曹操对此还曾给孔融写信，要孔融不要由于被罢了官而与郗虑的关系搞得更不愉快，还进一步说道：“抚养战士，杀身为国，破浮华交会之徒，计有余矣。”孔融给曹操的回信说，我和郗虑从前就离得不远（郗虑为山阳人，山阳和鲁国很近），彼此很早就知道。再者“前者黜退，欢欣受之”，在引了一大堆典之后又说，知道曹公的苦心，一定和郗虑“辄布腹心，修好如初。苦言至意，终身诵之。”
实际上，孔融和郄虑的关系不仅没有和好如初，反倒更是水火不容。
孔融赋闲在家一年左右，便又被任命为太中大夫。太中大夫主要掌管言议、顾问应对，因“职在言议”，“故云闲职”。
此时的孔融相对较为宽容好士，喜欢听到别人的优点，当有人当面指出自身的缺点时也毫不在意，还要称赞其人。他乐于礼遇并举荐贤能之能。
孔融还喜欢对当世的人物进行品评，他和陈群就曾讨论比较过汝南和颍川的士人。在孔融看来，汝南士人远远胜于颍川士人。因此，孔融的名气越来越大，“海内英俊皆信服之”。
身为太中大夫的孔融，每日家中都会来很多客人。他为此大发感慨，说道：“坐上客常满，樽中酒不空，吾无忧矣。”
孔融复官后，在一定程度上显然抱有了消极避世的思想。但是，他的无忧只能说是一厢情愿，他的政敌对他却是愈加不放心。
建安十三年（公元208年），曹操计划率军南征刘表，孔融又站到了反方，他说天下刚安定，应稍微修养一段时间，再考虑行征伐的事情，还说“刘备、刘表皆汉室宗亲，不可轻伐；孙权虎踞六郡，且有大江之险，亦不易取，今丞相兴此无义之师，恐失天下之望。”
因为孔融的名气越来越盛，曹操因而害怕孔融的言论会危及到自己统治的稳定，再加上以前累计的怨恨，他便授意御史大夫郄虑罗织孔融的罪名，由丞相军谋祭酒路粹上表宣布孔融的罪状：
罪名一：少府孔融，昔在北海，见王室不静，而招合徒众，欲规不轨，云“我大圣之后，而见灭于宋，有天下者，何必卿金刀”。
罪名二：及与孙权使语，谤讪朝廷。
罪名三：又融为九列，不遵朝仪，秃巾微行，唐突官掖。
罪名四：又前与白衣祢衡跌荡放言，云“父之于子，当有何亲？论其本意，实为情欲发耳。子之于母，亦复奚为？譬如寄物缶中，出则离矣”。
罪名五：既而与衡更相赞扬。衡谓融曰：“仲尼不死。”融答曰：“颜回复生。”大逆不道，宜极重诛。
其后，孔融被逮捕下狱弃市，死时五十六岁，妻子和儿女都一同被杀。
当孔融被抓起来的时候，他七岁的女儿和九岁的儿子由于年纪幼小寄放在别人的家中。别人问他们：“你们的父亲被抓起来了，你们怎么没有反应呢？”他们回答说：“怎么会有巢毁而卵不破的呢！”后来，两人最终被捕，行刑之前妹妹对哥哥说：“假如死者还有知觉，那么我们还能看见父母，这不是很好嘛。”然后，他们从容赴死。
在曹操给孔融强加的罪名中，最重要的就是不孝这一条。曹操利用不孝的罪名，不仅除去了孔融这个心腹大患，而且站在了道德的制高点上，掩盖了他排除异己的动机，避免了悠悠众口的指责。
最后，曹操还在布告上写道：“融违反天道，败伦乱礼，虽肆市朝，犹恨其晚。”
孔融之死，可以说是一个特殊时代的悲剧。
文采风流
孔融可算是东汉末年的名士，也是一代文学大家。
曹丕对于孔融的文章是十分欣赏的，他曾经把孔融与王粲、陈琳、徐干、阮瑀、应玚、刘桢六位文学家相提并论，将其列为“建安七子”之首，慨叹其为“扬（雄）、班（固）俦也。”
孔融死后，曹丕在即位后曾为他悬赏征集遗文共有二十五篇。然而这些数量有限的遗文，后世又散失了许多，大多只是片断流传了下来，其中诗歌仅存八首。孔融传世的作品，只有散文和诗歌。从总体上看，他所创作的散文优于诗歌。
孔融的文章大体上是针对当时的时事抒发自己的见解，有些锋芒毕露，个性很是鲜明。文章的内容包括伸张教化、宣扬仁政、举贤任能、品评人物等方面。在艺术特色上，其文章条理清晰，辞采丰富，援引古今，比喻精当，气势充沛。
在《典论·论文》中，曹丕就曾评论道：“孔融体气高妙，有过人者；然不能持论，理不胜辞，至于杂以嘲戏。及其所善，扬、班俦也。”在对孔融的文章作出较高评价的同时，也客观地指出了其文章中的不足。
在散文方面，孔融的文笔犀利诙谐。这在孔融给曹操父子的书信中可以看出端倪。他的两篇《难曹公表制禁酒书》就体现出了强烈的讽刺性。孔融虽然在文中强词夺理，反对禁酒也是毫无道理可言的，但是这也显示出了他不羁的性格以及犀利的笔锋，曹丕批评他“理不胜辞，至于杂以嘲戏”恐怕就缘于此吧。
除了以上这些特点，孔融的散文还有一些深沉委婉的风致，例如他那篇有名的《论盛孝章书》。
从总体上看，孔融的散文追求辞藻的华美和字句的对称，骈俪气息十分浓厚，这也是孔融和其他作家不一样的地方。同时，人们认为他的文章“体气高妙”，“奋笔直书，以气运词”，这又体现出了建安时期文学创作的共同特点。
和孔融的散文相比，他的诗歌写得逊色一些。在《杂诗》第二首中，他抒写出幼子夭折时的悲痛，哀婉动人，确实为当时抒情诗中较好的作品。
他的《临终诗》艺术价值也较高，诗中作者揭露了“谗邪害公正，浮云翳白日，靡辞无忠诚，华繁竟不实”的社会现实，悲愤之情溢于言表，他之所以获罪，大多是郗虑、路粹等人的直接诬告的结果。
在封建社会里，那些正直刚傲、不依权贵的人士总不免遭受不公平，甚至不幸的命运。“生存多所虑，长寝万事毕。”这声调虽然是悲观消极的，然而它毕竟是孔融对当时的黑暗现实发出的最后控诉。
孔融的六言诗三首讲述了汉末董卓作乱及曹操迁许史事，属于咏史一类，其语言通俗，叙史简单明了。
孔融的悲剧
汉末一代名士孔融就这么走了。若是在太平盛世，孔融也许会在政治上有所建树。但是很不幸，他生在了乱世，没有政治才能，没有军事谋略，而且孔融不与当权者合作，又喜好批评曹操及其政策，当权者自然容不下这号人。
究其根本，孔融的死是时代酿成的悲剧，是当权者的“欲加之罪”，更是政治倾轧的结果，也是孔融自身性格的缺陷所致。
孔融“负其高气，志在靖难”，自我感觉良好，想要干一些大事，“不肯碌碌如平居郡守”，然而大事干不了，小事又不肯干。“眼高手低”的孔融空有一番高谈阔论，“融在北海，自以智能优赡，溢才命世，当时豪杰皆不能及。亦自许大志，且欲举军曜甲，与群贤要功，自于海岱结殖根本……事方伯，赴期会而已”，“论事考实，难可悉行”。
“才疏意广”的孔融虽然有很高的抱负，却对那些迎来送往的同僚的行为嗤之以鼻，实际上他的做法更是脱离实际，故而“迄无成功”。
在政治上，孔融看不出复杂问题的关键所在，对那些狡猾的下级官吏束手无策。理政缺乏条理，没有找到一个行之有效的策略，“一朝杀五部督邮”，“奸民污吏，猾乱朝市，亦不能治”等事实成为了政敌攻击他的口实。
在用人上，孔融所看中的大都是轻浮士人，“然其所任用，好奇取异，皆轻剽之才”。这些“稽古之士”会饮酒做诗，会大谈时政，但是就干不了实际的事，“谬为恭敬，礼之虽备，不与论国事也。”例如，孔融推荐的祢衡虽然有些学问，也和他一样狂放傲慢，极尽嘲讽挖苦之能事。这些人解决不了实际问题，当权者自然不会加以重用。
在为人处事上，孔融崇尚浮华、恣意，喜欢过着狂放不羁、桀骜不驯的生活，其有着严重的士族作风。另外，孔融倚仗自己的“小聪明”，在言语上持才傲物，口无遮拦，毫不顾忌对方的感受，这使得他与同僚和当权者都难以相处，甚至水火不容。
在对待汉室的问题上，孔融是忠心耿耿要匡扶汉室，上书皇帝主张“尊崇天子，扩大君权，削弱诸侯权势”，这明显跟“挟天子以令诸侯”的曹操对着干，不识时务的孔融定然让当权者无法忍受。
在关于儒家的伦理纲常上，孔融明目张胆地否定“孝”的意义，挑战儒家的纲常理念，这和统治者一贯坚持的“以孝治天下”背道而驰，政敌攻击他“大逆不道”也是师出有名的。
另外，因为孔融自身的名声很大，所以他的身边总会聚集着一大批人。这些人高谈文学，评价人物，讨论政治，推荐新人。这种小团体自然会引起当权者的警惕和猜疑。
于是，在诸多因素累积的基础上，孔融被收押弃市，曾经“神童”成为了过往云烟，留给人们的只是无尽的慨叹与思考。