后来，戴名世在给学生的信，即《与余生书》中，谈了自己关心明末清初这段历史，搜存资料的意义。信中他对学生余湛艺这样写道：“如今弘光帝在南京，隆武帝在闽越，永历帝在西粤和滇黔，方圆不下数千里，从前至后，时间横跨十七、八年。按照春秋大义，他们难道不如昭烈皇帝刘备的蜀川，南宋末年宋帝在崖州吗？可是这些事迹渐渐地被岁月湮没以至消亡了。现在朝廷对文字方面的禁忌刚刚放宽，但天下仍旧对此非常避讳。于是造成有关著述零落佚失，故旧遗民相继凋零，使那个时代的成败与得失，以及孤忠效死的臣子，还有丧权误国的奸臣贼子，他们流离失所的惨状，不能得以让后世之人看到。这难道不是很令人感伤叹息吗？”
这就是那些嫉妒戴名世的人为其罗织“弥天大罪”的根据，其实也不过是作为一个有良知的知识分子所发的几句感慨而已。但就这几句随口发出的感慨，竟给他带来了杀身之祸！
戴名世所谓“近日方宽文字之禁”，是指康熙二十二年。这名刚为翰林院官员仅仅两年的有识之士万万没有想到，三十年前的文字会使他获罪。他在刑讯中只好认罪，承认自己“罪该万死”。更为可笑的是，《与余生书》中他称前辈方孝标为“方学士”，竟被认为是吴三桂手下重要谋士方光琛的在逃儿子方学诗，因而罪加一等。
事态仍旧在继续扩大。这次康熙帝没有再表现他的宽仁，他没有下令禁止株连。接着，为《南山集》作序的翰林院编修汪灏、进士方苞、知名人士方正玉、朱收、王源，以及“知情不举”的编修刘岩、刊书的尤云鄂、通信的余湛艺等百余人先后被株连入案并受审。方孝标虽死，但其子方登峄、方云旅，其孙方式济、方世樵，侄孙方世庄连同族人一并拘拿人京受审。
经过几个月的拷问刑审，至康熙五十一年正月，刑部拿出了处理意见并上呈给康熙帝，说：“通过审查，得知戴名世所著的《南山集·子遗录》书内，有大逆不道的言语，应该立即凌迟处死。已过世的方孝标所著的《滇黔纪闻》一书内，也有大逆不道的言语，应该对他挖坟掘墓。戴名世、方孝标之祖父子孙，兄弟以及叔伯兄弟之子，年龄十六岁以上的，都要查出来押解至京城，立即施以斩刑。他的母亲女儿妻妾，以及妻妾的姐妹的儿子的妻妾，和十五岁以下的子孙，叔伯兄弟的儿子也都查出，交给功臣做奴才。方孝标的同族人，不论是否出了五服的，一个个地进行严查，对那些有职有衔的人，都革职处理。除了已经嫁出去的女儿，子女全部解到刑部，流放到乌喇（今吉林市）、宁古塔（今黑龙江海林县）、白都讷（含吉林省扶余县）等处。汪灏、方苞为戴名世的悖逆之书做序，都应该立即处斩。方正玉和尤云鄂听说朝廷捉拿后自首投案，应该将他们和妻子一道流放到宁古塔。编修刘岩，虽然没有做序，可是明知此事却没有进行举报，也应该革掉官职，与其妻流放三千里。”
与后世的乾隆皇帝相比，康熙毕竟是个仁慈皇帝，处理株连宽松一些。直到这时，康熙帝才感到问题显然处理得太过分，在审问的过程中，他明显地知道“方学士”不是方学诗，方孝标虽著“逆书”，但没有给吴三桂当过官。但错就算错了，他认为这些人反正都不是好东西，因而也不打算给予过多的宽恕。只是觉得如果这几百人非死即流放，牵连太广太多。思虑再三，他决定晓谕刑部，汪灏从宽免死，可令其家口人旗，方氏族人只要不留族人就可以了，其他亲戚连襟应一律赦免。
此案以后又经过多次反反复复的审拟，直拖了一年多，到康熙五十二年二月才结案。处理结果是：戴名世被“从宽”处斩，方孝标开棺戮尸，其子方登峄等从宽免死，与妻子一并发遣下魁（今黑龙江省齐齐哈尔）。方苞在大学士李光地的救助下，免死人旗籍。其他受到牵连的人犯及家属入旗为奴的人也不少。除此之处，朝官受到牵连的人也不少，尚书韩、侍郎赵士麟、御史刘灏、淮阳道王英谟、庶吉菼士汪份等三十二人，也因为平日与戴名世有诗文来往，都受到不同程度的处分。
与后世皇帝乾隆文字狱手段的严酷相比，康熙帝总算枉开一面，处理较轻，杀人较少，尽可能地减轻或缩小严刑，使许多无辜者免遭身首异处的惨刑，显示了宽仁的一面。这样，一场满朝震惊，人人战栗，拖延了一年多的文字狱案总算过去了。
7．过问自然科学
在中国历代封建君主中，对自然科学的重视，康熙皇帝可以说是绝无仅有的。他为治理好国家，从而对农业、军事、治河、人体健康等方面的科技极为关注，这期间科学技术也得到较大的发展。
清朝定都北京后，新旧历法的争议就时而不时地掀起波澜。康熙亲政后，面对新旧历法之争，决定探个究竟。七年（1668年）十一月，他派人带着杨光先等人编制的八年历书，向擅长历法的比利时传教士南怀仁征求意见，南怀仁指出诸多差误。康熙担心南怀仁亦有成见，便命大学士图海、李蔚等率两派人物到观象台测验。经多次测验，证明南怀仁的测算是科学的，杨光先盲目排斥西法，又不修改历日差错，不称其职，令将杨光先革职，任命南怀仁为钦天监监副，恢复使用《时宪历》。南怀仁主持钦天监后，康熙仍给予大力支持，除支持他编制精确历法外，又委派他改造观象台仪器。至十三年二月，铸造仪象成，南怀仁撰成《新制灵台仪象志》十三卷，康熙看后十分满意，加南怀仁太常夺卿衔，“仍治理历法”。此后南怀仁续完了汤若望没有完成的《康熙永年历法》的撰写工作。与此同时，康熙也不忘培养本国人才，一再要求地方官选送“精通天文之人”到钦天监工作，并提高其待遇，准与各部院衙门官员一体升转。
通过处理新旧历法之争，康熙深感作为一国之君，在科学技术方面也应有知识，取得发言权，才能更好地明辨是非。于是他开始向南怀仁、安多学习天文仪器的用法和算学知识，又向法国传教士张诚和白晋学习欧几里德和阿基米德的几何学。学习中康熙极为认真，不仅反复思考其原理，有时还亲手绘图以证其理。
据当事人白晋在《康熙皇帝》一书中所说：“当时他约束自己专心致志地听我们讲课的情形，是非常令人钦佩的”，“现在康熙皇帝渴望复兴灿烂的文化，而达到这一目的的最好办法，则是重视各种学问。”
康熙也注意访求隐居乡里的专家学者。四十二年，康熙第四次南巡至德州，听说安徽宜城贡生梅文鼎对历算之学很有研究，便向大学士李光地索取梅的著作。梅文鼎在数学研究方面的成就尤为突出，不仅能吸收西方数学的成就，而且能正其误，补其缺，提出不少新见解。当他获知皇上欲读其著作时，便采纳李光地的建议，毕其生平研究所得，撰成简明易懂的概论性读物《历学疑问》三卷进呈。康熙初读之后很有好感，认为他“用力深”，“议论亦公正”，随后带回宫中仔细阅读，亲笔批注。四十四年他第五次南巡，又将梅文鼎召至御舟，“从容垂问，凡三日”，确认他为当世少有的杰出学者，只可惜年老不便任职效力，特赐御书扇幅、匾额及珍馔。
康熙一向主张，不论中国的还是西方的历法，都需要依靠科学实验来证明其准确性。他在宫中用仪器亲自测试验证历法时，发现用西洋新法编制的历书在日食的推算上也有误差，夏至的时间也有出入。经过不断的测验研究，他于五十三年四月明确指出：
古历规模好，修历书可以用古历的规模、新历的数字，结合两者之长。
康熙曾在晚年对大臣们谈过：“尔等惟知朕算术之精，却不知朕学算之故。朕幼时，钦天监汉官与西洋人不睦，互相参劾，几至大辟。杨光先、汤若望于午门外九卿前当面赌测日影，奈九卿中无一人知其法者。朕思己不知焉能断人之是非，因自愤而学焉。”
康熙对火器也很重视，“三藩”叛乱过程中，拥有比较先进火器的叛军，在交通不便的湖广、江西、川陕等地给清军重创，这给康熙留下了很深的印象。因而康熙于十三年八月援明代任用传教士造炮的先例，令南怀仁尽心制造便于携带的轻巧火炮。次年五月，第一门依西洋法制造的火炮造成，康熙亲临卢沟桥炮场检验。
康熙对绘制地图一事也非常重视。监于我国原有的地图系用旧法绘制的平面图，不能准确地反映地球表面的曲率，故里程、方位的计算难免错误。因此康熙在学习天文历法及几何知识，掌握了采用经纬度精确测绘技术后，便购置仪器，利用巡行的机会实地测量，为绘制新的地图积累资料和经验。至四十六年（1707年），康熙遂委派传教士雷孝思、白晋、杜德美及中国学者何国栋、明安图等人，在全国进行大规模的实地测量，以绘制一幅详细的中国地图。他们走遍全国各地，运用当时最先进的经纬图法、三角测量法、梯形投影技术等，至康熙五十七年（1718年）绘制成著名的《康熙皇舆全览图》。该图册前有总图，后有各省分图，除新疆外，内十五省及关外满蒙之地，皆经精确测量，详细绘制。李约瑟《中国科学技术史》第五卷称它是当时世界地理学的最高成就，“不但是当时亚洲所有的地图中最好的一幅，而且比当时所有的欧洲地图都更好，更精确”。
康熙还运用已掌握的科学测量和制图方法检查臣下的工作，从而推动科学技术的应用。康熙三十九年春天，河道总督王新命因修理永定河，绘图呈进御览，康熙看后批评说：“此图曲折阔狭与河形不符。如一百八十丈为一里，则以尺为丈，或以寸为丈，更或以分厘为丈尺，量其远近，按尺寸绘之，方与河形相符，一览了然。今尔此图皆意度为之，未见明确”，要求他重新绘制呈览。如果康熙自己对绘图技术不熟悉，自然说不出个所以然来。
在医学上，康熙反对专门图利、“立心不善”的庸医，认为行医必须要有不务名利、不分贵贱、治人如治己的高尚医德，并有“研究深微”的钻研精神和手到病除的高明医术。他反对江湖术士的骗人把戏，而对医学持肯定态度。三十二年（1693年），康熙患疟疾，御医多方医治无效，后经传教士张诚、白晋进献西药奎宁治愈，这使康熙对西药有了进一步的认识，开始采用西药治病，并在宫内设实验室，供传教士配制西药用。所制西药除供御用外，还经常赐给有病的大臣。有时还令人特制一些西药壶、西药瓶，以便随时赏给有病的人。西方解剖学书籍是在明末传人中国的，却受到士大夫的非议。但康熙却相信它的科学价值，因此令法国传教士巴多明将法国人皮理的《人体解剖学》译成满文，后又用汉文译出两部。他对巴多明说：“身体上任何微小部分必须详加迻译，不可或缺。朕所以不惮麻烦，命卿等详译此书者，缘此书一出，必大有造于社会，人之生命或可挽救不少。”
康熙自己的科技兴趣和从事的科学实验活动极为广泛，除数学、天文学、地理学外，他对医学、生物学、解剖学、农艺学和工程技术等均有涉及。
根据宗室盛昱帮他整理的《康熙几暇格物编》可知，康熙对树木、药材、山野动物、江河鱼类、物产资源、风云雷电、潮汐、地震等，都有一定的研究，他曾研究过我国主要的农作物水稻、小麦、谷子，新疆的西瓜和葡萄，水利与农业的关系，土质气候与农作物分布之间的关系，蝗虫滋生规律等问题。