在用气类的不同来说明万物的差异时，特别值得注重的是王充关于和气和灾气的论述。他认为和气与灾气是两种对立的元气，由它们产生世界上两种对立的现象和事物。王充把一切好的东西都说成是由和气产生的，他在《论衡》中很多地方都说，像朱草、甘露、醴泉、凤凰、麒麟等所谓瑞物，以至圣人都是和气所产生的。与和气对立的灾气，王充又称作厉气、害气、毒气、邪气、妖气等，世界上一切坏的事物都由灾气产生。王充说：“小人皆怀毒气”，“妖气生美好，故美好之人多邪恶”（《论衡·言毒篇》。）。小人和邪恶之人是由毒气和妖气产生的。他又说：“人之温病，……遇邪气也。”（《论衡·治期篇》。）“夫毒，……中人人毒。”（《论衡·言毒篇》。）“灾气加人，……遭触而死。”（《论衡·幸偶篇》。）人遇灾气，就会生病、中毒以致死亡。
与和气、灾气的思想相联系，王充认为气的和与不和，决定着事物的两种相反的发展趋势。他说：“岁气调和，灾害不生。”（《论衡·明雩篇》。）“夫阴阳和，则谷稼成。”（《论衡·异虚篇》。）“阴阳和，则万物育。”“阴阳和，百姓安。”（《论衡·宣汉篇》。）“太平之世，人民侗长，百岁左右，气和之所生也。”（《论衡·定贤篇》。）
总之，元气调和就灾害不生，粮食丰收，万物成长，社会太平，百姓安宁，人人体强寿长。相反，“风气不和，灾变发起”（《论衡·齐世篇》。）。“气不和者中人，中人为鬼”，“气和者养生，不和者伤害”（《论衡·订鬼篇》。）。“是故气不通者，强壮之人死，荣华之物枯”（《论衡·别通篇》。）。气不通就是气的不和，气不和则灾变起，万物枯，人伤害以至死亡。
王充的哲学既从气的量的方面，又从气的质方面，特别是用两种性质对立的元气，来解释万物之间的区别与对立，这不但是唯物主义的，而且是辩证法的，虽然带有朴素性，其深刻性是不可否认的。这是王充的元气一元论，是对先秦以来的唯物主义气论的又一深化。
当然，不可否认王充单纯用气量和气类，是不可能正确解释万物的差别和对立的。特别是他用以解释社会现象，比如圣人和小人的区别，就不仅混淆了社会和自然的本质区别，在社会历史观上陷入了唯心主义，而且，由于王充所说的圣人是指尧舜文武周公等统治者，小人则是指劳动人民，这就从哲学本体论的高度，论证了统治者奴役劳动人民的合理性。此外，王充在有的地方还把气的和与不和，归结为社会原因。他说：“礼义废，纲纪败，上下乱而阴阳谬。”（《论衡·非韩篇》。）所谓阴阳谬就是阴阳之气不和。相反，“百姓安而阴阳和”（《论衡·宣汉篇》。），这是认为阴阳的和与不和，是由社会的治乱决定的。王充还说：“夫和阴阳，当以道德至诚。”（《论衡·定贤篇》。）“天地之气，遭善为和，遭恶为变。”（《论衡·讲瑞篇》。）又认为道德的好坏决定气的和与不和。王充的这些论述同他关于气的和与不和，决定事物的发展趋势的论点根本对立，是对他自己唯物主义的基本立场的背叛。它告诉我们，即使像王充这样杰出的古代唯物主义哲学家，不仅在社会历史观上是唯心主义的，就是在自然观方面，也不可能是彻底的唯物主义。
在王充的哲学中，元气同自然是不可分割地联系在一起的，他说：“气性自然。”（《论衡·累害篇》。）认为自然是元气的根本属性。元气的这个根本属性是怎样的呢？王充说：“自然之道，非或为之。”（《论衡·自然篇》。）“自然之道，……非有他气旁物仄胜感动使之然也。”（《论衡·偶会篇》。）可见，自然是指元气的变化，是由它自身决定的，而不是什么外在的原因在起作用。王充把元气的根本属性规定为自然，就彻底排除了在元气以外去寻求事物变化的原因的唯心主义，进一步说明了元气的客观实在性。
元气的自然属性，通过万物的变化体现出来。王充说：“大率四十二月日一蚀，百八十日月一蚀，……非时为变。及其为变，气自然也。”（《论衡·说日篇》。）“阴阳不和，灾变发起，……或时气自然也。”（《论衡·感类篇》。）“风，天所为，祸气自然。”（《论衡·感虚篇》。）日蚀和月蚀的变化，灾异和风的出现，都不过是气自然的体现。他还在《自然篇》中说，万物的生长，人的疾病变化等，都是“气自为”、“气自变”，即元气自身的变化的表现。
万物的变化不仅体现着气性自然，而且由于万物均由元气构成，因而自然也是万物的根本属性。天的自然属性，表现为天的自然无为。王充说：“谓天自然无为者何？气也，恬淡无欲，无为无事者也。”（《论衡·自然篇》。）气的恬淡无欲、无为无事都是说的元气是自然的，因其元气的自然，含元气的天才能自然无为。他又说：“天之动行也，施气自然也。”（《论衡·说日篇》。）天的运动是施气的自然过程。他还说：“春夏囚死，秋冬王相，非能为之也；朝出而暮入，非求之也，天道自然。”（《论衡·命禄篇》。）春夏秋冬的递代，太阳的出没，都不是有意识的人为，而是天道自然。
人和万物的自然属性，表现为它们的“自生”、“自为”。王充说：“夫天地合气，人偶自生也”，“物偶自生矣”（《论衡·物势篇》。）。认为人和物都是天地之气相交合而自己产生的。他又说：“天地合气，万物自生”，“春观万物之生，秋观其成，……物自然也”（《论衡·自然篇》。）。万物的生长及其灭亡的过程，都是万物自身变化的过程。他还说：“地固且自动”，“星固将自徙”（《论衡·变虚篇》。）。大地的震动，星辰的迁移都是它们自已的运动。总之，用自然这一属性来解释天地和万物的存在及其变化，认为它们都是事物自身的运动，其中没有任何外来意志和原因的影响，这是王充元气一元论最基本的特点。正因如此，我们说王充的元气一元论哲学，表现为元气自然论。
元气和天地万物的自然无为的运动过程，是有规律的。王充说：“运气无妄”（《论衡·顺鼓篇》。），“运气有时”（《论衡·明雩篇》。）。元气的运动不是妄乱的，而是有规律进行的。他说：“日月之行，有常节度。”（同上。）“日月合于晦朔，天之常也。”（《论衡·说日篇》。）日蚀月蚀，“食有常数”（《论衡·治期篇》。）。这些“常”，都是表示规律的意思，是说太阳月亮的变化都是按照规律而发展的。他又说：“天之阳雨，自有时也。”（《论衡·明雩篇》。）水旱是“时数然也”（《论衡·治期篇》。）。“寒温自有时也。”（《论衡·感虚篇》。）“灾变自有数。”（《论衡·治期篇》。）天晴下雨水旱冷暖及其所谓灾变，都是有规律的。王充更指出：“天道当然，人事不能却也。”（《论衡·变虚篇》。）“寒暑有节，不为人变改也。”（《论衡·变动篇》。）“夫天之运气，时当自然，虽雩祭请求，终无补益。”（《论衡·明雩篇》。）认为元气和天地万物的变化发展规律，是不以人的主观意志为转移的。王充还进一步认为，人虽不能改变规律，却可以认识规律，并预料事物的发展趋势，他说：“夫变异自有占侯，阴阳物气自有终始。履霜以知坚冰必至，天之道也。”（《论衡·谴告篇》。）
王充的气性自然的理论，把天地万物的变化都看成是有规律的自身发展过程，是同汉代的天人感应的神学唯心主义针锋相对的。天人感应论宣称，“天下太平，河出图、洛出书”。王充则根据自然的理论，反驳说：“天道自然，故图书自成。”（《论衡·自然篇》。）针对天人感应论鼓吹的文王武王兴起时，天就降临赤雀和白鱼来表示文王受命于天，王充明确加以否定说：“然则文王赤雀，武王白鱼，非天之命昌炽佑也”，而是“自然之道”（《论衡·初禀篇》。）。天人感应论还宣称，人君有过失，天就出灾变来谴告人君。王充则说：“夫天道，自然也，无为；如谴告人，是有为，非自然也。”（《论衡·谴告篇》。）认为谴告说不合自然无为的原则。对天人感应论宣传的其他谬论，王充都一一根据自然的理论，给予坚决的驳斥。
但是，王充并没有把他气性自然的理论彻底运用，这主要表现在他常常和“一切皆故”的神学唯心主义划不清界限。如他说：“秦之将灭，都门内崩；霍光家且败，第墙自坏。……然而门崩墙坏，秦、霍败亡之征也。”（《论衡·变动篇》。）他又说：“帝王之生，必有怪奇，不见于物，则效于梦矣。”（《论衡·奇怪篇》。）类似的说法还很多。这些说法，同王充自己运用自然的理论所批驳的神学唯心主义说教毫无二致，根本违背了气性自然的理论，这是王充的唯物主义哲学思想的又一缺陷。
王充气性自然的理论本身也是有缺点的。他在强调事物自身的变化时，却忽视了事物间的相互影响和作用。王充说：“阳气自出，物自生长；阴气自起，物自成藏。”（《论衡·自然篇》。）按照元气是万物本原的观点，万物的产生和消亡，都是同元气密切相关的，可是王充在这里却否认元气的变化同事物生死有联系，认为它们是互不相干的。这就否认了事物发展的条件性，从这个意义讲，它为晋代郭象的独化论提供了思想来源。同时否认事物同元气的联系，就在客观上否认了元气是事物的本原，从而否定了王充哲学唯物主义的基本观点。此外，王充用“适”、“幸”、“偶”、“逢”、“遭”、“遇”等表示偶然性的概念，来解释自然和社会的某些现象。但是，王充的这一理论过失，是在反对“一切皆故”的神学唯心主义时，过分强调事物的偶然性而引起。比起王充用自然理论，批判两汉神学的功绩和意义来说，它只能是第二位的。