荷兰在印度尼西亚暂时得手，但它在远东却遇到猛烈打击。荷兰海军泛滥远东海面，在其窃据中国的台湾筑寨屯军，四出掳掠，拦截贸易商船，杀人越货。1661年，郑成功率领舰队收复台湾。郑军拥有大小船只15000艘，其中许多大船，每艘配有大炮40尊。郑军战士10万人携发射40—50磅炮弹的加农炮百尊，还有更多的野战炮于同年4年1日在安平登陆。起初，荷兰强盗十分轻视郑军，嘲笑他们是“扇扇子的人”。郑军三板船吃水远比荷船为浅，炮手技术熟练。荷兰殖民军300人前去阻挡，统统被郑成功的军队斩杀，侥幸游泳逃脱者只有一二个人。郑军向敌方嘉坎炮台发动进攻，三天后，迫使敌人60名举手投降，并在其港内烧毁荷兰殖民者船3艘，夺取1艘。郑军对荷兰殖民者日夜不停地进行轰击，摧毁了敌人的所有碉堡，加农炮把荷兰的驻军司令也打死了，最后终于迫使荷兰投降。
这一时期，欧洲发生了巨大的变化。英国崛起，同荷兰、法国在世界范围内展开了殖民战争。在十七世纪下半期三次英荷战争中，荷兰霸权被摧毁。西班牙王位继承战争之后，荷兰已沦为第二流的殖民强国。到18世纪初期，荷兰东印度公司虽然在印度尼西亚尚有一定实力，可是在英国攻击下，已越来越力不从心。英国继在世界各地频频得手的同时，正一步一步地侵入印度尼西亚。
由于荷兰海上贸易的发展对英国资产阶级垄断造成障碍，之后荷兰支持北美英国殖民地独立而使第四次英荷战争爆发。1780年，英国向荷兰宣战。英国对美国作战的同时，还必须派遣舰队和兵力到北海、地中海、加勒比海、印度洋去抵御法国、荷兰、西班牙的袭击。在印度尼西亚，英国舰队轻而易举地占领了荷兰在印度东海岸的据点、苏门答腊巴东要塞和商馆，仅英国在苏问答腊西海岸所得到的战利品，价值就达50多万个佛洛林。荷兰人虽然得以保有锡兰岛，但英国舰队实际上已控制了欧洲与印度尼西亚之间的海上通道。
荷兰被迫和英国谈判，784年签订的巴黎条约，牺牲了荷兰东印度公司的利益。欧洲战场上法国向荷兰的进军，使荷兰总督威廉逃亡英国。威廉在英国对荷兰控制的殖民地发出不对英国军队抵抗的命令，使英国人轻而易举地夺取了南非洲、印度、锡兰和印度尼西亚许多地点的荷兰人控制的殖民地。巴达维亚被封锁起来了。1811年8月上旬，100多艘船组成的英国舰队出现于印度尼西亚海岸，12000名陆战队几乎没遇到什么抵抗便占领了荷兰人控制的巴达维亚（今雅加达），荷兰总督杨申斯被迫签了降书。至此，印度尼西亚的荷兰属地都成了英国的战利品。但荷兰人并不死心，力求利用复杂多变的国际局势在印度尼西亚复辟。
1942年1月至3月，日军队在爪哇海打败了荷兰海军少将杜尔曼指挥的美、英、澳、荷四国的联合舰队，同时于2月攻占新加坡，该月，日军空降部队降落在苏门答腊的巨港机场，占领了巨港和邦加岛，3月又攻占雅加达。荷兰军队宣告投降。自此，日本控制了印尼群岛，直至1945年8月15日无条件投降。
印尼在殖民时代之前，从没有出现过统一国家。在荷兰，日本相继占领之后，1945年，印尼以一个整体的面目独立。卷土重来的荷兰人则试图通过建立15个联邦区，成立“临时联邦政府”，以期和新生的印尼分庭抗礼。但共同的利益和相似的信仰，促使这些联邦区纷纷解散，并于1950年，一起并入印度尼西亚共和国。
华人移居印尼一带的时间至少可以追溯到唐朝末年，也就是说，有上千年历史。移居的华人分布在千余个大大小小的岛屿上。印尼是世界上华人华侨最多的国家，华人总数在东南亚排名第二，有600多万，占总人口的12%。在3000万海外华人中，大约有800多万生活在印尼，占印尼总人口的3%，华人在东南亚的悲惨遭遇类似犹太人在欧洲遇到的迫害。
到19世纪中叶，单单爪哇与马都拉两地的华人就多15万名，其中吧城华人有五万余人。在20世纪初，居住在印尼的华人已超过100万。与犹太人一样，华人不仅是自己成功的牺牲品，也是地方政治的牺牲品。地方政治又包括两个方面，一是欧洲种族迫害和种族屠杀的传统在东南亚的传播，二是人类普遍具有的暴行倾向在印尼出现。海外华人的遭遇与中国的国力和政策密切相关。数百年来，在海外华人遭到迫害和屠杀的时候，很少有人向他们提供直接的经济及军事支援。
苏哈托是印尼自独立以来的第二任总统，任职长达31年。1965年，苏哈托领导的军方将总统苏加诺推翻，不断曝光的资料显示、美、英和澳大利亚积极参与了苏哈托的军事政变，并支持其对近百万亲共人士的屠杀。1967年苏哈托上台，最后在1998年下台。由于印尼经济多被印尼华人控制，歧视华人变得越来越严重，经过长期策划和准备，苏卡诺颁布严厉的法令P.P.10，宣布严格限制华人商业活动的10条规定：禁止华人在县以下的所有商业活动。强制华人结束小商小贩的生意，并必须离开县以下地区，由此而掀起了独立以来最严重的排华反华浪潮。
自苏哈托上台以来，大大小小发生了十多起排华事件。苏哈托后来为摆脱经济困境，在经济上虽然又放宽华裔的经商限制，在政治上却对华裔实行一系列更加严厉的“强制同化”的政策。扼杀作为印尼公民的华裔在其他领域的权益，扼杀其平等的公民权。例如：禁止华裔参政参军、关闭华文学校、限制华裔进大学、严禁使用华文；华裔要放弃华文姓名，用印尼文改名换姓，并在华裔居民证上打上“非原住民”记号等等。进一步把华裔族群与其他的族群对立起来。自此，中印交恶数十年，1979年中国改革开放以来，与印尼的关系有所转机，进入到1990年，双方才正式恢复了外交关系。
1960年代后，苏哈托加强了军人统治，推行大爪哇沙文主义，以图强化对各地区的控制，这种武力行动却反而激化了矛盾。首先是亚齐。16世纪开始，亚齐在东印度群岛国家中，一直是最强大的王国，当它周边都先后被西方占领时，亚齐依然维持着独立，直至上世纪初，才正式被荷兰征服。
亚齐地处印尼最西部，人多属马来族，面积5.73万平方公里，人口约500万，其中穆斯林人口占90%。1945年开始的独立运动中，亚齐的宗教领袖一直在支持印尼共和国，然而当印尼统一国家建立后，亚齐原先的自治省地位却被取消了，并入北苏门答腊省，这引起当地人的极度不满，虽然此后亚齐再度获得自治地位，但1970年代后的军人统治，使双方矛盾加深，并酿成后来的“自由亚齐运动”。
“自由亚齐运动”从1970年代中期成立之日起，就要求在亚齐独立，并不断与印尼政府军发生武装冲突，长期以来，印尼历届政府都坚决反对亚齐独立，并对其武装进行军事打击，数十年来战火不断。2004年12月，印度洋大海啸，几乎将亚齐省西部沿岸摧残殆尽，夺走数万人命。印尼政府与“自由亚齐运动”领导者达成停火协议。2005年，“自由亚齐运动”在谈判中同意放弃独立要求，正式签署和平协定。“自由亚齐运动”士兵上缴了武器。
相比较亚齐，“自由巴布亚运动”的态度更为坚决。“自由巴布亚运动”爆发于印尼的最东段——巴布亚省（伊里安查亚省）。巴布亚省位于印尼最东边，是世界第二大岛——新几内亚岛（伊里安岛）西半部分，也是印尼面积最大的省，土地面积三十余万平方公里，占印尼国土面积16.7%，人口两百余万。
与亚齐一样，巴布亚省原为荷兰的殖民地，被称为荷属新几内亚，于1961年获得独立。1963年印尼以军队威胁，迫使当地政府接受印尼军政府的接管。1969年8月联大决议，正式并入印尼。然而当地的土著美拉尼西亚人中99%信仰基督教，与以伊斯兰教为主的印尼格格不入。自1960年代开始，巴布亚独立组织从未停止分裂活动，尤其是同种族的巴布亚新几内亚和同一信仰的澳大利亚，都在暗中支持“自由巴布亚运动”。虽然2001年，根据巴布亚新几内亚和印尼达成的谅解协议，巴布亚新几内亚关闭了在其领土上的分离主义者基地，但独立运动并未就此中止。
巴布亚省经济发达，1998年巴布亚人均GDP仅次于雅加达和东加里曼丹。为拆解独立运动的实力，印尼政府仿效荷兰人，于1999年试图将巴布亚省（伊里安查亚省）三分为西、中、东三省，但当地议会抵制了这个决议，并于2001年宣布正式改省名为巴布亚省。
马鲁古省存在的问题与巴布亚相似，马鲁古位于印尼东部，在苏拉威西岛和巴布亚岛之间，由多个小岛组成，总面积5.4万平方公里，总人口两百余万，安汶是首府。在该群岛上，穆斯林与基督徒人数相当。居住在马鲁古北部的穆斯林大都经商，生活比较富裕，而南部的基督徒则从事农业和渔业，生活贫困。在独立时期，荷兰人用马鲁古安汶的基督徒对抗爪哇人和穆斯林。1949年荷兰人离开，安汶基督徒宣布成立“南马鲁古共和国”，第二年被苏加诺的军队打败，并入印尼共和国。1999年马鲁古省最终南北分治为两省。但岛上不同教派的暴力冲突却从未中止，独立的呼声丝毫不弱于巴布亚省。
除了亚齐，巴布亚省，马鲁古省的分离势力外，印尼还曾有过东帝汶问题。东帝汶面积1.48万平方公里。人口约百万。有十多个民族，其中78％为东帝汶土著人，20％为印尼人，2％为华人。居民中90％以上信奉罗马天主教。16世纪以前，帝汶岛曾先后由以苏门答腊为中心的室利佛逝王国和以爪哇为中心的满者伯夷王国统治。从16世纪初开始，葡萄牙，荷兰，英国的势力都曾控制过该地。1859年，葡萄牙和荷兰签订条约，重新瓜分帝汶岛。帝汶岛东部及欧库西归葡萄牙，西部并入荷属东印度（今印尼）。1942年日本占领东帝汶。二战后葡萄牙恢复了对东帝汶的控制，1951年名义上改为葡萄牙海外省。1975年葡萄牙同意东帝汶举行公民投票，实行民族自决。东帝汶内部因政见不同引发内战。同年12月，印尼趁机出兵侵占了东帝汶，于1976年宣布东为印尼第27个省。1975年12月联合国大会通过决议，要求印尼撤军。在东帝汶境内，东帝汶独立革命阵线发动游击战，利用山地森林茂密的有利条件与印尼军队做战。
据联合国的报告，印尼军队在占领东帝汶24年间，造成数十万平民死亡。在内外压力下，印尼于1999年1月同意东帝汶通过全民公决选择自治或脱离印尼。当年8月30日，东帝汶在联合国主持下举行全民公决，45万登记选民中约44万人参加了投票，其中78.5%拒绝自治并选择脱离印尼。投票后东亲印尼派与独立派发生流血冲突，东帝汶局势恶化，约20多万难民逃至西帝汶。9月，印尼同意多国部队进驻东帝汶。此后，安理会通过决议授权成立由澳大利亚为首、约8000人组成的多国部队，进驻东帝汶，与印尼驻军进行权力移交。2002年5月20日，东帝汶独立。
印尼的廖内群岛省位于新加坡南侧，为自由贸易区。该省共有一千余个大小岛屿，面积2.19万平方公里，人口88万。大部分为华人（潮籍华人达10万）。它不但天然资源丰富，地理位置也十分重要，在马六甲海峡口，新加坡南部，具有一定战略价值。然而华人却从未能在该岛获得自治地位，华人在印尼的次等公民的身份还是没有彻底改变，华语也未获得公正自由发展的地位。
印尼是东南亚成长潜力最大的国家。它成为海上大国的障碍在周边国家。在印度洋方向有印度，在南海有中国，在南方还有澳大利亚。在所有这些地方都有美国，特别是在印尼东北方的西太平洋上。在这个意义上，印尼是海洋上的“中国”。在历史上，印尼受到的外来影响来自西方。早期是佛教，然后是伊斯兰教，最后是基督教的荷兰人，都是从西方而来。但荷兰人传播基督教的努力收效不大。现在的岛屿国家如菲律宾及印尼的形成，都是殖民时代的产物，仍有强大的分裂力量。