故宫收受的捐赠，分为两个部分，一部分是著名瓷器学家郭葆昌先生所赠，一部分是德人杨宁史所赠。郭先生所赠是立下遗嘱，等他过世以后所有个人收藏全归故宫博物院所有。郭先生是瓷器学家，袁世凯篡权的时候，曾命令他到景德镇监制瓷器，按照惯例官员应该只负责监管，可郭先生却亲自到工人中间去，整个制瓷的过程都是全身心地参与。大家熟悉的《三希堂帖》除了当时要被溥仪用铺盖裹出去的《王羲之快雪时晴帖》外，还有两部分别叫作《王珣伯远帖》和《王献之中秋帖》都在郭先生的手上。郭先生过世之后，他的儿子按照先生的遗嘱，将先生所藏文物送于故宫博物院，文物清单里却没有上面的两个帖子。可能是郭子碍于一时不舍，故宫方面也没交涉。后来郭子第一次去台湾便把这两个帖子带去了，再后来又辗转到香港，最后卖回了大陆。德人杨宁史所赠的文物，是精致的商周铜器，其中以铜剑为主，还有五六件“花纹铜内玉援戈”。由于这批文物特别，价值又非常高，故宫博物院决定单独设立陈列室，使其享受其他文物所难有的尊贵待遇。
南京方面，故宫的工作没有北平多，职员的生活却比北平的差。在南京朝天宫库房边上，治山山下，有一块平台，上面立着好些由木桩支起来的活动铁皮房，木桩较高，孩子们可以在里面来回地钻，屋内没有天花板，这些房子冬天冷夏天热，故宫在南京的工作人员就住在里面。工作上主要就是修缮朝天宫的库房，日据时由于改成伤兵医院，库房里原有的通风防潮保温等设备被拆除，一二层上又开凿了窗户，现在要把所有设备重新安装，封堵一二层的窗户。库房后面的保险库，年久失修已经不能再用，若要勉强再用，非得铲平上面的土，工程量太大也就放弃了。
其他的工作，一件是被日本人转移到北极阁的文物的处理，一件是改朝天宫各殿宇为陈列室。北极阁的文物工作，主要是挑出来属于古物陈列所的移交中央博物院。当时随着故宫文物一同陷落在南京的陈列所文物一共是112箱，找出后会同转移到后方的陈列所文物一并移交给了中央博物院。改朝天宫殿宇为陈列室的工作并没有做，当时国内形势紧张，国共两党又有战事，殿宇中的崇圣殿被国民党最高法院用作敌伪政要的审问法庭，改建的事情就被搁置了。
这一年春天，中央博物院第一期工程在南京中山门内半山园竣工。位于南京的中央博物院，始建于1933年，是著名教育家蔡元培先生倡议成立的。起先是在南京鸡鸣寺设了筹备处，还未正式开始运行，抗战爆发，中博的文物同故宫文物一道被转移到后方，现在东归回来，于民国三十七年（1948年）5月29日至6月8日，联合故宫博物院一起在中博新馆内举办两院联合展览。故宫博物院由存南京文物中提出历代名画和名窑瓷器，中央博物院展出了殷周铜器、汉代文物、历代帝王像、边疆民族标本和印度名画等。这是抗战后的第一次文物展览，前后累计有十余万的参观者，其中包括国民政府监察院院长、著名书法家于右任先生。开展的第二天，蒋介石同儿子蒋经国在马衡院长的陪同下来到展场，并在司母戊鼎前合影留念。
文物运台
1948年11月6日徐蚌战役打响，蒋家王朝风雨飘摇。由于金圆券的滥肆发放，南京城的物价出现了几何倍的增长，每家的摊铺前必摆着一个牌子，上面写着“目下一言为定，早晚市价不同”。战事越来越紧张，故宫不得不再对文物的安全加以考虑了。
为故宫文物立下汗马功劳的杭立武，此时已经是国民政府教育部的政务次长。对于一个曾亲身经历过文物转运，并且为文物的转运做出卓越贡献的人，站在他的立场，对故宫的文物更是心急如焚。此时国民政府已经走到了危机的边缘，故宫博物院召开理事会，共同商量决策，以确定文物的去留命运。
翁文灏是当时的行政院院长（翁文灏，1889年出生于浙江瑾县，近代中国地质学奠基人之一，中国第一位地质学博士，第一个撰写中国矿产志，编成第一张全国地质图，主导发现及开采中国第一个油田——玉门油田）。这是一位在国内外学术界享有极高声望的学者，（民国三十四年1945年）5月，他成为蒋介石“行宪”后第一任行政院院长，同时兼任故宫博物院的理事会理事长。著名的“八?一九”币制改革就是这位大学者提出来的。当时金圆券市场流通受阻，价值急剧下坠，这位焦头烂额的行政院院长，在大肆操纵币制改革之后，随着内阁的解体一起下台了。当时翁文灏并不同意理事们提出的文物转运议案，觉得淮海战役战事正旺，此时迁运文物易动民心军心。
杭立武提议文物迁往台湾，内阁是11月3日提出总辞呈，商讨文物转运时翁文灏还在位。对比当年“九一八”之后的文物南迁，现在日坏的时局，让南京很可能成为战场，文物倘若不搬走，怕追悔莫及。于是由杭立武出面，翁文灏做主持召开故宫理事会商议此事。
慎重起见，翁文灏要在正式开会之前，把故宫博物院理事会理事，当时中国文化、学术界最具权威的人物请到自己家中，一起探讨、决定文物的最终命运。
民国三十七年（1948年）11月10日，翁文灏、朱家骅、王世杰、傅斯年、徐鸿宝、李济、蒋复璁和杭立武在翁文灏位于南京的官邸中进行了一次非正式的会谈，此次会谈决定了故宫博物院十几万箱文物的去留。会中议定以600箱为限，先运去台湾一次。谈话过程中，朱家骅以教育部部长的身份提议，中央图书馆的文物也一并运台。同时傅斯年以中央研究院历史语言研究所所长的身份提议，中央研究院历史语言研究所的图书和文物也一并运台。
下录1950年11月23日下午，台北行政院会议室举行的“两院理事谈话会记录”杭立武理事报告。
前年11月间，徐蚌不守，故宫、中博两院理事，以南京有作战场可能，文物安全，颇有可虑，因有选精品运出之议，曾由故宫翁理事长咏霓先生，在其南京住宅，召集一谈话会，到会者有朱家骅、王世杰、傅斯年、徐鸿宝、李济、蒋复璁诸理事及立武。当经决定第一次选运精品，以600箱为范围运台。嗣后再经两院理事会商，又陆续运出3000余箱，计故宫共运出2972箱，中博共运出852箱，合计3824箱。此外，有中央图书馆及北平图书馆之善本图书，外交部之条约档案，亦随同分三批运台，每批运后，故宫、中博两院均呈报选运文物清册，故宫方面径行报院，中博方面报由本部转报，均有院令备案。（下略）
二十多天后，故宫博物院和中央博物院正式举行了关于文物迁台的两院理事联席会议。会议决定，由故宫博物院、中央博物院筹备处、中央图书馆、中央研究院历史语言研究所和外交部五家单位各出一人，组成“五机关联合办事处”，办事处全权负责抢运两院文物赴台事宜。同时，国立北平图书馆珍藏的明清绘本和军用地图18箱，国民政府外交部的重要档案和国际条约文本也随同故宫和中博的文物一起运台。
杭立武被任命为“五机关联合办事处”主任，其他各机关代表为傅斯年、朱家骅、李济、王世杰。办事处负责筹款、接洽商船和协调运输。
此时翁文灏已经卸职，不过通货膨胀在南京城却并没有消失。筹备款项，成为这次文物运输的最艰巨任务。因为要顶在贬值的压力下，合理地安排运费。杭立武从行政院申请了运输费用，金圆券共28000元，按照各院馆文物运台的比重分配下去。故宫1万元、中央博物院6000元、中央图书馆3000元、中央研究院历史语言研究所6000元、外交部3000元。这批看似蛮多的运输费用，因为通货膨胀得厉害，物价急剧上升，钱发到各馆院的时候，已经几乎一文不值了。当时的北平《益世报》上面有一条这样的披露：币制改革以来，物价上升了10倍，北大教师为饥寒所迫，不得已只好自10月28日起，忍痛停教5天，进行贷款，以维持生计。这条消息见报时是民国三十七年（1948年）10月11日，距离金圆券发行时间民国三十七年8月，刚刚过去两个月的时间。到民国三十八年5月，物价已经上涨到惊人的地步，一石大米要价4亿金圆券。到民国三十八年7月金圆券终于因为它的贬值而停止发放，当时的贬值已超过了2万倍。
图书馆要运出的文物，第一批以民国二十四年运往英国展览的80箱为主。这批文物在转运大后方时曾得到过补充，都是故宫文物精品，要尽快地运出去。其他各馆院也在可运范围内，筛选重要文物。各馆的箱件数细列如下：故宫博物院320箱，中央博物院212箱，中央图书馆60箱，中央研究院120箱，外交部60箱，总计772箱。这是首次运台文物，由杭立武先生负责，杭立武事先派了杨师庚、芮逸夫两先生到台湾做准备工作，又在南京寻找可用的船只。
首批文物得以顺利运台，其中少不了国民党海军总司令桂永清的帮忙。当时徐蚌战役压力正大，国民党内部高官已经嗅到战争尾声的味道，所以早早做了打算。这里有一封海军总司令给教育部的公函，里面这样说：“兹摘录本部三十八年2月大事一则：‘派中权、中基、中鼎、昆仑四舰，输运总部人员及物资。’”海军正用战舰运输海军家属和物资，国民党的高层已经有了打败仗的打算。后来运送文物的轮船，实际上是海军用来运送内部人员和物资的。当时文物的运输得到海军总司令桂永清的支持，桂永清特意指派一艘原运输物资的轮船为运送文物的专轮。