在一次禁宫谈话中，朱元璋曾对自己屠戮功臣、分封诸子以藩卫王室的做法深以为是。他对皇长孙朱允炆即后来的建文帝说：“我把防御胡虏的任务交给你的诸位叔叔了，以后边境上相安无事，你就可以做一个自由自在的皇帝了。”朱允炆没有盲目乐观反而一脸顾虑地望着年迈的祖父说：“胡虏不靖，诸王除之。诸王不靖，谁又去抵御他们呢？”应该说，朱允炆看得很准，爷爷的确为他拔除了一些荆棘上的利刺，但同时他又种下了另一些更为锋利的。下一个秋天，当最后一只大雁南飞的时候，他的孙儿会替他收下那一树耀眼的荆棘。这是一个悖论也是一个事实。朱元璋穷尽一生亲手开创的这个庞大的帝国就像是武侠小说中的传奇武器铁蒺蔾，无论你怎样丢，朝上的一面总会带有利刺，刺伤后来者的马掌。
对策根据相关资料，晚年的朱元璋也意识到了问题的严重性，并且做出了一些相应的补救措施，但那时候他已经老了，是真的老了。早在洪武二十五年（1392年），皇太子朱标死的时候，他一边抚摩着孙儿扁平的头颅，一边说：“吾老矣！汝独不怜我哉！”这个时候，诸王尾大不掉之势已经形成，更加棘手的是诸王在长期的军事斗争中积累起来的经验、人脉，锻炼出来的胆识、谋略是永远无法逆转的。其中尤其值得一提的是受封北平的老四——燕王朱棣。这位老哥不仅兵精将强，实力雄厚，而且老谋深算，颇具野心。
明人郎瑛的《七修类稿》卷十《御对》记载了这样一件事。有一次朱皇帝与众儿孙在宫中观看跑马游戏，朱皇帝触景生情，遂出一上联“风吹马尾千条线”要众儿孙对下联。皇长孙朱允炆对的是“雨打羊毛一片毡”；而燕王朱棣给出的下联竟然是“日照龙鳞一片金”。
燕王这一对“颇合圣意”，朱皇帝很是高兴，认为这个四小子像自己，以至于在洪武二十五年，皇太子朱标死后，在确定新的王朝继承人的问题上《太宗实录》出现了这样的记载：
戊寅（太子死后第二天），上御东角门召廷臣谕之曰：“朕老矣，太子不幸，遂至于此，命也。古云：国有长君，社稷之福。朕第四子（燕王朱棣）贤明仁厚，英武似朕，朕预立天子，何如？”而据同一本书记载，在之前他与皇后马氏的对话中也说：“诸子中，燕王仁孝，有文武才略，能抚国安民，吾所属意。”但可以肯定地说，后一则材料纯粹是后人的伪造，因为朱元璋的皇后马氏卒于洪武一十五（1382年）年八月初十，而太子朱标卒于十年之后的洪武二十五年。
在当时太子尚在而且并无夭折征兆的情况下，雄才大略如朱元璋者绝不可能说出这等没来由的话，那么可能的话答案只有一个，即朱棣登极之后为了显示自己继承皇位的合法性而特意命人制假贩假，赔道德的成本以赚取天下人的吆喝。但前一则材料却在很多文献如《明史纪事本末》、《明史》中都有体现。从情理上推测，在当时朱允炆年仅16岁，而且过于仁弱的情况下，朱皇帝的确有可能从老朱家长远利益出发，在继承人问题上出现犹豫。那么，当朱元璋把这一棘手的问题抛给廷臣，他们又是如何处理这个老皇帝亲手掷出的这个仙人球呢？
据《太宗实录》记载，当时的东角门大会气氛异常紧张，随手抓下一把空气都可以拧出廷臣的汗来。与会的所有人都清楚老皇帝的脾气，谁都不愿意冒这个险，拿吃饭的家伙开玩笑。过了半天，还是以耿直闻名的翰林学士刘三吾打破了可怕的沉默。他说：“陛下言是。然置秦、晋二王于何地也？”语气很委婉，但道理却剖析得很清楚，按照儒家“有嫡立嫡，无嫡立长”的原则，老大朱标死后，老四朱棣前头还有两个哥哥。如果把他立为合法继承人，那他的两个哥哥又该摆在什么位置呢？当时的史书记载，朱元璋闻言，沉默良久，“大哭而罢”。胳膊终究还是没拧过大腿！
于是在这一年的九月，朱元璋诏立16岁的朱允炆为皇太孙，作为皇位的法定继承人。按说，生米既然已经煮成熟饭，大伙也应该没什么异议了。但是随着洪武二十八年（1395年）七月，洪武三十一年（1398年）二月，秦晋二王，也就是的朱棣两个哥哥相继去世。事情又一下子又变得微妙起来了。这样的状况不是朱元璋愿意看到的，但对于生死这回事即使你万能如耶稣同志又能做些什么呢？现在老皇帝必须尽快清醒过来，为他的皇太孙，为他穷尽毕生精力的大明王朝做些什么。事实上他也是这么做的。但是面对自己的亲生骨肉他能采取过去用过的老办法吗？他忍心从肉体上一劳永逸地解决对手吗？如果没人愿意走到那一步，那么摆在他面前的路就只剩下一个字了——防！但话又说回来，天下的事防得尽吗？俗话说，不怕贼偷就怕贼惦记。当道高一尺的时候，魔为了混个脸熟自然得跟着水涨船高，魔高了，道也不能坐以待毙，不管是吃增高钙片，还是敲断骨头只要能更高就行。按达尔文的说法，这是一个“物竟天择，适者生存”的过程。按香港警匪片的演绎，这应该是一出经典的《暗战》或者《无间道》。但无论如何，朱元璋还是应该做点什么。
洪武三十一年（1398年），他命都督扬文、武定侯郭英参赞燕王备边，只要智商不低于两位数用屁股想都知道老皇帝葫芦里究竟卖的什么美味佳肴。遗憾的是，由于时间仓促，这一把美味佳肴火候把握得不好。就像冬暖夏凉、老少咸宜的皮蛋瘦肉粥，皮蛋还没煮软，瘦肉却煮老了。闰五月初十，71岁的老皇帝走到了人生的尽头，在留下一份简短的遗诏后匆匆撒手西去，他甚至都没能亲眼见一见他的儿子们。遗诏全文如下：
“朕膺天命三十有一年，忧危积心，日勤不怠，务有益于民。奈起自寒微，无古人之博智，好善恶恶，不及多矣。今年七十有一，筋力衰微，朝夕危惧，虑恐不终。今得万物自然之理，其奚哀念之有。
皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位。内外文武臣僚同心辅政，以福吾民。丧祭仪物，毋用金玉。布告天下，宜登大位，使知朕意。孝陵山川因其故，毋改作。天下臣民，哭临三日，皆释服，毋妨嫁娶。诸王临国中，毋至京师。王国所在，文武吏士听朝廷节制，惟护卫官军听王。诸不在令中者，推此令从事。”
在这篇不到两百字的遗诏里，朱元璋除了总结自己的一生并对后事做出安排外，另有四句话颇为耐人寻味。一是“皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位”，此句再次重申了皇太孙朱允炆的唯一合法继承人地位，说明朱元璋也意识到朱允炆的这一地位存在不和谐因素。二是“诸王临国中，毋至京师”，这句话有两层意思：表面上看诸王防守备边，责任重大，如果此时都齐齐来赴京奔丧，如果敌国乘虚而入事情就不太妙了；更重要的是防备诸王以奔丧为名带兵前来，从而引发不必要的变故。三是“王国所在，文武吏士听朝廷节制，惟护卫官军听王”，此句重申在诸王藩国内的文武吏士依然统属于国家，受朝廷节制，而不得与诸王为伍，架空中央。四是“诸不在令中者，推此令从事”，这一句更是言有尽而意无穷，可以从中解读出多重意思。其中至少有一条，他暗示了对朱允炆皇位构成最大威胁的正是他的那群叔叔们，在这里我不得不再次表示我对朱元璋心思缜密的佩服。但他终究还是去了，他的时代已经结束，现在的这个国家虽然还在姓朱，但屁股后面跟着的却是他的孙子朱允炆。
削 藩五天之后，朱允炆根据太祖遗诏和老皇帝生前的安排即皇帝位。
改明年为建文元年。但是存在的问题并没有随着这次改元和老皇帝的逝世而消失。相反，却比以往任何时候都更加突出了。如果说老皇帝的存在对他的那群儿子们还有一定约束力的话，那么21岁的朱允炆在众叔叔们的眼里还只是一个乳臭未干的大孩子，论年龄、资质他都没有什么特别出色的地方，他凭什么坐在众叔叔的头上拉屎呢？难道仅仅因为是嫡出？朱允炆一定还记得洪武二十五年的那一幕。因为刚刚被册立为皇太孙，按礼仪诸王都必须去南京朝贺。当时，胡子拉碴的四叔——燕王朱棣在大殿上看见面皮白净的朱允炆时，用手在他扁平的后脑勺上狠狠拍了一巴掌说：“嘿！小子，想不到你还有今天。”
这则故事记载在明人沈德符的《万历野获编》里。虽然事情略微有些夸张，但体现的东西应该跟真实的情况不会有太大出入。据《明史》记载，当年黄子澄还在宫中陪皇太孙读书的时候，一次，二人就在宫中的东角门讨论过削藩的问题。以至于后来在建文登基后还把“东角门谈话”当作摩斯密码来使用，提醒黄子澄道：“先生，忘了当年的东角门对话吗？”黄子澄答道：“臣不敢忘。”于是一场紧锣密鼓的削藩运动便有条不紊地酝酿实施开来。
后来发生的事，胜利者把它定性为“靖难”。由于这一战争本身跟本文并无多大关系，在此不做展开。只略微叙述一下战争的几个阶段。
靖难之役大体可分为四个阶段，第一阶段以老将耿炳文的出征为标志，这一阶段双方互有得失，耿炳文虽没能完全击溃燕军，但燕军也没能从这位以防守著称的老将手上抢走多少便宜。在这个时候，朝廷的一个错误决定使战事来了个360度大翻盘。这个时候战争进入了第二阶段，这一阶段，建文帝的重要谋士、削藩积极分子黄子澄错误地向朝廷推荐了一代将门之后——曹国公李景隆，李景隆乃开国元勋李文忠之子。事实证明这世界上有太多的赵括，这位靠着祖上荫庇的曹国公不仅无才而且无德，他甚至都不如赵括，真是可惜了他死鬼老爹那一世英名。朝廷让这位仁兄率领50万大军北伐，但是在狡猾的朱棣面前，他的豪言壮语像窗户纸一样一捅即破，50万人几乎全军覆没。
燕军取得了空前的胜利，乘势南下，但出人意料的是在山东境内他们遭遇了顽强的抵抗。铁铉和盛庸的出现让对战事早已萎靡的建文帝眼前一亮，于是任命此二人，统帅大军。随着这次换将，战争进入了第三阶段。俗话说，三个臭皮匠，抵个诸葛亮。但很多时候三个诸葛亮绑在一起还不如一个臭皮匠管用。铁铉和盛庸的出现虽然止住了败势，但是要想完全扭转战局又谈何容易，这一阶段，朱棣手下的猛将朱能战死，双方相持不下，战事进入焦灼状态。但是很快，燕王运用他的聪明才智打破了僵局，他像三国名将邓艾那样选择了另一条走向辉煌的道路，他避开铁铉、盛庸固守的坚城，强渡淮河，之后又成功地跨越长江天险，神不知、鬼不觉地屯兵于南京城下，继而以镇江为依托，里三层外三层把南京城围了个水泄不通。这个时候留给建文帝的时间不多了，而这样的结果也足以让所有人大跌眼镜。
下落1402年即建文四年，六月十三日，谷王橞和曹国公李景隆打开京师北向的门户——金川门，接着，如潮的燕军涌入城内。朱棣兵不血刃地占领了南京。正式宣告这场朱氏两代人之间长达四年的皇位争夺战以侄儿朱允炆的彻底失败而告终。但是，令胜利者叔叔朱棣高兴不起来的是，侄儿突然间下落不明。《明史》这样记载当时的那一幕，“谷王橞及李景隆叛，纳燕兵，都城陷，宫中火起，帝不知所终。”
俗话说：活要见人，死要见尸。朱棣非但没有看到侄儿其人，就连见到的尸体也被烧得焦黑，真假莫辨。这自然给后人留下了极大的想象空间。以至在三百年后，张廷玉主持编修的《明史》里也搞不清这究竟是怎么一回事。于是几说并存，在确定“不知所终”后又继续写道：“燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。或云帝由地道出亡。”在这短短的28个字里又指出了另外两种可能的下落：
一是焚死宫中说。据《太宗实录》记载，在燕王进入金川门后，建文帝也曾想过出来迎接燕王，然而又感觉无颜以对，自叹道：“我何面目相见耶！”于是与马皇后一起闭宫自焚。这时，匆匆往皇宫方向赶的朱棣“望见宫中火起，急遣使救之，可惜没来得及。几个手脚麻利的太监从灰烬中找出来一具烧焦的尸体，朱棣看后不胜悲戚，抚尸痛哭，说：“果然若是痴呆耶。吾来，为扶翼尔为善，尔竟不谅，而遽至此乎！”照这种说法，朱允炆是闭宫自焚无疑了，然而从朱棣继位后大肆篡改《大祖实录》的前科来看，他不是没有对修起居注的太监施加压力的可能，另外也不能排除史官有意讨好朱棣或者根本无法秉笔直书的事实。正所谓“正史不正，实录不实”是也！至于，之后的皇帝为何缄默不语原因大致有三：首先，这些皇帝均是出自朱棣一系；其次年代久远，难以查考；再次，谁也不可能傻到说自己从先祖那里继承下来的皇位是先祖昧着良心篡夺别人的。
另外，据《实录》记载，建文帝是与马皇后一同自焚的，但事后马皇后的尸体得以辨认，为何独独建文帝的尸体存在疑问呢？这里有两种可能：一，尸体的确有问题；二，时人怜悯建文之结局，故意妄说。在这里还必须插一句，当时失踪的皇族成员，并非建文帝一人，皇长子朱文奎也不知所踪。至于朱棣对着那具无名野尸的一顿大哭，则完全是一场脱光屁股的政治秀，“孔明哭周瑜”，“司马昭之心，路人皆知”。当时的情况是，早在朱棣不战而屈人之兵于南京城下的前夕，建文帝就已派出自己最得意的干将——齐泰、黄子澄去四处募兵勤王了。此时虽然都城被攻破，但各地的勤王之师依旧蠢蠢欲动，向京师方向聚集。朱棣这一闹一哭无异于站在官方的立场上宣布建文帝已死。这一来自然冷了勤王众人的心，既然连所勤之王都呜呼哀哉了，大伙还来蹚这趟浑水作甚？朱棣果不愧老谋深算，心机过人，接着他又接受王景的建议“备礼葬建文君”并“遣官致祭，辍朝三日”。勤王之师一见，闹来闹去原来是这结果，便各自散了。天下就这样落入了朱棣的股掌之中，传檄而定也就是顺理成章的事了。
至于说到那具快烧糊的尸体是不是建文帝本人，已经不重要了，重要的是朱棣已向天下宣布他就是建文帝了。在人体没有配备黑匣子，尚不知DNA为何物的15世纪，皇上说是那就是了。正所谓“春来我不先开口，那个虫儿敢做声”。更何况，是非这东西当不得饭，说不准，面对着一大桌美味佳肴，你突然想起那具烧糊的尸体，还会作呕呢！你死鬼老爸在的时候，我们缴税；你侄儿在的时候，我们缴税；你来了，我们眼前的路也就那一条——缴税！诚如几百年后康熙大帝在一次巡视边防的时候，问接待他的陕甘总督：“你们汉人出了那么多的名人、才子、大学士，为什么还被我们满州人夺取了江山？”陕甘总督的回答很有点味道，他说：“臣想不转这些事情！”