天下久乱，人心思定，谁据有冀州魏郡的邺城，谁就可以称王于天下。
——曹操
曹操虽不篡汉称帝，但在临终前的几年，一步一步为儿子取代汉天下做好准备。曹操利用体制的转换，而造出一个新的实体政权来。
建安九年（公元204年）九月，曹操以邺城为大本营，荀。或所负责的尚书台也迁到了邺城。于是，尚书台完全脱离了少府，而在许都的少府只管皇室的生活起居了。尚书台官员不再隶属于少府，实际上从建安元年即已开始，曹操以录尚书事的身份通过尚书台来控制在许都的中央政府，荀或只对其顶头上司曹操负责。但是，曹操逐渐发现苟或在政治上与自己有离心离德的倾向，遂于攻占邺城之后下令将尚书台也迁至邺城，置于司空府的控制之下。为了加强司空府的权力，曹操在太尉和司徒的人选方面也早就采取了措施，“必择老病不任事、依违不侵权者居之”，使二公形同虚设，后来选中了杨彪和赵温。但杨彪是袁术和袁绍的姐夫，曹操对他很不放心，一边拉拢利用，一边严密监视。赵温看出苗头不好，为了保住官位，向曹操献媚，延聘曹丕为司徒府属官。殊料曹操并不领情，而是借机上书献帝，指控赵温“辟臣子弟，选举故不以实”，罢免了他的司徒之职。这次，一向自诩精于官场门道的老官僚赵温拍马屁看错了地方，结果弄巧成拙。曹操一不做二不休，又随便找了一个借口罢免了杨彪的太尉之职。
地位平行的三公制是曹操通往权力顶峰的障碍。为了从法制上求得独揽朝政的保证，曹操于建安十三年六月毅然改革中央政府的体制，对重要的职官人事进行调整和改组。通过调整，曹操便名正言顺地由丞相府通过尚书台来控制许都政权了。换句话说，曹操将自己的意图由丞相府主簿司马朗传给代尚书令荀或，再由荀或传给献帝，最后由献帝以诏书的形式颁发全国。
如果说曹操迎献帝到许都是他走上雄霸天下的关键一步，那么，他改组中央政府，用邺城的丞相府取代许都的中央政府，是完成代汉的组织准备。
二年以后，即建安十六年正月，出于曹操的安排，献帝诏命曹丕为五宫中郎将、副丞相，授权设置官署。这是一个重要的步骤。按汉仪，五宫中郎将统带五官郎护卫皇宫，隶属于光禄勋，不置官署。曹丕置官署当然是特许，又任副丞相，丞相府在邺城，故他供职于邺城。其官属主要有：长史凉茂、邴原、吴质，文学徐干、应况、刘优、苏林，夏侯尚，司马赵戬，门下曹郭淮，功曹常林。这当然是曹操的安排，之所以如此，是让曹丕经受从政的锻炼，将大本营交给儿子，自己可以放心地带兵出征。
形式上的一些重要变化也同时开始。十七年正月，曹操得到“瓒拜不名，人朝不趋，剑履上殿”的殊荣。按规定，大臣上朝之时不准身带任何武器，要脱去鞋子，只穿袜子；进殿之前要先接受检查，由司仪官唱导大臣的官职和姓名；大臣进殿要一溜小跑，不能蹁方步，否则将以“大不敬”治罪。现在曹操上殿可以佩剑，穿鞋，从容列班，司仪官不再直呼其姓名，而是口称“丞相”。礼仪的特许简化，表示曹操是汉天子最亲近最可信赖的臣子。
曹操从“复出”的体制转换中，用他的一套人马取代了汉献帝所在的中央政府，从此“政自曹出”：接下去是实际的脱胎换骨。即建立魏国，用恢复九州制的旗号使自己辖地日大，从而最后“吞并”汉家天下。
是年，曹操变更行政区划，从与魏郡接壤的各郡、王国中分出15个侯国和县，以增扩魏郡。终因荀或暗中反对而未获成功。
早在建安九年曹操攻占冀州之后就曾拟议“复古置九州”，也因荀或反对而作罢。十七年冬荀或死，曹操遂于十八年正月以献帝名义下诏，合并全国14个州为9个州。
经过两次调整后的行政区划的突出特点是，冀州由原来的10个郡国增加到32个，成了地域和人口在全国都占首位的大州，魏郡也是最大的郡。古代崇尚“九”字，“九”与“久”谐音，取“长治久安”之意。曹操在“复古”的旗号下省并州郡，扩大冀州和魏郡的辖区，其目的只有一个，即增加冀州牧的实力和为建立魏王国而未雨绸缪。
建安十八年五月，献帝命御史大夫郗虑持节，带着诏书至邺城，晋封曹操为魏公，始建魏国。
献帝在诏书里说，他因德运衰微，年幼即遭灾祸，被人劫持，在洛阳至长安之间往返，“群凶觊觎，分裂诸夏”，高祖创立的帝业将要丧失，悲痛地默念道：“列祖列宗及先朝大臣在天之灵，谁能怜悯我呀！”终于感动上苍，诞生了护卫汉朝天下的曹丞相，是曹丞相把我从苦难之中拯救出来的。
诏书列举了曹操的十二大功劳：讨伐董卓，首先进军；消灭黄巾军，安定了东方；迁都许县，恢复宗庙社稷；袁术叛逆称帝，给予毁灭性的打击；擒杀吕布，收降张绣；官渡一战，痛击“谋危社稷”的袁绍；平定河北四州，袁谭、高干授首；远征三郡乌桓，追歼袁尚、袁熙；出兵荆州，迫降“百城八郡”；打垮马超，抚和戎狄；威震域外，使鲜卑等朝贡称臣；移风易俗、勤施教化、用刑审慎、吏无苛政，百姓向善。“有定天下之功”，又有高尚的德行，“虽伊尹格于皇天，周公光于四海，方之蔑如也。”
献帝说，为了酬答曹操丞相，特以冀州的河东、河内、魏、赵、中山、常山、巨鹿、安平、甘陵、平原凡10个郡封曹操为魏公，授权在魏国任命丞相以下群卿百僚，“皆如汉初诸侯王之制”，同时重申曹操“以丞相领冀州牧如故”，并赐予以白茅包着的黑土，还有灼龟和九锡。古时，以青、赤、白、黑、黄五色代表东、南、西、北、中5个方位，魏国在北方，故赐以黑土。灼龟，指用以占L的龟甲，诸侯凭占卜所得的方位和时日建立社稷宗庙。九锡，指天子赐予大臣的9种礼物和特殊待遇，计有：车马，即金马车和兵车各1辆，枣红色公马8匹；衣服，即公爵所用的礼服、礼帽、红鞋；乐舞，即三面悬挂的乐器和允许享用“八佾”的舞蹈，比天子少挂一面乐器和少用二佾的舞蹈（队列纵横各少6个人）；朱户，即允许住宅大门漆成红色；纳陛，即允许房屋台阶修在屋檐的下面；虎贲武士300人，作出行时的卫队；斧、钺表示有生杀之权；弓、矢指涂着红漆的弓1张、箭100支，涂着黑漆的弓10张、箭1000支，表示拥有讨伐叛逆之权；香酒1蹲，玉勺1只，用以慰劳德行优异者。
曹操一再“辞让”，献帝不允，群臣联名劝进，曹操“才允”。
七月，曹操在邺城建立魏国的社稷宗庙，计五庙，仅比天子的七庙少二庙，为诸侯五庙以下的最高等级。九月，继续扩建邺城。因所赐九锡中有金虎符第一至第五，遂于铜雀台之南新修了一座金虎台。十月，分魏郡为东、西两部，各以常林、陈矫为都尉。十一月，开始设置魏国尚书、侍中、六卿。具体人选为：尚书令荀攸，仆射凉茂，吏部尚书毛，左民尚书崔琰，客曹尚书由常林兼任，五兵尚书徐奕，度支尚书何夔，侍中有王粲、杜袭、卫觊、和洽，六卿有大理钟繇、大司农王修、郎中令兼御史大夫袁涣、少府谢涣和万潜、御史中丞陈群。后来又增加三卿，与天子属下的九卿相一致。
曹操以邺城为其“霸王之业”的大本营，经过15年的努力，邺城的街市、宫苑、官署、学校、兵营布局严整合理，气势开敞宏伟，俨然一派大都市景象。至此，曹操大体上完成“脱胎换骨”的过程，汉朝只剩下一个空壳，以魏代汉只是时间而已。