内外交困的局面下，郑经冷静应对，以性格论，比较其父郑成功，郑经少了一份刚勇血性，更兼优柔寡断，不是一个合格的军人，但比起郑成功性格偏狭，极爱冲动的缺陷，郑经却更加沉稳睿智，不利局面下，他灵活应对。荷兰人在占领基隆港后，满以为胜券在握，竟狮子大开口，提出只要郑经允许他们割占东平等地，他们就和郑经和平相处，同时郑经必须赔偿之前郑成功收台湾时给他们造成的“经济损失”，如此无理要求，激得明郑军上下大怒，但郑经却深知，此时不是同荷兰人翻脸的时候，他大度的表示愿和荷兰人谈判，并主动释放数百先前俘虏的荷兰官兵，只求对方先别闹。种种和平信号，也让骄横的荷兰人飘飘然了：这个叫郑经的公子哥是个熊包，兵不血刃，他们就可以得到台湾的一切。
因这错误判断，荷兰人并未乘胜追击，反而和郑经达成停战协议，占有基隆港发展贸易，他们的如意算盘，其实和当年一样，先占住台湾的一块地，然后步步为营，顺势扩张，直到把郑经挤出台湾，但世易时移，台湾已经不再是宋克当年到来时的荒岛了，郑经也绝不是熊包。虽然没有郑成功的刚烈，却比郑成功更“阴坏”，荷兰人很快发现，郑大公子使坏了，单就补给来说，基隆周边，荷兰人居然一颗粮食都买不到，因为所有的村镇，都被郑经下了禁令，无论荷兰人出多高价格，都不许卖给荷兰人粮食，这种事，搁在郑成功身上也会这么干，但郑成功一般是强制性的，郑经却不让群众吃亏：荷兰人找你买粮食出多高的价格，政府就出更高的价格补贴你。只要能饿死这帮人。结果，荷兰人被饿惨了。两千多人的补充给养，全要靠船队从巴达维亚来接济，饿的前心贴后心，那是常有的事情。
但对荷兰人“阴坏”，对郑经来说只是权宜之计，实在是因为两面受敌，力不从心。要生存，“权宜”是不行的，还得自己腰杆硬才行。在暂且安住荷兰人的同时，郑经开始了对台湾的全面建设，金门厦门丢了，与大陆的贸易血管断了，那就自己造血，贯彻当年父亲制定的“三大法”，在具体条令上更加细化，比如政府出台资金，给愿意从事工商业的商户扶持，在全岛上下大搞“减税”，尤其是削减对外贸易的税赋，以减轻百姓负担，发展生产。郑成功时代开始的屯田政策，在此时也大为推广，且做出更细致的划分，从荷兰人手中夺来的庄园田地，称为“官田”，是由国家掌握的土地，文武百官开垦的田地，称为“文武官田”，军队开垦的田地叫“营盘田”，台湾的土地制度正式确立了下来，而跟随郑经到台湾的沿海官民，也得到了妥善安置，其中的明朝宗室，由政府划拨土地供养起来，各地官民也广划产业，鼓励生产。特别是为了“发展外向型经济”，明郑政府出台政策，鼓励百姓发展丝绸，制瓷等工商业，给予经济扶持和税赋优惠，在农作物种植上，也鼓励多种经济作物，以给对外贸易“造血”。没过几年，大陆能生产的东西，台湾全都能生产了。物产丰富的台湾，渐成经济强省。
而相比郑成功逮谁揍谁的做法，郑经的外交手腕却更灵活，荷兰人封锁东南亚航线，卡断明郑政权的航路，既然暂时不能与之争锋，那就另辟战场，先是主动通好日本，大力拓展对日贸易，他当政时期与日本的贸易额，比起郑成功时期更是激增，日本唯一的对外贸易港口长崎港，每年进出的台湾船只，多达近百艘，远超明末规模，对荷兰人的挑衅，也大搞“连横合纵”，东南亚海面上又不止你荷兰一家，结果明郑不但和菲律宾的西班牙人发展了友好关系，拓展了盟友，更拉来了一个新帮手：英国人。
此时正与荷兰人打的天昏地暗的英国殖民者，与明郑政权一拍即合，双方签署贸易协定，英国人更向明郑提供火器战船技术，一道打击荷兰人。此举在中国海商的贸易拓展史上意义重大：自郑和下西洋后二百年，中国船队再次进入了印度洋流域。在广交朋友的同时，郑经也没忘了原则：通商可以谈，贸易协定可以签，但主权问题却丝毫不能马虎，比如西班牙人就曾打算浑水摸鱼，以“传教”为名，请求在台湾设立据点，结果被郑经严词拒绝。郑经更知道，多次在东南亚发动排华屠华运动的西班牙人并不老实。因此在与西班牙人的交往中，郑经多次遣使节警告西班牙人，如果东南亚当地的华人遭到了不公正对待，他将采取一切严惩措施，甚至兵戎相见，在那个时代里，他不止是台湾的守护者，更是东南亚的保护者。
郑经的恩威并施，很快收到了效果。内政方面，台湾经济高速发展，屯田大兴，农业产量激增，政府经济储备丰厚，对外方面，占领金门，厦门的清王朝，因水师力量限制，对台湾岛是鞭长莫及的，而多年的苦心经营，也让郑经重建了一支强大舰队，这时期的明郑海军，比起郑成功收复台湾的时候，已经不可同日而语了。那时候的郑成功，主力战船大青船只有两门火炮，比起西洋战舰来实在“袖珍”的可以。而这时候的郑经，却拥有了一支三万人规模的新式海军。尤其是和英国人的通好，使他们买到了此时英国新开发的后膛火炮。
但明郑政权不但能买，更能自己造，郑成功时代起苦心建立的军工生产体系，设在台湾各地的兵工厂，此时也开花结果，当年收复台湾时缴获的荷兰军火，后来与英国，西班牙通商得到的新式武器，在台湾全能自主生产。战船方面，比起当年郑家驰骋东亚的三桅炮船，此时明郑海军的主力战舰，被称为“鸟船”。这个称呼，来自于老对手清王朝，顾名思义，就是在海洋上航行，如鸟儿飞翔一般迅捷。而在后来收复台湾的水师名将施琅的笔下，这种战船不但能飞，更能打，其船体已大于当年郑成功的主力舰“三桅炮船”，每艘船船头上装备有重型巨炮一门，这种巨炮重达三千斤，杀伤力惊人，此外还有大型火炮二十门，中小型火炮一百门，如此规模，已堪称是当时海洋上的巨无霸战列舰。在明郑海军的鼎盛时期，这种巨型炮船的总数在五十艘以上，如此规模，即使对比当时的海洋帝国荷兰，英国，也毫不逊色。
这支海军的成军，也是有个过程的，是在永历十八年郑经败退台湾后，以韬光养晦的方式，经几年苦心经营后终于完成的。到了永历二十二年，腰杆硬了的郑经，终于再次向荷兰人叫板了，他向基隆的荷兰人发出强硬照会，勒令他们限期离开台湾，否则就开打没商量。此时的荷兰人，虽在郑经的“阴坏”下处境艰难，却还是死赖着不走。郑经说话算话，不走就打。是年10月，以刘国轩统军，发动了对基隆荷兰军的攻击，荷兰军本来还想顽抗，但眼见得郑家水师的浩大阵仗后，荷兰舰队司令波特很识趣，连忙表示愿意撤走。10月8日，明郑水师兵不血刃收复基隆，随后立刻拆除荷兰人在当地的城堡堡垒。搞笑的是，撤回巴达维亚的波特，遭到了荷兰东印度公司的怒斥，他们说什么也不相信明郑水师竟有了如此规模，次年一月，一支20艘炮船的荷兰舰队再次出征，然而这次更丢人，荷兰人来到澎湖外海，亲眼看到不逊于荷兰舰队体积的明郑“鸟船”后，居然一炮不放，立刻撒丫子逃命。荷兰人重霸台湾的企图，就这样成了泡影。基隆的收复，是明郑政权巩固统治的一件大事，之后他们不但把基隆变成了重要的贸易港口，更以此为基地西扩，在澎湖列岛设立工事，屯驻海军，成为抵抗清军东进的要地。
而能做到这一切，自然因台湾本岛得天独厚的发展条件，但同样也因郑经本人的才略手腕，因他父亲名声太响，外加他名声太臭，这位明郑政权历史上在位十八年的王爷，有许多才能都是被历史忽略的。他与西方人打交道的灵活手腕了，颇有其父风范，而在另一条能耐上，却比他父亲更强：用人。
郑成功一辈子，也算是个英雄。但这位英雄缺点很多，其中一条，就是不会处理人际关系，他性格偏狭，常因小事动怒，纵观他的一生，也经常发生部下叛变，内部反水的事情。虽有各种原因，他性格的缺陷，却应该是重要一条。
而相比于郑成功，郑经在这一点上显然就强多了，许多史料上都说他“性宽和”，是个平易近人，礼贤下士的厚道王爷。也正因如此，当年郑成功要杀他时，驻在厦门金门地区的郑家部将，不惜抱团反对，甚至要和郑成功兵戎相见。在选人的眼光上，尤其是在选择治理台湾的建设者上，郑经更比他的父亲强，郑成功收复台湾后，他委任的第一批驻台官吏，后来相继发生过贪污，虐民之事，遭到他的严惩，虽然后来许多史料都以此说郑成功治军严明，却也恰证实了他在看人上的缺陷。
郑经在这一点上就好多了。在他败退台湾后，重新整顿了明郑政权的政府机构，尤其是明郑政权的“六部”，更做到人尽其才。其中杨英管户部，柯平管刑部，谢贤管工部，这几个人，都是郑成功时代的文人幕僚，虽早就参政，可那时候的郑成功，委任官吏还是信任那些征战沙场的骄兵悍将，文人幕僚大多是靠边站的，而郑经更懂“马背下治天下”的道理，这几个人里，杨英是早期台湾屯垦时期的重要人物，早在郑成功收复台湾，在当地屯田的时候，他就曾多次献计献策，尤其是他建议设立互市，消弭民族界限，发展高山族经济的主张，对台湾本土的民族融合影响深远，台湾地区屯垦的细节性条令政策，大部分也出自他手，到了郑经时代，他终于获得重任，成为明郑政权的财政部长。