加西亚·马尔克斯80年代最后一部重要长篇小说是《迷宫中的将军》。1989年在哥伦比亚出版的这部小说，写的是南美洲的解放者西蒙·玻利瓦尔。主要内容是这位伟人在临死前30天，沿着马格达莱纳河回忆他那壮丽的一生，同时也思考他最后失败的原因。玻利瓦尔原以为他会被议会选为总统，但事与愿违，由于内部不团结，结果他落选了。这时，有不少人鼓励他东山再起，可是他被病魔缠身，常常发烧，力不从心，不久便与世长辞了。
哥伦比亚著名评论家安东尼奥·卡瓦耶鲁认为，《霍乱时期的爱情》是一部完美的爱情专著。
加西亚·马尔克斯自己认为，他尤其热衷于爱情：“它是我的书的原动力，我的惟一题材，我的惟一意识我回想起来，当我接受诺贝尔文学奖时，辛格说，在我的作品里缺少爱情，这是使我最不安的批评性评论之一。他辞世了，我未能请求他给予解释。但我相信，爱情是我所有书里值得思考的惟一问题。”
看来，辛格对加西亚·马尔克斯的作品的这一评论对他起到了鞭策作用。在加西亚·马尔克斯获得诺贝尔文学奖仅仅3年后，他就创作了一部被称为爱情专著的小说《霍乱时期的爱情》。
第一版就出书120万册的《霍乱时期的爱情》，在拉美文坛上引起了巨大反响，同时加上连篇的评论，足以说明这部小说是好书。
1985年发表的《霍乱时期的爱情》，描绘的是一幅从19世纪80年代至20世纪20至30年代加勒比地区上层阶级生活与习惯的风俗画。从这幅画上可以看出“恋人的秘密”，以及现实生活中的战争、霍乱流行和对大自然的肆意破坏等社会现象。
小说以3个人物构成的恋爱关系为线索铺展开来。故事发生在哥伦比亚加勒比海沿岸的一个小镇上。这里住着这样的一家人：父亲洛伦索·达萨是个西班牙移民，膝下有位性格倔强又特别漂亮的女儿费尔米纳·达萨。但是这位小姐在很小的时候慈母就离开了人间，她是在姑姑埃斯科拉斯蒂卡·达萨抚养下长大的。在这家人的平静幸福的生活中闯进一个报务员弗洛伦蒂诺·阿里萨，他发狂般地爱上了这位美丽的正在求学的姑娘，给她一连写了几十封情书，而且每天都在福音公园的树下窥视小姐的一举一动。
当姑娘读了弗洛伦蒂诺·阿里萨写给她的温情脉脉、海誓山盟的情书后，被一种纯情所打动，也对阿里萨产生了感情。但是，她的这一举动被其严父知道后，认为这是大逆不道，加上费洛伦蒂诺·阿里萨出身卑贱，且是个私生子，就断然拒绝他们来往。姑娘对父亲的武断十分不满，大闹了一场。
为了缓和父女之间的矛盾，也使女儿忘了弗洛伦蒂诺·阿里萨，洛伦索·达萨让女儿备好行装，与他一同远离家乡，去她的舅舅家里长住。他们经过千辛万苦，终于来到了目的地。与此同时，弗洛伦蒂诺·阿里萨写给姑娘的书信也到了，因为作为报务员的他利用职业的方便，可以随时了解费尔米纳·达萨的动向。
费尔米纳·达萨在舅舅家里一住就是3年。她出落得越发美丽动人了，被当地人评为“花冠仙后”。当她以18岁的芳龄返回自己的故乡时，她的思想和感情都稍稍成熟了些。当对她朝思暮想的弗洛伦蒂诺·阿里萨又向她提起恋情时，她就一口回绝了他，因为她认为他们之间的一切仅是一种梦想而已。
费尔米纳·达萨回绝了弗洛伦蒂诺·阿里萨之后，不知什么原因就嫁给了出身名门的胡韦纳尔·乌尔维诺医生。他在加勒比地区曾想方设法为阻止霍乱的蔓延而尽过力，是当地的名医。他和费尔米纳·达萨生儿育女，共同生活了50个春秋，可是他给她的并不是爱情。他第一次见到她时，他中意的就只是她的丽质和性格，他要她维持他的形象；而她也只是个尽妻子义务的女人。虽然他们在人们心中仿佛是完美的一对，但思想感情没有真正融洽过。年轻时没有炽热的爱情与幸福，年老时只是相依为命，尽管在临死时，乌尔维诺对妻子费尔米纳·达萨说：“上帝知道我多么爱你！”
胡韦纳尔·乌尔维诺医生由于登梯上树抓鹦鹉，梯歪猝死后，弗洛伦蒂诺·阿里萨迫不及待地向费尔米纳·达萨表明心迹，又一次遭到拒绝，他悲痛欲绝。他，年轻的时候，对费尔米纳·达萨的爱情是纯真的，遭到她的拒绝，受到了打击后仍对她思念着；当他在旅行中被人强暴地夺去童贞后，尽管心里仍然爱着费尔米纳·达萨，但是他出身贫寒，生活困苦，心理受到扭曲，便开始寻花问柳，甚至与寡妇同居，妄图以其他女人代替费尔米纳·达萨。
弗洛伦蒂诺·阿里萨一直未娶。在费尔米纳·达萨寡居后，他多方帮助她，终于打动了她的心。他再次向她求婚时，虽然她的女儿反对，他人不理解，但她最后还是投入了他的怀抱。这对老恋人在玛格达莱达河上的轮船里成了秦晋之好。他们坐在航行于波涛起伏的江流的轮船上品味他们的新生。爱情战胜了年老，长达半个多世纪的受阻爱情之花终于开放了。
这部小说使用明快清晰的语言，写出了一个个生动活泼的爱情故事，并突破了以悲剧或不顺心的爱情告终的老一套写法，写成了一部圆满结局的喜剧。使人读后耳目一新，回味无穷。难怪加西亚·马尔克斯说，在写作《霍乱时期的爱情》的那两年是他一生中最快乐的时期。在书中，他颇为怀念地叙述了他父亲向他母亲求爱的经过和他自己的水上旅行，因为他从12岁起，就常乘船去上学。这些都成了他写作的重要素材。这本书本来可以写得更长些，但受到篇幅限制；关于两个人的相爱生活，可写的实在太多了，真是其乐无穷。他甚至这样说：“我希望我的一生都能像写作《霍乱时期的爱情》的那两年。”
加西亚·马尔克斯早在1994年接受经常采访当代大作家的墨西哥记者西尔韦亚·莱穆斯的采访时说，小说中的主人公费尔米纳·达萨的家就位于卡塔赫纳洛斯·埃文赫里奥斯广场，现名费尔南多·马德里广场。这是费尔米纳·达萨生活的真实的家。他曾想把这座房屋买下来，但是不可能，因为费尔米纳·达萨居住过，所以变得很昂贵，主要是小说《霍乱时期的爱情》抬高了它的身价。这正与墨西哥城的洛马街19号那座房子一样，由于《百年孤独》是在那里写出来的，所以当加西亚·马尔克斯回头想把它买下来时，它变得特别贵了。
加西亚·马尔克斯对西尔韦亚·莱穆斯说，费尔米纳·达萨、弗洛伦蒂诺·阿里萨和胡韦纳尔·乌尔维诺这3个人物完全是虚构的，但是他们生活中的一部分及其行动中的很多方面都是来自于真人真事。比如，费尔米纳·达萨和弗洛伦蒂诺·阿里萨之间的爱情，及头些年达萨那不幸的爱情都是“我父母爱情的一分钟一分钟的逐字逐句的抄录”。
加西亚·马尔克斯对他的这句话作了这番解释，他说他在卡塔赫纳写这部小说时，上午在家里写，下午出去找他小说情节设置的地方。他陪同父母外出找这些地方时，让他们分别给他讲他们的爱情故事，因为每人都有自己回忆过去的方式，若在一块回忆就会出现矛盾。于是，他听爸爸讲后，再听妈妈讲，最后写出整个故事来。
作者的爸爸是镇上的报务员，妈妈当时是镇上漂亮的姑娘。他的外祖父母都不是富人，但是殷实之家。他妈妈为姑娘时是外祖父母的掌上明珠，是他们的独生女儿。而表兄带费尔米纳·达萨外出旅行，她通过电报员与弗洛伦蒂诺·阿里萨保持联系，也是很确切的，这个地方和书上写的完全符合。
加西亚·马尔克斯认为，不管怎么说，《霍乱时期的爱情》之中有很多他父母的影子。弗洛伦蒂诺·阿里萨曾经当过报务员，会拉小提琴，还写或多或少的秘密情诗并发疯般恋爱着——和他爸爸相似；费尔米纳·达萨身上具有一种坚强的个性，尤其是具有那种几乎无意识的权力——有他母亲的影子。
在谈到如何想出《霍乱时期的爱情》的书名时，加西亚·马尔克斯说，在他的书里，书名总是最后才出来。他说，海明威说过，他为一部书甚至可以找出80个可能的书名，而最后选择一个最合适的。选择书名就像选择人物一样，一本书的主要人物就是这本书的本身。如果你没找到一个合适的书名，那这部书对你来说是不幸的。但是，如果你开始寻找到80个书名，其中可能有两个使你觉得同样喜爱的，你将不知道拿它们怎么办。《百年孤独》一直写到倒数第二行还没有书名，这一行这样说：“因为注定要遭受百年孤独的家族，不会有机会在大地上重新出现了。”于是他一跳，指着“百年孤独”几个字，说：“这就是书名。”
《霍乱时期的爱情》快结尾时还没有书名，这时很需要有个书名。而书写到这时，霍乱的症状与爱情的状况是相同的。作者想到这里时，正在修面，“霍乱时期的爱情”这个书名向他走来了。他把它写下来，并跑去对他的妻子梅塞德斯说：“我有了书名。”这个书名看来不是作者杜撰的，而是作者发现了它。一旦有了书名，这部书便大功告成了。
加西亚·马尔克斯对于爱情有自己的看法。他说，他感到吃惊的是，人们老是将爱情与年龄联系在一起。这种看法是不对的。爱情应属于各种年龄的人，在一个镇上的老人当中，热情奔放者可能很多。老年人的爱情受阻是个社会问题，又完全是个文化问题，因为人们认为在某种年龄段时还产生爱情是耻辱的。但是，人们并不知道当他发表了《霍乱时期的爱情》这部小说后，他收到了多少迟到的老年情侣写来的信。他将这些来信收集了起来，他说：“这是我的生活的故事。”
小说《霍乱时期的爱情》令人着迷的地方之一是玛格达莱纳河上的轮船。这些船只曾像密西西比河上的轮船一样兴旺发达。这些船曾经从巴兰基利亚港口一直航行到哥伦比亚内地。加西亚·马尔克斯在内地寄宿中学上学时，均是乘船来去。他从12岁至20岁这一期间，每年至少4次乘船。这给加西亚·马尔克斯留下一种很美好的记忆，然而由于人为地大肆破坏自然生态平衡，使水土流失，河流淤塞和污染，现在这些船只已经不复存在，仅仅留在了记忆里。