到了十月十八日，他命驾南巡，驻跸江南，阅黄河北岸肖家渡九里冈等地后，康熙充分肯定黄河堤岸的巨大作用，叮嘱勒辅时加维修，但对一些地方日益增多的减水坝，则十分担心，认为“虽受其益，亦有少损”。徜若河北泛滥，乘势横流，安保日减水坝不为他年不决呼？且水流侵灌，多坏民田，朕心不忍，因而命勒辅“筹划精详，措置得当，使黄河水顺势东下，水行沙刷，永无壅决，则减水之坝皆不可不用。运道即免梗塞之患，民生亦无垫溺之忧，庶几一劳永逸，河工可告成也。”一言一行，始终体现着对工程安危、百姓福祸的挂怀。
十一月二十九日，康熙视河完毕返京，立即决定采取两项措施：一是控制减少坝，凡能危害人民利益者，一概不再新设；一是开浚下河人海口，以减水坝保护河堤。
这本是古代治河办法，无可非议，但应预开挖引河，使水有所归，但却为以明珠为首的大学士、九卿及勒辅等治河官员，从上到下有组织地抵制皇帝开浚下河方案。
明珠支持勒辅提出的庞大计划，试图夺回治理下河之权。勒辅主张：筑堤束水以注海，即高邮等七州县下沙地区，建长堤，高一丈五尺，束水一丈，以敌海潮。此需银二百七十八万余两。而按照按察使于成龙的建议开浚故道，所费不多。
勒辅身为总河，虽不直接负责下河工程，但有责任配合疏浚下河，至少不能阻挠和干扰其工程的进行。然而事实却相反，孙在丰自奉旨与勒辅会议，要求关闭上河的减水坝时，遭到勒辅的拒绝，康熙得知后，生气地批评说：假使勒辅治下河，不塞水口，能于巨浸中从事吗？令勒辅为之，必欲闭塞堵上，令孙在丰为之，又方不可，何也？岂减有阻挠之意耶？
康熙亲召勒辅，反复辩论，直到二十六年正月勒辅才不得不同意将高家堰等坝暂塞一年。之后，又派遣司官浚治下河，司官感到孙在丰无法与勒辅对抗而倒向勒辅。为了排除阻挠，经九卿反复详议之后，康熙于三月毅然做出决定：挑浚下河之事，着江南总督、总漕、总河、江苏巡抚会同侍郎孙在丰料理。其差往司官，撤回。同年十月，勒辅再次上疏：题请于高家堰之外再筑重堤，停其丁溪等处下河工程。于成龙回奏反对勒辅方案。九卿议复支持勒辅所奏。康熙认为挑浚下河关系紧要，命户部尚书佛伦会同江南总督董纳，新任总漕慕天颜“确勘议奏”，同年十月，佛伦等查看河工回奏，仍支持勒辅方案，建议将白驹、丁溪、草堰三口各工尽行停止。康熙明九卿等会议具奏。但因康熙祖母丧事而拖延。
至此，从二十三年十二月首次讨论疏浚下河方案算起，已过整整三年，历经重重阻挠，又面临新的阻力。在这个不断争论的过程中，越来越明显地显示出明珠、勒辅等人，把治河系统视为独立王国，搞本位主义，不容他人介入。为此，从不受制于人的康熙帝，对这种状况一忍再忍。
就在这年的三月九日康熙召集勒辅、于成龙及其他有关人员，就下河是否宜开，重堤筑与不筑，余田可否屯种，减水坝如何闭塞等问题展开辩论，畅所欲言。勒辅说：臣专管上河，再四筹度，惟有高家堰再筑重堤，水不归于下流。庶有裨于淮、扬七州县。至于开浚下河，臣恐有海水倒灌之患。于成龙坚持下河必当开浚。九卿明知皇上主张开浚下河，不好再对着来，拧着干，故一致表态：下河当开，重堤当止。关于召民屯垦一事，靳辅申明是“余田”，不是“农田”，即治河之后涸出地亩，“将民间原纳租税之额田给予本主，而以余出之田作屯田，抵补河工上所用钱粮。”但康熙仍不同意，认为：屯田害民，各省民田，未有不溢于纳粮之额数。若以余田作屯，按亩定额，岂不大忧民乎？故说：屯田断无分理，无可复议。关于塞减水坝一事，因担心塞后河堤会冲决，故暂时不做硬性规定，待海口挑完再说。
在康熙对治河已有初步方案的情况下，仍屡次允许发表不同意见和答辩。但勒辅面对占绝对优势的反对者时，仍毫不屈从，敢讲真话，不讲假话，敢于和皇上意图发生抵触，虽属难能可贵，但毕竟超过了至高无上的皇帝所能容许的范围，而于三月二十四日被革职。其他凡是支持勒辅的大小官员一律被撤退。其中帮助他治河有功的陈充因解京监候过程中病故而不能再重用。
5．注重“大一统”，重用立功臣
安藏，是康熙帝一生中重要的业绩之一，他踏着前人的足迹，向前迈出了新的和关键性的一大步。此时康熙已进入了暮年，为这件事情，他花费了近二十年的心血，因而面对所取得巨大的成功，感到无限欣慰。作为一国之君，他不忘安藏将士们的辛劳，特赋《示平藏将士》诗，以抒情怀：“去年藏里凯歌回，庆陛今朝宴赏陪，万里辛勤瞬息过，欢声载道似春雷。”仍可见豪迈之气。
五十九年正月三十日，康熙命抚远大将军允题率军从西宁移师穆鲁乌苏，管理进藏军务粮饷，居中调度；授亲叔伯侄延信为平逆将军，出青海向喀喇乌苏进军，为中络之师，授噶尔弼为定西将军，会合云南都统武格所率部队，从巴塘进发，为南路之师；又派将军富宁安、傅尔丹，分别从巴里坤、阿尔泰出发，为北路配合出击之师。
二月十六日，册封新胡必尔汗为“弘法党众第六世达赖喇嘛”（乾隆以后被称为七世达赖，第巴桑结嘉措所立仓央嘉措仍称六世达赖），“派满汉官兵及青海之兵，送往西藏”。
把护送达赖喇嘛和进军西藏驱逐准噶尔人巧妙地连在一起，确是一个了不起的创举。藏蒙人民崇敬达赖并承认这个里塘出生的胡必尔汗。“护理”理所当然被西藏、蒙古人民视为喜庆之事，从而拥护这一军事行动，服从该军将领的命令。准噶尔人则被挤进了死胡同，若抵抗清军，难逃毁灭黄教、荼毒生灵之罪，必然进一步激起藏蒙人民的愤恨，在这种情况下，即使不抵抗，也终将束手待毙。
就在这一年的三月，抚远大将军致书班禅额尔德尼，传达皇帝谕旨，详述护送达赖、进兵西藏的原由，命班禅留坐高床，以师礼教训达赖经典，俾使黄教广敷，众生安乐。
接着，各路大军开始军事行动。定西将军噶尔弼率领南路军，于四月十六日自成都拜疏起程，“前往从古用兵所未到之险远绝域——拉萨。该师经打箭户、里塘、巴塘，六月即抵察木多。七、八月之交，已到达拉里。原定在此休整，与平逆将军约会后再行进取拉萨，但噶尔弼并未机械坐等，而是掌握敌情，主动进取。当时竹工的呼图克图欲来归顺，策零敦多布派出吹木丕勒寨桑，带领二千六百人欲占噶尔招穆伦渡口，坚守墨竹工卡，由章名尔自荣一路来拒清兵。了解到这一情况，噶尔弼随机应变，与众人商议时提出：与其坐等敌人占领要地，使欲来归顺者受阻，不如抢先将墨竹工卡、噶尔招穆伦渡口攻取，再等西宁之兵一同前进。此策极是。此时空布地方的第巴阿尔布巴已率二千兵主动归附，噶尔弼派人接纳，并约于墨竹工卡相会，然后于八月初六日带领满汉官兵从拉里起身，到工卡尔拉一带。竹工地方的呼图克图此时也呈送人口册籍，前来归顺。
第二天，噶尔弼顺利攻克墨竹工卡。吹木丕勒寨桑已撤回达木驻守，第巴达克咱率领的防守渡口的二三千藏兵也不战即行溃散，第巴达克咱本人经劝说已投降。噶尔弼探知准噶尔人所需粮食仍运自拉萨，便决定攻取抗萨，切断敌人的粮源。于是他命令第巴达克咱聚集战船，于八月二十二日全军渡过了噶尔招穆伦河。
随后，噶尔弼将队伍分作三路，于二十三日五更进兵，攻取拉萨。进驻后，招集所有大小第巴、喇嘛和藏民，宜谕皇帝广施法教拯救西藏民众的诚意；封闭所有达赖喇嘛的仓库；派兵困守拉萨附近要地，断绝准噶尔往来交通，阻其粮运；以唐古特文字、第巴达克咱印章，致书策零敦多布处所有唐古特兵，“令其各散”；根据三大寺僧人揭发，逮捕一百零一名准噶尔喇嘛，将其中五名首恶者处斩，其余“尽行收禁招地（拉萨）监内”。
噶尔弼与汉族将领密切合作，团结藏族人民，抓住一切有利时机夺取并扩大战果，有力地支援了中路大军。
五十九年四月，平逆将军延信率领陕甘满汉官兵，护送达赖喇嘛自西宁出口，进兵西藏。虽然路途较近，但所经之地，深山穷谷，瘴气很重，十分艰险。策零敦多布此时率主力迎击，两军交火，战斗频繁，重大者有三次：清军八月十五日驻扎卜克河地方，是夜，击败来犯的策零敦多布等，夺其马匹器械；二十日，延信等驻齐嫩郭尔地方，三更时击败来犯敌兵二千余人；二十二日驻扎绰马喇地方，五更时又有千余敌兵劫营，清军有备，四面枪炮齐发，毙敌甚多，余者皆望风而遁。
此时，噶尔弼已率大军进入拉萨，断敌饷道，散敌援兵。策令敦多布等力竭势穷，率余数百人逃回伊犁，延信等将大军驻于达木，于九月初八日起程，率轻骑简从，护送达赖喇嘛向拉萨进发。沿途受到僧俗人民广泛欢迎。“经过雷东喷多等处，居住喇嘛人等，感激圣主再造洪恩，罔不踊跃欢欣，男女老幼，襁负来迎。见我大兵，群拥环绕，鼓奏各种乐器”，大家都在欢庆他们重新得到了安定的生活。
这年九月十五日，天气晴朗，满汉大臣，蒙古各部首领，西藏黄教上层喇嘛、贵族，齐集布达拉官，为达赖喇嘛噶桑嘉并举行生重的坐床大典。同时将拉藏汉所的达赖伊嘉措给解送北京，以防后患。
在两路大军会师拉萨同时，新疆方面军队也屡获大胜，剿杀敌兵，擒获人畜，招抚数千准噶尔人众。
康熙帝闻奏，见各路“俱各加奋励”，认为殊属可嘉，命令在事将军以下，兵丁以上，俱着从优议叙。其中，以噶尔弼等遵从皇帝“指授”，首先进入拉萨，大沛恩泽，将四川云南满汉官兵以前所借俸银，俱免扣取，并每人赏银十两，以示体恤官兵劳苦之意。
康熙帝的确是非常的高兴，此时有蒙古王、贝勒、公子、贝子、台吉，土伯特、酋长等人以西藏平定为由，请求在拉萨建立丰碑，以昭重万世。康熙帝允其所请，于六十年九月二十七日御制碑文，回顾自太宗以来朝廷与班禅额尔德尼、达赖喇嘛和实汗及其子孙与清朝的亲密关系，揭露策妄阿扑卜坦“名为兴法，而实灭之，且欲窃据士伯特国”的罪行，阐明清政府进兵西藏以及敕封六世达赖安置禅榻，是为了重新振兴法教，抚绥土伯特僧俗人民各安生产。碑文的结尾是：“朕何功焉？而群众勤请不已，爱纪斯文，立石西藏，使中外知达赖喇嘛三朝恭顺之诚，诸郭落累世崇奉法教之意。朕之此举，所以除逆抚顺，绥众兴教云尔”。
经过进兵安藏，清朝进一步加强了对西藏的管理。此后，康熙帝即派满州、蒙古及绿旗兵共四千名驻藏，由策旺诺尔署理定西将军印务，统辖驻藏兵马，额附阿宝、都统武格等人均参赞军务。这是清廷在西藏驻兵之始。考虑到空布地方的第巴阿尔布巴首先效顺，会同大兵一起进藏，阿里地方的第巴康济鼐截击准噶尔回路，均有立功，所以全被封为贝子；隆布奈亲身归附，也被授于辅国公。六十年春，康熙帝任命河尔布巴、康济鼐、隆布奈与达赖喇嘛的总管扎尔鼐等四人为政务官员，要求他们联合执政，并以康济鼐为首组成西藏地方政府。
新政府官员由清廷任命，消除了和硕特部汗王的影响，并改变了第巴独揽大权的局面，调动了西藏各地区贵族参政的积极性，在招抚里塘、巴塘以后，康熙帝又批准四川总督年羹尧的奏请，令二地暂归四川统辖。又在打箭炉至拉萨沿途设立驿站，更加强了西藏边疆与内地的联系。
康熙末年对西藏的施政措施可谓有力，为雍正、乾隆时期的进一步治理西藏奠定了基础。
6．委曲用良臣，迂回施厚爱
勒辅治黄三年，完成治河工程六项：1．导黄人海工程。疏浚黄河下游河身，增筑两岸堤坝，使淤塞十年的海口开始通流，为其他各项治河工程的进行创造了有利条件。2．改移清口工程。封闭原新庄闸口（即清口），另辟七里闸为运口（即南运口，也称清口），使运口与黄、淮交汇处隔远，防止黄河水内灌，利于清水外流，减轻运河淤垫之虞。3．高家堰工程。高家堰位于洪泽湖与高邮、宝应诸湖之间，其最大功能是换湖束水、捍淮敌黄，同时也是运河的屏障。靳辅将诸口尽塞，自清口至周桥九十里旧堤悉增高厚，并将周桥至翟坝三十里归仁堤并已成河九道之处亦创建新堤，仍留减水坝六处，以备旱时蓄水济运，涝时泄水保堤。并于堤外帮筑坦坡，坡长为堤高的八倍，在其上种草植树，护堤效果极佳。
清水潭工程。清水潭逼近高邮湖，地势低洼，受灾尤重，最难修治。勒辅先堵塞高家堰诸决口，令淮水尽出清口，刹其上流水势，并挑山阳、清河、高邮、宝应、江都五州县运河，塞决口三十二处，疏其下流水路，然后专力以图清水潭。他吸取前人的决口下填土，“随下随溜”的教训，采用避深就浅，于决口上下退离五六十丈为偃月形，抱决口两端而筑之的方法，筑成西堤一道长九百二十一丈五尺，东堤一道长六百零五丈，更挑绕西越河一道长八百四十丈。为此，他上奏皇帝：“七州县田亩尽行涸出，运艘、民船永可安澜。康熙览奏非常高兴，特命名新河日永安河，新堤日永安堤。
旧仁堤工程。将旧堤加高培厚，挑引河一条，并用其土筑大坝一道，以障淮水，并永固邸家、白鹿诸湖之水，不使侵淮。且令有小河口、白洋河二处流人黄河，助黄涮沙。第六项工程是皂河工程。皂河为部督靳辅于骆马湖旁另开的一条运河，长四十里，上接洳河，下达黄河，行驶安全，便于挽运。又自皂河拖东，历龙冈、岔路口至张家庄二十里，挑新河三千余丈，并移运口于张家庄，以防黄河水倒灌。
河务总督勒辅治河虽然成绩显著，但也遇到很大困难。主要是修治期间遭遇到两次大水，河堤一再地决口，先是杨家庄决口，至二十年底刚刚闭合龙口，第二年正月里又再度溃决，经奋力抢修月余，始得重新筑塞。不料宿迁县徐家湾又漫决百余丈，即刻督夫抢修，于三月中旬堵塞。这时，勒辅一面勘察各工地，督令善修，一面疏请钦差阅视河工。其疏刚刚奏入，又有肖家渡民堤坐陷，决口九十余丈。这些前进中的困难，本为常见不足为怪，但京中却有人试图借机会全盘否定勒辅的治河成就。
二十一年五月初八，康熙帝根据靳辅要求，遣户部尚书伊桑阿、古部副御使宋文运等四人勘阅河工。尚未出发，候补布政使崔维雅奏呈所辑《河防全议》、《两河治略》二书。并条议二十款，对几年来的治河成就一概予以否定，主张拆毁有的工程。