吴贻芳是一位经历传奇的女学者，她出身于一个衰败的亡清官吏家庭，身世悲怆。她生于1893年1月26日，年长邵蕙波十一岁多，她家祖籍是江苏省泰兴县，曾祖父是亡清翰林，祖父是个举人、在湖北省做官多年，父亲吴守训是个秀才、曾当过几处牙厘局的局长、还曾当过湖北省当阳县知县。1904年春天，十一岁的吴贻芳与她的大姐一起回到浙江杭州的外祖母家，并进入杭州女子学校读书。1906年，十三岁的吴贻芳与她的大姐又一起到了上海，进入启明女校读书，后来，她们又到了苏州，考进景海女校读书。1909年秋天，吴贻芳十六岁时，家中突遭大祸，她的父亲吴守训调任湖北省牙厘总局财务科长之后，由于受到局长的唆使与逼迫，挪用了一笔公款，待那笔公款被局长给亏光了之后，他又被局长推出去当了替罪羊。吴守训绝望已极，于是，有一次乘船去湖南办事，他就趁船到江心的时候，一下子从船上跳到江里，自杀身亡！这场变故之后，由于家庭生活困难，吴贻芳被迫暂时辍学，与她的祖母、母亲、姐妹一起回到杭州，在她的外祖母家借住。辛亥革命之后不久，吴贻芳一家随着亲戚家迁居上海，然而，在还不到一个月的短暂时光里，严酷的家庭变故接踵而来，先是她的哥哥、当时正在北京的清华学堂读书的吴贻榘不幸去世，然后，她的母亲也在病痛与悲哀的双重打击之下死去，接着，她的姐姐也由于悲痛过度、在母亲入殓的前夜自缢轻生！这之后，吴贻芳就与她的祖母、还有妹妹吴贻荃搬到了她的二姨、二姨父家中生活，二姨、二姨父为人厚道，待她们很好。吴贻芳的二姨父就是著名学者、宪政名人陈叔通。陈叔通在其二十七岁时，中了亡清光绪二十九年（1903年）癸卯科进士，与淮安名士田耐裕是进士同年。田耐裕与邵蕙波的父亲邵永嘉是朋友。陈叔通得中进士之后，先被授为翰林院编修之职，然后就东渡赴日本学习法政，与邵蕙波的父亲邵永嘉是友谊很重的同学。1906年，三十岁的陈叔通从日本东京法政大学毕业之后，回到了中国；此后，他于1910年、他三十四岁的时候当选为亡清资政院议员。辛亥革命之后，陈叔通于1912年成为国会众议院议员，兼任《北京日报》经理，于1913年4月参加进步党，于1914年5月担任中华民国政府政事堂政事处礼制官兼《民国公报》主笔。在袁世凯闹着当"袁大皇帝"闹得风声越来越紧的时候，陈叔通挂冠南下，回到上海，应其老友、出版巨擘张元济之邀，在商务印书馆任职……
吴贻芳是一位很有读书天赋的才女，在陈叔通的资助下，1913年2月，二十岁的吴贻芳进入杭州弘道女中、直接插入四年级读书。从弘道女中毕业之后，1914年2月，二十一岁的吴贻芳随陈叔通全家移居北京，经陈叔通介绍，吴贻芳在北京女子师范学校与该校的附属小学担任了教职。就在吴贻芳最初从事教育工作的同一时期，1915年9月17日，由美国教会办的金陵女子大学在南京正式开学，当时，这座大学只招收了十一名学生，只有六名教职员，其中两名是中国人、四名是美国人，其中有一名美籍教员诺玛琍女士曾于1913年在杭州弘道女中讲授美国历史，，当时，她对于正在那里读书的聪颖、沉静、好学上进的优秀学生吴贻芳留有深刻印象。诺玛琍女士到金陵女子大学任教之后，就给吴贻芳写了一封信，希望她能来金陵女子大学来读书深造。金陵女子大学的学费很贵，不过，吴贻芳的二姨、二姨父陈叔通都认为这个求学机会非常难得，于是，他们都鼓励吴贻芳去投考金陵女子大学，并慷慨地给予她经济资助。1916年2月，二十三岁的吴贻芳作为特别生插入金陵女子大学一年级读书。到了那一年暑期，经过考试之后，吴贻芳以优异的成绩、作为正式生、与其他八位女同学一起升到了二年级。这一时期的金陵女子大学只分文、理两科，教材全部选用英、美大学中的教科书，学生虽然很少，却来自中国各个地区，由于学生各自说着差别很大、相互难以理解的方言，因此，大家只得采用英语相互交流。吴贻芳主修理科，是化学教授蔡路得硕士（Master Ruthy M.Chester）与生物学教授黎富思博士（Doctor Cora.Reeves）的得意门生。1916年秋天，金陵女子大学成立了学生自治会，吴贻芳以其优秀的学业成绩与卓越的领导才能得到了同学们的高度信任，被选为学生自治会会长。1919年初夏，"五四"运动爆发之后，金陵女子大学学生自治会作出决议，全校学生参加罢课行动。二十六岁的大学四年级学生吴贻芳作为学生领袖，与学生自治会的另一位负责人徐亦蓁一起，率领全校五十余名同学参加示威游行、阅读近代历史、编写壁报、写通俗讲稿、上街宣传、访问江苏省议会、组织校外儿童来校园内学习识字唱歌、组织妇女识字班……待曹汝霖、陆宗舆、章宗祥这三个卖国贼辞职，学校复课之后，吴贻芳等五位毕业班学生努力补课，修完了全部课程。1919年6月25日，金陵女子大学首次举行了毕业典礼，吴贻芳与她的四位女同学徐亦蓁、刘剑秋、任倬、汤惠菁一起获得了学士学位。