●康熙抓吏治的指导思想是：“端本澄源”、“源清流洁”。这是符合中国实际的。“上梁不正下梁歪”，康熙正是从惩治上梁入手，抓好各级官吏，尤其是地方高级官吏，向官吏灌输：“为民父母”的精神。康熙要继承先帝遗志，做一番巩固清朝的大业，就不能不特别重视吏治。
1．端本澄源，源清流洁
康熙一贯认为：因为高层官吏是低层官吏的表率，中央官员是地方官员的榜样，只要高层官吏能够奉公守法，不违背做官的原则，低层官吏自然就会廉洁奉公，既所谓“大法则小廉，源清则流洁”，因而他把察吏的着眼点放在高级官员身上，尤其是地方督抚大员，京城二品以上的大员。
早在康熙亲政前夕，内弘文院，侍读熊赐履和御史余缙等人在遵照康熙求严旨意，条奏时弊时，就都指出了民间疾苦与督抚大员贪婪残暴之间的密切关系。熊赐履还就此建议，以后考察官吏时应把民生状况作为评价守士官吏称职与否的标准，进而以守士官吏是否清廉有为，作为考察督抚大员优劣的标准。他们的奏议虽然没有涉及腐败问题的更深根源部院大臣，即那些可以利用所掌握的官员任免权与钱粮奏销权，向外官勒索贿赂的高级官员，却也十分中肯，所以给康熙留下很深的印象。所以，康熙亲政后，十分重视高级官员的考察与管理。
刚开始的时候，康熙对外官和京官勾结行贿纳贿这种事，只是采取教育警告的方法予以禁止，结果陋习相沿不改，低层文武官员仍然借年节名目勒索兵民，以馈送督抚提镇司道等官，而督抚提镇司道等又苛索属员以馈送在京部院大臣等官。因此康熙下令严厉禁止：今后有仍蹈前辙者，“事发之日，授受之人一并从重治罪，必不姑息”。为割断督抚与部院大臣之间的非法联系，康熙特别规定：凡督抚司道官员与在京大臣，彼此谒见、馈送，因事营求，以及指派家人问候往来者，将行贿者与受贿者一并革职；即使官员本人不知其事也官降二级，并且将经手此事的双方家人一并正法。
康熙对督抚与部院堂官营求结纳、分树门户、处理政事、丢弃原则的弊端更是深恶痛绝。山西巡抚穆尔赛贪酷至极。当康熙问大学士、九卿等时，他们反而为其百般解脱，以免其受处罚，康熙大怒，将勒德洪等人降级处分，穆尔赛拟绞监候，秋后处决。康熙还发现，“河工诸臣，一有冲决，但思获利，不尽心堵筑，以致数年不能完工，耗费银粮无数，其根源就在工部官吏有意纵容。
因此他亲自主持清查，分别给以惩处。他深有感触地对大臣们说：“天下百姓所依靠为生者在守令，守令是否贤良决定于布政使和按察使二司，而布按二司官是否贤能决定于督抚，督抚所为又决定于部院大臣。因此，如果部院大臣做事公正廉明，那么地方上自督抚以至州县官吏自然能成为勤政爱民的好官了。”
康熙把整顿吏治放在高级官员身上，应该说是有其普遍意义的。因为高级官员身居要职，可以直接影响下属，因此，高级官员的好坏决定着整个官员队伍的好坏。而且他们往往还可以左右重大朝政，决定国家能否按正常轨道行事。也正因为如此，历代都把严格约束和考察高级官员作为吏治的第一要务来抓。
2．善辨忠奸，大义分明
常言道：大事坏在小人之手。中官（太监）当中，小人居多也。看看中国历史，由于中官而亡国的为数不少。所以康熙帝在中官的任用上慎之又慎。
顺治帝死后，康熙即位，当时康熙年仅八岁，由其祖太皇太后和一批老臣们参与辅政，他们想恢复太祖太宗时期的旧制，因此决定撤掉由太监掌监的十三衙门，仍设内务府。顺治十八年二月十五日，刚刚继位的康熙谕吏、刑等部各衙门，历数太监罪说：“朕想历代理乱不同，都是因为用人不当所致。大概委用太监宦官，未有不发生乱子的，加上卑鄙的小人随声附和，那么危害就更严重了。我太祖太宗，接受历史的教训，不设宦官；先帝顺治因为宫廷内需人供役，偶尔使用此辈，接着发现他们奸诈狡猾，所以在遗诏中说：祖宗创业，未曾任用中官，而且明朝亡国，也因委用宦官，造成祸端。朕遵照父皇的遗诏，铲除弊端，因而详细体察其中的原委。于是得知满洲的佟义，内官吴良辅，阴险狡诈，巧弄其奸，迷惑欺骗，交易祖宗旧制，倡立十三衙门名目，结党营私，恣意妄行。借故浪费钱粮，以便任意侵吞，权势震于中外，作威作福。大肆贪污，互相勾结，作恶多端，凭借权威，独断专行，内外各衙门事务，任意把持。广兴营造，糜冒钱粮，以致民力告匮，兵饷不敷。这二人互相勾结，违法乱纪，破坏本朝淳朴的风俗习惯，改变祖宗久定的典章制度，罪情重大，万恶至极，全国莫不痛之，虽然绳之以法，不足以当其罪。吴良辅已经处斩，佟义如不处死，法网难容，已经正法，命将世职削去。至此十三衙门尽行革去，凡事皆遵太祖太宗时定制执行，内官永不再用。
十三衙门成立于顺治十一年，十八年撤掉，在这短短的七年中，他们干了许多坏事，现在也只好停止其活动，重建内务府管理朝廷日常事务。康熙以后的二百余年间，每一朝都效仿，都再没有宦官专权的事。光绪朝虽有安德海、李莲英等人受宠，但始终都不能干预朝政。康熙常常在与大臣的谈话中，揭露太监的罪行，痛斥宦官作恶多端，不让宦官有干预政事的可能。
康熙三十一年正月二十九日，康熙对修明史的官员说：宦官为重，历代有之。如明朝的王振、刘瑾、魏忠贤之流。罪孽深重，作恶太多。崇祯诛锄阉党，为人民做了一件好事。
三十三年五月十四日，有刑部等衙门题报：太监钱文才打死民人徐二，应处以绞刑，监候办理。为此，康熙对大学士们说：凡是太监犯罪，决不能宽恕，应该加以治罪。朕发现自古以来，太监善良者太少了，关键在于人君防微杜渐，开始就注意，如果开始就姑息纵容，逐渐玩弄权术，等到势不可遏，虽然想制服，却并非易事。如汉代的十常侍、康代的北司，窃弄威权，甚至皇帝起居服装饮食，都在其掌握之中，这不是一朝一夕所能形成的。太监原来是被阉割的人，其性情与一般人不同，有年已衰老而一言一行还像个婴儿，外表装作老实厚道者，内里却居心叵测。必须是人君英明，这些家伙才无法施展权术。朕听说明代皇帝将朝廷奏章的批答权委托给司礼监，司礼监又委之名下内监，此辈素无学问，不知义理，委之以事，怎么能不发生谬误呢？其间闹出多少笑话，简直不可思议。
康熙帝又说钱文才杀人案，你们要记住，到秋天审判犯人的时候，一定要严加惩办，不能让他漏网，逍遥法外。
四十年五月二十二日，江南道御史张瑗上疏，要求将西山碧云寺后葬有前明太监魏忠贤之墓及碑二座，彻底毁掉，因为康熙一直对太监心存痛恨，于是特旨批准此事。
四十二年四月二十三日，康熙阅读明史，将其心得体会讲给大学士们听，他说：朕自幼年的时候，即每件事都好问个为什么？明代太监的事，朕都看过，所以那时候的事，朕知道得很详细。太监魏忠贤的恶劣形迹，史书仅仅记其大概而已，还没有详细记载。明朝末年的皇帝多有不识字者，遇到讲书时，就垂幔听之，诸事听任太监办理，所以生杀大权，尽被这些人操纵。
康熙又说：明史记载杨涟、左光斗死在北镇抚司狱中。闻此二人，在午门前受御杖而死，太监们用布裹尸拖出去。至于随崇祯殉难的人，乃是太监王承恩，因此，世祖章皇帝作文致祭，并立碑碣。
以上这些事情，说明康熙对历代作恶多端的太监深恶痛绝，非常厌烦，只有王承恩例外，因为他对自己的君主忠心不二，最后随君而死，像魏忠贤之流，作恶多端，残害生灵，恶迹昭彰，康熙对其墓、碑下令毁平，似有不共戴天之仇。何以如此呢？因为此辈祸国殃民，清代宫中太监仅供洒扫使役不给权柄。权衡利弊，忠奸分明，不重小人用是康熙用人的标准。
3．抓典型，处贪官
康熙帝宣传清官，培养、扶植、重用清官，鼓励官吏争当清官，做官要做清官，认为只有这样，才能使国家安定团结，万众一心。然而清官毕竟还是少数，其活动范围也受局限，就是因为这样，康熙帝在不断发现清官的同时，还认识到应该惩治贪官。
八年五月，康熙设计擒拿鳌拜之后，以鳌拜辅政时“荐劾不公”为由，特诏举行察典：对在京三品以上官员，不分满汉，以及在外督抚“详加甄别”，九月，经他考察后，对各级官员革职、降级，“体政”在京满汉官员共八十三人，其中有尚书、侍郎、左部御史、左副都御史、内三院学士等。此外，还将十余名总督巡抚革职，体政或随旗行走。其中只有山陕总督莫洛、陕西巡抚白清额，由于地方文武官员会疏保留，康熙“特顺舆情，免其处分，仍留原任”。
在平定“三藩”叛乱后，康熙处理了一批侵蚀兵饷等重大贪污案件，侍郎宜冒阿被派往广东查点尚之信家产，与同去查看的广东巡抚金俊共同收贿，侵吞兵饷及入官财物，收受尚之信及商人沈上达巨额贿赂，白银多达八十九万两及财帛等物。宜、金二人因为害怕这件事被告发，于是就设法把沈谋害了。事发后，康熙派重臣详查审理此事，于二十三年五月十八日结案，宜冒阿、金俊、及郎中宋俄托、员外郎卓尔图及尚之璋、宁天祚、王瑜等拟斩，道员王永祚拟绞，等到秋后一起处决，奉差审理此案的刑部侍郎禅塔海因未审出谋害沈上达事件而被革职。
另一重大案件是汉军正白旗人蔡毓荣“贪污逆产案”。吴三桂叛乱时蔡毓荣任湖广总督，后被授馁远绿旗兵总统同定远平寇大将军贝子彰泰，在攻入云南省昆明时，蔡毓荣将吴三桂入官的家财全都装入自己的腰包，中饱私囊，并大量馈送给贝子及其他大臣、官员等。此事康熙早有所耳闻，他曾对工部官员说：“蔡毓荣民前用兵时，每天销算估计营造等事，多行浮冒侵渔人己，云南军前官员少有不得其财者。”
二十五年十月，蔡被改调为兵部侍郎。十二月，云南侍卫纳尔泰等人首告蔡行贿之事，隐匿应入官妇女及徇纵逆党等情。康熙帝得到这些证据后，立即传谕，将蔡毓荣及其儿子蔡琳革职查办，详加审问，但因为蔡行贿范围太广，牵连的人数太多，不便一概论处，因而也无法重处蔡毓荣，结果是：
蔡毓荣被从宽处理免即处斩，没收家产著枷号三个月。鞭一百，并分家子发往黑龙江。刑部官员因为不能“秉公研讯，律拟失当，显系徇庇”，分别受到革职，降级等处罚。
4．树榜样，扶清官
康熙认为，居官既廉办事百善，即使钱粮稍有不足，百姓也会彼此勉励，设法度过难关。康熙以廉吏事迹，激劝百官，澄清吏治，希望能在潜移默化中改掉贪风。
康熙帝特别重视干部队伍的清正廉洁。清官需要发现和扶植。一旦发现，便应该加以认真培养和扶植，并且加以奖励且始终不渝。康熙帝发现的第一位清官是直隶巡抚于成龙。
于为山西永宁人，顺治十八年任广西罗城知县，时年四十五岁。六年，升四川合州知州，八年，升湖广黄州府同知，十三年二月，升武昌知府，后调任黄州府知府。
吴三桂叛乱率军盘踞湖南时，煽动湖北数县响应他的号召，叛兵称十万大军逼向黄州。当时因援兵皆赴湖南，黄州情况十分危急。有人主张退保麻城，于成龙则认为，黄州乃是七郡咽喉之地，“弃之则荆岳瓦解”，因此，齐集乡兵数千人，亲自率军，冒着叛兵的矢石，带军拼杀，剿抚并施瓦解贼众，费时仅二十四天，“以乡民数千，破贼数万不费公家丝粟”，平定了黄州。从而打开了平叛战争后方的要道，有力地支援了荆州大军。随后，于成龙连升江防道员、福建按察使，布政使。十九年，升直隶巡抚。于成龙上任后是非分明，公正廉洁，同时还支持公廉官员，弹劾贪黩县令。二十年二月，康熙得知于成龙清正廉洁的事情后，于五日在懋勤殿亲自召见他，表彰说：“尔为当今清官第一，殊属难得。”勉励他“始终一节”，赏赐白金、良马、御制诗等。奖励他廉洁公正爱护百姓，于成龙提出免钱粮、赈济灾荒等要求，康熙帝一一应允。
同年年底，于成龙被提升为两江总督。他感激皇帝的知遇之恩，到任后，更加勤奋，诫属吏、革加派、易积弊，做事每每直到天亮，官员们听说后，都悄悄地改过自身，史载：尝缴行村堡，周访问里情伪，遇盗及他疑狱，跟踪迹得之，民惊服。江南的官员都知道于成龙爱微服私访，每当遇到白须且面貌伟岸之人，便相互告知，循规蹈矩。士大夫家里减少车辆随从，有婚嫁之事也免用鼓乐，豪猾率家远遁。然而，秉公办事，太正直的人也会招致别人的怨恨。居然有人想害于成龙而报自己的私怨，以致于他被告知体政。但康熙特旨请予以留任。
二十三年四月十八日，于成龙病逝，将军都院等大僚察看他的遗物时，“惟笥中绨袍一袭，床头盐豉数器而已”。康熙帝闻知后，感慨非常，于是“博采舆评”，称于成龙为“天下廉吏第一”，加赠太子太保，予谥清端，荫一子入监，并御出“高行清粹”祠额及楹。
康熙奖励清官，意在倡导百官效法。二十七年四月，授满洲镶黄旗人吏部侍郎付拉塔为两江总督，临行的时候，对他叮嘱道：尔此去当洁己行事，前任总督数人无过于成龙者，尔如其所在矣。付遵旨赴任后，果然不负皇上厚望，清弊政，斥贪墨，康熙帝听说后，甚感欣慰，在各方面给予他大力支持。当时，赣县知县刘瀚芒私征银米十余万，其上司赣南布政使、按察使等始终庇护着他。于是，付拉塔奏请皇上将他们一一罢免。
付拉塔奏请皇上免除江宁房屋税及淮、扬荒赋，请将历年积贝逋赋量为带征，请开仓赈济贫民，扩大科举名额等，都被康熙批准。三十三年五月，付拉塔死于住所。康熙看到遗疏，非常痛惜地对大学士等说：江南江西总督居官善者，自于成龙以来，惟付拉塔一人。付拉塔不畏权势，和而不流，仰体朝廷委用之意，爱恤军民，甚属民嘉。遂派人赴江宁致祭，赠太子太宝，谥清端，予骑都尉世职令其子承袭。四十四年，康熙第五次南巡，路经雨花台，赐御出“两江遗爱”匾额，命人挂在付拉塔的祠堂内。
在于成龙、付拉塔的影响下，满洲镶蓝旗人格尔古德、汉军镶黄旗人范承勋，江苏巡抚张佰行，闽浙总督王骘等官员也都相继成为著名的清官。
康能称职，诚能爱民，在二十至二十五年间，康熙以积极的态度发现、培养、提拔清官，已大有成效。但廉吏也并不是十全十美的，其中也有未经调查研究，盲目主观臆断之时，但康熙一旦发现所用之人并不是全廉洁，便及时对其进行批评教育，希望他能够尽快改正。
康熙帝深信，榜样的力量是无穷的。自于成龙，付拉塔之后，又出现了许多廉洁奉公的清官，如：“居官甚善”的山东兖州知府张鹏翮、“实心供职，克尽勤劳”的三河县知县，后累升为广西巡抚的彭鹏、“百姓甚称其贤”的江苏吴江知县郭琇、“声震朝野”的左都御史，疏劾大学士明珠，另有余国柱及杰出清官陈宾等人。五十四年十一月，康熙帝对阁臣们说：“非有实行，岂能得此？国家得此等臣，实为祥端。宜从优表异，以利清操。”
5．重开风闻言事之例