七月中旬，黎元洪下令惩治帝制祸首杨度、孙毓筠、顾鳌、梁士诒、夏寿田、朱启钤、周自齐、薛大可等八人，其余皆从宽处理。西南军务院所提的条件，也是其他各方的想法，大致也已经实现了。所以，唐继尧、岑春煊、梁启超、刘显世、陆荣廷、陈炳焜、吕公望、蔡锷、李烈钧、戴戡、刘存厚、罗佩金、李鼎新等撤销了联合通电，声明国家一切政务，静听元首、政府和国会主持。
恢复《临时约法》、重开国会、惩办帝制祸首，三把大火，烧毁了袁世凯的政治基础，使“护国”的任务基本完成，国内矛盾缓和，南北统一在表面上得以实现。
洪宪垮台，袁世凯去世，梁启超和蔡锷师生二人便成为当时人望。黎元洪自从做了总统之后，没有实权，他很希望拉拢护国军方面的力量作为后盾。于是身边的人建议他礼聘梁启超为总统府秘书长，如果他能北上，以梁启超的人望和西南护国军的实力，足以牵制段祺瑞，则政事可图。黎元洪认为这不失为一个好主意，就致电梁启超，电云：
“屡承来训，虑远思深，谋国之心，家居弥笃。泰山北斗，景仰为劳。亦每知读礼之时，不敢以阁员相浼，然万端待理，棼如乱丝，辱以庸才，丁兹危局，设使旧鼎覆餗，沦胥以灭，既负人民望治之心，亦违先生救时之愿，窃不自揣，欲以本府秘书长相屈，既无嫌乎夺情，且可资乎论道。先生模楷人伦，万流仰镜，倘肯垂念邦国，当不忍金玉尔音。敢布寸心，拥彗俟命。”
梁启超知道黎元洪并没有实权，戊戌变法的失败很大程度上也是因为当时的皇帝没有实权。梁启超不愿重蹈覆辙，所以婉辞复谢。黎元洪随后数次致书遣人邀梁入京，赞襄一切，并命公府收支处自7月份起月赠津贴2000元，其致梁函略云：
“自违麈教，裘葛载更。岭树江云，迢迢千里，虽鳞鸿多便，邮电常通，而仰企之怀，未足罄其万一也。徐君佛苏到京，询悉素履安和，旅祺清适，欣慰不可言喻。国家多故，祸变相寻，赖执事奔走提倡之功，与夫调护斡旋之力，幸得由剥而复，转危为安。元洪不才，亦获随诸君子后，共荷钜艰，凡百措施，均资指导，嘉猷伟略，薄海同钦，此固民国无疆之休，非仅私幸已也！现在国会将开，人心粗定，而茫茫前途，来日大难，一切建设问题，非得宏才卓识如执事者，从容坐论，随事谘商，长夜冥行，其何能淑？前曾奉上一电，敬迓高轩，适执事俨然在忧服之中，哀毁已甚，未便固请，然引伫足音，寸阴若岁，自夏徂秋，虚席以待者，亦既三阅月矣！屈指读礼之期，行满百日，为国夺情，万民所望，睹此危局，宁忍恝然。伏乞台从北来，克日命驾，慰我饥渴，示我周行，九顿以请，幸毋遐弃，鉴此微忱。”
黎元洪言辞恳切，梁启超也为之感动，但是前思后想还是辞谢了。黎元洪又一个希望破灭了，而段祺瑞又独断专行，矛盾日益尖锐。
在权限上，以黎元洪为首的总统府和以段祺瑞为首的国务院出现了分歧。这并不仅仅是人事安排和政务处理上的简单问题，本质上是“法”与“权”的斗争。“法”是黎元洪维护自己弱势地位的矛，“权”是段祺瑞扩大实力的盾，矛盾相争，使府、院政潮激荡。
第一次黎、段交锋是由国务院秘书的任命开始的。徐树铮是段祺瑞的智多星，段祺瑞很多军事、政治上的计划，都是来自他的策划，人称“小扇子军师”。他的父亲与段祺瑞是旧交，所以他深得段祺瑞的宠信，恃才傲物，十分自负。
1916年7月，段祺瑞要提拔徐树铮担任国务院秘书长，让张国淦帮忙向黎元洪提出这件事。但是黎元洪一听到这件事马上就否决了，坚决地说：“徐树铮这人傲慢无礼，简直不可理喻。我不能与他共事，也不愿意见到他，不要再和我说这件事了。”于是他甩手离开了大厅。
这主要是因为黎元洪在之前的交往中，跟徐树铮打过几次交道，也领略过徐树铮的专横跋扈。在他的心里，除了欣赏徐树铮的聪明才智外，其他的荡然无存。
之后在徐世昌的调和下，黎元洪终于同意。段祺瑞也答应了黎元洪一个要求：凡重大事项，要报总统。
本来段祺瑞瞧不起黎元洪，从不以“下级”、也就是总理身份去总统府。现在徐树铮任国务院秘书长，就把所有往来事务都交给了徐树铮去办。徐树铮有时拿文件给黎元洪盖章，黎元洪就文件事项问几句，徐树铮就不耐烦地说：“叫你盖章，你盖就是，问那么多干什么？我忙得很，哪有那么多时间！”气得黎元洪半死。
接下来，徐树铮和内务总长、国民党人孙洪伊大干一场。在国务会议上，孙洪伊指责徐树铮的手伸得太长，什么都管；徐树铮却说难道你孙总长做的事别人就不能问吗？孙洪伊按捺不住，挖苦道：“阁下的大才，我很佩服。只可惜总理没有提拔你当国务员。这是国务会议，阁下只有当上国务员才有资格发言呢！”
两人各找后台老板泄愤。段祺瑞说：“孙总长也太不像话了。”黎元洪则说：“徐秘书长未免欺人太甚。”
10月18日，徐树铮拿着将孙洪伊免职的文件去见黎元洪，要求黎元洪盖章。黎元洪吃惊不小，一口拒绝；徐树铮连去四次，黎元洪连拒绝四次。最后一次，徐树铮粗鲁地说：“总统不盖印，就只能不准伯兰(孙洪伊的字)出席国务会议啦！”黎元洪忍不住大怒：“你说的这是什么话？”徐树铮傲慢地说：“这是总理说的话！”
10月24日，段祺瑞拿着将孙洪伊免职的文件亲自去见黎元洪，要求盖印，黎元洪仍然拒绝。段祺瑞不再客气，发起虎威，气势汹汹地说：“如果总统不同意把孙洪伊免职，就把我免职吧！”黎元洪抵挡不住，只好提出让孙辞职，而不是免职。而孙洪伊脾气又刚烈得很，声称除非被总统撤职，他绝不辞职。
事情越闹越大，徐树铮就略退一步，提出孙洪伊辞职，“以维护总理威信”，然后带职出洋考察，或者安排别的职位，比如外放省长。不料孙洪伊声明：“什么官我都不要，只要维持我的人格。我不辞职，不出洋，不外调！”
这个“三不”让段祺瑞气歪了鼻子(他的鼻子本来就有点向左歪，生气时尤甚)，他咆哮道：“好，大家都辞职，让他孙洪伊一个人去干！”
受够了窝囊气的黎元洪巴不得段祺瑞辞职。在谋士的建议下，他决定请出在河南隐居的北洋元老、在袁世凯写的继任总统名单里名列第二的徐世昌来当总理，借势把段祺瑞赶下台去。
府院相争以来，徐世昌一直在中调解，这下黎元洪要赶走段祺瑞、请他徐世昌出山，徐世昌却决不干这样的事：一则他知道段祺瑞的实力和秉性，谁能赶得走他？他要辞职云云，只是气话；二则要他徐世昌出来配合黎元洪，和段祺瑞作对，然后在黎元洪手下当差，他也是绝对不愿意干的。因此他提出一个“拥护元首，维护总理，不入政界”的“不沾锅”的条件，如黎元洪答应，他就进京调停府院之争。
黎元洪以徐代段的想法落空，只好接受徐世昌调停。徐世昌提出的办法是府、院两边各打五十大板，将孙洪伊的内务总长和徐树铮的国务院秘书长一起免去。在徐大佬的面子前，这一办法被双方接受，一轮危机暂时平息下去了。
1917年2月，段祺瑞和黎元洪因为对德国问题再次产生尖锐的冲突，并导致了两人之间的彻底决裂。
到1917年，第一次世界大战已经打了两年半，中国一直置身事外，取中立态度。该年2月，美国宣布同德、奥绝交，准备参战。美国希望中国和它采取一致行动，美国公使奉命频繁拜会中国总统、总理，表示如中国参战，将借款给中国做军费。在美国的活动下，中国政府同意参战。
这是个大事，素来不以总理身份见黎元洪的段祺瑞于3月1日率全体阁员来到总统府，召开最高国务会议讨论对德绝交，黎元洪表示这个问题要先交国会讨论。2日，段祺瑞邀请参、众两院议长和各政党领袖座谈，对德绝交获得赞同。3日，国务会议通过对德绝交。4日，段祺瑞再来总统府，请黎元洪在政府向国会递交的咨文上盖印，盖印后交国会。因段祺瑞事先已取得国会赞同，一盖印交过去表个决，对德绝交的整个手续就办完了。
不料黎元洪在手续齐备的情况下坚决不盖印，说不能“草率从事”，又提出要统一全国军人的意见才可决定。
黎元洪节外生枝，段祺瑞气得鼻子歪到一边，强忍怒气再做解释；黎元洪却说大总统有宣战和媾和的特权，应对一切负责。段祺瑞莫名其妙又恼怒万分，吼道：“总统既然不信任我，事事作梗，这个国务总理我是没法干下去了！”当天，段祺瑞就丢下国务院的事务，离开北京跑到天津生闷气去了。
中国对德绝交，本来在美国的游说下，黎元洪是早已答应了的。可到要落实的时候，素来老实、并不敢主动向段祺瑞找茬的黎元洪却变了卦，这里的原因在于：日本听说美国以优厚条件介入中国外交，怕自己失去了对中国外交的影响，赶紧也插进来，许以更实惠的条件；段祺瑞本就是亲日派，就跟日本密切起来。美国看到，日本要主导中国的外交方向了，就改变态度，由鼓动中国参战转变为反对中国参战。黎元洪是美国看好的人，就按美国调整后的调子反对中国对德绝交了。
段祺瑞负气出走，本来正中黎元洪下怀，但马上他就发现段祺瑞这一走还真有走的实力：他一走，黎元洪就找不到够份量的人做总理了。请徐世昌，徐世昌不干；请王士珍，王士珍是段祺瑞的同门，不可能“卖友”。而全国各路军阀还是服气段祺瑞，纷纷发通电要求挽留段总理。黎元洪无奈，叫众议院议长汤化龙到天津请回段祺瑞。
段祺瑞扬眉吐气地回到北京。对德绝交案，黎元洪自然只有盖印，国会也迅速通过。
然而段祺瑞还要对德宣战。1897年，德国强租胶州湾，并把整个山东划为了它的势力范围；第一次世界大战于1914年6月爆发后，日本向德宣战，夺取了德国在山东的特权。段祺瑞看准协约国必胜，力主参加这场大战，德国败后，中国就可作为“战胜国”从日本手里收回山东权益。支持中国参战、允诺提供军费借款给中国的日本，可能没想到段祺瑞肚子里还有这个主意。
对德绝交已让总统府和国务院闹翻了天，对德宣战更是狂澜迭起，直接造成了张勋的复辟良机。
跟美国关系密切的黎元洪首先不同意宣战。国会也不同意宣战，在议员们看来，中国干嘛要蹚欧洲那个浑水，中国又哪里是去打世界大战的料？搞个绝交就不错了。各省军阀也不同意宣战，因为他们最怕要调自己的兵上战场，会削弱自己的实力。
段祺瑞不怕黎元洪，也不怕国会，但他怕得不到军阀们的支持。因此他紧急召开督军会议，全国十个省的督军和其他省的督军代表到会。段祺瑞在会上面授机宜：所谓宣战，其实不用出兵，只要派些劳工去欧洲就可以了，协约国胜利后中国就是战胜国，很讨便宜；而且，参战期间，各位将军还可以借此机会壮大自己的军队！
各省军阀对此当然十分高兴，态度一下子由反对宣战变为支持宣战。在段祺瑞的操纵下，他们组成“督军团”，向黎元洪和国会施压。
黎元洪先前在拖延对德绝交案时借口“要统一全国军人意见”，这回军人真的提出“意见”了，可不合他的意图，就又对军人干涉外交事务震怒不已。他在总统府对前来鼓动宣战的督军团吼道：“宣战媾和是大总统的特权，你们责在守土，不许侵犯大总统的特权！”
可黎元洪毕竟是纸老虎，抵挡不了军人的攻势。5月6日，只好在议案上盖印，然后寄希望于国会否决。
国会这一关，如果段祺瑞妥加布置，通过不太困难。段祺瑞本已开始疏通国会，回答了议员“中国参战是否因为日本给予借款”等质询。不料段祺瑞的手下傅良佐成事不足、败事有余。
像袁世凯选大总统时组织“公民团”围攻议员一样，傅良佐在段祺瑞不知道的情况下也搞了个“公民团”！这些“公民”情绪激动，包围国会，摇着旗子喊着口号要求宣战，段祺瑞看见时还以为是真的，十分满意。也许是赏钱给得够多，“公民团”非常卖力，甚至冲进会厅，激起了议员的极大愤慨，当即宣布休会，以示抗议。
督军团在国会碰壁，恼羞成怒之下，联名要求解散国会。对这一公然挑战根本国法的跋扈无理行为，黎元洪强硬了起来，一口拒绝，宣布：“不违法，不恋栈，不怕死！
眼看黎元洪已退无可退，却似乎是老天助他，这时发生了一个转折：英文《京报》披露，中国如对德宣战，日本就提供中国一亿元的军事借款！段祺瑞在回答议员质询时本已将此传言否定，这一下舆论哗然，老段被送到了风口浪尖。接下来，又一有利于黎元洪的事发生——长江巡阅使、十三省大盟主张勋明确表示，随时奉黎大总统之命入京，维护治安。
段祺瑞正狼狈不堪，又得到张勋的效忠。受够了欺负的黎元洪腰杆立刻硬了起来，他决心摸一把“北洋之虎”的屁股。5月23日，黎元洪连下三道命令，宣布免去段祺瑞国务总理兼陆军部长的职务，任命前清重臣、原云贵总督、李鸿章的侄子李经羲为代理国务总理。这是黎元洪到北京以来干的最大的一件事。
段祺瑞听到黎元洪竟真敢免自己的职，简直不敢相信自己的耳朵。当天，他立即来到天津，发通电称根据民国约法，总统无权免总理的职，他对此免职令不予承认。
张勋一直在紧密观察北京的府院之争，在督军团被黎元洪和国会呛得怒火万丈之时，张勋秘函邀请各省督军到他的衙门所在地徐州。
各省督军连称张勋为前辈，挑动张勋对黎元洪不客气。张勋看着督军们对黎元洪如此愤恨，心里得意地笑着，又把黎元洪免段祺瑞总理职务的电文出示(发此电时督军们尚在来徐州途中)。顿时，各省督军大惊失色又暴跳如雷。
张勋要的就是大家仇视大总统黎元洪。眼下大家的情绪差不多了，纷纷希望张勋带头倒黎，他却又一副不置可否的表情。有人立即明白了，说：“我们知道您就是想复辟清室，只要您带头，我们誓死跟从！”
张勋顿时大喜过望，说：“要真是这样，那太好了！但这可不是空话，我们既然干，就必须坚定不渝！”众人连连称是。张勋又问参加会议的徐树铮和安徽省长倪嗣冲，这二人可表露段祺瑞的态度。徐、倪二人的回答是：“只求倒黎，不计手段！”意思是复辟也没啥不可以的。
这次复辟前的徐州会议商定，张勋进京后，先解散国会，再逼黎元洪退位，然后迎溥仪复辟。会后，按张勋要求，各省督军在一块赞同复辟的黄绫子上签名。
谋算多年的复辟终于开始了！张勋兴奋不已。这个粗鲁直率之夫得意于联合了这么一帮全国的实力派，复辟成功指日可待，却想不到督军们和段祺瑞的心理：他们要的是借你赶走黎元洪，就姑且答应你的复辟，这都什么年头了？你复得成辟吗？黎元洪一倒，我们的目的达到，复不复辟还由得你老张？段祺瑞更阴险：他知道张勋做梦都想复辟，就叫手下鼓动；等张勋真复辟了，他可以轻轻松松平定下去，赢得一个“再造共和”的好名声。