河中的污水已远远超过清水，因此河水越来越脏，污染日趋严重。另外，苏州河还受潮汐的影响，涨潮的时候，水由下游往上游流；而落潮时，河水向河口流，其涨潮落潮时间比约为5∶7，一天内污水在河中随潮往复回荡两次而不能排出，致使污水的浓度越来越高。到了上世纪70年代，苏州河干流全线受到污染，市区河段水体终年黑臭，鱼虾绝迹，水面垃圾漂浮，“臭”名远扬。
解放后，在党和政府的领导下，上海境内开挖了许多人工河道，如长达50多公里的淀浦河，沟通了淀山湖和黄浦江，既可通航，又能在青浦、松江低洼地区起到排涝作用。开挖了浦东的大治河和川杨河，连接黄浦江和东海，起着重要的航运和引排作用，这些新河为上海经济发展作出了重要贡献。然而对江河污染的治理，却一直难有良策。
黄浦江和苏州河的严重污染，牵动了国家领导人的心。1970年，周恩来总理陪同外宾来上海，坐船游览黄浦江，船经外白渡桥时，苏州河和黄浦江那条黑黄分明的水界，引起周总理的注意，他凝视着被污染的河水，表情肃穆。他曾对陪同的上海党政负责人说：搞工业不能给人民的生活带来不利，要注意把工业污染处理好。周总理这些意味深长的话，多少年来一直回荡在上海人的心头。而治理黄浦江和苏州河的污染，成为上海水利工程的重中之重。
向污染江河的敌人开战！这敌人在哪里？这战争又如何来打？将近半个世纪以来，上海的治水大军一直在回答这问题。从上世纪70年代中期开始，上海人就开始想办法清洁黄浦江和苏州河，然而并无全面科学的规划，也没有多少施之有效的行动。真正有效的治理，是在改革开放之后。
黄浦江最大的污染源，是苏州河，要清洁黄浦江，首先要治理苏州河。
1988年8月，时任上海市委书记的江泽民同志题词：“决心把苏州河治理好。”为进一步加强对苏州河环境综合整治工作的领导，1996年，市政府成立了苏州河环境综合整治领导小组，徐匡迪市长担任苏州河整治领导小组组长，两位副市长担任常务副组长，下设专职办公室。如此强大的领导阵容，在上海还是第一次。
同年8月，《苏州河环境综合整治规划纲要》通过专家评审。规划明确整治步骤分近、中、远三期：一期重点是干流截污纳管，二期拓展到苏州河支流，重点是流域治理，三期是修缮苏州河防汛墙，疏浚底泥。规划明确整治目标：2000年，干流水域消除黑臭，陆域治脏治乱；2010年，河中鱼虾重现，恢复生态环境。这个规划纲要的产生，是一个科学决策的过程。为制订方案，开了10多次专家会，较大修改12次，七易其稿，市政府专门讨论3次，上上下下，反反复复，为求科学合理，切实可行。如果没有这个严谨科学的规划纲要，苏州河的综合治理就可能流于空谈。
规划制订之初，有一个问题争论不休：是治标，还是治本。治标，就是疏浚苏州河底污泥，将沉积了几十年的污物清理，换得苏州河水质改善。这一方案是当时国内河道治理比较流行的一种做法，也是能够短时见效的办法，但没有解决苏州河污染的根源。治本，就是彻底截断苏州河污染源，通过搬迁工厂，污水纳管，让五颜六色的污水不再日复一日地注入苏州河，再辅以调水等措施，等待苏州河慢慢变清。最终，科学精神战胜了急功近利。
苏州河环境综合整治是一项“民心工程”。这项综合整治工程是一项长期并且复杂的系统工程，上海历届市委、市政府对苏州河整治工作予以高度重视，这是上海历史上前所未有的。
整治苏州河，让苏州河变清，是上海人民企盼已久的一大心愿，是真正的“民心”工程，为了整治苏州河，不得不迁走临河居住的大批居民，但居民迁居工作进展得非常顺利，不用太多动员，市民都通情达理加以配合。关心爱护母亲河，成了许多市民的自觉行动。上海市苏州河环境综合整治办公室成立后，不断有市民寄来捐款，先后共收到来自各界群众捐款1250万元。这充分说明，真正着眼于解决市民最关心、最直接、最现实的利益问题，就能得到市民真心拥护。苏州河治理工程能顺利推进，离不开全上海人民的支持，也得益于市民对环境保护与科学发展日益加深的认识。
一场真正意义上的上海治理江河污染的人民战争，拉开了序幕。
截污
苏州河沿岸，有多少污染源，工厂废水，城市生活污水，垃圾粪便码头，农业污水，畜禽污水……每天有成千上万吨污水随意排放进入苏州河。河面并不宽阔的古老苏州河，如何能承担这样的污浊倾泻，唯有以自身的被污染以及自净能力的不断减退来承受。
要让苏州河和黄浦江变清，首要任务，是截断污染源，这是唯一的治本之道，没有任何其他捷径可走。这也是第一期整治工程的重中之重。
如何截污，千头万绪，工程浩大。上海市政府下了决心，难度再大，障碍再多，决不退却。苏州河及其支流沿岸数以千计的工厂、企业、码头，该关的关，该停的停，该迁的迁。有污水排放的工厂企业，再也不允许随意排放，必须进行污水处理，并且纳入统一管理。
1988年8月25日，在上海普善路606号一处空地上，苏州河地区合流污水一期工程奠基。一场声势浩大的治水攻坚战，就这样在一条僻静的小弄堂里不动声色地开张……此后5年间，苏州河合流污水一期工程建成一条长34.28公里的双孔地下箱涵，将苏州河干流沿途近200家企业初步处理后的废水和初期雨水纳入其中。
苏州河综合整治一期工程紧紧围绕截污治水这一核心。苏州河两岸北片、南片，以及与苏州河水系相通的虹口港、杨浦港地区，相关的工厂企业、畜牧场和居民生活区的污水，不再直接排放到河道，通过专用管道收集起来，输送到污水处理厂。如苏州河北片的污水收集后就送到石洞口城市污水处理厂，经过先进的二级生化处理，达到国家一级标准，然后排放到长江口，处理后的水，可以养鱼。
苏州河河流污水治理一期工程1993年底竣工，在苏州河北岸100多平方公里的范围内，每天截流140万立方米直接排入苏州河的生活污水和工业废水，为苏州河的治理奠定了基础。
苏州河支流污水截流工程是苏州河治水的主要措施，也是苏州河消除黑臭的重要前提。支流污水截流工程的污水收集范围约200平方公里，计划截流污染源1635个，截流污水量达每日25.44万吨。支流污水截流工程按计划全面开展，对截流的污染源单位的纳管工作已经启动。