南海的台风远比地中海强烈，台风频繁，却没有阻挡商人的进取。中国瓷器是通过海路运出去的，沿岸都可以找到大量瓷器的碎片。而古时候在海上冒险的多为商人、僧人，以及士兵。
东晋僧人法显本姓龚，有三个哥哥都在童年时夭亡，他的父母担心他也早夭，在他三岁时，就把送他到佛寺当和尚。十岁时，父母均过世。便以寺院为家。公元399年，六十五岁的法显决定西赴天竺（古代印度）寻经。这年春天，法显同其他僧人共十一个人。西进敦煌，出阳关渡“沙河”（白龙堆大沙漠）。他们冒生命危险前行，走了十七个昼夜，穿过了沙漠。接着，他们又经过鄯善国（今新疆若羌），高昌（新疆吐鲁番），向西南进发，穿越塔克拉玛大沙漠。法显一行走了一个月又五天，总算平安地走出了这个“进去出不来”的大沙漠，到达了于置国（今新疆和田）。接着继续前进，经过子合国，翻过葱岭（帕米尔高原），渡过新头了那竭国。并经宿呵多国、犍陀卫国而到了弗楼沙国（今巴基斯坦白沙瓦）。在南度小雪山（今阿富汗的苏纳曼山，梵语中是对“大雪山”即喜马拉雅山而言）时。同伴受不住寒流被冻死了，与法显同行的僧人中只剩一人，法显翻过小雪山，最终进入中天竺境，同行的僧人留在了天竺。公元409年，法显孤身一人搭乘商舶，渡过孟加拉湾，去狮子国（今斯里兰卡）求经。至此，法显身入异城已经十二年了。他经常思念遥远的祖国，有一次，他在无畏山精舍看到商人以一个中国的白绢团扇供佛，曾触物伤情，凄然下泪。
411年秋，法显坐上商人的大船，循海东归时，遇到台风，船在惊涛巨浪中偏离了航道，等到再次见到陆地时，船已在海上奇迹般漂流了90多天，法显见到的这个国家叫耶婆提耶婆提国（今印度尼西亚苏门答腊岛，一说爪哇岛），岸边椰林摇动，耶婆提耶婆提国正处于当时的南海要冲。
法显在这里住了五个月，又转乘另一条船向广州进发，行程中又遇台风，船失方向，随风漂流。最后漂到青州长广郡（山东即墨）的崂山。青州长广郡太守李嶷听到法显从海外取经归来的消息，立即亲自赶到海边迎接。这时已经是412年7月14日。法显65岁出游，前后走了三十余国，历经十三年。经历至今还有迹可循。在《佛国记》一书中，法显详细记录了在南海航行的情况。
在中国古代文献中，有时也泛称印度尼西亚群岛为爪哇；欧洲旅行家和探险家则称群岛为大爪哇和小爪哇；当地人称爪哇、苏门答腊和婆罗洲的居民为爪哇人，称东边的小群岛为小爪哇。荷兰人入侵群岛后，印尼被称为荷属东印度或东印度。19世纪中叶，西欧学者最先将“印尼”用为地理名称。
据法显《佛国记》记载，当地盛行婆罗门教，但也有少量的佛教。在7世纪，苏门答腊和爪哇一带出现封建制国家。以苏门答腊巴邻旁（巨港）为中心的室利佛逝王国，发展为海上商业帝国。室利佛逝是当时东南亚佛教中心。7世纪之后，爪哇各独立王国之间、尤其是印度教的珊耶王国与佛教的夏连特拉王朝（山帝王朝）在争夺中爪哇的霸权。856年夏连特拉王朝最后失败，王子逃往苏门答腊，继承室利佛逝王位。11世纪起，室利佛逝国势日衰，到13世纪未终于灭亡。
印度尼西亚是世界上人口最多的伊斯兰国家。这个群岛国家在欧亚大陆东南角的外海。第一岛链和第二岛链在印度尼西亚诸岛交汇。这个因荷兰人殖民而产生的国家具有地区大国的潜力，印尼的土地面积190万平方公里，在世界各国中位居第16位。
印尼由1.3万多个大小岛屿组成，素有“千岛之国”称号，是世界上最大的群岛国家。2010年印尼总人口达2.38亿人，是世界第四人口大国，有100多个民族。爪哇人占47％，巽他人占14％，马都拉人占7％，华人5%。通用印尼语。大多数居民信奉伊斯兰教。
12世纪末期，在香料贸易中致富的谏议里王朝崛起。1222年，地方官庚.安洛篡夺了谏议里王位，把首都迁到了新柯沙里（今爪哇东部玛琅北方）。谏议里王朝的最后一位国王采取扩张政策，并刺了元朝诏使孟右丞，使忽必烈决定于1292年出兵。
据《元史.流球传》，忽必烈调动了千艘战舰，渡海进攻爪哇。忽必烈任命史弼为统帅，泉州太卿亦黑迷失，福建行省右丞高兴为副帅，率兵2万，元朝大军到达苏门答腊岛后，招降了岛上的国家。当时，爪哇国与邻国葛郎关系不好，爪哇国王被葛郎国王刺杀，王朝灭亡。爪哇国王的女婿率兵去攻打葛郎国失败，以称降为由求元军帮助，元军助他打败葛郎完后，途中，爪哇国王的女婿反叛元朝，杀害护送他的元军将领，并率部进攻元军，元军败退并返回。之后，爪哇国王继任者在元朝舰队撤离后又建立了满者伯夷（麻喏巴歇）王朝。据1365年撰写的《爪哇史颂》记载满者伯夷曾统治整个巽他群岛和马来半岛。
元朝退兵后，虽然没有多大结果，但却使爪哇对元朝军队害怕，担心报复，爪哇遂主动遣使入贡元朝，成为中国藩属国。元世祖后，爪哇遣使入贡十余次。元朝南方海军经常在南中国海巡逻到婆罗洲（加里曼丹岛，现分别由印尼、马来西亚及文莱三国分管），当年元军从泉州出发，到爪哇的单向航行需要60多天。
13世纪末，伊斯兰教进入印尼，至16世纪末，印尼各主要岛屿兴起较为强大的穆斯林王国。东爪哇有马打蓝王国，西爪哇有万丹王国，苏门答腊有亚齐王国，苏拉威西有戈阿王国。在加里曼丹等岛屿上，还残存一些印度教王国。在这些王国中，以马打蓝最为强盛。17世纪初，马打蓝苏丹阿贡（马斯.朗桑）致力于统一爪哇，征服内陆印度教王国。
在殖民时代，闻名于世的“香料群岛”实际上就是位于南太平洋和印度洋之间的印度尼西亚群岛中的部分岛屿。香料，使欧洲的野心家趋之若笃，引起终年不熄的战火。印尼群岛是荷兰前往中国、日本的基地。荷兰人从17世纪以来统治印尼350年。巴达维亚是荷兰人在印尼建立的第一个殖民地。荷兰在它同英、法东印度公司角逐的同时，其统治手段不外乎分而治之和寻找代理人。荷兰集中力量来分化瓦解印度尼西亚的王国，竭尽一切可能来削弱和征服它们，用荷兰殖民者自供的话说：“唯一正确的政策，就是唆使一个王国去反对另一个王国……不让万丹变得太弱，不让马打蓝变得太强。”
马打蓝王国在17世纪中叶主要控制爪哇岛的中部及东部。马打蓝王国的国王，号称苏丹.阿贡。开始的时候，苏丹.阿贡还没有能力来马上对付荷兰东印度公司，因此他准许荷兰人用石头建筑坚固的堡垒和免税输出大米。
马打蓝王国利用提供给荷兰东印度公司米粮的依赖关系，于1628年提出让东印度公司派兵帮助他进攻万丹，要万丹遣使向马打蓝王国称臣纳贡，在遭到东印度公司拒绝之后，于8月的一个晚上突袭荷兰的堡垒，同时，马打蓝的陆军把与堡垒通航的河道堵塞起来、包围堡垒、断绝水源，令其投降缴械。荷兰人死守孤城，竭力抵抗，直到雨季开始才解了围。
荷兰东印度公司总结经验，对马打蓝王国采用笼络分化的政策，1646年，马打蓝王国爆发农民起义，国王向荷兰东印度公司乞援，东印度公司出兵打败了起义军，在马打蓝王国的王位继承战中，荷兰人故伎重演，挑动分裂，从中渔利，把马打蓝分裂为梭罗和日惹两个王国，使之沦为荷属东印度公司的属国。
万丹是位于爪哇岛西部的王国。自从葡萄牙人侵占马六甲之后，许多商人从马六甲跑到万丹，因而苏门答腊西部沿岸海运变得重要起来。前来万丹进行贸易的有胡荣辣、波斯、中国、土耳其、庇古（缅甸南部）、羯绫伽等商人，万丹因此而繁荣起来。17世纪中叶，万丹便成为一个相当强盛的王国。1651年苏丹.阿根即位。苏丹.阿根的意志是非常坚定的，他图谋恢复万丹的广大领土，把荷兰人逐出巴达维亚。但是他的儿子苏丹.哈只则准备同东印度公司媾和，并得到东印度公司的支持。之后，荷兰东印度公司左右了万丹的王位继承，1752年东印度公司和他一手扶植起来的苏丹订立条约，将万丹沦为公司的属国。
苏门答腊北部的亚齐王国，也因马六甲落入葡萄牙人之手后日益兴盛起来。亚齐苏丹玛尔混.玛科达.阿蓝执政时期，管辖着苏门答腊西岸直到英德拉甫拉。亚齐苏丹继续以前亚齐和葡萄牙及柔佛的斗争，并征服了阿鲁等地和柔佛的首都巴都.沙哇尔，在苏门答腊东岸东部建立了势力，保持着政治上的独立。
荷兰对印度尼西亚群岛各王国的征服，使印度尼西亚群岛东部许多王国削弱，荷瓦等王国趁机强盛起来。面临望加锡海峡的荷瓦王国变成了香料走私贸易的中心。荷兰东印度公司经过长期包围，夺取了荷瓦的首都，迫使荷瓦苏丹于1667年11月签订了《邦海条约》。
荷兰人控制的东印度大公司真正实行经济掠夺，却让众多从事商业的华人背负操纵经济的恶名。在西方势力到达东南亚之前，华商在东南亚的地位一直很高。荷兰人把反荷的情绪转移给华人，以坐享渔人之利。因此，印尼华裔成为利益集团斗争的代罪羔羊。荷兰人巩固了它在爪哇的地位后，组织了许多次骇人听闻的对华侨的屠杀。据印度尼西亚史书记载：荷兰总督下令搜查巴达维亚城内中国人的住宅。这次搜查演变成屠杀、抢劫和四处放火焚烧，甚至在医院里的中国人也惨遭杀戮，这种情况大约继续了十天之久，一万多尸首横陈街道。荷兰总督甚至亲自下令把被捕的中国人一概杀死，同时将医院里的中国人拖出来，让暴徒打死。此外，他还出布告：凡在城外杀一中国人的给赏银两个“杜卡特”。当首都已无可再抢再杀的华侨时，荷兰东印度公司就力图把这一个星期的流血事件描述为当地居民的自发行动，假仁假义地对那些愿意回到巴达维亚的华侨宣告大赦。一些逃亡的华侨回来被迁到个别的华侨住宅区去，而许多幸存的华侨则看穿荷兰人的动机，他们组织起来，和爪哇人一起起义。起义者将南旺地区和其他一些城市中的荷兰人全部杀死，并且包围了三宝垅，加达梭拉的荷兰人也陷入危险状态中，分布在该地的荷兰驻军被缴械，荷兰的军官则被杀死了。起义军还攻占了首都，赶走了苏苏胡南巴古.布窝诺二世。由于华侨与爪哇人之间有嫌隙，在关键时刻形不成拳头，终于被荷兰军队接连打败。