康熙命勘阅河工大臣带领崔维雅会同河务部督勒辅确议这一奏折。临行前，康熙将伊桑阿召至御座前，谕日：“治河不在空言，而在实行。慎未可轻言河工之易也，……尔等前去务与勒辅共同商酌，加意看险，勿各执己见。凡有会议事宜，卿等官皆表示“应从靳辅之议”，同意于成龙的仅有通政使、科道等少数几个人。乔莱代表十一人明确表示：从于成龙议，则工易成，百姓有利无害；若从靳辅议，则工难成，百姓为首田庐伤损必多，且堤高一丈五尺，束水一丈，比民间屋檐高，伏秋时，一旦溃决，为害不浅。康熙听后，谕大学士等：“今两人建议皆系泄水以注海，虽功可成，毕竟于成龙之议便民。所请钱粮不多，又不害百姓，姑从其议。著往兴工，如工不成，再议未迟。”
大学士明珠为阻止于成龙议案的实施，奏称：多绅之议如此，未知百姓如何？建议派人亲至其地看。对此，康熙表示赞许，即派工部尚书萨穆哈、学士穆、成格速往淮安、高邮等地，会同总漕侯选人徐旭龄、巡抚汤斌详细勘察做出确实的评估。二十五年正月，蒴穆哈、穆成格二人返京，以“彼处百姓，佥谓挑浚海口无甚利益”为由，上疏题请“停止下河工程”。二月初三，虽经康熙一再强调疏浚海口之必要性，九卿仍坚持“应照伊等所题停止”。明珠及其他大学士也主张“此工似应停止。”这时，康熙明知下河工程有益，但苦于无法说服众人。面对朝廷大员的一致反对意见，他沉思许久，说：“即经众议如是著停止，随即将疏浚下河工程暂停。”
康熙服从众议，但仍未改变疏浚下河海口的主张。他想把萨穆哈等淮、扬之行的真相考察清楚。二十五年三月，升授江苏巡抚汤斌为礼部尚书管詹事府事，调至朝中。四月二十一日，汤斌至京，于乾清门陛见，康熙问过地方风俗，吏治及乡坤表现后，又问下“下河开海口事”。汤斌详细回奏萨穆哈等在下河等各州县活动的全部经过，主要是：征询民间意见时，“言语嘈杂，不能归一”，各种意见都有，并非一致反对；汤斌本人虽同意萨穆哈等人暂停下河工程主张，但也一再申明疏浚下河的必要性，甚至在看过萨穆哈起草的题本初稿后，仍说：“若将下河高处挑浚后，使积水暂归人海，于民亦稍有益。”康熙召萨穆哈质问，萨穆哈亦承认“就各地情形而言，语言不一，自己未奏是实；承认汤斌讲过挑浚下河有益之语。但说那是闲谈时议论，并非会议时所讲”。这时，九卿等又复应开海口。
康熙于六月六日当即决定从国库中拨出银两二十万，派工部右侍郎孙在丰前往督修下河海口工程。本月十六日，康熙以回奏不实罪名，分别革除萨穆哈、穆成格工部尚书及礼部左侍郎职。
通过这场辩论，康熙发现积极支持自己的于成龙并非就是真的洞悉河务，他根本就没有好好调查，只不过是道听途说的事例就否认了勒辅，与之争论，其实他根本就不是以理取胜的，只不过是由于自己往日里过份宠信于他了。另外几个自己信任的大臣，如总漕慕天颜、两江总督董讷、督理下河工部侍郎孙在丰等，则是些两面派。
凡是主张暂停下河工程，支持修高家堰重堤，以及将丈余田亩给于老百姓种等事，他们都参与议定完全同意，甚至亲自起草奏疏，但事后又委过他人，诬陷别人篡改了奏稿，目的只为了为自己解脱，为了骗取皇帝的信任。原尚书佛伦当场拿出奏疏原稿，证实了它的确为董讷起草，并没有经过别人的篡改，康熙终于知道了事情的真相，气愤极了，当场就将慕天颜革职了，董讷和孙在丰各降五级。
7．用人不疑，王师定疆
有客乃大，既客他人之长，亦客他人之短，方成气候。为政也如此，既容友朋，也容对手，方是治国高才。台湾败将郑氏终于走投无路，给清廷送上了降书，康熙帝大度接纳，并给予优厚安置，表现了他泱泱大国之君宽厚仁慈的情性和宽广的胸襟。
澎湖激战，全歼郑军主力，为和平收复台湾奠定了基础。但和平能否顺利实现，则需清、郑双方共同努力。
当时姚启圣主张“求胜直捣台湾”，也有人催促施琅乘郑氏败残之余急予扑灭，“以雪前恨”。施琅则表示：“为国为民”，不计私怨，郑氏“若能御璧来归，当力疏奏赦其罪”。他厚待敌方投诚人员，允许他们回台湾与亲人团聚，并令转告台湾人“速来降，尚可得不死；少缓，即为澎湖之续矣”。
正是由于施琅水陆官兵“逼临门庭”，所到之处“抚绥地方，人民乐业，鸡犬不惊，台湾兵民闻风俱各解体。”
当康熙帝接到由姚启圣转奏的郑克塽的第一道降书时，他就分别征求了议政王大臣及满汉学士的意见，他们一致认为，应当接受郑克塽的请求，准其投诚。康熙最后表示：“若不许其反诚，则彼或窜处外国，又生事端，不若抚之为善。”诸臣一致赞成。至此康熙决定派遗工部右侍郎苏拜等速往福建，全同总督、提督料理军前粮饷事务，并赐送七月二十七日对台湾投诚人员颁发的赦诏，及传达对施琅等官员的指示。二十八日，在苏拜等陛见皇上请示谕旨时，康熙再次申明对台湾郑氏的原则立场：“更念以兵力攻取台湾，则将士劳瘁，人民伤残，特下诏旨招降。倘其来归，即令登岸，善为安插，务俾得所，勿使余众仍留原地”。康熙派人发布指示，早于施琅二十九日的奏疏，但却基本回答了该奏疏所提的问题，从而及时推动了台湾问题的顺利解决。
遵照皇上的指示，八月十一日施琅率官兵前往台湾受降，郑克塽闻知，于十三日差礼官郑斌，暨父老彩旗鼓乐，坐小船出鹿耳门迎接，引渡进港；并亲率刘国轩、冯锡范等重要文武官员和百姓，齐集海埏，列队恭迎王师，然后会见于天妃宫。施琅要求禁止军兵骚扰百姓，“士民安居乐业，农不易亩，工不闭肆”。十八日，郑克塽等剃发，施琅当众宣读皇帝赦诏：“尔等果能悔过投诚，倾心向化，率所属伪官军民人等悉行登岸，将尔等从前抗违之罪尽行赦免，仍从优叙录，加恩安插，务令得所。煌煌谕旨，炳如日星，朕不食言。”郑克塽等遥向北京叩头谢恩。从此，台湾回归祖国怀抱，与大陆重新统一。
施琅与郑氏本为世仇，但他人台之后，不负皇帝的期望，未对郑氏报复，却前往郑成功的庙宇行告祭之礼。在台湾政权变换，人心浮动的时刻，他的举动对于安定郑军官兵的情绪，稳定社会秩序，无疑产生了重要的社会影响。由此可见，施琅不仅具有杰出的军事才能，而且有宽广的政治胸怀，康熙帝对他的信任和使用是英明正确的。
捷报陆续传到北京，康熙精神异常振奋，他接到施琅所上《恭报台湾就抚疏》时，正值中秋佳节，于是他欣然命笔，以《中秋日闻海上捷音》为题，赋诗庆贺。诗尾两句是：“海隅久念苍生困，耕凿从今九壤同”。从这里可以看出康熙因实现统一，人民得以休养生息而无限喜悦的情怀，康熙还将那天他所穿的衣物派人驰赐施琅，并赐五律一章，写道：“岛屿全军人，沧瞑一战收。降帆来蜃市，露布彻龙楼。上将能宣力，奇功本伐谋。伏波名共美，南纪尽安流。”东汉的马援为国立功，曾被封为伏波将军。康熙在诗中称赞施琅智勇双全，建立奇功，安定东南海疆，可与马援齐名，流芳百世，同时加授靖海将军，封靖海侯，世袭罔替，以禾酬畜。
康熙二十三年十二月，郑克塽等奉旨晋京。康熙肯定郑克塽等“纳土归诚”之功，授郑克塽公衔，刘国轩、冯锡范伯衔，俱隶上三旗汉军，命户部分别“拨给房屋田地”。其他投诚武职一千六百多人，文职四百多人，兵四万余人，也都得到妥善安置。念刘国轩“首先归命”，并“劝令郑克塽纳土归来”，康熙亲自召见，特实授天津总兵官；并于常例之外加赏白金二百两，表里二十匹，内厩鞍马一匹，“以示异数”。后康熙得知刘国轩“家口众多，栖息无所”，又特赐第宅，“俾有宁居，以示优眷”。
从康熙统一台湾过程可以看出，如何使用“海上投诚人员”，确实是一个重大的政策问题。最初对“海上投诚人员”不予信任，不授职无粮饷，分遣各省垦荒，另从外地向福建大量增兵，于事无济；后来信任和重用“海上投诚人员”，不仅无需向福建增兵，而且不断撤兵，依靠“海上投诚人员”迅速平定海疆，最后完成统一大业。用人不疑，疑人不用，康熙帝坦诚于人，人亦以坦诚回报之。
8．有勇有识，才是全面素质
经过平定三藩等几次战争之后，康熙感到作为军事将领，善于骑马步射，能管辖兵丁者不乏有人，而若能经历战阵之人，甚是难得，为此把有战斗经验的将领看作宝贵人才。一
他曾举出典型例子作为说明，有否实践经验必须遇见敌人才能看得出来，仅凭外表长相是无法判定的：原任正白旗副都统塞黑伊，善射且相貌魁伟，善于管辖兵马，可是他在乌兰布通战役中他却被吓坏了，装作中暑坠马的样子，想退出战斗，他的家人知道后都很气愤，说：你身为二品大臣，如此临阵退怯，以后还何颜见人家人刚扶他上马，他又跳下来趴到草堆里。直到他回到军营之后，浑身还颤栗不止，不脱战衣就蒙头卧床，一直睡到天明，他手下的兵丁没有不耻笑他的。这样的怕死鬼古今都有。
有一个例子是内府员外郎喀青阿的父亲海西尼。此人身才短小，力气小，可是他在福建出征作战的时候，八次获得头等功牌，后来因为受了好多次伤而不能再参战了，可是他还是让人用木板抬他去看攻城。等将士拿下城池之后，他伤心地对大家说：我因残疾没有和你们一块杀敌，为国效力，说着说着就激动地痛哭起来。
原任广东巡抚杨熙，是个瘦小，长得相貌丑陋的官员，但是当尚之信反叛，他正与另外二人在广东城中被围困时，三个人各率家人拼死杀出了重围，赶赴大兵营中。