殊除奸邪鬼神，促进民心向上也。
——曹操
纵观历史，一个朝代的灭亡，外部力量是一个方面，而更多的是祸起萧墙，是由内部的祸患引起的。一个统治者如何防微杜渐，把叛乱消灭在萌芽状态之中，就是这位君主的超人之处。
曹操做魏公、魏王后，内部还发生过几次规模不等的武装叛乱，曹操对这些武装叛乱更是毫不留情地给予了迅速有力的镇压。
建安二十三年（公元218年）正月，在许都爆发了一场主要由拥汉派势力策动的叛乱，参加者主要有京兆人金芸、少府耿纪、司直韦晃、太医令吉本、吉本之子吉邈、吉穆等人。
金芸是汉武帝时名臣金日碑之后，自以为世代都是汉朝忠臣，见魏将代汉，于是愤然自励，打算复兴汉朝。耿纪是光武帝大将的曾孙，见曹操即将自立，也决心起兵除掉曹操。当时留守许都的是丞相府长史王必。曹操任用王必时，曾专门下过一道手令：
领长史王必，是吾披荆棘时吏也。忠能勤事，心如铁石，国之良吏也。磋跌久未辟之，舍骐骥而弗乘，焉惶惶而更求哉？故教辟之，已署所宜，便以领长史统事如故。
早在建安元年（公元196年）以前，王必就已经在曹操军中任职，曹操因此称他为“披荆棘时吏”。后来有一段时间没有任职，所以曹操说舍弃了千里马没有骑。当时关羽强盛，威逼许都，曹操让王必留守许都，给予充分信任。在趣的是王必同金芸虽志向不同，两人私交倒还不错。吉邈、吉穆虽同金芸、耿纪一样反对曹操，但他们并不是想匡扶汉室，而是想杀掉王必，挟持献帝以攻曹魏，南引关羽作为外援。各方想法不同，利害不一，计划不周，注定了必然失败的命运。
建安二十三年正月，吉穆等率闲杂人员及家僮千余入夜烧王必军营，金芸又派人到王必营中充当内应。王必受到内外夹攻，仓猝应战，肩部受伤，逃奔南城。天亮后，叛军见王必还在，加之受到颍川典农中郎将严匡攻击，纷纷逃散，一场叛乱很快破产。
曹操逮捕了耿纪、韦晃等人，耿纪直呼曹操其名，并说：恨我自己没有拿定主意，竟被这帮小儿所误！”韦晃则拼命叩头击脸，直至死去。耿纪、韦晃及吉本等均被屠灭三族。
十余天后，王必伤重不治而死。曹操得到报告，十分震怒，于是将在许都的朝廷百官召到邺城，让在王必军营被烧时参加救火的人站在左边，没有参加救火的人站在右边。众人以为参加救火肯定不会有罪，纷纷站到左边。谁知曹操突然宣布：
“没参加救火的人没有帮助造反，参加救火的人都是造反的强盗！”
结果将站在左边的人通通处死第二年九月，当曹操西征刘备尚未回师，而关羽又在南边猛攻樊城的危急时刻，在邺城的魏讽又密谋聚众发动武装叛乱。魏讽，字子京，沛人，颇有煽惑人心的本事，在邺城名吉很大，自卿相以下不少人争相与之交往，因此被相国钟繇任为西曹掾。魏讽趁曹操大军尚未返回的机会，暗中联络徒党，同时与长乐卫尉陈芸联络，企图一举袭占邺城。谁知还没等到约定的举事时期，陈芸害怕了，向留守邺城的曹丕告了密。曹丕立即采取措施，镇压了叛乱，魏讽被杀，牵连被杀的达数千人。事后，相国钟繇被免职，负责邺城治安工作的中尉杨俊被降职。曹操得到报告后叹息说：魏讽之所以敢于谋反，是因为我的部下没有能够防止反叛的人。哪里能有像诸葛丰那样的人，让他去接替杨俊呢？
黄门侍郎刘优的弟弟刘伟被魏讽拉拢，参与反叛密谋。按当时法律“连坐”的规定，刘优也应被处死。但刘优鄙薄魏讽的为人，曾劝刘伟不要同魏讽来往。陈群去为刘优说情，曹操回答说；“刘优是一个名臣，我也打算赦免他。”并特地下了一道手令：叔向不坐弟虎，古之制也。特原不问。
《左传·襄公二十一年》载，晋下卿栾盈之母是晋卿范宣子的女儿，因与其家臣私通被栾盈发觉，便反诬栾盈欲危害范氏，范宣子便将栾盈赶出晋国，并杀死了栾盈的同党叔虎等人，把叔虎的哥哥叔向也关了起来。后大夫祁奚说服范宣子赦免了叔向。曹操不杀刘优当然不是为了遵循什么古制，而是因为刘优确曾反对魏讽，在这里表现出了区别对待、实事求是的精神。
文钦因曾与魏讽有联系，被抓进监狱，鞭笞数百。本应处死，曹操因其父文稷立过战功，看在其父面上，也给予了赦免。
王粲的两个儿子在这次平叛中牵连被杀。王粲于建安二十二年（公元217年）春病死，到这时不过两年多。曹操得知消息，感叹说：“要是我在，一定不会让仲宣断了后！”这次叛乱虽然还没有来得及正式发动，但牵连被杀的人却达数千 人之多，可见曹丕手段的残酷决不在曹操之下。曹操这一次多少表现出一些同情心，大约跟他不在平叛现场，态度较为冷静有关。曹丕后来根据曹操的旨意，把正粲堂兄王凯的儿子王业过继给王粲，算是给王粲延续了后嗣。
此外，在邺城还曾发生严才发动的叛乱。严才率其部属 数十人攻打掖门，大司农郎中令王修得知消息，来不及准备车马，便同其部属步行赶到宫门参与平乱。曹操在铜雀台上望见，说：“那个往这里赶的人一定是王叔治。”这次叛乱规模不大，很快就平息下去。