杀降不祥，孟德所不为也。
——曹操
中平末年（公元188、189年），随着大乱之机，各地黄巾军再次壮大起来。
初平二年（公元191年），青州黄巾军三十万人攻人太山郡，与太山太守应劭的军队作战受阻，前后牺牲数千人，被迫退出，北渡黄河进入渤海郡，“众三十万欲与黑山合”，被公孙 瓒击败，“死者数万”；然后，经过一段时间的休整，再次发展了兵力。
初平三年（公元192年）四月，黄巾军以百万之众攻人兖州，杀任城相郑遂，转入东平。任城国、东平国均辖属于兖州。兖州牧刘岱欲发兵攻黄巾，济北国（今山东长清南）相鲍信分析当时的军事形势，对其上司刘岱说：“黄巾有众百万，百姓皆震恐，士卒无斗志，不可敌也。观贼众群辈相随，军无辎重，唯以钞略为资，今不若畜士众之力，先为固守。彼欲战不得，攻又不能，其势必离散，后选精锐，据其要害，击之可破也。”刘岱不接受鲍信的建议，领兵与黄巾战，结果战败，被黄巾军杀死。
刘岱既死，兖州无主，真可谓是黄巾军为曹操提供了大发展的机会。时曹操正在注视着局势的变化，加紧操练兵马，以谋求新的进取。曹操部属东郡人陈宫看准了曹操的心，计，因而向曹操献计说：“州今无主，而王命断绝，宫请说州中（指各郡国），明府（指曹操）寻往牧之，资之以收天下，此霸王之业也。曹操当然很同意。于是陈宫对兖州别驾（州牧的副手）、治中（州牧助理）们说：“今天下分裂而州无主；曹东郡，命世之才也，若迎以牧州，必宁生民。”济北相鲍信本来就看重曹操，更有此念，因而“乃与州吏万潜等至东郡迎太祖（曹操）领兖州牧”。
汉时全国分十三州刺史部，初为中央派出的监督机构，东汉末期刺史（后称州牧）已是地方上最高的一级军政长官。所以说，此时的曹操虽然是代理（领）性质，但今非昔比了。他不再仰人鼻息，成了真正的事实上的一方之主。
曹操领兖州牧后，立即带兵击黄巾于寿张东。曹操开始一度用偷袭的办法率领步骑千余人，边走边勘察地形，摸索到黄巾驻地，结果交战不利，死者数百人，被迫率余部退回。黄巾“兵皆精悍”，乘胜前进；曹操“旧兵少习练，举军皆惧”。情势紧急，曹操“被甲婴胄，亲巡将士，明劝赏罚，众乃复奋，承间讨击”。黄巾被迫“稍折退”。据说，当时黄巾曾给曹操一封信，意思是想劝曹操迷途知返。曹操见信，“呵骂之”，遂设奇伏，昼夜会战。曹军屡屡得手，“战辄禽获”，黄巾军因不敌而被迫退走。
在战斗中，鲍信战死。鲍信是曹操的支持者、朋友。鲍信死后，曹操没有找到尸体，“众乃刻木如信形状，祭而哭焉”。
冬十二月，曹操追黄巾到济北（今山东长清南）。黄巾被迫乞降，曹操收降卒三十余万，男女百余万口，收其精税者，号“青州兵”。
曹操收编黄巾三十万众，切实奠定了以后大发展的根基。根据历史记载分析，曹操镇压农民起义军虽然非常坚决，但从来不像袁绍、公孙瓒之流那样残酷屠杀。袁绍讨黑山于毒，“围攻五日，破之，斩毒及其众万余级”；进击左髭丈八等，皆斩之；又击刘石、青牛角等，“复斩数万级，皆屠其屯壁。公孙瓒逆击青、徐黄巾军于东光（今县）南，“斩首三万余级”；黄巾奔走渡河，瓒因其半济而攻之，又杀黄巾数万流血丹水。而曹操却没有这样的记录。可见，曹操其人虽然常常不以杀人为介，但对待义军却因另有所图而不嗜杀。论者往往只注意曹操以镇压义军起家，而没有注意到这种不同。
这就是曹操的高明之处。曹操对天下大势始终保持着清醒的认识，他知道天下大乱、地方割据、军阀混战已是不可避免，要在这种局面下立住脚跟，进而扩大地盘、发展自己、战胜对手，没有足够的兵力为基础是不可能的。兵力哪里来？曹操早已瞄准了起义军这个庞大的军事集团。所以曹操对待起义军实行的是两手政策，即镇压与诱降相结合。
曹操取敌以资已的军事思想，在实践中成功了。他正是以收编来这股兵力和自领州牧得到的地方兵为本钱，并不断扩大，最后取得逐鹿中原的成功。
史实证明，曹操秉握汉政之前，人生道路上的每一重大转折，都同镇压农民起义军有着直接的干系，所以我们不能不承认，曹操的确是由镇压农民起义起家的。如前所述：第一，光和末年（即中平元年，公元184年）曹操是在黄巾起义的情况下被拜为骑都尉的，并以讨颍川黄巾之“功”，封官济南相；第二，初平二年（公元191年）曹操引兵人东郡打黑山义军白绕部于濮阳，因此，袁绍表荐其为东郡太守，再次官列二千石之秩；第三，初平三年（公元192年），兖州刺史刘岱被青州黄巾军杀死，曹操遂被鲍信、陈宫、万潜等拥戴而领兖州牧；第四，是年，曹操追黄巾至济北，受降黄巾军卒三十余万。有了这三十万众，曹操的势力便真正地壮大起来。这是他起家的最大一笔本钱。终其一生，青州兵始终是其最具战斗力的主力部队。根据记载看，青州兵在曹操的军事力量中，一直是作为单独建制存在的。建安初，曹操讨张乡失利，青州兵沿途抢劫，于禁向曹操数其罪状；建安末，曹操病死，“青州兵擅击鼓相引去”，贾逵怕激化矛盾，酿成事变，“作长檄，告所在给其廪食”，都可证明这一点。所以说，曹操打下半壁江山，在军事上青州兵起了重要作用；在经济上，青州兵为屯田积谷也付出了辛劳。