“这是迄今为止历史上--不仅是希腊人历史上，而且是大部分异族人世界的历史上，甚至可以说是全人类历史上--规模最大的一次骚动。”修昔底德在《伯罗奔尼撒战争史》上的开篇记。
即使在伯里克利的时代，强权政治依然是存在的，任何一个城邦想退出提洛同盟，必然会受到雅典的惩罚，惩罚往往是军事进攻，所以当一个城邦退出提洛同盟时，它必然要找到一位新盟友，这个盟友只能是斯巴达。斯巴达建立的是伯罗奔尼撒同盟--斯巴达位于伯罗奔尼撒半岛上。提洛同盟与伯罗奔尼撒同盟之间的矛盾，就是雅典与斯巴达的矛盾。
希波战争后，雅典和斯巴达之间的冲突时有发生，但真正的战争在前431年开始。伯罗奔尼撒战争的第一阶段“十年战争”，时间发生于前431年至前421年：前431年，斯巴达国王的使者被驱逐出雅典城，斯巴达国王颁布战争动员令，得到响应，伯罗奔尼撒半岛的步骑兵3.5万人远征雅典，而雅典拥有1.3万名重装步兵，诸城邦守军1.6万人，骑兵1.2万人，并有三层桨战舰300艘；前430年，斯巴达步步为营，逼近雅典城，每攻陷阿提卡半岛一处城池即毁城，但雅典的外交和经济没有受到任何影响，色雷斯和马其顿的城邦表示支持伯里克利；前429年，雅典发生瘟疫，首席将军伯里克利辞世；前428年，战争开始在整个希腊城邦中燃烧，提洛同盟的普拉提亚城陷落，斯巴达人屠杀了数百名普拉提亚人和雅典人，剩余人则沦为奴隶；前427年，希腊所有城邦均爆发或大或小的革命，以城市平民为主的民主派要求城邦站到雅典人一边，得势和失势的贵族派，则必须依靠斯巴达的支持才能获得在城邦里的统治权，修昔底德所描述的“骚动”指的正是这一年在希腊城市里发生的革命；前426年，略占上风的雅典再次受到瘟疫袭击，约有4400名步兵因瘟疫死亡；前425年，雅典攻占了伯罗奔尼撒半岛东北部的科林斯城，科林斯是伯罗奔尼撒半岛最重要的城市之一，叙拉古就是科林斯的海外殖民地；前424年，聪明的斯巴达将军伯拉西达派出间谍，里应外合夺回了科林斯，另外，伯拉西达提出了“解放希腊”的口号，他禁止对任何被斯巴达攻占的城市进行屠杀或报复，因为“我们都是希腊人”。
雅典被伯拉西达的胜利震撼，他们宁愿遇上一个凶残的斯巴达国王，也不愿意面对温和的伯拉西达，提洛同盟已经厌倦了战争，很多城邦都想停战，也愿意与伯拉西达谈判。雅典人在前423年签订了一年的停战协议。前422年，雅典激进的将军克里昂向色雷斯进军，希望进攻那些在阿提卡半岛北方的伯罗奔尼撒同盟城邦，他拿下了托伦，准备进攻安菲波利斯时，他在山丘上看到城内的斯巴达士兵正在进行动员，于是他下令撤退。城内的伯拉西达率领为数不多的斯巴达士兵发动了突袭，斯巴达的突袭非常成功，但伯拉西达在突袭战中受伤死亡，而克里昂则在回程中被杀死。安菲波利斯一役，雅典死亡六百余人，斯巴达仅死亡七人，但两城的主将都死了，双方无心再战。斯巴达国王普雷斯托安那克斯与雅典将军尼西亚斯在前421年签订和约，双方各自撤出十年战争期间占领对方的土地，交换战俘，并签订了五十年的和平条约，即《尼西亚斯和约》。
前418年，雅典与斯巴达在提洛同盟城市曼丁尼亚附近展开会战，斯巴达大胜，雅典士兵败逃后，斯巴达并没有乘胜追击，这显示了斯巴达人克制着自己的情绪。
前415年，在雅典的公民大会上，十将军委员会中的阿尔西巴德建议远征西西里岛的斯巴达属城叙拉古。首席将军尼西亚斯竭力劝阻，但他受到了阿尔西巴德和其支持者的嘲弄，并被骂为“胆小鬼和卖国者”；整个雅典被阿尔西巴德的好战情绪所感染，男人和女人都在讨论对叙拉古的远征，如果谁敢在公众场合提出否定意见，谁就会被立即扣上“卖国者”的帽子，尼西亚斯被迫闭嘴。
西西里战争在这种混乱的情况下展开，雅典被阿尔西巴德绑上战车，事实证明阿尔西巴德是雅典历史上少有的骗子和混蛋，他在出征前卖掉了雅典城内大量由金银铸造的赫耳墨斯神像，并将这些金银收入囊中。雅典人的远征舰队包括136艘三层桨战舰，5100名重装步兵和1.6万名桨手，大量雅典公民变卖了财物支持这场战争。当舰队来到西西里岛时，阿尔西巴德因为私吞变卖赫耳墨斯神像所得的钱财而受到质询，他立即叛逃到斯巴达，并无耻地告诉斯巴达人，他知道雅典人的防御布置，建议斯巴达人立即进攻阿提卡半岛。
尼西亚斯率领舰队向叙拉古发动了进攻，但因为阿尔西巴德的叛变，叙拉古城内的雅典接应被处死。前414年，雅典军队进攻叙拉古，他们在叙拉古海滩上成功登陆，并希望修建一座城墙围着叙拉古城，这是个聪明的战术，罗马的恺撒就是用这个方法击溃了高卢人。但在海岛上作战的雅典人，并不具备后世罗马人的后勤保障。
在尼西亚斯的要求下，雅典接着又向远征军送来了150艘战舰以及1万余名重装步兵，加上提洛同盟城邦送来的士兵，雅典在叙拉古布置了近5万名步兵。前413年8月，西西里战役达到高潮，尼西亚斯的海军向叙拉古发动进攻，但舰队犯下了波斯人在萨拉米海战中犯下的错误，大量舰船集中在海湾里，被叙拉古和斯巴达联军从海上和陆地进行围攻；步兵在作战中受到了斯巴达骑兵和弓箭兵的进攻。雅典的步兵阵形完全混乱了，他们被敌人的兵器驱赶杀害，死在船上、海滩上和陆地上，还有很多雅典步兵死于同胞的误伤下。9月，尼西亚斯决定投降。在西西里战役中，雅典损失了4.5万人，其中1万余名重装步兵；雅典海军损失了三分之二的舰只。
西西里战役之后，战争还在继续，雅典人已无力与斯巴达人抗衡，阿尔西巴德再次出现在雅典的阵营中，并指挥着海军，雅典的海军战士们竟然还愿意相信他，原因是他在投降斯巴达人后，与斯巴达国王的妻子通奸后又逃出了斯巴达。前405年，斯巴达海军将领来山得在达达尼尔海峡布下陷阱，最终完成了对雅典海军的伏击，在这场战役中，雅典人损失了171艘战舰，雅典的时代在这场战争后结束。
前404年，斯巴达人攻入了雅典城，伯罗奔尼撒同盟中，科林斯以及底比斯城邦要求完全毁灭雅典，但斯巴达人拒绝了这个要求，他们给出的理由是，当希腊即将被波斯人占领时，雅典人用生命捍卫了希腊人对于自由的追求。尽管没有毁城，但斯巴达人提出了苛刻条件，要求雅典交出剩余战舰，只保留12艘战舰防止海盗的侵扰--主要是防止迦太基人的袭击。
伯罗奔尼撒战争彻底改变了整个希腊世界，柏拉图说过，在伯罗奔尼撒战争中，每个城市都是分裂的，穷人们和富人们、平民们与贵族们都在互相作战。战争摧毁了阿提卡半岛平原的农业经济，毁灭了雅典人创造的商业贸易航线。波斯在伯罗奔尼撒战争中获益最多，这个内部日渐腐败的国家依靠着希腊人的内斗顽强地生存着。
前359年，色萨利北部马其顿王国发生政变，腓力从底比斯归国后杀死了自己年幼的侄子自立为帝，史称腓力二世。腓力二世建立了一支强大的海军和陆军部队，步兵装备着4米长的矛和0.6米高的圆盾，组成了马其顿步兵方阵。这支步兵不讲究快速进攻，而是整齐地向前推进，第一排一名士兵倒下，第二排的士兵立刻填补上去。
前338年，腓力二世大胜雅典与底比斯联军，他在胜利后没有洗劫雅典城，甚至没有去雅典接受当地民众对胜利者的致敬，因为“他也是一位希腊人”。腓力二世年仅18岁的儿子亚历山大在战斗中率领一支敢死队骑兵往来冲杀。前337年，腓力二世在科林斯召开了希腊城邦联盟会议，史称“科林斯联盟”。马其顿王国包括了马其顿、伊庇鲁斯以及色萨利。腓力二世在前336年死于暗杀，20岁的亚历山大因此成为马其顿的国王。