食品生产者、食品质量与安全监管者、消费者这三方因素，都会影响社会食品安全的总体状况。食品生产者为追求利润最大化、成本最低化，而忽
视对食品质量的管理，甚至故意使用假冒伪劣的生产方式，是导致食品安全状况不佳的一个主要根源。食品质量与安全监管法规、管理体系建设，以及消费者对食品安全的认识、素质、习惯等因素也是决定食品安全水平的重要因素。除此以外，我国食品安全管理还面临很多特殊问题。
1.食物种类多样性及加工方式的多样性，导致食品安全监管困难
我国是世界上食品种类最多、日常饮食加工方式最多的国家。饮食文化丰富多彩，加工制备方式多样，工艺变化无穷，这些特点使得安全标准的制定极其困难，同时也使风险评估与安全监管工作困难重重。
2.餐饮与食品加工经营户规模小、数量多，对监管的人力需求大
中国食品生产加工企业45万多家（2007年数据），其中10人以下小企业、小作坊35万多家；个体餐饮经营户有276万家（2004年数据）。
2006年全年卫生部门检查各类餐饮单位和学校集体食堂204万余户次，平均每户的检查不超过一次。对于这么多的经营者进行监管，其难度可想而知，所需的人力、财力也极其巨大。
众多的个体餐饮经营户、小企业、小作坊，还有数量巨大的有照经营或是无照经营的摊点，往往是食品安全监管的难点。
3.饮食经营者守法意识淡薄
餐饮与食品加工经营者，特别是小型的个体经营者，守法意识淡薄，违法活动猖獗。以啤酒的生产为例，仅在2008年3～7月，全国各地媒体曝光的啤酒假冒伪劣事件就有30多起。
无论是在城市，还是在农村，暴力抗拒管理的行为普遍存在，这些问题都不同程度地增加了食品安全监管的难度。
4.尚未建立完善的监管机制，缺乏科学有效的管理措施
目前由农业、质监、工商、卫生与防疫等多个部门分段管理的食品安全管理体制存在很多弊端。有时因为部门之间的利益冲突，一些部门之间的监管措施也是矛盾或是互相牵制的。缺乏全面统一管理，更缺乏有效的监督管理措施。
一位工商工作者在网上以《凭什么要我们为食品安全陪葬》为题写了一篇文章，表达了一个基层工商人员的困惑、迷茫，他在文章中认为“基层的工商监管目前将最主要的精力放在收费、罚款上，他们千方百计、不择手段（甚至放水养鱼）地完成上级层层下达的上缴任务”。同时，基层工商单位也缺乏有效的技术手段来辨别食品的安全与质量，只能通过查看包装标志是否齐全断定食品是否存在问题。这种监管方式连最低级的造假都难以防范。另外，在对众多的无照无证经营者的管理中，还要时刻受到人身安全的威胁。在这样的状况下，如何能够保证市场销售食品的安全性？虽然这位工商监管人士的表白可能带有一定的负面情绪，但确实从一个侧面反映出我国食品安全管理中的现实困难。
5.食品的过度加工，往往会引入过多的健康危害因素
食物原料，随着加工程度的增加，其中的营养成分会不断流失，与此同时，食物潜在的危害性也在增大。在将食品作为终端产品的农副产品综合开发利用时，应当特别注重危害因素的排除。农副产品原料中有害成分含量往往很高，包括原有的、杂质中的、存放时霉变产生的各种危害成分。
在食品原料生产与加工贮藏中，对生物性危害的过度防范，会导致潜在的化学性危害不断增大。有些食物在无包装常温的条件下，放置几小时就会???微生物繁殖导致食品腐败变质。而人们利用现代加工技术，可以将同类产品保质期延长上千倍。延长食品保质期的一个关键点是如何有效控制腐败菌的生长。在最大限度保持食品原有风味品质的前提下，防腐技术工艺往往都离不开多种化学措施的应用。食品保质期越长，对食品原料、设备器具以及包装材料的消毒措施就越苛刻；食品受到化学危害成分污染的概率也越高。同时，随着保质期的延长，往往还要依赖于化学措施进行“调配”，才能保持食品原有的风味、口感，这样会使食品中潜在的化学危害性进一步增大。
每种食品原料固有的特性不同，防腐保质的措施也各有特殊要求。每增加一种原料成分，就可能使食品的危害风险提高数倍。随着原料种类的增加，保持品质特性所需的控制工艺难度也要增加，引入化学危害成分的风险性也随之增加。
人们接受了这些技术手段带来的好处，并不断对技术抱有更高期望的时候，却忽视了这些技术的应用对健康带来的危害。从农药、兽药、激素的应用，化学添加剂的使用，消毒剂的使用，到包装材料的使用，都存在潜在的危害问题。有些技术手段的应用，只有在严格的控制条件下，才能保证食品的安全性。
6.食品安全研究的欠缺
由于种种原因，直接针对我国国情和我国居民饮食制备加工特点、饮食习惯与构成特点的饮食安全研究，还没有受到科技投入决策部门的关注。更缺乏对“疾病发生与饮食危害因素关联性”的研究。目前，对饮食与疾病相关性的研究，还主要是以营养为核心，关注的重点问题往往是营养缺乏、营养过剩及营养平衡的问题。从宏观角度看，这些方面的研究意义重大。关注饮食危害问题及其控制技术研究，对提高百姓健康的意义，更直接更广泛。
在我国经济不断发展的过程中，新开发生产的食品种类也花样翻新。随着新技术的应用、生产工艺措施的改变，食品危害问题也会不断变化。而我们对现代食品生产技术发展过程中的潜在安全问题，研究投入很少。
食品制备与加工过程中，食品添加剂、加工助剂之间的相互作用，及其与食品原料成分的相互作用，常常会产生有害的衍生物，或是使无毒无害的成分转变成具有毒害性的成分。我国在这方面的科研投入，几乎还是空白。
这些方面的研究欠缺，使得食品安全管理缺乏全面可靠的科学依据，因而也使食品安全监督部门的监管作用受到很大限制。
7.食品安全评估的局限性
目前食品与健康的研究中，对某种物质成分的安全性、毒性评估，主要依赖于动物实验的检测结果。而动物实验有很大的局限性。因为常用的实验动物（如大鼠、小鼠、兔子等）与人类的生理代谢特点有很大差异。对动物无毒的，对人却可能有毒，对人无毒的，对动物也可能有毒。一些化学成分虽然经过动物实验是安全的，但只能反映短期的作用和效果，并不能真正反映在人体内的长期、慢性作用。特别是，还无法针对实际生活状况，全面评估某种成分的安全性，例如，还无法排除“个人的体质差异、健康状况差异、饮食摄入的其他成分协同效应”等方面因素的影响。
著名的食品安全专家陈君石院士在《中国的食品安全问题--认识与对策》的演讲中，针对人们对“丙烯酰胺”的担忧、恐惧，就曾表明，目前的研究只能证明“丙烯酰胺对动物是有致癌可能的，但对人不是确证的致癌物”。美国的兽医专家研究证明，虽然国际公认木糖醇对人是安全的食物，但对“犬”却是毒药，会导致狗发生严重的肝功能衰竭而死亡。同样，在动物实验中证明是安全的物质，并不能完全代表对人类是安全的。特别是一些对人具有慢性伤害作用的物质，在动物实验中不一定能被检测出毒害作用。
20世纪60年代发生在欧美国家的“反应停事件”，就是一个代表性的事例。“反应停”（酞胺哌啶酮）在1953年由德国一家制药公司合成，1956年通过临床实验评价，之后推向世界市场销售。这种药物治疗早孕期间的孕吐反应，有很好的止吐作用。尽管上市前，已经通过大鼠、猴子的动物实验和人的临床实验证明，“反应停”对孕妇无明显毒副作用，对人是安全的。但在若干年的实际应用中，却发现这种药物对胎儿具有极强的致畸作用，导致全世界有上万名畸形婴儿出生。这些被称做“海豚胎”婴儿的受害症状表现为四肢缺失和其他多种器官畸变。
所以说，目前的食品安全评估方法还有很多有待完善的地方。一方面，国家和政府需要通过科学研究不断完善食品安全评估体系；另一方面，消费者还必须培养饮食安全的辨别能力，从自己生活的点滴之处做起，对自己的身体健康负责，才能最大限度地规避饮食危害的风险。