新加坡人不满足这些小的让步。英国被迫同意在1955年4月通过大选成立民选政府，1955年的选举是新加坡历史上一个重要的政治事件。新登记制度使原本只有75000人的合格选民增加到三十万人。华人选民数量首次大幅增加。最后，劳工阵线取得10个席位。大卫.马绍尔于1955年4月6日成为新加坡的首任首席部长。他领导的劳工阵线与巫统及马华公会组成联合政府。
1959年新加坡完全取得自治。当年6月5日，李光耀成为首任自治政府总理。1961年5月27日，马来亚首相东姑阿都拉曼公布了想把新加坡、马来亚、文莱、沙捞越和北婆罗洲（沙巴）联合起来组成联邦。这是因为随着新加坡的政局不稳定，东姑害怕新加坡有朝一日会被共产党人占据，利用新加坡作为基地对马来亚展开行动，使马来亚之前对抗马来亚共产党的成果功亏一篑。
人民行动党支持合并，但是党内的亲共人士怕合并会对他们不利，一些人脱离行动党，成立社会主义阵线，反对合并。对此，李光耀决定在1962年9月1日举行全民投票，选票上没有反对合并的选项，社阵只能要求人民投空白票。最后71%的人支持合并，只有26%的人响应社阵号召，投空白票。1963年9月13日，马来西亚联邦成立，领土包括新加坡、马来亚、沙捞越和沙巴。文莱因为得天独厚的石油利益拒绝并入，并在菲律宾与印尼的支持下得以独立。
印尼与菲律宾反对合并。印尼总统苏卡诺对北婆罗洲地区有野心。1963年1月20日，苏卡诺开始对马来西亚展开“对抗”。菲律宾政府认为沙巴是属于苏禄管辖，因此应是菲律宾的领土。菲律宾总统费迪南德.马科斯后来承认沙巴是马来西亚的。但是印尼的对抗活动到1966年8月印尼总统苏卡诺被推翻后才结束。
合并后，新加坡开始与马来西亚中央政府发生矛盾，对治国方针也有不同的看法。新马双边经济的矛盾在1964年12月，马来西亚中央政府要求新加坡将上缴中央的税收从40%增加到60%后升温。新加坡则认为这对自己不公平，因为其他州属没有因此增加缴税。
同月，马来西亚中央政府宣布将关闭新加坡的中国银行的分行，原因是中国银行在资助马来亚共产党的武装活动。由于该银行对新中贸易扮演着重要的角色，所以新加坡极力反对。但是，中央政府还是宣布要在1965年7月关闭银行。
两地在政治上也有冲突。1963年，由巫统、马华和国大党组成的联盟党在马来西亚中央政府的支持下参加了新加坡州选举。然而，联盟党不仅未添一席，原本控制的芽笼士乃、甘榜景万岸和南部岛屿这三个选区也被人民行动党夺取。马来西亚首相东姑阿都拉曼对此非常失望，甚至亲自来新加坡表达不满。联盟党原先以为新加坡的马来人会支持他们，结果大失所望。
1964年，人民行动党参加了联邦选举。他们认为既然联盟党可以在泛马来亚的名义下参选，行动党应该也可以这么做。从一开始，行动党只表达了对马华的挑战，而不是巫统。行动党认为他们如果在联盟党内会比马华更有作为。然而，巫统把行动党的参选看成了对马来西亚马来人的统治地位的挑战。最后，行动党由蒂凡那赢得了一席，成为马国会最大反对党（行动党在新加坡州议席有12个，总共有13个议席）。巫统和行动党的冲突加深了。马来西亚巫统内部一些激进的领袖开始抹黑行动党，说行动党的政策导致许多马来人流离失所，贫困和低教育，是个华族政党。新加坡的华人与马来人爆发种族冲突，1964年7月21日，先知穆罕默德的诞辰，当天，25000名马来族游行者沿着芽笼路走向一所清真寺，路上由于有一群人走散了，华人警员于是叫他们归队。这群马来人不满，就将他痛殴一顿。消息传出去后，华人开始在街上殴打马来人，种族暴乱开始。政府开始从中央政府请来镇暴警察，由于警察偏袒马来人，有23人死亡，454人受伤。当时的首相东姑阿都拉曼、总理李光耀、副首相阿都拉萨都来新加坡巡视，安抚民心。
1960年代，中国实行的一些激进外交政策，引起东南亚国家的敌对情绪，1964年9月，由于印尼特务的挑拨离间，新加坡又发生了种族暴乱。印尼特务将一名马来族三轮车夫谋害后逃走，马来人认为是华人干下的，所以展开报复行动。共有12人死亡，109人受伤。马来西亚巫统内的极端分子将李光耀比喻成马来西亚的公敌。双边关系持续恶化。但这次危机在马来西亚并没有全面激化下去，源于华人的政治参与和低调性格。
1965年5月，行动党和其他主要的反对党成立了马来西亚团结联盟，要求建立“马来西亚人的马来西亚”。巫统党内激进人士非常不满李光耀的行为，甚至要求马来西亚首相东姑阿都拉曼将李光耀逮捕。
1965年8月9日，马来西亚国会以126票赞成，0票反对，将新加坡逐出联邦。新加坡共和国正式成立，李光耀为总理。
这个决议，对当时新加坡领导者李光耀是一个最坏的消息，他在电视镜头前放声大哭！与李光耀落寞的神情形成鲜明对比的是，街道上兴高采烈的马来人，马来人放鞭炮庆祝与新加坡的脱离，股市翻番。
新加坡分割出去有一个更深层次的背景，马来西亚首相东姑等马来西亚高层一直认为华人是一个威胁，华人占马来西亚联邦高达42%的人口后，使马来人开始担心华人会主宰马来西亚的政治及经济环境。因此，在即将全国大选的政治形式下，决定把华人势力驱逐出去。据1947年人口统计，这一年马来西亚的总人口中，马来人占43.3%，华人占44.9%，印度人占10.4%，华人比马来人多一点，华印两族相加过半，而在1957年，华人人口比例降至总人口的37%，到了1963年，马来亚、新加坡、沙捞越和沙巴正式组成马来西亚联邦，当时华人约占马来西亚人口的42%，与马来人人口的比率并驾齐驱，新加坡独立分割出去后，三分之一的华人被硬生生地分割到面积仅七百多平方公里新加坡，至2010年华人人口已下降至24.6%，而马来族超过总人口的65%。
独立后，新加坡寻求国际承认，于1965年9月21日加入联合国。12月修改宪法，将元首改为总统，敦尤素夫.本.伊沙克为首任总统。新加坡开始了艰难的创业之旅……
新加坡建国后，李光耀计划并实施其“新加坡模式”，将一个只有特拉华州1/8大，没有自然资源，各种族各自为伍的国家变成了“新加坡集团”。通过修建通讯和交通基础设施，他吸引了外国投资，将英文作为官方语言，通过给予高官们和私营企业同等的高薪，建立了一个超级高效率的政府，打击腐败直到它消失。这个模式——遵循经济强国理念和收紧个人自由——吸引了包括中国，俄罗斯和东欧的模仿者。
李光耀曾提到他的儒家治国思想，“为了领导一个社会，你必须了解人类本性。……人的本性就像动物。儒家思想认为人是可以被改善的，我不这么认为。但人的确是可以被训练，被约束的。”自1960年代出现过种族骚乱后，新加坡实施严格控制的组屋分配制度，保证同一地区有各族居住，防止同一种族形成帮派。虽然这种政策更多的只是控制种族成分，而不是真正的种族和谐。
在新加坡独立之后，用一代人的时间就蜕变成一个传奇的高效社会。它的人均收入超过了欧洲的许多国家，教育和医保系统堪比任何西方社会，政府官员几乎没有腐败，90%的家庭拥有自己的房产，赋税较低，人行道干净，看不到无家可归的人或者贫民窟。常年失业率在3%左右。新加坡采用西方议会民主共和体制。国家最高统治权属总统，实行三权分立，一党内阁制。自治以来，人民行动党领袖李光耀一直担任总理职务。执政党人民行动党是新加坡最大的政党，成立于1954年11月。此外，国内还有马来亚社会主义阵线、工人党、马来民族机构和尚处在非法地位的马来亚共产党等10多个政党。较大的在野党是社会主义阵线和工人党。
三.大国操盘，中越战争