第四，关于书院管理。在对学生的管理上，张之洞提出了“牖导要宽，约束必严”的原则。学生考核，一课不合格扣掉当月的费用，二课不合格给予戒饬处分，三课不合格就要被开除院处，如此等等，可以说是“约束必严”的。同时，书院又要求对学生循循善诱，即使学生课业不合格，老师也应首先予以讲授，再次讲授后，学生仍不能及格，张之洞才主张予以重罚，这又是“牖导要宽”了。这一严一宽，宽严结合的原则，既可严禁学生的不良习气，又给了学生改正错误的机会。
在管理体制上，第十六条的“约束”还提出以山长负责制为中心的组织机构，“山长主之，监院佐之，斋长承之，各衙门督之”。在这个管理制中，有负责中心，有辅助，有承办，有监督，从而保证了书院各项工作的正常进行。
张之洞在离开四川前夕，所著的《创建尊经书院记》，实际上是对尊经书院经验的总结。尽管尊经书院的主要制度基本上是合宜的，但张之洞却并不认为不可变更的，相反，他在最后说：“此后有山长与夫大吏学使主持此事者，视可采者采之，未备者补之。”又说：“法不善，虽立不行；法虽善，久而亦变。”希望继任者能与时变通，表现出一种豁达的精神。
三、奖拔俊秀撰书诱导
张之洞在充浙江乡试考官及湖北学政时，就以善于拔识俊秀而著称。他在川兴学，更特重奖拔人才，以改善四川学人的素质。《蜀海丛谈》述：
督川学时，有庠生某，文词酣畅，所出系两扇题，某生以两大比格分诠，上比甫录完试卷，已无余地，乃于卷末，书“下比仿此”四字，纳之而出。公得之大喜，召某生至，命录出下比，竟以一等食饩。
与一般庸吏不同，张之洞取士重才气，而不太考虑所谓规则、犯忌一类细末。这是他每到一地，就能拔识许多优异之士的重要原因。这里讲的庠生某，就是近代闻名中外的经学大师廖平。但据《廖平年谱》，其具体情节略有不同。这事发生在1874年的院试，按八股文的标准格式，破题例只两句，廖平却有三句，这就违反了八股文的规则，犯了考试的大忌。因此，自然被弃置一边，张之洞在检阅落卷时，发现廖平答卷才华横溢，于是，将其从落选者拔置第一。由此，廖平与张之洞结下深厚的师生情谊，在近代四川学林传为一段美谈。张之洞又从全省拔识了百余名高材生入院学习。在这些学生中，他最为赏识杨锐、廖平、张祥龄、彭毓、毛瀚丰五人，誉为蜀中五少年。正是张之洞奖拔俊秀，为四川学子树立了可见的模仿榜样，影响了整个四川学界。
张之洞在奖拔俊秀的同时，还很注意对全体学子的培养。为此，他在1875年亲自撰写了两部著作，一部是《书目答问》，一部是《轩语》，用以指导尊经书院学生治学成材。官休假日时，张之洞还亲临书院为之讲解，对四川学界产生了极大的影响。
《书目答问》是一部指导学生读书门径的目录著作。张之洞撰著这部书，是要给学生解答应读何书、书以何本为善的问题。这部书著录著作两千余部，除选有《四库全书》的部分著作外，还收有这以外及以后新出的一些书籍。这部书具有两大特点，最便于初学者寻检治学门径。
其一，编排的特点。《书目答问略例》述其编排原则说：“分别条流，慎择约举，视其性之所近，各就其部求之。又于其中详分子目，以便类求。一类之中，复以例相近者使相比附。再叙时代，令其门径秩然，缓急易见。”具体地说，张之洞把这两千多部著作，除按经、史、子、集的传统四部分类法编排外，另外还新增了丛书一部，这就是“各就其部”。在每一部之内，又详加分别，如经部又分为正经正注、列朝经注经说、经本考证及小学三大类，这就是“详分子目，以便类求”。各大类之中，又根据相近者相比附的原则，再加区分，如列朝经注经说、经本考证类，就分为《易》、《诗》、《书》等二十个小类；在每小类中，又加区分，如仪礼，有正录、校勘之属，官室、服制之属，余录、补逸之分，这就是义近者相比附。同时，每一部类的著作，又是依年代的先后顺序来排列的。这样，不仅便于初学者根据其需要很快查找到有关问题的书目，而且可以从中得知从古至今这类问题的不同时代的代表作。
其二，选书的标准。《书目答问略例》指出：“凡所著录，并是要典雅记，各适其用。”因此，《书目答问》有五不录：一是无用、空疏、偏僻、淆杂的书籍，二是今书已包括了的古书，三是注释浅陋、妄加删改、编刻伪谬的书，四是尚未刊行的今人书，五是无以购求的书。这就排除了无学术价值、社会价值的书籍和冷僻的书籍入选。
《书目答问》问世后，出现了不少翻刻本与批校本，可见其极受推重。客观的社会效果，最公正地说明了这部著作的确为学生指明了治学的切实门径，虽然张之洞是为教授尊经书院的学生而著，但其影响却非尊经书院可以范围。
《轩语》则是一部关于治学之道的指导书籍。这部书分三大部分，第一部分是语行。所谓行，类似现在讲的品行，因而有德行谨厚、人品高峻、习尚俭朴等条目；但与品行又不完全相同，而是偏重于与治学相关的学行修养，因而，多讲戒轻言著述刻集、戒讲学误入迷途、戒早出考一类问题。第三部分是语文。所谓文，主要是讲时文、经文、策、诗赋等的体裁格式，纠正容易出现的程序错误，以及避讳、勘磨等注意事项。第二部分是语学。它是这部书的重点和中心所在，有关治学之道的论述主要见于这一部分，其中最值得注意的有如下两点。
一是学贵有得，归于有用。张之洞主张读书学习，“不贵多，贵真过目；不贵猛，贵有恒；不贵涉猎，贵深思；不贵议论，贵校勘、考证；不贵强，贵能解；不贵创新，贵通旧说；不贵更端，贵终卷。学之所得又必须归于有用”。《轩语》说：“读书期于明理，明理归于致用”，而致用有三，“可用以考古，可用以经世，可用以治身心”。三者之中，经世又是最根本的，“通晓经术，明于大义，博考史传，周悉利病，此为根本；尤宜讨论本朝掌故，明悉当时事势，方为切实经济，盖不谈书者为俗吏，见近不见远，不知时务者为陋儒”。张之洞强调讨论本朝掌故，明悉当时事势，将读书不知时务者斥之为陋儒，贯注着一种强烈的现实感，学不以致用，学之所得就失去了意义，而致用的根本又是为现实服务。只有立足于此，学之所得才是有价值的。这一思想是十分深刻的。一般传统的正统学者，皆诋毁诸子，而以儒学经传为务。张之洞则大赞诸子说：
其益无限，大抵天地间人情物理，下至猥琐纤末之事，经史所不能尽者，子部无不有之，其趣妙处较之经史，尤易引人入胜。故不读子，不知瓦砾糠牲无非至道；不读子，不知文章之面目变化百出，莫可端倪也，此其益人，又在于表里经史之外者矣。
任何一种学术，都自有其产生的根据与存在的价值，诸子学也是如此。但自西汉武帝罢黜百家、独尊儒术以来，诸子学一直没得到应有的重视。张之洞以清朝学政的身份，如此称许诸子，实是一种兼容百家的宽阔胸怀。以此作为治学之道劝勉学人，就有可能防止治学的片面性倾向，而使之充分吸收各种学术的营养成分，成为不囿于一家之说的博通之士。
由此出发，张之洞十分反对治学中的门户之分。清代学术有汉、宋两大门户，治汉学者攻宋学空疏，治宋学者诋汉学烦琐，张之洞针对这种门户之见，说“愚性恶闻人诋宋学，亦恶闻人诋汉学”。在《创建尊经书院记》中，他进一步说：“使者于两家有所慕，而无所党，不惟汉、宋两家不偏废，其余一切学术亦不可废。若入院者抱一而自足，误矣。”认为不仅汉学、宋学，而且一切学术皆有可取。这说明张之洞以汉学为宗，同时又不囿于汉学的局限。
此外，张之洞在这部著作中，还对博与约的关系问题，如何根据各人不同的情况选择专精一门学问的问题，如何读经、史、子、集等问题，都提出了许多极有价值的指导性意见，颇值得时人治学参考。从上可以看出，张之洞在川兴学主要做了两个方面的工作，一是整饬学界，一是创建尊经书院，而最有意义的显是后者。张之洞创建书院又分为两个方面，一是建造书院、奖拔俊秀，二是书院制度的制定和对学生治学的诱导。两者相较，最有影响的又是后者。因为张之洞在书院制度的制定和对学生治学的指导中，贯穿着某种理论性的教学与办学思想。这些思想是张之洞治学和办学经验的总结，尽管难免有种种局限，但总的说来是极具价值的。在张之洞学政任满离川后，他的这些思想仍对尊经书院，以至全川的文化教育起很大的影响。
由张之洞创建的尊经书院，在近代几十年里，一直作为全川的最高学府而产生影响，现代著名学者蒙文通、郭沫若，都在某种程度上受到尊经书院的遗泽浸润，如蒙文通曾受业于廖平，而郭沫若早年则师事廖平的弟子帅镇华。历史已经证明，张之洞在川兴学，不仅改变了四川文化教育的落后面貌，而且为四川成为近代中国文化教育发达的地区，奠定了坚实的基础。