在这样的构想之下，淘宝网2006年5月10日推出“淘宝商城”，一个B2C交易平台。淘宝商城成为了大品牌商家的乐园，这些被招揽的品牌都是在线拍卖网站最畅销的商品门类中的超级品牌。这不仅仅是解决淘宝网盈利模式的问题，更是马云打通B2B、B2C和C2C的一个绝妙战略布局。
淘宝进入的B2C与当当、卓越等不尽相同，与PPG、红孩子这样的后起之秀也不同，当当、PPG这样的B2C都是以产品为核心的电子商务方式，“电子”只是销售的方式与手段，“商务”各有特点，而淘宝的“商务”则是以组织形式替代了产品主导形式。
实际上，可以把淘宝看作是一个依托互联网生存的零售组织型企业，组织型企业就是在供应方与需求方之间提供了一个以契约制为基础的第三方平台。淘宝承接的是买卖两方的组织任务，要制定基本的规则，调控双方关系以求达到平衡。
淘宝一直试图通过不断修订规则来使买卖双方获得最佳的平衡。淘宝网的新B2C模式，从其表现来看，其实质是完全融合了B和C的B2B2C形式，而这也是整个电子商务的走向。
马云的B2C与当当网总裁李国庆的B2C大为不同。李国庆的B2C是自己开一个商城，然后自己当老板摆摊卖自家东西；马云的B2C是开一个商城，然后把柜台出租给厂商或者厂商授权的经销商，自己只承担管理职责。就这点而言，马云确实比李国庆棋高一着。马云坚信，融合了B2B及C2C模式的淘宝B2C新模式不存在物流、配送、支付等瓶颈，未来前景将不可限量。
2008年以来，阿里频繁调动高管，要通过五大业务高管岗位互换，来实现相互间的“参股”，在这背后，是一个关于超级商业生态系统的构思，阿里高层称之为“C2B2B2S”。“以后我们整个生态链里面，大淘宝是抓住了C2B部分，这是整个C2B2B2S的核心。支付宝、阿里软件、雅虎口碑是属于B2S，就是后面一个B带来S。为什么呢？企业要完成交易一定需要各种服务，但一定是等大量的第二个‘B’来了以后才能带来服务需求。”
阿里希冀通过打通B2B和C2C，进而能覆盖完整的交易链条，通过黏住消费者即终端用户，进而吸引各类零售商（生产商），而后环环相扣，扣住一系列的供应商。而一旦所有的人（公司）都跑到阿里生态圈内做买卖，并且日子也过得红火，那么适当地总得交点租，再付下“水电煤气费用”给阿里。
如果不斤斤计较理想与现实之间的距离，不由得我们不为阿里预见他们未来的能力鼓掌。可以看出，阿里对于未来的设计，与时下最新潮的商业思想相呼应。阿里关于“大平台”的构想，与SAP等公司谈及的“商业网络”（network），殊途同归；而旗下淘宝推出的（top inside）则不亚于亚马逊、IBM等公司的服务模式。
不过，伟大与平庸的差别并不在于有没有理想，而是能否实现理想。对于试图建立“理想国”的阿里而言，形式上的“立国”并不难，难的是如何建序？这其中包括大平台上的运营秩序和阿里系内部的管理秩序。
前者的核心在于淘宝的建序，毕竟这是C2B2B2S的源头。照目前的速度发展，淘宝的影响将会越来越广泛，2008年淘宝预计要达到千亿元交易额。
当然淘宝曾试图收费，只不过淘宝上的客户对此反弹强劲，更为重要的是，过去的6年内，淘宝基本崇尚的是混序生长，随着淘宝交易额增长，收费是存在系数的。毕竟，淘宝目前尚未建立完善的信用评估体系，一旦收费，若买方受损或者卖方出现问题，淘宝难辞其咎。
2008年淘宝开设淘宝商城，引入B2C，并据此提供收费服务。换而言之，森林里建起商业地产，土著中来了穿名牌的贵族。那么，接下来“土著”是否都会被教化成“贵族”？森林都会变成现代地产？如果这确实是“进化”的方向，那么曾经的那个“原始森林”般淘宝带给买家的那种惊喜和乐趣，是否还会鲜活生动呢？
在大平台运营秩序之外的问题，则是阿里系内部的管理秩序。阿里试图建立更加扁平化的架构，对应“大平台”的构思。组织的重构意味着：任何人（部门）都有机会改变目前的地位，争取让自己变得更重要；反之，则会被动降级。
阿里巴巴原来只有一个董事会，后来分成五家公司。马云把具体的业务发展都交给了集团五虎将。他说：“他们比我聪明。淘宝网总裁孙彤宇有90%的时间在考虑淘宝的发展，我最多20%，怎么可能比他聪明？”
很多人对马云的决定感到迷惑不解，对此，马云作了详细的解说：
“我要用最远的眼光看，用最大的胸怀去包容。我去做了孙正义的董事，了解日本发展怎么样；我到雅虎，了解美国整个的趋势发展。然后就是招人，建文化，建组织。
“在中国的电子商务市场上，阿里巴巴的确是做得最好的。阿里巴巴在中国电子商务领域的地位有点像当年的IBM在美国的地位。因此我们要承担为中国电子商务的未来培养一大批领导人才。随着阿里巴巴越来越强大，这是个很好的平台。这个平台除了能创造财富外，就是能培养人才。”
“阿里巴巴对于公司的员工还给他们成长、发展的机会，为社会创造有用的人才。我们内部提了一个口号：阿里巴巴要成为未来企业发展的黄埔军校，要成为未来企业家的摇篮。”
“我们要把培养的办法、成长的办法、学习的办法传下去。未来二三十年，中国企业的领导人都是从阿里巴巴出去的，这就是社会责任感。”
淘宝商户平台事业部总经理喻策自诩为“在淘宝做过最多部门的人”，得益于阿里集团的“轮岗”文化，喻策先后做过运营、PD、战略部、总裁助理等职位，在2008年9月份接到组建“商户平台事业部”的任务之前，喻策的工作是负责淘宝网的收费业务，将淘宝网广告资源进行整合。
在此之前，淘宝网一直按照商户的大小区分B2C和C2C业务，但是，B2C业务该用什么模式发展，一直没有找到满意的答案。在淘宝COO张勇看来，这种分类本身并不合理，“C2C和B2C一直是业界的一个说法，在淘宝网的平台上，C2C里就没有B么，其实你很难完全区分开。”
淘宝网选择的解决办法是将组织架构平台化。在9月份部门结构调整中，淘宝网放弃了原来以C2C、B2C两块业务为领地的纵向部门设置，取而代之的是：成立直面消费者和商户两大服务事业部，统一了客服的界面，其中，消费者平台服务部负责服务买家，商户平台事业部负责服务商户。目前，人员调整已经完成，不包括开发人员，消费者平台服务部150人左右，商户平台事业部60个人左右。
“按照C2C、B2C划分的时候，每个部门都会在自己的定位上面去看，B2B需要什么、B2C需要什么？想问题的方式就复杂了。”喻策说。
打通后的商户服务事业部分为四大块业务：包括旺铺和整个外部ISV体系的基础工具、物流和资金流的解决方案、营销以及勾画公司未来的商业模式。四块业务在商户平台事业部内部有更为形象的说法：工具相当于第一产业，做基础的农业，就是打地基，把用户做到最多，把最底层的服务做到位；物流资金流是第二产业，等同于工业；第三产业是营销，相当于服务业；第四产业就是信息产业。
针对消费者的内容运营往往是一个网站的竞争核心，但是搭建平台确实是很多企业经营电子商务的壁垒所在。按照“外淘宝”的规划，淘宝网会将自己的商户服务架构提供给淘宝网以外的企业，企业可以在这个架构上添加自己的内容，这种提供，甚至有可能是免费的，淘宝网希望得到的，是成为电子商务的“2C”领域的基石，当底层架构变成了基础设施，则可以成为“输出标准”的最好渠道。
而当这样一种“CBBS”概念逐渐传递到各家子公司的负责人时，大家也相继有了自己的一套理解。
对于搜索能为整个链条提供的服务，金建杭说，“我们是希望形成电子商务的技术能力，跟我们各块电子商务的业务结合，就是支撑淘宝网购物搜索这个层面的，也能去支撑B2B在企业交易层面上的搜索”。也就是说，“雅虎将把这个技术能力转移到整个集团相关的电子商务业务里面去”。
而到支付宝担任总裁的邵晓锋，之前的身份是淘宝网副总裁；原支付宝公司总裁陆兆禧则调任淘宝网总裁。这两家从出生开始就紧密相连的公司，也在积极地发生“化学反应”。
邵晓锋说，这样的轮换，其实是对未来的业务变化、业务发展，包括信息技术的进一步发展，可能对产业带来的变化，需要两家公司对相互的业务有更深刻的理解，始终保持能够有一个向前的好的合作及沟通。
此外，支付宝最主要的干将之一胡晓明调任B2B公司，也是希望在支付体系上，两家公司能有新的突破。除此之外，原马云助理李俊凌，调任B2B公司任增值服务负责人；搜索引擎中心的负责人，资深总监张勤调任B2B搜索引擎中心。卫哲说，“这说明我们要走向商业搜索，我们要把搜索在B2B里面做到真正专业化的模式。”
在这一轮“换位”之前，集团也做过一次调整，包括八大高层在集团轮岗。“阿里集团有轮岗的机制与传统。”卫哲表示。在吴炯看来，高层轮岗是从人力资源方面对“开放、协同、繁荣”做出响应。这种文化支持着如今这种“换将轮岗”的变化。
当五大体系相互嵌入时，无论是产品还是人员，都在快速发生变化。
靠智慧运作
马云在总结阿里巴巴前5年的发展时说，阿里巴巴前5年经历了很多事情，比如资本的冲击、人才的冲击、技术的冲击等。他说，我们5年经历的冲击胜过传统企业20年经历的冲击，因而传统企业20年做不到的事也被我们做到了。这就是高压锅效果。阿里巴巴和它的团队是被高压锅压出来的。
在收购雅虎的时候，马云说：“我一直想回学校教书。但我答应过投资者2010年一定还在，而不是2010年之后一定把我开掉。外界关心自己退休的人一直比较多，但舆论在退休问题上存在误解。我想走，谁也拦不住。我走了想改变这个公司，谁也挡不住。”
未来的一批长久成功的大企业将不再是有技术或产品的设计师建立的，而是由社会的设计师建立的。这些设计师将企业以及企业的运作视为他们核心的、完整的发明创造，他们设计了全新的组织人力资源和发挥创造力的方法。
马云善于说朴实的白话：“真想赚钱需把钱看轻”，“我不喜欢研究竞争对手，我只喜欢研究我的客户”，“财富的本意是帮助他人赚钱”，“如果不让别人富起来，阿里巴巴会是一个虚幻的东西”，“研究对手就是往后看，只有研究明天、研究自己才是往前看”，“管理一家公司不需要股权而需要智慧”，等等。马云认为，中国太多企业因为强调控股权与控制权，而最终陷入利益争斗，影响了公司发展。管理和控制一家公司更需要的是智慧。 好一个靠智慧不靠股权控制！马云对商业的理解明显区别于史玉柱和大多数中国企业家。和所有的互联网精英不一样，马云从小就没有生活在顶尖的那部分人当中，他活在平常的普通人当中。他感受到普通人生活和创业的艰难，他立志要改变普通人的生活状态，“让天底下没有难做的生意”。 史玉柱的巨人，是一个人的公司。从巨人汉卡，到脑黄金、脑白金、黄金搭档、征途游戏、巨人游戏，史玉柱一个人举足轻重。他是产品的设计师和策划营销员。而马云的阿里巴巴，却是一个群体的公司。无论是淘宝网、支付宝、阿里妈妈还是阿里软件，都是一个团队的作用，而且每一个都另外有举足轻重的设计师和策划师。马云从来不是单一产品的设计师和技术员，他是阿里巴巴系统的总设计师。马云创造了中国创业者始终不离不弃与各路顶尖人才不断汇涌并行的奇迹。 现在，阿里巴巴在美国的研究开发队伍已汇聚了来自Oracle、Yahoo、Excite Home、Eloan和GetThere.com的技术精英。马云使他们确信，雅虎的搜索引擎形成了全球几亿人的上网习惯，阿里巴巴的电子商务平台将通过改变几千万商人的商务方式，来影响全球几十亿人工作生活的方式和质量。 领头人如何保持给他团队持续的新鲜思维刺激，是一个拢住青年才俊很重要的因素。马云身体轻盈、思维敏捷，谦虚包容怕是马云身上很容易被人看出来的人格魅力。马云说：“我这个人比较好幻想，3天内没有新主意，我就会很难过。”周边人常对他说，你这个人如果停止了创造性的想法，就一点价值也没有了。 一般人面临学历、资历丰富的人都会不由得紧张，生怕什么地方出丑显眼。马云一点没有这样的顾虑。他坦诚：“10个有才华的人有9个是古怪的，总认为自己是最好的，你要去包容他们。男人的胸怀是被冤枉撑大的，越撑越大，人家气死你就不气。”马云一拍脑袋认定的事情，每每引起无数人的争执，让所有人觉得他是个疯子。谁都可以到马云的桌子前拍桌子，跟他争吵。他们共同的梦想，使这些就事论事的争吵，撑大了马云的胸怀，开阔了他的见识。他的胸怀和见识，又吸引了众多顶尖人物。 世界贸易组织的最后一任总干事萨瑟兰先生，在谈到他加入阿里巴巴顾问委员会时表示：“阿里巴巴正帮助全世界的企业在互联网时代实现WTO的梦想。阿里巴巴将会从根本上改变中小企业进行国际贸易的方式。我非常乐意为阿里巴巴在全球的业务开拓尽所及之力，使更多的企业从阿里巴巴的网上市场获益。”
萨瑟兰先生的这一席话说到了点子上。马云正在领导着他的团队、客户、股东、合伙人和众多利益相关者，从事一场人类旷古未有的盛事：改造着中国和世界的商业生态。
高瞻远瞩，铆定战略目标
中国最大的国情是什么？人口多！中国企业最大的“商情”是什么？中小企业云集！在中国哪些企业最需要服务？中小企业！这么一想，马云已经有了自己初步勾勒的一幅蓝图了。然后，他把这幅蓝图扩展到整个亚洲，扩展到全世界……于是就有了并购雅虎中国、增强搜索功能和技术实力的战略举措。为中小企业服务，成就了阿里巴巴的第一桶金，同时这种使命感也不断地推动着马云，引领着阿里巴巴王国的不断前行。
并购雅虎中国的战略举措
2005年8月11日，马云在给阿里巴巴全体员工的一封信中写道：