政府托管，李途纯重谋控制权
原本，在政府的协调之下，太子奶的问题得到妥善解决，但是，直到2008年12月底，三大投行承诺追加的3000万美元仍未能到位，身处金融危机之中的三大投行最终决定不再续投太子奶。
事情就此陷入僵局之中，资金链断裂的太子奶面临无米下锅的危险。株洲市市政府、李途纯、三大投行不得不再次坐下来商谈解决的方案。市政府的意见是，不能看着太子奶就此倒下（政府考虑的是税收、就业、社会稳定等问题）；而李途纯非常希望能救太子奶，但是自己已经弹尽粮绝；三大投行则权当自己先前的7300万美元打了水漂，而不敢再续加投资以致陷得更深。
三方协商出来的方案是（如图12–2）：第一，太子奶的股权结构恢复到对赌前的状态，李途纯依然是大股东；第二，由株洲市市政府组建国有投资公司高科奶业，以租赁经营的方式全面托管太子奶，为期一年；第三，政府投入1亿元左右流动资金作为垫款，使太子奶的生产能够恢复；第四，李途纯及三大投行的股权，在托管期间完全质押给政府的投资公司；第五，政府托管期间所产生的利润，全部用于偿还太子奶的对外债务。
2009年1月20日，株洲市市政府背景的高科奶业成立，由株洲经济开发区管委会副主任文迪波出任高科奶业董事长，并正式接管太子奶，李途纯交出经营大权，专事处理太子奶的对外债务。
站在李途纯的角度，形成这个方案对他来说无疑是个利好。不但可以使太子奶重新运转起来，而且还重新拿回了自己的股权，虽然经营大权不再掌握在自己手上，但李途纯相信这只是短暂的。
随着太子奶重新恢复运转，李途纯开始考虑说服政府将经营权归还给他。2009年6月，李途纯向市政府提交了一份报告，陈述“目前稳定的太子奶，仍有数十家投资者进入谈判阶段”，希望政府同意太子奶进行自救。
株洲政府方面也考虑给李途纯一次回归的机会，于是高科奶业、李途纯、三大投行又达成一份协议：从6月至9月的三个月时间内，李途纯负责引入3亿元战略资金，如果引资成功，高科奶业则结束对太子奶的独家托管，李途纯全面回归太子奶，而三大投行也将在战略投资者的接盘中逐步退出。高科奶业董事长文迪波也证实：“3亿元中将有1.62亿元用于归还株洲、黄冈和密云3地政府和国资公司为太子奶所做的垫资。”
但是3个月时间过去，李途纯未能如期引进战略投资，太子奶的经营权依然在高科奶业的文迪波手上。期间还传出消息，高科奶业与雀巢发生接触，文迪波打算将太子奶卖给雀巢。不过，由于这次引进雀巢这家战略投资者并非由李途纯主持，他没有办法把控局势的走向，因而李途纯言辞激烈地抵制，声称如果卖给了雀巢，太子奶的下场就会像其他被外资收购的民族品牌一样在市场上消失。高科奶业与雀巢的交易，最终被李途纯成功阻击。
文迪波随即又对外表示，不排除由株洲市市政府直接“接盘”太子奶，由高科奶业及一致行动人联手并购太子奶，使之成为国有控股公司的可能性。自此，李途纯与文迪波的分歧逐渐显性化。
2009年10月初，李途纯获悉2009年1月—9月高科奶业完成的销售额约为5亿元，还不及危机之中的2008年12.3亿元销售额的一半，他觉得高科奶业托管期间的销售状况“太差”，“要谈重回接管”。
“自然重组”与“破产重组”之争
2009年10月10日，株洲市市委、市政府召开常务会议，专门听取了李途纯的“自然重组”报告与文迪波的“破产重组”报告，市政府最终倾向于李途纯的自然重组方案。
据说在私下里，文迪波并不认同政府力主自主重组的思路，依然力主对太子奶进行破产重组。文迪波主张破产重组的理由是，根据2009年6月高科奶业出具的财务报告，太子奶总资产只有25亿元，负债则高达26亿元，太子奶已经“资不抵债”。
他在接受媒体采访时表示：“我曾多次跟老李说，你又不是房地产老板，何必大肆买地造房，还修那么豪华。2007年前后短短两三年筹集了十多亿元资金，可到2008年就玩完了。除了内部漏一点、贪污一点、浪费一点的原因外，与李途纯的经营思路也有很大的关系。老李是有钱买地、没钱建房；有钱建房、没钱买设备；有钱买设备、没钱启动；这路一定不能再走。”
但是李途纯并不同意文迪波所说的“太子奶资不抵债”的说法，他表示太子奶的土地、厂房等固定资产至少值30亿，品牌无形资产也至少值20亿，而负债最多不超过21亿，完全不是资不抵债。
在株洲市市政府自主重组的会议精神下，由李途纯与文迪波分头为太子奶引入战略投资者。李途纯引进了方正集团，文迪波则洽谈了新希望集团、澳优乳业、软银中国等几家。经综合评估，方正集团成为株洲方面首选（据称方正集团另行在株洲投资200亿元），备选依次为澳优乳业、新希望集团、软银中国。
政府首选了李途纯引进的方正集团，使得李途纯强化了对太子奶的掌控力。但就在准备与方正集团签署协议的前夕，方正集团表示太子奶必须先行破产清算，才有可能进行收购，因为方正集团不可能接下一本糊涂账，面对国内外银行、供应商、经销商等复杂的债权人。
对于方正集团提出的条件，李途纯拒绝签字，因为太子奶的破产清算是他绝对不愿意看到的。李途纯深深陷入了无助的境地：“我现在算是知道了，无论是我本人，还是政府引进的战略投资者，均会要求太子奶破产清算。”
既然李途纯自己否决了自己引进的战略投资者，那就只剩下由文迪波洽谈的新希望、澳优乳业、软银中国等几家战略投资者入围了。
为了不让文迪波主导太子奶走向破产清算的道路，2009年11月26日，李途纯向株洲市市政府提交了《给王市长的报告》，报告中历数文迪波在托管太子奶期间的过错：
其一，文迪波完全不懂管理，不受监督，造成执行中重大损失，亏损2亿元，将政府投入的1.37亿元亏空，又增加新的负债2亿元，已构成渎职。
其二，文迪波在执掌高科奶业期间，与其同学开设的广告公司签下千万广告款，涉嫌利益输送侵吞国资。
紧接着的12月2日，李途纯以太子奶的名义在湖南《潇湘晨报》上发布了一则公告：
鉴于株洲高科奶业经营有限公司不能履行与中国太子食品有限公司、李途纯、李帅等（合称太子奶集团）签订的《资产租赁合同》、协议及相关的会议纪要、会议备忘录等规定义务，五大核心条款全部违约。为此，湖南太子奶集团已于2009年11月两次书面送达通知，终止上述《资产租赁合同》、协议等，并废止相关法律文件。同时，太子奶集团已完全恢复行使一切权利，请所有投资者直接与太子奶集团洽谈，特此公告。
这纸公告，意味着李途纯不再承认文迪波及高科奶业拥有对太子奶的托管权。李途纯最核心的理由是，高科奶业托管期间（1年）太子奶的销售额必须达到12亿~14亿元，才有权处置李途纯质押在高科奶业的股权，但是直到11月份太子奶销售额还不到6亿元，因而高科奶业及文迪波无权引进战略投资者及处置太子奶的股权。
2009年12月14日，株洲市市政府再次就太子奶事项召开专题会议。当时的状况是，高科奶业账上仅剩200万元现金，原材料价值还不到100万元，而成品库存几乎为零，甚至还欠着一大笔的水电费。太子奶再次陷入几乎停摆的状态，这就是文迪波主持托管期间的业绩。
在专题会议上，李途纯立下军令状，“保证12月22日前带回3000万元的原材料，恢复生产”，但是条件是李途纯重回太子奶。最终株洲市副市长肖文伟拍板，“给李途纯45天”。
但是，在验收原材料之时，文迪波与李途纯发生了分歧，文迪波以李途纯只筹集到了1200万元原材料为由拒绝交还经营权。而李途纯公布的由株洲市公证处出具的四份公证书显示，太子奶管理团队按约准备了价值近4200万元的原材料，包括白砂糖、脱脂奶粉、聚乙烯等主要原材料。
李途纯试图通过向政府部门报告和指出高科奶业违约的方式，逼迫高科奶业交出经营管理权，改变文迪波将太子奶破产的思路。但李途纯并未成功，太子奶的经营权始终捏在高科奶业文迪波手中。
欲夺回控制权而始终不得的李途纯，转而谋划另一条出路。2010年1月，李途纯通过太子奶的12位创业元老，北上河南创立“仙山奶业”，并试图将原太子奶的经销网络策反过来，完成另一种意义的金蝉脱壳，但最终也铩羽而归。
外资银行倒逼实施破产
就在李途纯与文迪波对太子奶的控制权争夺处于胶着状态之时，太子奶的最大债权人花旗银行也采取了一系列行动。
早在2008年10月太子奶发生资金链危机之时，花旗银行便在北京高院提起诉讼，要求太子奶提前还贷。太子奶意识到花旗的行为可能导致其他银行跟进催贷，并引发银行债权人的挤兑潮，太子奶随即以花旗银行恶意收贷为由，向北京市高级人民法院提起反诉讼，双方陷入了漫长的诉讼调解期。2009年，荷兰银行也因太子奶的贷款逾期，曾在上海市高级人民法院向太子奶提起诉讼。
花旗银行鉴于在中国境内的诉讼不能取得有效进展，便转而在境外发起诉讼。2010年2月22日，花旗银行方面向开曼群岛大法院提交了清算申请，要求对太子奶的境外母公司太子奶控股（开曼）清算，开曼法院于4月14日开庭并裁定，由香港宝华顾问作为太子奶的清算管理人。
李途纯获悉这个消息之后，第一时间以太子奶的名义发表声明：
湖南太子奶集团及旗下国内各子公司，均系依据中国法律设立的中国企业法人，其全部资产均在中国境内，权利义务受中国法律管辖。湖南太子奶集团及各子公司与花旗银行（中国）有限公司北京分行借款纠纷已由北京市高级人民法院受理，太子奶集团及各子公司已向其提出反诉，目前该案正在审理中。经审计太子奶集团实际资产50.9亿（其中商标无形资产20亿，房产土地30.9亿），负债21亿（其中银行10亿，其他债务11亿），完全属于良性负债范围。一年来，太子奶集团已得到境内外银行（招商银行、建设银行、荷兰银行）的长期理解和支持，近期正在协商拟定还款事宜。我们已与11亿小债权人签订了3~7年分期分批还款协议，得到了绝大多数债权人的支持，目前任何人宣布太子奶破产都是非法的。
此外，太子奶还专门指出，大股东李途纯个人一直反对外资恶意收购太子奶，也反对任何人任何机构以破产方式处理债务。李途纯随后以个人名义宣布，即日起其本人及太子奶集团对公司21亿债务终身负责。
针对开曼法院对太子奶的清算判决，高科奶业也于4月15日紧随李途纯之后发布一则声明：
经过多轮竞争性谈判，株洲市市政府于2010年1月26日与投资者签订投资协议，引进北京商络投资管理有限公司和上海明观信息技术有限公司作为战略投资者，目前有关法律手续全部办理完毕（2月1日完成工商变更）。根据协议约定，战略投资者第一期出资已经到位，主要用于补充“高科奶业”生产经营所需的流动资金，二期出资将推进太子奶集团资产债务的重组，实现做强做大太子奶的目的。根据投资协议，双方约定的投资总额为5亿元人民币左右。