为了保护地宫内的宝藏不被盗墓者盗取，秦始皇陵也采取了一定的防盗措施：“令匠作机弩矢，有所穿进者辄射之”。如果司马迁所记载的内容属实的话，那么秦始皇陵内的防盗器就是中国古代最早的自动防盗器了。
由于秦始皇陵到目前为止尚未完全挖掘，所以其内部结构和陪葬的物品人们只能凭猜测：相对于长沙马王堆汉墓“女尸”的完整，秦始皇的遗体是否也会保存完好呢？他在地宫里难道依然保持着当年的雄姿吗？
如果单从遗体保护技术而言，相距秦代不足百年的西汉女尸能很好地保护下来，秦代也应具备保护遗体的防腐技术。不过，传说中秦始皇的遗体并没有保存完好。问题就出在秦始皇死在出巡途中，而且更糟的是当时正值酷暑时节，尸体未运多远，便发出了熏人的腥臭味。为防止让更多的人知道始皇驾崩的信息，赵高、胡亥立即派人从河中捞了一筐筐鲍鱼，将鲍鱼与尸体放在一起以乱其臭。这样，经过50余天的长途颠簸，尸骨终于运回咸阳发丧。
特殊随葬物——兵马俑
说到秦陵，自然会想到秦陵所具有的特殊随葬物——兵马俑。这些跟随秦始皇在地下待了两千多年的兵马俑，现在又是什么样子了呢？
1974年，在秦始皇陵外城以东1 225米处，考古学家发现了一个巨大的兵马俑坑。这个发现轰动了世界。许多外国元首、学者参观秦俑博物馆后认为，秦俑坑可以说是世界第八个奇迹。它可以同埃及金字塔和古希腊雕塑相媲美，是世界人类文化的宝贵财富。目前已发现三座，它们坐西向东呈“品”字形排列。其中，共出土了约7 000个秦代陶俑及大量的战马、战车和武器，充分表现了2 000多年前中国人民巧夺天工的艺术才能，是中华民族的骄傲和宝贵财富。兵马俑陪葬坑均为土木混合结构的地穴式坑道建筑，像是一组模拟军事队列、旨在捍卫地下皇城的“御林军”。
兵马俑坑是秦始皇陵的陪葬坑。从各坑的形制结构及其兵马俑装备情况判断：一号坑象征由步兵和战车组成的主体部队，二号坑为步兵、骑兵和车兵穿插组成的混合部队，三号坑则是统领一号坑和二号坑的军事指挥所。此外，在二号坑和三号坑之间，还有一个面积为4 000多平方米的长方形的废弃坑。
秦始皇陵的旁边为什么要修建如此大规模的兵马俑坑？
有人认为，这些兵马俑象征着秦始皇东巡的车队。秦始皇生前喜欢到各个地方巡视，因此按照古代“事死如事生”的陪葬观念，秦始皇陵也要陪葬大量的车队，以保证始皇随时东巡。由于用活人陪葬不太现实，只好用泥人、泥马来代替了。
也有人认为，兵马俑体现的是皇家的军队布局。按照这种观点，专家认为兵马俑坑是一项未完成的工程，全部工程建成要有五个坑。而且，从设计者的角度来说，兵马俑是按当时的方阵来设计的。在一、二、三号坑修建好后，爆发了大规模的秦末农民起义，陵墓建筑被迫停了下来，被废弃的坑只挖了个土塘，还未来得及放置陶器具。而第五个坑尚没有动工挖掘，所以现在见不到任何痕迹。
还有一种观点认为，兵马俑的建造主要有两个作用：其一是彰显皇威，宣扬秦国的统一大业，象征着秦王朝的军事力量。在秦统一六国后，秦始皇充分认识到军队的作用，因此他希望自己死后依然能够拥有庞大的军队，以观东方六国。其二是防身驱鬼、辟邪压恶。
在秦始皇陵的外围做如此浩大的工程，这也充分证实了秦始皇好大喜功的特点。那么，在已经发现的三个兵马俑坑里，秦始皇究竟为自己陈列了什么东西呢？
在一号坑里，考古学家目前已发掘出武士俑500余件，战车6乘，驾车马24匹，还有青铜剑、吴钩、矛、箭、弩机、铜戟等实战用的青铜兵器和铁器。俑坑东端有210个与人等高的陶武士俑，面部神态、服式、发型各不相同，个个栩栩如生，形态逼真，排成三列横队，每列70人，其中除3个领队身着铠甲外，其余均穿短褐，腿扎裹腿，腰履系带，免盔束发，挽弓挎箭，手执弩机，似待命出发的前锋部队。其后，是6 000个铠甲俑组成的主体部队，个个手执长3米左右的长矛、戈、戟等长兵器，同35乘驷马战车间隔在11条东西向的过洞里，排成38路纵队。南北两侧和两端，各有一列武士俑，似为卫队，以防侧尾受袭。这支队伍阵容齐整，装备完备，威风凛凛，具有强烈的艺术感染力。
二号坑位于一号坑的东北侧和三号坑的东侧，呈曲尺形方阵，东西长96米，南北宽为84米，总面积约为6 000平方米。坑内建筑与一号坑大体相同，不过布阵更为复杂，兵种更为齐全，是三个坑中最为壮观的军阵，可能囊括了当时秦军队所有的精锐兵种。据初步推算，二号坑有陶俑陶马1 300多件，战车80余辆，青铜兵器数万件，其中将军俑、鞍马俑、跪姿射俑为首次发现。二号坑东、西两端各有4个斜坡门道，北边有两个斜坡门道，俑坑坐西面东，正门在东边。
三号坑紧邻一号坑，在一号坑西端25米处，面积约为520平方米，呈凹字形。门前有一乘战车，内有武士俑68个。从三号坑的布局看，似为总指挥部。
四号坑有坑无俑，只有回填的泥土。
既然三号坑为总指挥部，那么里面的统帅是谁？在挖掘三号坑的时候，考古学家为什么没有发现里面的统帅呢？难道是当时造坑人的疏忽还是故意而为之呢？
对于三号坑没有统帅，存在着几种不同的解释。
有人认为，三号兵马俑坑的统帅很可能是离三号坑150米处一座古墓里的人，这座墓室面积为300平方米，深12米。由于它距三号坑非常近，因而怀疑可能与三号坑是一组建筑，为“将军墓”，墓主人可能就是秦兵马俑军阵的统帅。不过，这种观点得到了一些人的质疑，因为此墓到目前为止还没有挖掘，墓主人是男是女都不知道。何况，这座墓的方向与兵马俑坑的方向不一致，无法确定其与兵马俑坑有一定的必然联系。
还有一种观点认为，三号坑受到了秦末楚霸王项羽的火烧，当时项羽为了泄心中的愤懑，就把三号坑作为主要的攻击对象，因此三号坑破坏严重。从今天已经发现的陶俑来看，当时坑内的68件陶俑基本被砍头，只有六七人还保留着头颅，不过他们的位置发生了挪移，这是与其他坑不一样的。同时，考古人员还在三号坑的厢房内，发现一束20件的铜礼器，好像是破坏者故意而为，意在对秦人进行了缴械。既然有人对三号坑进行了破坏，那么破坏者很可能把三号坑内的战利品带走了，作为三号坑的统帅自然是最大的战利品了。
此外，还有一种观点认为，在建造这些兵马俑坑的时候，里面并没有设置统帅，因为秦始皇认为，自己就是最合适的统帅，这些千军万马只能由他来指挥。
幽深地宫谜团重重
始皇陵是一座充满了神奇色彩的地下“王国”，那幽深的地宫更是谜团重重：地宫内藏匿了多少奇器珍宝？地宫内有没有防盗机关？地宫挖了多深？始皇帝是铜棺、石棺，还是木棺、木椁？始皇帝的尸骨是否完好无损？
这一系列的悬念无不困扰着专家学者，目前只能根据现有考古材料结合有关历史文献作初步的探讨和推测。
谜团一：地宫设有几道门？
2002年9月17日，世人通过电视直播，目睹了考古学家探测金字塔内部空间的过程。当考古学家从第一道石门洞口将机器人放进去之后，想不到机器人又碰上了一道石门，于是举世瞩目的金字塔考古工程只好搁浅。金字塔地宫可能不止两道门，那么，秦陵地宫当年建造了几道墓门呢？
秦陵地宫门道数量问题，其实《史记》中早有答案，只是未引起学者们的重视罢了。《史记》清楚地记载：“大事毕，已藏，闭中羡，下外羡门，尽闭工匠藏，无复出者。”
棺椁及随葬品全部安置在中门以内，工匠正在中门以内干活，突然间“闭中羡门，下外羡门”，工匠“无复出者”，也成了陪葬品。这里涉及既有中羡门，又有外羡门，其中内羡门不言自明。因此，地宫三道门似乎无可辩驳。
值得注意的是，司马迁对中羡门用了个“闭”字，外羡门则用了个“下”字，说明中羡门是可以开合的活动门，外羡门则是由上向下放置的，中羡门可能是横向镶嵌在两壁的夹槽中，是一道无法开启的大石门，内羡门可能与中羡门相似，三道羡门很可能在一条直线上。
谜团二：地宫珍宝知多少？
“奇器珍怪徙藏满之”一语出自司马迁笔下。早于司马迁的大学者刘向也曾发出过这样的深切感叹：“自古至今，葬未有如始皇者也。”那么，这座神奇的地宫珍藏了哪些迷人的珍宝呢？
《史记》明文记载的有“金雁”、“珠玉”、“翡翠”等，其他还有什么稀世之宝谁也不清楚。不过20世纪80年代末，考古工作者在地宫西侧发掘出土了一组大型彩绘铜车马，车马造型之准确、装饰之精美举世罕见。
之前，考古工作者还发掘出土了一组木车马，除车马、御官俑为木质外，其余车马饰件均为金、银、铜铸造而成。地宫外侧居然珍藏了如此之精美的随葬品，那么地宫内随葬品之丰富、藏品之精致是可想而知的。
谜团三：秦始皇使用铜棺还是木椁？
秦始皇使用什么样的棺椁？《史记》、《汉书》均未明确记载，司马迁只留下一句“下铜而致椁”的含糊记录。于是，有学者据此得出秦始皇使用的是铜棺，但从文献记载而言，秦始皇未必使用的是铜棺。
《史记》、《汉书》明文记载：“冶铜锢其内，漆涂其外”，“披以珠玉，饰以翡翠”，“棺椁之丽，不可胜原”。这里“漆涂其外”、“饰以翡翠”的棺椁恐怕只能是木质的了。如果是铜棺或石棺肯定用不着土漆涂其外，而只有木棺才可能使用土漆。
从先秦及西汉的棺椁制度考察，使用“黄肠题凑”的大型木椁是当时天子的特权，而自命功劳大过三皇五帝的秦始皇，是不可能放弃“黄肠题凑”的木椁而改用其他棺椁的。
谜团四：地宫有没有空间？
日前，考古勘探表明，秦陵地宫为竖穴式，墓内可能有“黄肠题凑”的大型木椁。如果是竖穴木椁墓，墓道及木椁上部都以夯土密封，这样一来，墓室内外严严实实，不会再有空间。然而，陵墓主持者之一李斯则说：“凿之不入，烧之不燃，叩之空空，如下无状。”
李斯这段话如果记载无误，那地宫明显有个外壳。按理这段话不会有假，因为李斯曾以左丞相身份亲自主持过陵墓工程，他对地宫的构造了如指掌。再加之这段话是当面向圣上汇报的，应该说不会有掺假嫌疑。如果按李斯所言，可以推断秦陵当是一座密封的、真空的大地堡式地宫，不然怎么会“叩之空空”？又怎么会“烧之不燃”？
按文献记载推理地宫是空的，且有较大的空间，但由于考古勘探尚未深入到地宫的主要部位，所以地宫内部究竟是虚是实目前还是个谜。
谜团五：自动发射器？
秦始皇在防止盗墓方面也苦费心机。《史记》记载：秦陵地宫“令匠作机弩矢，有所穿进者辄射之”。指的是这里安装着一套自动发射的暗弩。如果记载属实的话，此乃中国古代最早的自动防盗器。
秦代曾生产过连发三箭的弓弩。但是安放在地宫的暗弩当是一套自动发射的弓弩，当外界物体碰到机关，弓便会自动发射。2200多年前的秦代可以生产如此高超的自动发射器，这自然也是一大谜团。
谜团六：秦始皇遗体完好吗？
20世纪70年代中期长沙马王堆汉墓“女尸”的发现震惊中外，其尸骨保存之完好举世罕见，由此，有人推测秦始皇的遗体也会完好地保存下来。虽然客观上具备保护遗体条件，但秦始皇遗体是否完好地保存下来呢？
如果单从遗体保护技术而言，相距秦代不足百年的西汉女尸能很好地保护下来，秦代也应具备保护遗体的防腐技术，但问题是秦始皇死在了出巡途中，而且更糟的是正值酷暑时节，“尸体”未运多远，便发出了熏人的腥味。为了防止腥味扩散，走漏“风声”，赵高、胡亥立即下令将鲍鱼与“尸体”放在一起以乱其臭。这样，经过50余天的长途颠簸，九月，尸骨终于运回咸阳发丧。
秦始皇由死到下葬间隔近两个月，根据当代遗体保护经验，一般遗体保护须在死者死后即刻着手处理，如若稍有延误，尸体本身已开始变化，恐怕再先进的技术也无能为力。秦始皇遗体途中就开始腐败，尸体运回咸阳时恐怕早已面目全非了。据此推测，秦始皇遗体保存完好的可能性很小。
以上谜团只是秦陵地宫众多谜团之冰山一角，随着我国考古研究工作的深入和高科技探测技术的实际运用，秦陵地宫终有一天将再次震惊全世界。