卢汉亦已送家属赴港，为自己准备退路。昆明已成为蒋介石集团空运搬迁台湾、海南的中转站，市区充斥省外逃来的国民党政治难民，争相抢购飞机票外逃。蒋介石于11月中旬从台湾再次飞抵重庆，亲自督促国民党国防部，陆军总部等首脑机关搬迁昆明，要卢汉率政府迁往滇西，云南局势发生急剧变化：昆明市委审慎估计形势发展可能出现的几种情况：
一是蒋介石集团控制昆明，卢汉被挟持或被迫迁往滇西；
二是蒋军在昆明外围被歼或溃逃，卢汉亦被迫随之离昆，蒋特于溃逃时对昆明进行大破坏；
三是卢汉在南下野战军和“边纵”，的军事支援和昆明地下党发动组织全市人民的支持配合下，不失时机果断起义，获得成功。
我们应立足于在复杂严峻的形势下，依靠党领导、组织群众的力量，做好充分准备应付突然事变。市委要求各条战线，各部门地下党和外围组织抓紧做好工作。
11月30日重庆解放，昆明人民盼望早日解放，国民党敌特惊恐万状。卢汉成立昆明警备司令部实行宵禁，形势急剧变化。市委向滇西两个地委和已率西进部队到滇西的“边纵”副司令员朱家璧通报，对卢汉部队东调昆明勿予阻击，并防止西康蒋军入滇。
12月7日，周体仁受卢汉委托向华南分局叶剑英报告卢汉将予20日以前起义，要求人民解放军支援。党中央对卢汉提出要求：“起义部队按约法八章改编为人民解放军，有秩序地接管地方政府机构；对起义军政人员不究既往，保证生命财产安全，并予录用；释放被俘滇军将领；解散各地的地霸游杂武装，不予收编等。”
12月7日，张群奉蒋介石之命到昆明，逼迫卢汉让国防部等机构迁入昆明，省政府和绥靖公署迁往滇西，卢汉提出种种困难，表示很难照办。张群奉命于8日偕龙泽汇、李弥、余程万3个军长飞抵成都见蒋。形势十分紧迫，如蒋的计划实现，卢汉起义即可能夭折。12月9日，张群和龙泽汇、李弥、余程万一同再次返昆，卢汉乘机软禁了张群，并借张群名誉，召集在昆明的蒋介石集团主要军事和特务头目李弥、余程万、李楚藩(宪兵副司令)、童鹤岑(宪兵司令部参谋长)、沈延世(空军第5军区副司令)、石补天(26军193师师长)、沈醉(国防部保密局滇站站长)开会，当晚将其全部扣押。控制市区和飞机场，通电宣布起义。
12月11日，毛泽东主席、朱德总司令复电卢汉，赞扬卢汉率部起义对“加速西南解放战争之进程，必为全国人民所欢迎”。指示卢汉接受二野刘、邓指挥、准备迎接解放军人滇，执行“约法八章”，刘、邓“四项号召”，肃特镇反，与云南人民武装建立联系等。卢汉复电表示完全接受，切实执行。卢汉率部在昆明起义，打乱了蒋介石的部署，遭到了国民党军队的疯狂反扑，保卫昆明的战斗打响了。
与此同时，美国侵略者也在策划如何诱使卢汉上钩。美国驻昆明领事陆德瑾对卢汉说：“只要卢先生继续反共，美国每月可提供100万美元的经费和武器、弹药，后勤供应也由美机空运补充。”不久，陆德瑾又带着记者团会见卢汉，胡说“只要卢汉先生坚决反共，可以宣布独立，另立政府。经费、武器、弹药，一切由美国负责供应”。继续从事勾引、鼓动卢汉反共的勾当。
在如此错综复杂的形势下，卢汉既慑于蒋介石的威力，又担心共产党不原谅自己的过去，思想出现反复。是否起义?何时起义?犹豫不决，迟迟不能作出决策。
根据这种情况的变化，中共云南地下党组织，指示省参议会中的中共党员，联合民主人士，不时到卢汉家中座谈时事形势，伺机宣传形势和党的政策，消除卢思想中的疑虑，让一些辛亥护国元老与卢汉谈心，鼓励他继续走向爱国爱乡的道路，地下党还通过各种渠道，把党中央的号召、人民解放军的宣言、布告和第二野战军领导人刘伯承、邓小平的指示等，送到卢汉及其身边要员手中，使他们能直接了解到中共及其领导的解放军的方针、政策，坚定信念，明确方向。
党中央为了帮助云南做好争取卢汉的工作，特地将在北平参加傅作义一道起义的原北平警备区中将司令周体仁派回云南，做争取卢汉的工作。周体仁是云南景谷县人，傣族，与93军军长龙泽汇关系很好。周在北平接受了周恩来、朱德、叶剑英等领导人的指示，9月，伪装解甲归田，经天津、香港、广州到昆明，秘密潜入龙泽汇家中，向龙转达中共中央领导人希望云南和平起义的意见。并说，朱德总司令和叶剑英总参谋长以前都在云南上过讲武堂，他们对云南十分关心，特地叫我来对你们传达此意，并介绍北平起义的经过。龙泽汇向卢汉引见周体仁，三人多次密谈起义之事。卢汉激动地表示：“传作义将军地位比我高，兵比我多，尚且依靠共产党，我卢汉咋个还为老蒋卖命?”
一度犹疑不决的卢汉，重又坚定了选择走向光明之路的决心。
下决心弃暗投明
正当人民解放大军向江南、华南和西南胜利进军、蒋军残余势力土崩瓦解的时候，蒋介石及其死党却高唱第三次世界大战将要爆发的滥调。他们幻想大战爆发就可卷土重来。可卢汉则认为，三次大战一时不会爆发，共产党是肯定地成攻了。如今革命洪流，势不可挡，全国解放，巳成定局。表示不能再做蒋介石的殉葬品，不能做民族罪人，要采取措施逐步摆脱蒋帮控制，准备起义，迎接全国解放。他分析云南当时的困难是国民党嫡系26军驻防安宁、宜良到蒙自一线；宪兵十三团驻在昆明市内圆通街，城中布满军统、中统特务和国民党的一些特设机构，稍不留心就会出问题。所以，他还要等一等，要捕捉时机。他一再叮嘱龙泽汇要严守秘密，用人要十分谨慎，并且让龙泽汇设法与人民解放军滇桂黔边纵队取得联系。
龙泽汇通过中学时的同学、已弃武经商的吴树桐很快就同边纵副司令朱家璧联系上了。卢汉听说边纵缺乏枪枝弹药，派龙泽汇设法送—些过去。龙泽汇通过朱家璧的叔父朱旭，和朱家璧约定在寻甸县羊街磨盘寺会面，并在那里交接武器弹药。
1949年5月下旬，龙泽汇幌称去杨林飞机场视察驻守该地的保安团，用卡车把武器运到保安团保存。第二天，龙泽汇、朱家璧在羊街磨盘寺相会了。龙、朱是国民党中央军校即所谓黄埔八期的同学，原来关系不错，后因信仰不同而分道扬镳，今日相见，分外亲热。龙说，老朱，你们为国家为人民，辛苦了，我们如何配合起来消灭26军，希望你们多帮助。朱说，解放云南是我们大家的事，希望卢主席你们坚定决心，我们好好配合干吧!接着双方交换了如何配合共同对付国民党中央嫡系部队的意见。当晚夜深人静、鸡叫头遍的时候，边纵游击队化装成保安团，人不知鬼不觉地到保安团营地运走了卢汉支援边纵的第一批武器，计步枪五百余支、轻机枪三十多挺和若干箱子弹。第三天，龙泽汇怀着喜悦的心情驱车回到昆明。
不久，蒋介石召见龙译汇，问：“云南的游击队为什么会如此猖獗，为首的都是些什么人?”当龙泽汇告诉他为首的有朱家璧、余为民时，蒋介石脸色一变，勃然大怒，起身立地，乌云滚滚。因为此二人均是黄埔八期毕业，自然是这位蒋校长的学生了。如今听说学生背叛自己，怎能不叫他怒气冲天呢?他自己不打紧，可吓得龙泽汇慌忙解劝道：“校长不必急，他们主要是受人欺骗，跟着瞎胡闹，成不了什么气候”。蒋介石仍是怒气未消，打断龙的话说：“成不了气候?卢主席怎么搞的，没采取果决行动?”龙泽汇壮一壮胆回答说：“报告校长，我们兵力不足”。“兵力不足，这个好办”。蒋介石说，你回去告诉卢汉，把你们在东北损失掉的两个军恢复起来。蒋介石当面就任命龙泽汇为重建的93军军长。但他憎恨60军在长春起义而赞赏在山东孟良崮被消灭的74师，因此，不准恢复60军番号，重建的军队要改称74军。
为了使起义万无一失，卢汉把认识周恩来的朱一痕从香港请来，由他到北平去晋见周恩来，请示起义事宜。8月，宋返回昆明传达周恩来，朱德等中共领导人指示，说中央领导高度评价云南准备起义，但什么时间起义应和中共方面联系商量，时间不宜过早行动，特别在解放军还不能直接支援时，不要轻举妄动，以免地方糜烂。周思来的指示为卢汉起义指明了方向，特别在时机选择上一定要把握好解放大军临近云南的时刻。
为了联合川康地方势力共同对付国民党中央，卢汉又派出代表赴川康联络。西康省主席刘文辉、川康绥靖主任邓锡侯和川陕边区司令潘文华均表示愿和云南携手并进。
正当卢汉秘密进行各种准备的时候，8月间，龙云突然在香港向报界发表谈话，宣布云南准备起义反蒋。这突如其来的消息，震动了蒋介石和李宗仁，也冲击了卢汉。代总统李宗仁企图以桂系入滇，武力改组卢汉政府；而蒋介石担心桂系入滇会排斥蒋系势力，不想让桂系入滇；卢汉对龙云的谈话很有意见，说老主席发表谈话倒不费力，可给我们带来麻烦了，这样乱搞，引起蒋介石猜疑，要是打起仗来，自己力量不足，解放军又还距离远，怎么办?左思右想，只有托张群向蒋介石说好话，打消蒋的疑心。蒋听信张群的话，不准李宗仁改组卢汉政府，但派出亲信，国防部副总参谋长肖毅肃到昆督察，召开军事会议，决定卢汉的保安团要配合中央军进剿滇桂黔边纵队。会后，卢汉要龙泽汇迅速将消息通报朱家璧，作应变准备。
当天龙泽汇就请朱旭先去找朱家璧联系接头。第二天，他就以视察保安第一团之名驱车到宜良，夜宿保安团。第三天拂晓，龙泽汇乘车到路南，在石林附近的三家村与边纵领导人朱家璧、郑敦、张子斋、孙康、何现龙等会晤，共商破敌之策。最后商定朱家璧率领边纵主力向滇西转移，圭山根据地立刻坚壁清野，好让保安团虚张声势地来一番大规模的“进剿”，以骗过蒋介石的眼睛，卢汉也就可以交差，诡称“消灭”边纵多少多少，进剿大获“全胜”云云。可以说这个时候的卢汉已是“身在曹营心在汉”了。
1949年整整一年，对于国民党统治集团来说每一天都是难熬和痛苦的。单说在国统区内，由地下党、民主人士、爱国学生等组成的第二条战线，就让国民党统治集团头痛不已，更不必说我人民解放军在上年底到这年初的辽沈、平津、淮海三大战役，歼灭国民党精锐部队一百六十多万人。这一系列的致命打击使得整个国民党的统治都处于风雨飘摇之中，全国人民都知道，国民党的统治就好比兔子的尾巴——长不了。尤其是4月渡江战役胜利以来，南京解放了。人民解放军已增至四百余万人，八一军旗插遍了大半个中国，国民党军队处于节节败退之中，“青天白日旗”在寒风中悲泣。秋天，对于胜利者来说是收获和喜悦的季节，对于反动派来说则是萧瑟衰落的悲哀，真是“觉人间，万事到秋来，都摇落”。
此时的蒋介石，正在黑黑的屋子里，闭着双眼瞑思苦想：美国出兵的愿望落空了，和中共谈判又已破裂了，看来现在只有孤注一掷地在西南地区和共产党决死一战，想尽一切办法保住这在大陆上的最后一块反共基地，等待第三次世界大战的爆发。于是他在重庆摆出了“鸿门宴”，探探云南省主席卢汉的虚实，能拉拢则拉拢，不能拉拢就让军统特务把卢汉干掉。这是1949年9月7日的事。
人民解放军在毛主席、朱德总司令的领导下，势如破竹，所向披靡。解放军渡江战役胜利后，国民党的主要残部力量是白崇禧和余汉谋两个集团，他们主要盘踞在湘、粤两省，另外还有西南的胡宗南军事集团及川、滇、康的地方势力。根据毛主席制定的大迂回、大包围，断其退路，先完成包围然后再聚歼的作战方针及总的作战部署，从7月起，人民解放军第四野战军的主力就向白崇禧集团发起攻势。8月4日，湖南省省主席、国民党第一兵团司令陈明仁宣布起义，长沙和平解放。9月10日发动了衡宝战役，白崇禧逃往广西。中国人民解放军第四野战军四兵团和四野十五兵团南下，10月14日解放广州，10月22日解放桂林，12月4日解放南宁。
从11月1日起，四野、二野、一野三大部队展开了大西南围歼战。早在夏秋之交，二野主力就秘密集结湘西。此时，五兵团及三兵团一部分由湘西入贵州，11月解放贵阳，11月22日解放桂林，11月30日解放重庆。接着一部迂回于乐山、邛崃一线，切断胡宗南向西康逃跑的退路，一部进军成都。与此同时，胡宗南及其指挥的残敌数十万人被压缩在成都平原，成了“瓮中之鳖”。在重兵包围及政治攻势下，国民党官兵走投无路，纷纷投降或起义。解放军进攻速度如风驰电掣，不到半年，湖南、广西、贵州、四川几千里的战线上战旗猎猎，万马奔腾，解放军所到之处人民群众夹道欢迎，喜气洋洋。蒋介石赖以支撑的军事力量土崩瓦解，云南陷入孤立。
随着战局的发展，在人民解放军的强大攻势下，全国已基本解放。解放军滇桂黔边区纵队控制了云南的大部分地区和主要交通线。国民党第二十六军、第八军也处在边纵的包围之中。全省的广大农村，人民革命情绪极高，到处唱“桃花开，李花开，桃李百花开，百万大军渡江来，哟!全国人民解放哟”。而蒋介石却拼命要保住云南这块在大陆上的最后反共基地，便于他在大陆上作垂死的挣扎。
蒋介石为了加强对云南的布置和防御，经常来往于重庆和台湾之间。1949年9月初，蒋又赶到重庆，打电报邀请卢汉赴渝。卢汉派民政厅长杨文清和省府秘书长朱景喧代表前去。但是蒋仍以国家安危为理由，务必要卢汉抱病前去。这时，余程万的二十六军已由开远向昆明方向移动，李弥的第八军也向昆明开来。卢汉为形势所迫，于1949年9月7日决定前往重庆。为了保全实力，卢汉决定委曲求全，冒险赴渝，并与家中人商定，到重庆后每日通电一次，单日署名落“卢”，双日署名落“汉”，见有署名为“卢汉”的便是假电，可即日通电起义。
蒋介石认为，不管卢汉出于什么动机，对他的心理战是十分重要的。而卢汉却报着既来之，则安之的态度，于是在交谈中便与蒋介石讨价还价起来。经过几次长谈，双方终于达成协议：卢汉同意国民党特务在昆明“整肃”，蒋同意云南保安团扩编为两个正规军，发8000两黄金作为军费。目的达到，卢汉及时向昆明发“卢”的电报，告知这一情况。
卢汉回昆后，特务头子徐远举于9月9日下午，率领沈醉及特务几十人逮捕数百人，并强求卢汉签字立即枪决200人，企图借卢汉之手来屠杀共产党人和社会贤达，拉卢汉上他们的贼船，达到嫁祸于人的目的。卢汉利用蒋介石与李宗仁的矛盾，以李宗仁同意为由，对所有“整肃”的人员，均以罪证不足，一律给予释放。这样，所谓的“九·九整肃”就告一段落。