如此安排执政府，就使拿破仑牢固地坐稳了第一把交椅。许多年后，还有学者这样评价他道：“拿破仑的组织天才和军事天才，他的非凡意志和生命力，他的荣誉感和过人的力量，使他成了那个时代最令人震惊和最巨大的统治者。”
拿破仑获得最高权力后，在制定新宪法时又提出要编写新法典。他的这个提议得到了广大民众的支持。因为当时的法兰西在法律上没有一个准绳，婚姻、家庭向来受制于宗教教会，所以民众也盼望有新的法律问世。4年之后，法国的法典终于公诸于世，拿破仑在该法典的问世上，有着不可磨灭的历史功绩。
拿破仑还十分重视教育，尊重知识和人才。在他的直接关怀下，法国各地的小学、中学和大学分别增设到了四千多所、七百多所、四十五所。在用人方面，他亦不记前嫌，不管是前政府的留滞人员，还是对他有过微词不尊的人员，只要有能力，他都一一在政府中给予重用。比如贝尔纳多特，曾经主张严处擅离职守回巴黎的拿破仑，并且还娶走了拿破仑怀恋的黛丝蕾，但拿破仑不仅没为难他，还加封他为蓬特—科沃亲王。曾有人认为拿破仑此举是表示他对黛丝蕾一往情深，但拿破仑在国事与家事之间，的确是以国事为重的。
拿破仑将塔列朗任命为外交大臣和侍从长，富歇为警察署长。这些任命也反映了他用人之道的精奥高明。拿破仑的一些心腹曾认为塔列朗和富歇是极阴险而又城府深的人，主张不能任用，而拿破仑深知自己政权还未稳固，还需要这两人的外交才华及警务方面的帮助，所以仍给予重用。
拿破仑执政以来，地位一直也未稳固。他在雾月政变中采用的专横手段也使许多法国人反感。两股营垒分明的势力也都反对他。一股是保王党人，他们期盼恢复已被放逐的普罗旺斯伯爵为代表的正统波旁王朝；另一股是过激的共和派和雅各宾人士，他们认为他的专制统治是对革命军队为之奋战的各项革命原则的否定。
1800年圣诞节前，在拿破仑乘车前往剧院的途中，有人曾试图用炸弹谋刺他。
那天本是个风和日丽的日子。巴黎歌剧院安排演出海顿的清唱剧《创世纪》。拿破仑决定携全家人去欣赏这部杰出的歌剧。晚七时左右，拿破仑跟拉纳将军等人一起乘马车去歌剧院。当他们来到圣尼凯斯大街中央时，为马车开道的骑兵发现路上有一辆手推车挡着，看上去是一辆无主车辆，上面用绳索结结实实地绑着一只木桶。卫队长命令将手推车推到右侧房檐下，拿破仑的马车夫等得有点不耐烦了，使劲扬鞭催马，马像箭出弦般地向前奔去。当马车还没走过200米，装满炸药和弹丸的桶轰隆一声炸开，当场炸死20人，伤60人。拿破仑的车子差一点翻了，车玻璃被打得粉碎。拿破仑和随从人员却平安无事。约瑟芬则因梳妆打扮取披肩耽误了一阵，爆炸之后她才到达圣尼凯斯街。
歌剧院内座无虚席，人声鼎沸。他们纷纷议论着刚才的爆炸事件，不少人在担忧他们的第一执政王的生命安危，也有些人在暗自笑着等待拿破仑身亡的消息。
而此时的拿破仑却非常镇静地走进了歌剧院。他安详地走进了包厢。歌剧院的观众见安然无恙的拿破仑走进来，立刻全体起立欢呼：“第一执政万岁！”
此时约瑟芬却眼泪汪汪，拿破仑责问她：“这样子成何体统，有什么大不了的！”
当朱诺贴近他耳边汇报说，爆炸是要谋杀他，拿破仑用一种失望的口气说：“仅仅为干掉一个人，使那么多人死于非命，真是残暴。”
拿破仑在包厢坐下后，剧场的喧闹声随即平息下来。接着，拿破仑打了一个手势，清唱剧《创世红》就开演了。但他并没有看完这幕剧就离开歌剧院，回到了杜伊勒里宫。
回到家后，拿破仑便将一直忍着的怒火发泄了出来。在一楼的大厅里，部长们、将军们都在那里等着，拿破仑高声对他们吼道：“这是雅各宾派想暗杀我！他们是些九月分子，是浑身污秽不堪的地痞恶棍，他们同历届政府公开对抗，若不能迫使他们就范，就必须把他们粉碎！……”
拿破仑还严词斥责了富歇的警务部，并责成他提供一份流放人员的名单，其中包括一些雅各宾朋友。
没过几天，富歇宣布逮捕了设置爆炸装置的肇事者，他们是卡杜达尔的特务，保王党徒圣雷让和卡尔邦。事实证明雅各宾派被流放者谋杀第一执政是天大的冤枉，但拿破仑并没有赦免他们。这次谋刺事件，拿破仑没有重责警察总署长富歇，但他心中已对富歇有些不耐烦了，并留下了深深的芥蒂。
拿破仑的铁腕统治很快就重建了法律的秩序。他实行了许多行政改革并恢复了国家财政和经济的稳定，他的独裁政权逐渐为人民所接受。
3 马伦哥战役
1800年，拿破仑在国内建立了比较稳定的局面之后，又着手解决来自国外的第二次反法大同盟的威胁。
他的第一步，是着眼于恢复对奥地利的攻势，重整东部边境的军队。他计划通过由马塞纳指挥的意大利军团，实施机动来吸引皮埃蒙特境内奥军的注意力，而他本人则率一支新成立的“预备军团”，经瑞士过阿尔卑斯山，直取奥军的后方。与此同时，莱茵军团也将通过黑森林南侧，过瑞士东部各州，切断敌军与奥地利本土的最后交通线。
这的确是一个十分大胆的战略计划。为了更好地掩饰他的意图，波拿巴选择了第戎城作为他的作战基地。从这个地方他好像既可以威胁驻施瓦本的敌军，也有进击敌军在意大利的部队的样子。但是光这个架势还嫌不够。他把他的参谋部和12个征募来的新兵团召集到第戎，以蒙蔽英国、奥国的间谍，而真正要作战的部队则通过不同的途径调赴日内瓦或洛桑。这些准备工作做得很巧妙。所以，到了5月初，他的部队和补给品大都运到了日内瓦湖附近。从那里再轻易地转运到罗纳河上游的峡谷地带。为了要有一个办事有条不紊而且不辞辛劳的副手，他把贝尔蒂埃从陆军部里调了出来，任命他为“后备军”总司令。其实，贝尔蒂埃这回也跟以前在意大利和埃及的时候一样，是参谋长；但是，名义上他是总司令。这个空头衔落到他的头上，是因为1800年的宪法不许第一执政兼任总司令。
5月6日，拿破仑离开巴黎，前往日内瓦。在那里他决定从大圣伯纳德山口进入意大利。为什么选择了这个山口呢？因为该山口的道路大部分可通马车，只有约15英里的一段路是马车不能走的。马尔蒙将军当时指挥炮兵，他发明了一个很巧妙的办法，就把大炮从炮车上取下来，装到掏空的树干中，然后拖过了山口。
截至5月17日止，贝尔蒂埃已成功地把1. 5万名步兵和1000名骑兵运过了山口，沙布南师也毫无困难地通过了小圣伯纳德山口到达了奥斯塔。
拿破仑本人于5月16日离开洛桑，在20日清晨越过了大圣伯纳德山口，不过不是达维德所描绘的跨着一匹剽悍的战马，而是骑着一头骡子，由当地一位向导牵着。
至此，法军实际上没有遇到任何抵抗。拉纳率前卫从奥斯塔向夏蒂荣迅疾推进，直下多拉·巴蒂亚河谷。
而这时，奥军总司令梅拉斯的胜利美梦业已消逝。5月21日，他听到一支强大的法军已经通过了大圣伯纳德山口的令人惊恐不安的消息之后，他就只留下1. 8万人与坚守瓦尔河的絮歇对峙，亲自率领其余的兵力驰回都灵。到了都灵之后，他又获悉他的对手是拿破仑本人。但是直到5月底他才得知蒙塞正在强行通过圣戈塔德山口，威胁着米兰。这时，他才看出了他所处的险境的全貌。于是他把所有能调回来的兵力全部匆忙调回，甚至还下了一道十万火急的命令给围攻热那亚的部队，叫他们撤回到亚历山大里亚。但是这支部队已经和马塞纳开始了交出热那亚的谈判。当时，热那亚城的处境已万分困难。人们已大肆搜求马、狗、猫、鼠等用以充饥。到6月4日，马塞纳率领8000名饿得半死的守军，体面地打着军旗，通过奥军的阵地撤出。马塞纳这位严厉的军人根本不理投降之说。他只通知联军统帅说，6月4日他的军队将撤离热那亚；如有阻挡，他们将用刺刀杀出一条血路。
6月2日，拿破仑进入米兰。6月9日，他率军前来斯特拉代拉。在那儿，他等候着从萨沃纳和切瓦两地絮歇和马塞纳的消息。因为这两人的实力若能合起来，那么，他为奥军所设下的包围圈就可以说完成了。但由于种种不能归咎于马塞纳的原因，这次会师之举延迟了。
此时，拿破仑分析奥军会向热那亚逃跑，便率兵进入托尔托纳的平原地带，想阻截奥军朝热那亚转移。在斯特拉代拉隘道，他的胜利本来不会成问题。但是现在他占的地方太大，面太宽，以致在法军全线任何一点上，兵力都很薄弱。而他的敌人则反而有利地占有中心地位。波拿巴这时不得不使用包抄战术。这种战术4年前由奥军使用的结果证明它常常会造成致命的失败。这次拿破仑一变他常用的战术，心里也流露出一种忐忑不安。但是在这时德塞来了。他是从埃及返回巴黎就来到意大利前线的。他的到来使拿破仑精神为之一振。德塞为人高尚，作战英勇，他一到，拿破仑就和他热情地谈了3个小时。
6月13日夜，德塞奉命率领5300人马开往热那亚以切断奥军向那方面的退路。加尔达内将军指挥的法军先头部队则于13日下午在马伦哥村把敌人的前锋打退。加尔达内此时报告说，博尔米达河上没有桥梁，因此敌人不可能从那里过来，进入马伦哥平原。但稍后，马尔蒙在当天晚上快速推进的时候，却发现在博尔米达河上至少有一座防御坚固的桥梁。第二天一早，拿破仑一发觉加尔达内的情报有错误，就一方面对这位将军大发雷霆，一方面火急派了一名传令兵去把德塞叫回来。在德塞回到拿破仑这边以前，马伦哥战役早已打响了。在这关系重大的一天（即6月14日）的大半天内，法军只有1. 8万人，却要对付3. 1万名奥军的进攻。
6月14日天刚破晓，梅拉斯就率奥军前进。奥军潮水般地涌过博尔米达河，把法军前哨逼退到马伦哥，但是在那里奥军却遭到维克托师的顽强抵抗。同时，克勒曼指挥部队对奥军的骑兵迎头痛击，把他们赶进了深深的丰塔农讷河。这一反击为拉纳争取了时间，使他得以把他那一师5000人调上来，在马伦哥和卡斯特尔切利奥洛之间摆好阵势。但是，奥军用全部兵力在上午10点左右展开攻势，他们不但攻下了马伦哥，而且派出一支强大纵队，由奥特将军率领，向拉纳进攻。拉纳的部队虽然寸土必争，还是不得不边战边退。因此，一小时之后，当拿破仑从较远的后方策马赶至前线，并命令他的近卫军上来的时候，他亲眼看到他的部队处于正面受挫，两翼被围的境地。他立即命令他那1000人的近卫军迎击奥特正在获胜的部队。这些近卫军，在卡斯特尔切利奥洛附近列成方阵，把奥军阻挡了一阵子，但随即在敌人大炮轰击和骑兵的冲杀之下，逐渐不支。这在危急关头，蒙尼埃的一师3600人上来，把那潮水般的奥军拦阻在里珀基小村附近。拉纳和维克托乘机把他们的师团整顿了一下，重振士气，暂时挡住了敌军的进攻。可是，奥军主力沿着公路进攻，缓慢而又不可避免地迫使他们退向圣吉利亚诺。
到了下午2点，这一仗看来是法军败了。除了他们战线的北翼外，法军在全线败退，而且除了5门大炮，其余的大炮已被敌军的火力压下去了。这时，梅拉斯由于年老力衰，不胜酷热，加以身受两处轻伤，就退往亚历山大里亚，把指挥追击之权交给了他的参谋长察赫。但不幸得很，由于絮歇的军队正向阿奎进军，梅拉斯已把2200名骑兵派去监视亚历山大里亚与阿奎之间那个地区去了。为了防备那不十分逼近的危险，梅拉斯在关键时刻、关键地点削弱了他的攻击力量。结果，当奥军奏着军乐，打着军旗向圣吉利亚诺山丘进攻的时候，他们的骑兵力量不够强，因而不能彻底打垮法军。尽管如此，奥军的攻势还是很猛的，简直无法阻挡；一直到下午5点，德塞的到来才使被攻击的法军获得了新的生气和希望。德塞一到，立即用13门大炮瞄准敌人的密集部队猛烈轰击，而克勒曼的重骑兵也立即向奥军的侧翼大举进攻。这一步收到了空前的出敌不意的效果。敌军进攻的队伍一下子就被切成两段。奥军的老兵们，刚才还好像是所向无敌，势不可挡，现在却血肉模糊，躺在地上，有的中了霰弹，有的被马刀砍倒；没有倒下的奥军，或者在葡萄园里狼狈逃窜，或者举手投降。整个奥军全面败退了。这些退却的军队退到博尔米达河的桥头附近时，就变成了溃散。当夜幕降临时，战场上一片混乱。吃了败仗的奥军，在马伦哥村藏身不住，被赶了出来，仓皇冲过博尔米达河，窜入亚历山大里亚这个堡垒中去了。
这就是马伦哥大捷，这次大捷的代价是很高昂的，法军伤亡5835人。除此之外，法军还受到了一个不可弥补的损失：德塞阵亡了！就在他的才能和锐气使法军转败为胜的那一刻，他却阵亡了！
次日上午，被打败的梅拉斯派人持停战旗前往法军中请求休战。15日傍晚，贝尔蒂埃和梅拉斯签订了亚历山大里亚停战协定。拿破仑此时很乐意在极为荣耀的情况下结束这个战役，因为他需要赶回巴黎，法国的利益和他个人的利益都需要一个和平的局面，他于是又光荣地凯旋而归。