擒获何士荣以后，于成龙为了彻底剿灭何士荣部余孽，便追到了吕王城，于成龙对李茂升道：“白水、石陂等地的叛军，都奉何士荣为盟主。现在何士荣被擒，诸贼胆落，无所适从。我们卷甲急趋，紧紧追杀，他们就会彻底溃散。这就是所谓的破竹之势，机不可失。如果稍一松懈，叛军进入山寨，据险坚守，就会死战到底的。”
说罢，大军还没有来得及休整，又继续向前出发，直奔叛军余孽而去。于成龙在行军途中，写下了讨贼檄文，他倒是很聪明，字字句句命中敌人要害，想出了一计，就是让敌军不攻自破。
于成龙在檄文中是这样写的：叛乱人员如果能够反戈一击，擒拿贼首，必有重赏；临阵投诚，绝不杀害；扔下兵器，逃回家中，绝不追究；如果身上没有乡勇印号，家藏兵器者，按叛贼对待，一律处死。
并把生擒何士荣的消息、焚毁叛贼名册的事情广为宣传。叛军听说何士荣被擒获，一下子信心陡跌，群龙无首，他们再也没有起义的信心了，各自上缴武器，逃回家中。叛军数万人，顷刻间就折去了大半。白水畈很快也会于成龙给攻下来，周铁爪、鲍世荣、李公茂等人身边只剩下几百名亲兵，没有了战斗力，都想退守什子寨，不料，却被于成龙事先安插在这里的知县王光鼎率领的五百余人截住了路口，另外还有知县蒋灿增派的二百余人前来助阵，匪首无法逃脱，只好又狼狈撤回。
李公茂此战是损兵折将，战斗力大减，恐难以再起事，于是便与在麻城县起事的孙将军合兵一处，两军联盟，实力大增，于成龙派官军和乡勇攻打麻城县的叛军，由于于成龙军势浩大，叛军首领孙将军、李公茂等人受伤逃走。不过，叛军的势力已经彻底的瓦解、根除了，又过了几日，叛军首领相继被官兵擒获。这些首领当中只有李公茂不堪受辱，最后是撞柱自杀。其余首领全部被于成龙押解至武昌，交巡抚张朝珍发落，张朝珍当然不会留情，最后一个不留，全部斩首。
一场声势浩大的黄州之乱终于得以平息，叛军残余也彻底的清理干净了，于成龙算是立了大功，巡抚张朝珍心里的那块石头也终于落下去了。于成龙黄州平叛大捷，最后是震惊朝野，康熙皇帝对他欣赏有加。
黄州叛军有数十万之众，要想彻底歼灭他们，不是一朝一夕的事情，更有相当的难度，要想落在任何一个官员或将军的身上都是一块烫手的山芋，于成龙作为一个文官，竟然不辱使命，从容的完成了这项光荣而艰巨的任务。创造了历史上以少胜多的又一次壮举。黄州叛乱的成功告破，也大大的瓦解了吴三桂等叛军的势力，黄州这道湖北门户没有攻下，进攻北方，逐鹿中原也就成了梦想了。
长达八年之久的”三藩“之乱，最后是以失败而告终。
四、黄州劫后逢生
于成龙仅仅只用了二十四天的时间就平息了黄州叛乱，以乡勇、衙役等数千人，剿灭叛军数万人，出奇制胜，实属罕见。中国几千年历史，以少胜多、以寡敌众的战役并不少见，但是像于公这般文官，仅仅只用了二十四天的时间就将叛乱给平息了，确实很了不起，文官上战场能打胜仗就已经很不错了，何况还能以少胜多，他确实比很多武将都要厉害。
黄州东山叛乱这个震惊一时、让群臣和康熙皇帝伤透脑筋的叛乱，终于让于成龙给平息了。于成龙此战是出尽了风头，可以说是他为官这么多年来，做的最有成就的事情。黄州之役，于成龙给康熙皇帝留下的印象很深，康熙皇帝也从这个时候开始正式留意于成龙，留意他的一举一动，众臣都说于成龙清廉，到底有多清廉，康熙只曾耳闻，并未眼见，他倒是很想找个机会会一会于成龙。
黄州叛乱虽然得以平息，那接下来的工作就是处理黄州的善后事宜。黄州匪患虽然已经清除干净，但是，黄州百姓的生产生活再一次遭到影响和破坏，于成龙需要进一步处理黄州地方上的民生事宜。
其实，黄州叛乱在战争打响没多久，于成龙就心生退意。原因有三：第一，于成龙年事已高，本想就此为百姓做些事情，没有想到现又逢叛军起义，各地更是民不聊生，于成龙本来就是科举文官出身，碰巧战乱之年难免会有些心灰意冷，一介文官又能做些什么呢？
第二，于成龙的继母李氏，已经到了油尽灯枯的地步了，眼看着离世之日不远了，于成龙还没来得及为她老人家尽孝。
第三，于成龙在黄州平叛，屡立奇功，叛军更是节节败退，朝野上下一片震惊，很多文臣武将更是自叹不如。于是，一些嫉贤妒能的奸佞小人就开始给于成龙洗脑了，同僚们常常在于成龙耳边唠叨说，于母年事已高，据说已经病入膏肓，于成龙还不回家赡养母亲，是为不孝。以此来扰乱于成龙的思想，麻痹他的心智，让他在战斗中分心，好让他身败名裂。
这也真的难为于成龙了，他既要打仗对付叛军，又要顾及名声，在乎别人的流言蜚语，自古忠孝两难全，也难怪于成龙会顾此失彼。所以，于公的思想包袱很重，记得那时，他还写下了一首诗《自叹》：
小官缺养母，浮誉恼群贤。
久欲归林卧，岂为升斗牵。
此诗，表达了于公当时的心情，既矛盾，又痛苦。好在这场战役，于成龙立下了大功，湖广巡抚张朝珍、总督蔡毓荣更是给予了于成龙高度评价。黄州叛乱平息后，于成龙的招抚工作也做的相当出色，黄州地方上老百姓恐慌的情绪也基本上稳定。
战争结束后，于成龙迅速驱散了各地乡勇，并给他们发放了军饷，严禁这些乡勇回到乡里欺行霸市、胡作非为，并对投诚的叛军进行优待和保护政策，乡勇们尤其不能肆意的侵犯他们。
在于成龙的优待政策和以往黄州百姓对于成龙的信任下，叛军余孽陆陆续续从山上下来向于成龙投降，各归各位，农民们也纷纷卸甲归田，安安分分做起了良民。康熙十四年（1675）正月的一天，一支叛军首领，名为黄翠林的带领手下一百多号人下山向于成龙投降，请求于成龙从宽处置。
鉴于他们诚心乞降，于成龙也就既往不咎了。甚至有些外省的贼寇、叛军听到黄州知府于成龙的优抚政策，便纷纷越境而来，向于成龙投诚。于成龙当然是既感动又为难，感动在于他们诚心可嘉，为难在于他毕竟只是黄州知府，外省人不属于他的子民，他哪能做得了这个主。但是，他还是暂时先妥善安顿下了这帮外省投诚人员。然后，再向巡抚张朝珍禀报此事请求解决办法，张朝珍随即向该省巡抚做了进一步沟通，最后这批外省投诚人员全部被送回该省。
康熙十四年（1675），黄州府出现了灾荒。包括旱灾、风灾、蝗灾等灾害。百姓颗粒无收，饿死不少人。不仅如此，在人多繁华的街市，既然还有虎狼出没，真是匪夷所思，这些虎狼都是从附近的森山之中流窜下来的。
无论白天、黑夜都能看到他们的影子，特别是在夜晚他们常常会潜伏在居民的门口，趁居民外出便对他们进行人身攻击。部分贼匪利用老虎出没之际，常常装神弄鬼扮起了假老虎，披上虎皮专门恐吓妇女弱小进行抢劫、强奸等一系列犯罪活动。
此时的于成龙，主要任务还是在军需上，不料，又逢灾荒之年。军需要钱，这黄州百姓逢灾年颗粒无收，百姓生活艰苦，更加需要钱，于成龙只能是硬着头皮仗着他与张朝珍的交情，向张朝珍求情，希望它能够酌情减免黄州百姓的赋税。
这一年，于成龙命令通判宋荦负责整治虎患，宋通判带领当地的猎户、士兵到处打虎，终于将黄州虎患给彻底清除了。面对形形色色的犯罪案例，于成龙硬是拖着病痛都要坚持调查、办理。针对黄州这一年的灾荒，老百姓生活艰难，于成龙也没有办法，这是天公不作美，谁也没有办法改变。
于成龙冥思苦想终于想到了一个办法，但也不是什么万全之策，只能说是勉强能度过难关吧。这个办法还是利用保甲法，进行救济。让当地的区长、甲长等官吏动员当地的富豪、乡绅对贫民进行捐助，支援他们度过难关。如保甲内，确实没有多余的钱进行支助，最后再由官府出面解决。当然，如保甲区内，出现人员饿死等情况，甲长、乡约便难辞其咎，罪当论处。大家都知道于成龙的酷刑，在律法面前是一视同仁，果然此法成效显著，均未出现饿死现象。
于成龙并亲自撰写了《赈济募引》，呼吁达官贵族人士慷慨解囊。
内容如下：故效持钵之小技，暂为燃眉之急图。共丐洪慈，大施恻隐。几石几斗几升，可救一时之妇哭儿啼；或银或米或钱，立苏片刻之饥魂饿鬼。无亡七级，专赖一忱。
康熙十五年（1676），黄州府罕见的天灾终于过去，黄州府各地民生渐渐得以复苏。但是，三藩之乱尚未结束，黄州百姓民心未稳，还沉浸在惶恐之中。于成龙想到了一个办法，就是转移百姓们的注意力，让他们不再为战争而感到惶恐不安。
这一年，于成龙作出了重修赤壁遗址的决定，赤壁大家都知道是三国时期，赤壁大战的发生地。而赤壁正处于黄州府境内。至于说修建的经费主要由官府出，另外黄州府富豪、乡民们再随意捐献。
工人主要用贫苦的乡民，于成龙这样做的目的，大概是让贫苦乡民们来挣官府和富豪们的钱吧。这样一来既修建了古迹，又让贫苦百姓大捞了一笔。赤壁古迹的重修，在于成龙的主持和监督下，得以完善。不仅一些旧式建筑得以翻新，还增修了一座“二赋堂”，专门用来纪念苏东坡的《前后赤壁赋》。于成龙重修古迹的决定，不仅给黄州的文化事业涂上了浓墨重彩的一笔，也大大的缓解了一些贫穷乡民的生活压力，工程所需的人力费最后都到了贫苦百姓的口袋里了，可谓一箭双雕、一举两得。
工程竣工后，闲暇时，于成龙便会约上几个志同道合的文人义士，来到赤壁之上把酒言欢、吟诗作对。
黄州百姓见于成龙如此逍遥自在，便不再惶恐不安，并纷纷感叹道：“吾公如此，吾属何忧？”。
这是于公当年在黄州赤壁时所留下的几首诗词，如下：
《赤壁怀古》
赤壁临江渚，黄泥锁暮云。
至今传二赋，不复说三分。
名士惟诸葛，英雄独使君。
今朝怀古地，把酒对斜昏。
《赠属邑》
浠川淑气冠齐安，抚字催科万姓宽。
尤望冰壶澄到底，神君年少足称欢。
《如梦令二首》
岁暮容颜非旧，食少形骸消瘦。睡起不胜愁，频叫苍头斟酒。斟酒、斟酒，梦见故乡花柳。
赤壁莺啼岸柳，歧镇雨肥园韭。忆别若为情，且看燕飞红瘦。回首、回首，谷雨清明时候。
《满庭芳》
脱却蛮烟，奔离蜀道，三载又到光黄。生来命薄，才力比谁强？眼见此身已老，消磨了多少疏狂。百年里有几人，跳出傀儡逢场？
思量还故里，箪瓢陋巷，澹泊何妨？任随缘过日，说甚彭殇。幸遇杏花赤壁，访遗迹，感慨悲伤。寻两地，半邱荒草，一望白云乡。