饮食中的危害物质主要经消化系统进入人体，一般来说，人通过饮食摄入的危害物质，剂量较低而接触时间较长，接触人群易感性差异较大。
按食物中危害源的性质分类，一般分为生物性危害（主要是微生物及病毒性危害）、营养性危害、化学性危害及物理性危害。现代社会中由于抗生素的使用，大多数食源致病菌的危害能够得到有效的控制，而食源的化学性危害已成为危害人类健康的一个主要因素。
有害的化学物质在短时间内经过皮肤、黏膜、呼吸道、消化道等途径进入人体，使机体靶器官受损并发生功能障碍（包括神经功能障碍、体液功能障碍、代谢紊乱、组织损伤等），导致暂时性或持久性损害，这被称为急性中毒，如氰化钾和硫化氢等引起的急性中毒。
多数食源致病菌的危害都是急性或是亚急性的，可根据人体表现的相应病症来鉴别。人类在预防、治疗食源致病菌疾病方面积累了丰富的经验。我国的城镇居民和受过一定文化教育的人，都具备一定的防御“食源致病菌危害”的知识和判断能力。所以，尽管“食源致病菌危害”的发生率很高，除毒蘑菇以外，往往不会对患者生命健康构成严重危害。
由病菌和病毒引起的食物中毒，如痢疾、肠炎、毒蘑菇伤害、生扁豆中毒、饮酒过量、食物中甲醇和甲醛含量超标等都是急性伤害。急性伤害一般都会有特别明显的症状，容易辨别原因，因而可以采取正确有效的防御措施。
人体在摄入某种有害物质较长时间后才会出现的伤害称为慢性伤害。引起慢性伤害可能是因为机体对危害物质吸收缓慢或危害物质在作用前需经代谢转化??绝大多数食品危害成分引发的健康问题是慢性伤害，如癌症，糖尿病，高血压，高脂血，内分泌、营养和代谢疾病，消化系统疾病，泌尿系统疾病。
据卫生部疾病预防控制局局长齐小秋在2008年4月29日卫生部召开的专题新闻发布上介绍，脑血管病、恶性肿瘤在我国居民死亡原因中排在前两位，分别占死亡总数的22.5%和22.3%。据卫生部公布的2006年城乡居民主要死亡原因统计显示，因患恶性肿瘤，脑血管病，心脏病，内分泌、营养和代谢疾病，消化系统疾病，泌尿系统疾病等与饮食密切相关的疾病而死亡的人口占总死亡人口的80%左右。也就是说，全国每年有500万人死于饮食危害引起的疾病上，其中主要是化学类食源危害促发的疾病。
食物中的每种成分对人体健康有害与否，会因摄入量的多少而发生质的转换。同时，每个人因体质差异对各种摄入物质的排解能力差异较大，对摄入的有害成分的耐受性差异很大。每个人对各类危害物质都有一定的耐受阈值。低于耐受临界值，人体不会有任何伤害症状；而任何成分一旦高于人体的耐受临界值就会对人体产生伤害作用。饮食引发的伤害作用，有时会产生可察觉的症状，但未必每个人都会有感觉，很容易被忽视。如一些食源性的饮食伤害症状，常常被习惯性地认定为上火、着凉等，人们一般不会太在意；而频繁的饮食性伤害会导致严重的病变。日常生活中，有时也会因饮食而引发急性物理性损伤，主要是由高温或低温食物引发人体生理机能伤害。
现代社会中，化工品生产与应用的泛滥，以及化工方法在食品原料生产与食品加工中的滥用，越来越严重地威胁着人类的健康与生命安全。北京市食品安全办公室在2008年1月至7月的食品安全监测中，共查出180多个种类批次的食品存在突出的质量安全问题，已强制销售单位将这些产品下架；其中超过90%的食品含有禁用的化工品（偶氮类有机染料、甲醛等）或是添加剂含量超标，而无一例是生物性的危害问题。这更加说明，严格监控食源性化学危害，在食品安全管理方面有极其重要的意义。
如果有关部门能像对待生物性危害那样，高度重视、强力推进食源性的化学危害研究，并积极地建立相应的科学防御体系，必将能够极大地改善我国居民的健康状况，大幅减少百姓的医疗支出，也将显著地改善因病致贫、因贫致病家庭的生活水平。