明世宗嘉靖十五年（1536）夏，蒙古族首领吉囊率众10万驻扎贺兰山，分兵侵犯凉州。副总兵王辅率部御敌，击败吉囊，斩杀57人。吉囊又入侵庄浪，与庄浪总兵姜交战于分水岭（今乌鞘岭、毛毛山一带），姜三战三胜。
明嘉靖三十八年（1559）。蒙古俺管汗携弟着力麮、宰僧，子麮、丙麮等数万众，从阿拉善一带经天祝松山袭据青海，一年后东还，留丙麮据青海，留着力麮、宰僧、宾麮占据松山，于是其势力从河套至松山、青海连成一线，日寻干戈，骚扰百姓，侵犯边关，盘踞30余年。
明万历二十六年（1598），兵部尚书兼三边总督李汶、大司马兼甘肃巡抚田乐、甘肃总兵达云等奉旨收复松山。先克昌宁湖之青把都，后破青海之永邵卜。是年三月向松山进兵，阿赤麮在隆答、孤头迎战，击败庄浪兵。于是李汶、田乐等经周密计议，于三月二十日出奇兵分路进剿，一路从泗水出兵直捣扒沙，一路从黄羊出兵直捣鱼沟，攻其腹背，一路直攻黑马圈河，共斩杀714人，俘获黄金榜什等500余人，阿赤麮部溃败奔逃。后阿赤麮等重整其部，联合青海蒙古兵抵抗，并于七月三日乘雨挖边，欲从镇羌、岔口越长城入青海，被官兵击溃，打死卜打台吉等5名头目和50余名散众，其余败走，退入大、小松山。九月二十四日，各路官兵并进围剿，西宁兵备右布政使刘敏宽从青海、庄浪兵备按察使梁云从乌鞘岭之北、甘州副使李景元出兵黄羊川、甘肃总兵达云入黑马圈河，西宁同知龙应坚和凉州通判使王伦车免、刍粟整其军旅前后堵截。九月二十五日至二十六日，两河五道官兵会攻大、小松山，斩杀4人，生擒2人，俘获880人，获牛、马、驼、羊1500多头（只）。至此，松山收复。
（二）清朝时期的战事
清雍正元年（1723）夏，蒙古和硕特部亲王罗卜藏丹津起兵反清，侵犯西宁。九月，庄浪东、西两山藏族谢尔苏、厄尔布等部落（驻今赛什斯镇）和沙玛蓝占巴（驻牧今西大滩、东大滩乡一带）也一时并起。清政府命川陕总督年羹尧、四川提督岳钟琪出兵镇压。是年十一月，年羹尧派凉州总兵杨尽信率兵4千至棋子山等地，四面夹击，斩杀数百人，厄尔布部落首领鲁木受等2人和谢尔苏部落首领坎柱等6人被生擒斩首。庄浪土司鲁华龄中途设伏，生擒番部首领哈米善等6人，继而乘势进攻棋子山，反清群众退入驼那沟铁包城，鲁围攻五昼夜不下，便命健卒数十人，编木筏暗渡大通河垴，从背后包抄，前后夹击，破城滥杀。接着进兵剿捕阿罗等部藏族，镇压东山反清群众。雍正二年二月，石门寺喇嘛浑囊苏山丹等所属罗（朵）卜藏、马贾等部落与谢尔苏、厄尔布二部落逃散人员倚寺抵抗，年羹尧令凉庄道蒋率绿旗土司民兵五路进发抵寺，杀死僧俗600余人，入寺搜得盔甲50余副及刀、枪等物，并烧毁寺院。前锋统苏丹在旁伯拉峡杀戮甚众。守备马光战于宽沟，斩20余人，其余溃逃。当时庄浪河以西桌子山、棋子山、石堡城（也叫石头城）的藏族人民屡遭官兵烧杀、躏辱，故激起民愤，反清最为激烈，他们以谢尔苏部落为主，联合毛毛山一带数万藏民，劫饷杀官，据险奋战，官兵屡剿不服，于是岳钟琪亲率2万兵讨伐。两面夹击。石堡城被破，擒斩5000余人，其余全部投降。接着于六月砍树开道攻破桌子山和棋子山，杀伤头目班弟马牙，余皆逃奔，遂派署总兵宋可进跟踪追击，部落头目嘎住带领男女老少1162口投诚。西山之乱平息后，岳钟琪又统兵至镇羌，遣兵截击，大破集聚木茂山（今毛毛山）的反清群众，从番民弃妻小逃散。这次平叛后，改庄浪卫为平番县，谢尔苏八族交鲁土司管理。
清道光二十三年（公元1843年）五月，居住在天祝境内祁连山的一带的藏族人民，不堪忍受清朝政府的苛捐杂税和边将的武装劫掠，揭竿而起，奋勇抵抗。陕甘总督富呢杨阿一面调遣清兵和责令蒙、藏地方头目选派“勇骑”进行武力镇压，一面指派代表，勾结寺院上层出面言和。起义队伍被瓦解，使这次反抗斗争失败。道光二十五年（1845）六月，青海大通藏民在东北部金羊岭杀死无端追捕牛羊的巡边总兵庆和及期限随行官兵，再次掀起反清浪潮。是年八月，祁连山南北（包括天祝地区）藏族群众也纷纷行动起来，支援金羊岭的斗争，集结近2千人的兵马在群科等地向巡边清兵发动猛烈进攻，凉州军马场的一些藏、汉族牧工也参加了斗争。翌年，林则徐奉命清剿，义军退至硫磺沟等地，终因寡不敌众而失败。
咸丰元年（1851）七月，天祝和高台南山等地区藏族部落反对西宁禀生李国栋的统治以来，河西地区发生藏、汉两族群众联合反清斗争就有4次。咸丰二年（1852）七月，藏族首领阿里克公住和才旦多吉组织当地藏民反对清朝统治，四邻汉民纷纷响应，义军很快发展到2300余人，在金羌、松山、宽沟等地袭击官兵。是年八月，总督舒兴阿等率数万清兵，扼守要塞，分路堵截，合力进剿，疯狂镇压，先后在烟洞沟、炭窑沟、黑刺沟、麻黄沟、靖边卡外等处大败义军，杀死700余人，首领阿里克公住被俘，才旦多吉率余部逃匿肃南、青海等地，义军惨遭失败。
清同治四年（1865），河州回民马占鳌等反清起事，翌年七月攻入今天祝县境内。这次战乱使天祝藏区人口由咸丰年间的10余万人锐减至千人左右。
清光绪二十一年（1895），河湟地区发生撒拉族、回族反清事件，后来一部进入河西。欲攻大靖堡，南冲寺活佛赵扎提二世率僧俗武装数百名，配合大靖营游击堵杀，回军不支而东去。光绪三十一年（1905），回民反清斗争又起，兵至乱泉子，波及古浪，赵扎提二世率僧俗武装前往进剿，在岈赛豁岘大败回军。
（三）民国时期的战事
民国10年（1921）4月，武威县县长勾结地方绅士、恶霸地主，率500余人攻打哈溪，欲逐哈溪滩数千名各族群众，霸占草原、森林、水源。南冲寺管家李达吉等迅速组织300多人，利用火炮、土枪、大刀、长矛、石头等武器自卫反击，来犯者丢下县长仓皇窜逃。
民国17年（1928）7月26日，凉州镇守使马廷发兵攻打永登县城，途经十八里堡时被西大滩部分乡民截走粮草。马廷派兵400余名经黄羊川至西大滩石门前往报复。西大滩群众凭借石门天险阻击，马廷部数次强攻不克，只得退至张家墩。7月29日，绕道南冲寺，杀死喇嘛9名，烧毁大经堂和部分僧舍而归。
民国38年（1949）8月，解放兰州的战役打响后，国民党周嘉彬部溃逃，一部逃至龙沟堡扎头子，乘机窜入今朵什乡、奸淫掳掠。孔照熙、张怀友等人联合龙沟群众，自发组织自卫。
9月上旬，在煤场、荒草掌等地同劫掠财物的周部30多人激战，击败了敌人，保住了当地人民的生命、财产。与此同时，驻在十八里堡的国民党散兵也成批窜到南冲、石沟一带抢劫，同样遭受到了自卫群众的打击。
（四）国民党官兵在天祝的两次投诚
永登军牧场的投诚1949年解放军进攻兰州，国民党马步芳部节节败退。是年8月24日，松山牧场被西窜的国民党周嘉彬部一个营劫掠，抢走马匹，财产洗劫一空，场长常承楷带着场部人员逃往张掖，牧场由牧务课长赵麱负责。在大势已去，进退两难的情况下，赵麱与王继超、李景辉商量后，派场部职员范干成、穆成章、李金山到兰州与人民解放军第一野战军后勤部联系投诚。9月1日，第一野战后勤部派李贵初前往松山接管，任命赵麱为场长，李贵初为政委，收集散马100多匹，并买了一些羊只，恢复了军牧场。
骑兵团的投诚国民党军黄祖勋部九十一军直属骑兵团7个连，官兵近千人，战马千匹，团长为上校曲绎兴，副团长为中校王守贤。团部驻大靖城内的大寺、会馆等处。1949年8月26日兰州解放后，其任务为“尽滞共军行动，掩护主力西撤”。9月2日，人民解放军一野二兵团六军先头部队抵达松山滩。面对解放大军的逼近，曲绎兴、王守贤暗自决定投诚。于是，派两个班长随山西客商以行商为名到松山联系。9月5日，山西客商和两名班长返回大靖，向曲、王二人报告了解放军“欢迎投诚起义，具体问题要和主要领导人面谈”的意见。曲绎兴当即到干柴洼，同解放军商谈，9月7日全团到达松山。9月8日，解放军组织欢迎会，六军军长罗元发、政委张贤约参加了欢迎会。9月9日，罗元发传达了彭德怀司令员欢迎国民党骑兵团起义的电报，并宣布命令，将骑兵团改编为人民解放军第六军直属骑兵团，绎兴任团长，王守贤任副团长，吴特任政治委员，胡天舜任副政治委员，秦桂章（原团副官）任副参谋长。
（五）人民共和国成立后的战事
解放初期，以马彦彪、马德山、冶子明、申麻子、鲁国佐和鲁凤德等为首的三股土匪及马步芳部残余窜至天祝境内，活动于天堂寺、金强滩、哈溪、天桥沟、天池台和毛藏等地，进行骚扰和破坏。各路土匪共900多人、500多条枪、700多匹马。1950年自治区成立后，立即商议剿匪肃特，成立天祝自治区治安组和警卫队，全力配合专区公安处、武工队和解放军八师开始剿匪肃特。
全区共组建乡自卫中队和小队10支，民兵630人，负责搜山、盘查、维护社会治安，配合部队剿匪。哈溪民兵捕获匪徒张三保等4人，缴获长短枪7支。11月，自治区治安组组长张鸿魁带领公安队战士和民兵共50多人，配合八师二十四团前往炭山岭、朱岔、天堂、科拉、大宗沟等地追剿，先后在阿沿沟、科拉、大宗沟与土匪交战3次，俘获匪徒60余人，生擒“西北反共救国军湟北骑兵团”营长牛生荣，缴获电台1部、电话机5部、六○炮1门、轻机枪4挺、步枪36支、手枪9支、手榴弹130枚、各种子弹13650余发、马刀和剌刀35把、马13匹，匪首鲁国佐带领残匪逃匿青海。同年，青海省军区派武装工作队骑兵大队进驻天祝东坪剿匪。
1951年4月，80余名土匪窜入毛藏的牛头山、华山一带，武工队、独立营和祁连、哈溪民兵合围，在天池台与土匪交战，击毙土匪14名，打死马8匹，其余逃跑。在这次战斗中22岁的藏族民兵班长孙照海英勇牺牲。
1951年冬，匪首冶子明带20余名土匪骑兵进入天祝，从松山芨芨滩、柏林沟垴，过石门寺、金强滩、进双龙沟，向皇城逃窜，自治区中队和剿匪部队1个骑兵大队，两个步兵连尾追堵截，在黑刺沟、天桥沟、两头翘等地接火4次，击毙匪徒9名，生擒1名，缴获马13匹、机枪1挺、其它物资22件。年底，武威军分区又组织公安便衣队进山清剿，冶子明和1名匪徒分别被永昌公安队和天祝便衣队抓获。匪首鲁国佐死于业土沟守拦垭豁森林中。至1952年，天祝境内土匪被全部剿灭。