公安处在太和街奋战了六天六夜，因昆明保卫战而迁到圆通山，随即迁往三合营25号，直到1950年3月初军管会公安部成立，合并入公安部。大部分工作人员，陆续分配到公安战线上继续工作，部分人员调回原单位。昆明监狱及全部在押人员，连同预审档案材料等，全部移交公安部。全部敌情人员，交公安部继续掌握使用。临时军政委员会公安处，完成了其所担负的历史使命。
搜捕敌特工作，从12月9日深夜开始，至13日公安处成立，是根据起义当局命令执行，但与我保卫部有密切关系。在1949年9月卢汉成立保安司令部情报组时，地下党组织因势利导，设法派“军盟”成员程灿章、陶毅，“民青”成员廖蔚荣、张应武等人打入该情报组，由敌情工作小组田培宽直接联系。在起义前夕，田培宽已将汇编之敌特名册之大部分内容，交给了程灿章，成为警备司令佴晓清领导的军警联合行动组执行任务的重要依据。事实上该组织也是执行了我党交给的任务。警察总局长李志正，在起义前已参加了“警盟”组织，起义后第二天，交由朱人杰联系，朱交给李一份敌特汇编名册，下达了“照单请客”的逮捕任务。
12月9日下午，卢汉通过市长曾恕怀，命令当夜逮捕刑警大队(军统滇站第四公开组)特务。李配合九十三军张中汉师逮捕了刑警队特务多人。
12月9日夜，“军盟”成员程灿章奉命率领张中汉师一团团长王绍尧部，包围凤凰村保防处(军统滇站机关)，警察八分局“警盟”人员配合，以检查为名，几经周折才进入保防处，逮捕特务数十人，收缴全部档案、文件、美式枪械器材、电台、刑具等交警备司令部，摧毁了军统在昆明的老巢。该站副站长胥光辅等三人翻墙外逃，后也在警察及群众的协助下逮捕归案。
军统滇站站长沈醉，已于9日晚在卢汉公馆被扣留。经过做工作，本人表示愿随卢汉起义，并于10日亲自拟了号召军统人员停止活动、听候处置的指令。沈醉还向卢汉提供了军统西南区区长徐选举等四人9日路过昆朗之下榻住址。卢汉当即命令李志正务必缉拿归案。李等机智地逮捕了徐选举、周养浩、郭旭、成希超等四人。罪恶累累的军统“四大金刚”，终于在昆明落网。
在我打入情报组人员的带领下，以“军警联合行动组”名义，逮捕了第六编练司令部政工处特务数人，搜捕了国防部政工总队、宪兵特高组、国民党去南省党部调统室、中统西南办事处、国防部二厅在昆特务数十人。逮捕了潜居皇后饭店之国防部二厅副厅长沈蕴荐及其所属特务8人、国防部二厅驻土耳其少将武官戴光明、总统府侍从室上校组长赵秉钰，以及蒋经国的“勘乱”救国大队武装特务数十人。还逮捕了几个军统、中统骨干组长级特务，如张连清、余鸣浩、方永顺等。10日晚，曾逮捕昆明人民痛恨已极的刑警大队长周伯先，周越墙逃脱，潜逃朱家才(军统)家躲藏。卢汉曾争取周伯先、朱家才等人自首，令其出面移交刑警队档案，器材，但周、朱二人却趁机潜逃缅甸。
此外：卢汉亲令佴晓清，逮捕了保安司令部副司令柏天民及绥靖公署少将政工处长罗春波。
13日公安处成立，在公安处统一部署下，立即开展搜捕工作。学委派来的学生党盟员和警察及义勇自卫队武装配合，在全市展开行动，严厉地打击了面上的敌特，移送昆明监狱管押。使得在昆明保卫战中，虽然城外枪声大作，城内仍秩序井然，粉碎了敌人里外策应的阴谋。23日以后至2月底，侦察情报工作、审讯工作与党组织发动群众揭发相结合，转入对重点单位及主要漏网敌特的侦捕工作。公安处共逮捕敌特约400余人，其中突出的有以下几件：
捕获了滇站(即保防处》工运组解放前夕组织发展准备派入工厂潜伏以备后用的义务通讯小组组长、老牌特务张子彬；“一二·一”、“七·一五”事件中的主要打手，也在群众检举揭发下，逮捕归案；其中特务蔡春圃潜逃，经多方侦察，终于在1950年3～4月间在武定捕获。
昆明市委广泛发动群众，统一部署指挥兵工、铁路、工厂、企业、机关、学校等各基层单位的党组织及护产队、义勇自卫队，纷纷将各基层单位中的特务及反革命骨干分子逮捕扭送专政机关。革命人民织成的天罗地网，使特务无处躲藏。
中统调查处处长孙秉礼、副处长李宏泽，也被公安处侦捕，中统内政部调统室西南办事处特务数十人，11月由贵阳迁昆，住北门街四川会馆，也全部落网，同时搜得文件、电台及部分武器。国民党云南省党部书记长高云棠及王正柩等，也在昆明被捕。
根据沈醉的交待，公安处及时逮捕了军统贵州站副站长叶剑英、军统香港站站长国民党两广监察使邢森洲、滇站行动组长王汉文、二十六军谍报科长张宜川、军统昆明潜伏一组组员林子华(省府收发)、郑玉和(一组：组长丁翔已潜逃)，昆明潜伏二组组员马济云(医生)、任绍武等，也被公安处侦捕。
根据公安处侦察材料，逮捕了国防部二厅派来昆明督建潜伏电台的西南电讯督察长冯溪、国防部侦测台台长戴章、中美气象总站云南站站长朱定邦、国民党外交部特派员李国清、大东亚反共大同盟主席陆某某等。此外如白崇禧的副官长木向东、贵州田赋处处长谢百元、国民党高级军政要员李果明等人，上海、广州等外省流窜来昆部分特务多人，也被公安处侦察捕获。
公安处曾有计划地两次搜捕了铁路系统潜藏特务，均由铁路局党盟组织提供材料，布置好监视，并在其密切配合下进行。一次主要在铁路局搜捕两路警务处(军统公开组)特务，一次是到小石坝铁路机车厂搜捕军统中统在铁路系统的主要头目。先后被捕的有中统两路调查处处长刁寄萍、曾任过军统填站站长的两路警务稽查组长苏子鸽、铁路局长唐宇纵等特务数十人。公安处还专门在黑林铺逮捕了公路局第四运输处警卫稽查组(军统公开组)以李家杰为首的特务多人。
还有海口五十三兵工厂稽查组(军统公开组)的特务，系在市委指示下，由该厂我党组织的工人纠察队武装，加以逮捕，押送昆明监狱。
从上述情况可知，军统西南区、滇站、黔站及国防部二厅系统主要头目，皆已被捕，滇站机关、各公开组、内勤组、潜伏组绝大部分特务已落网。在昆的军统系统，摧毁得比较彻底。中统及国防部二厅的一些主要头目已抓获。起义前夕从外地搬来及流窜来昆的特务，也大部分被捕。仅军统少将级以上其他系统省级以上属于战犯级的大特务，在接管初期按中央公安部通知转送中央处理的，就有徐远举、周养浩、沈醉、郭旭、成希超、刁寄萍、温天和、隆曙明、孙秉礼等十余人。敌人在应变计划中准备对机场、工厂、仓库等的破坏活动，还没有来得及实观，就已成了阶下囚。这次镇反肃特工作，成绩是很大的。对昆明的完整接管，以及当时和以后的社会安定，都起到了积极的作用。
由于当时的历史条件所限，也有漏网的。如周伯先、朱家才潜逃缅甸；潜伏组长丁翔未捕获；老牌中统特务裴存藩随张群被放走等；接管后仍发现有漏网电台；特务系统在外县的力量当时无法破获，所以还说不上彻底肃清。
起义初期；监狱看守人员仍为原班人马。在押敌特有的就是他们的上级，有替这些人传递信件或收受物品贿赂等情节，为了防止看守私放人犯，也为了便于审讯和扩大线索，市委提出昆明监狱应由公安处全权掌管。经与卢汉交涉，得到同意。首先由省警卫营找“军盟”力量较强的韩永祥连，加强监狱外的警卫，并由公安处直接掌管监狱管理工作，未经公安处同意，任何部门或个人无权释放在押犯人。并且调整了监房，将此次逮捕之敌特，集中关押于东西监，与原有犯人分开。并按主次分门别类的安排了108间监房的人员，组成学习小组及“立功自赎”小组，每天定时学习报纸，进行形势和政策教育，号召检举和坦白交待，立功自赎，写交待材料。并派专人管理伙食，改善生活条件。故监狱内秩序井然。
为避免在肃特工作中政出多门，党组织建议卢汉停止原保安司令部情报组活动。卢汉采纳我党意见，撤消情报组，并将情报组中有军统身份的人员，其中包括组长李世荣及党的外围组织成员程灿章，还有廖蔚荣等人收监管押。保卫部为了掌握监内敌特思想动态及活动，将我党的外围组织人员，利用其原有身份的有利条件，有意识地编到各学习小组，了解情况，开展监狱侦察工作，以后逐渐公开为管理人员。这些人除程、廖外，尚有林昌德、郭长林、段永清、杨秉福、李存宽等人。他们忍辱负重，为监狱侦察及监狱管理作出了应有的贡献，他们出狱后，有的参加了侦察情报工作。但必须指出的是，这段经历也为他们在以后的历次政治运动中带来了不少麻烦。
在保卫战期间，监内有的特务及反革命分子听见枪声后喜形于色，有的蠢蠢欲动，有的甚至公开煽动说国民党第八军、二十六军会打进来解救他们。在此情况下，赖卫民决定，全面加强监狱警戒，并将其中的大特务铐押到瓦仓庄管押，调来机枪射手，加强警戒，如遇紧急情况，采取必要措施。敌人反扑昆明失败后，又将他们铐回昆明监狱。
公安处接管监狱后立即开展审讯工作，经市委抽调具有一定审讯经验的“警盟”成员，及大中学校中讲师、教员中的党盟员参加，由田培宽分管，及时清理可能查获的漏网分子。经审讯工作，扩大了线索，方便了监狱管理，方便了移交接管及以后的处理工作。
审讯组对全部在押人员，均初步进行了审讯，建立了案犯档案，初步弄清案情，并区分为错捕、一般、特嫌及重要案犯，以及军统、中统、二厅及杂特等，分类归档，分别管理。这就为军事接管后的处理，奠定了基础。
审讯组着重审讯了在昆特务系统头目，如沈醉等人，为的是扩大线索，及时追捕。如上述沈醉交待的行动组长王汉文及潜伏组人员等十余人，除潘映炎是以后在外县捕获外，基本上都是在昆捕获的。审讯组在扩大战果方面，取得了不少成绩。如1949年在昆冒充中共华南局特派员的张铿(张伯坚)，曾蒙骗了卢汉等人。他在审讯中非常狡猾，言词嚣张，声称审他的是“土八路”，后终于查清他国民党总参政治处特派员的特务身份。此外，审讯组还查明了如李闻案、“一二·一”、“七·一五”等历史事件的凶手。
总之，审讯工作既密切配合了侦察情报和搜捕工作，又为接管和处理打下了良好的基础。3月初，即完整地移交给公安接管部。
昆明的镇反肃特斗争，取得了重大的胜利，但也存在着疏漏与不足。主要表现在：在斗争中我们只盯住了战壕对面，而忽视了战壕内部。公安处接管监狱后，只注重了加强警戒岗哨，为此还专门选调了“民青”成员为连长、党员为指导员、士兵中有众多“军盟”成员及武工队员的省府警卫营第四连担任警戒，并由公安处掌握了捕放人犯的权力，循情私放的漏洞是堵死了，但监狱原管理人员上自典狱长下到牢卒仍为原班人马，一个未换，这就给狱内外互通音讯留下了漏洞。在公安处正式接管监狱之前，沈醉正是通过这个漏洞向外传递信件，密使一个特务逃脱的。当时应全部撤换原监狱管理人员而未撤换，此疏漏之一。其次，也曾出现过一名自首特务向我们提供漏网特务的假线索，一时扰乱了我们的工作视线。这是由于我们经验不足才上当的。这些疏漏无疑是深刻的教训。
昆明地下党在云南地方当局起义的条件下，在解放大军尚远离云南，第二十六军、第八军进攻昆明的险恶形势下，毅然决然争取了镇反肃特的领导权，利用临时军政委员会公安处为我党领导的公开肃反机关，执行了专门机关与群众运动相结合，公开与秘密相结合，坚决镇压与分化瓦解相结合的方针政策；实行了侦察情报，武装镇压与监狱管理、审讯工作的全面领导；摧毁了敌特务系统组织，严厉的镇压了在昆敌特，取得了镇反肃特的重大胜利；粉碎了敌人破坏昆明的阴谋，维护了昆明的社会治安，对昆明的完整接管，起到了重要的作用。这无疑是党的重大决策和坚强领导的结果。