因为军校中的生活实在太清苦，平时只有豆腐白菜，根本没有肉吃。为了改善一下伙食，孙传芳等人在星期天结伴外出，租了一间房，买了几斤清酒和一副猪下水，日本人都不吃猪下水，因此很便宜。几个人大吃大喝，没想到醉得一塌糊涂。等发现快到点名的时间，紧赶慢赶往学校跑，但还是晚了。
几个人东倒西歪地来到操场上，区队长冈村宁次已是怒气冲冲，劈里啪啦左右开弓，一个人揍了两个耳光。“混蛋！你们不是军人，不遵守纪律！”孙传芳个头小，被冈村宁次一巴掌打在头上，把帽子打掉了，脑后的辫子抖落出来。冈村宁次用手拉着他的辫子：“呛过罗！”日语为猪尾巴的意思。
“支那人，一盘散沙，将来有一天，我们在战场上还会打败你们！”
孙传芳受到侮辱，浑身的血一下子都涌到头顶上来了，他仗着酒力，猛地抓过自己的辫子，往脖子里一绕，骂了冈村宁次，接着他发疯似的朝冈村宁次冲过去。
日本人擅长柔道，冈村宁次更是柔道中的高手，他见孙传芳扑过来，用手一挡，身体往外一侧，就势来了个大背，把孙传芳狠狠地摔落在地。
孙传芳咬着牙爬起来，一个饿虎扑食，又冲上去，冈村宁次闪转腾挪，一个反手擒拿，将孙传芳的脖子压在自己的皮鞋上。孙传芳真急眼了，照着翻毛皮鞋就是一口，冈村宁次疼得一咧嘴，稍稍分神，孙传芳死命往上一拱，冈村宁次猝不及防，被顶了一个仰面朝天。
众人眼见区队长冈村宁次被掀倒，怕孙传芳再惹出什么事来，他们连忙拉住孙传芳。此时的孙传芳还气哼哼地高声大骂：“小日本，有种再来！”
杨文恺等人赶快上前把冈村宁次搀扶起来，冈村推开众人，拍掉身上的灰土，一改之前的态度，他对着孙传芳笑容可掬，伸出巴掌拍了起来：“不错，不错，孙君，你的胆量大大的！是一条汉子！”
因祸得福，孙传芳也没想到从这以后，冈村宁次对他的态度彻底改变了。
在后来的接触当中，孙传芳为了自身利益与冈村宁次有了密切的交往。十几年后，他的称霸东南时，还特地以800大洋的月俸聘请冈村宁次作他的私人军事顾问。他的军阀思想，正是在日本陆军士官学校灌输成型的。
孙传芳在日本东京陆军士官学校学习期间，日本东京正处在关于中国命运的激烈动荡中：中国伟大的革命先行者孙中山在日本极力倡导革命。当时孙中山所领导的革命团体名叫“兴中会”，黄兴则与宋教仁、陈天华、刘揆一等组织“华兴会”。1900年，孙中山率领兴中会在广东惠州三州田起义，但起义失败，之后来到了日本。1905年，孙中山、黄兴一见如故，政治立场也完全相同，于是合并兴中会和华兴会为“同盟会”，同时还吸收了章炳麟（号太炎）的“光复会”。这个光复会是上海教育界的反满秘密组织，于1904年成立，参加的人有：蔡元培、陶成章、章炳麟、吴敬恒、徐锡麟、马宗汉、陈伯平、秋瑾等。
历史定格在1905年7月30日这一天，这一天发生了一件极其重大的事件。直到今天，它还在史册中熠熠生辉。这一天，中国同盟会在东京赤坂区桧町黑龙会会所召开筹备会，参加的有：孙中山先生、黄兴、张继、陈天华、宋教仁、冯自由、居正、但焘、马君武、邓家彦、黄复生、朱执信、古应芬、宫崎寅藏、内田良平等70余人，通过同盟会政治纲领：“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权。”8月20日下午，同盟会正式在东京赤坂区灵南坂本金弥邸开成立大会，总部组织，设总理一人，公举孙中山先生，下设三部，（一）执事部。（二）评议部，（三）司法部。执事部负责人黄兴，地位如协理。评议部评议长汪精卫。司法部判事长邓家彦。各省党务负责人是：直隶张继，山东徐镜心和丁惟汾，山西王荫藩、荣福桐，陕西谷思慎、康宝忠，安徽吴春阳、高荫藻、孙毓筠，江苏高剑公、陈剑虹、章梓，浙江秋瑾，湖北时功玖、张昉、陈镇藩，湖南黄兴、仇式匡、宋教仁，四川黄复生、董修武，云南吕天民、贵州于德坤、平刚，河南杜潜、朱炳麒，福建林时爽，江西张世膺、钟震川，广西刘崛、卢汝翼，广东胡毅生、何公博，南洋胡汉民，上海蔡元培，天津廖仲恺，香港冯自由、李自重、谢英伯。同盟会成立后，编订革命方略，策划全国各地起义，拟定了军政府宣言，军队缩制，招降清军条件，攻城略地，囤粮安民各项办法和对外宣言等等。
同时还制订了《军政府宣言》、《中国同盟会总章》和《革命方略》等具有极大号召力的文件，许多进步人士都心向这个组织。在日本陆军士官学校读书的中国青年，也纷纷向同盟会靠拢。
同盟会成立的同时，同志们又在东京赤坂坂本金弥爵邸决议创立《民报》以宣扬革命理论，阐明三民主义为宗旨。《民报》出版后使革命理论才有系统为世人所明了。它于1905年11月26日出版于东京牛込区新小川町二丁目八番地，撰稿者有：胡汉民、汪精卫、朱执信、宋教仁，由张继担任编辑，第六期起改由章炳麟主编。章炳麟在上海因苏报案入狱，1906年出狱后东渡，继续接办《民报》。
《民报》第一期出版后，恰值日本文部省颁布取缔留学生规则。当时留学生极为愤懑，罢课者8000余人，而留学生中分为两派：一派是留日学生联合会的秋瑾等，主张全体归国，是激烈派；一派是维持会的汪精卫，主张继续留学，是平和派。同时又传说日本外务省以6000元付孙中山，迫其离去横滨。种种压迫迫使陈天华投海殉职。陈天华的自杀，使《民报》第二期延期出版，可是因为这一风潮，遂使日本取缔留学生的规则胎死。
《民报》的发刊词是孙中山先生亲撰，发刊词的最后一段这么说：“惟夫一群之中，有少数最良之心理，能策其群而进取之，使最宜之治法，适应于吾群，吾群之进步，适应于世界，此先知先觉之天职，而吾《民报》之所为作也。抑非常革新之学说，其理想输灌于人心，而化为常识，则其去实行也近，吾于《民报》之出世觇之。”此外胡汉民在《民报》上宣布六大主义：
（一）推翻现今之恶劣政府；
（二）建设共和政体；
（三）土地国有；
（四）维持世界真正之和平；
（五）主张中国日本两国之国民大联合；
（六）要求世界列国赞成中国之革新事业。此六大主义，前三项是对内，后三项是对外。
在这前后期间，东京的中国留学生，创办了很多刊物，如：江苏学生的《江苏》，浙江学生的《浙江潮》，湖北学生的《汉声》，湖南学生的《游学汇编》等。
而在东京留学的孙传芳也不甘心错过这一革命浪潮，他曾和同学们一起去听孙中山的演讲，并且报名参加了中国同盟会，并且与同宿舍的同学李根源、赵恒惕结为友好，他们到处宣传同盟会的主张。但是，他对同盟会的组织纪律、行动纲领一概不感兴趣，参加同盟会只是为了赶赶时髦。没过多久，他们便分道扬镳了。
1908年12月，孙传芳在日本军陆军士官学校毕业，又在日本陆军第十师步兵联队实习3个月。于1909年3月，他作为日本士官学校毕业生返回中国，结束了5年多的留学生活。
宣统元年的清朝可谓是“风雨飘摇”，当时正是政坛嬗递、一片混乱的时候，溥仪即将被抱上龙椅，而载沣便以监国摄政王的名义帮助未来的皇帝治理江山。载沣当国后，大有诛杀袁世凯之势，但是袁世凯掌握着北洋军，不断的巩固自己的力量，就是为了以防万一。最后，狡猾的袁世凯借口自己患“足疾”打算归隐，于是载沣乃于1909年1月2日，以皇帝名义明降上谕：“军机大臣外务部尚书袁世凯，夙蒙先朝擢用，朕登极之后，复与殊赏，正以其才可用，使效驰驱，不意袁世凯现患足疾，步履维艰，难胜职任。袁世凯着即开缺，回籍养疴，以示朝廷体恤之意。”
袁世凯在天津奉到“回籍养疴”的诏旨，这时他还和他的一位外国朋友取得联络，这位洋朋友是英国驻清公使朱尔典，他们早已建立了极亲密的关系。据说朱尔典拍了胸膛愿意担保袁的生命安全，于是袁世凯才怀着沉重的心情由天津遄返北京，向皇帝谢恩和辞行。
北洋军阀的开山祖，权势显赫的袁世凯，就这样侥幸的躲开了杀身之祸，但却变成了丧家之犬，仓皇地告别了北京城，回彰德（今安阳）养病去了。临行前他把在北京新购置的府学胡同私宅赠给了段祺瑞。这时北洋六镇统制名单是：第一镇统制何宗莲，第二镇统制马龙标，第三镇统制曹锟，第四镇统制吴凤岭，第五镇统制张怀芝，第六镇统制段祺瑞。此时，满洲贵族铁良被提升为陆军部尚书。王英楷虽然是袁世凯提拔上来的，却另攀高枝，投靠铁良，随后被提升为陆军部右侍郎，迎来了他一生中最为辉煌的时刻。
正在这个时候，在日本镀金5年之久的孙传芳回国了，此时的他24岁。
孝顺的孙传芳回国后先去了山东下乔庄，来到父母的坟前，烧香磕头，向九泉之下的父母大人述说着他这5年来的生活。随后去了济南，因为姐姐们在济南为他定了一门亲事。
三个姐姐见到弟弟回来都非常高兴，如今，姐弟四人只剩孙传芳一人没有成家了，姐姐们在一年之前为他定下婚事，与他订婚的女子名叫张兰君，容貌姣好，温柔贤淑，并且对过了生辰八字，就连聘礼都下了，只等他回来成亲了。
在媒人的带领下，孙传芳第一次来到了张兰君家，见到了即将娶进门的妻子。张兰君谈不上是大家闺秀，却也是个贤良淑德的女子，粗实文字，擅长女红。见过她的绣品的人无不对其夸赞一番。见面之后，两个人情投意合，准备选个吉日成亲。离开前，兰君赠与孙传芳一方绣花手帕做礼物，孙传芳爱不释手。
俗话说：“久旱逢甘霖，他乡遇故知，洞房花烛夜，金榜题名时。”为人生四大喜事，而孙传芳就迎来了人生中的一大喜事。这一天，他身穿红袍，佩戴红花，骑着高头大马，带着迎亲队伍，抬着花轿，敲锣打鼓，浩浩荡荡的来到张兰君家门前。一路上，引得很多百姓围观，很多人指着马上的孙传芳交流着：“那是孙家四代单传的小儿子，前几年出国留学，现在回来了，今天娶亲了。”
此时的孙家热闹非凡，宾客盈门，人们翘首张望着，当迎亲锣鼓声传来时，火红的鞭炮齐鸣。按照成亲的礼俗，夫妻二人要拜天地，给高堂敬茶。随后众人入席，为二人的新婚赠送祝福语。人们饮酒，说笑，幸福的表情挂在每个人的脸上，一派喜气热闹的景象。
俗话说：“成家立业”，“成家”之后便是“立业”了。成婚后的孙传芳意气风发，想凭借自己所学的知识打拼一片天下。在日本5年艰苦的学习生活使他体会到了人生的真正意义，此时的他心中澎湃着崇高的理想，一双写满了斗志昂扬。他坚信自己一定会有所成就的，而且机会马上就来了。此时，官升陆军部右侍郎的王英楷被调到了北京上任，全家老小也都来到了北京。因此，孙传芳成亲之后就去了北京的姐夫家。
一天，孙传芳和王英楷一起喝茶，随之谈到他回国之后的理想抱负，如今的王英楷的官路呈蒸蒸日上之势，他一边喝茶一边问道：“馨远，现在的国内形势你也了解到了，我可以给一片得天独厚的天地。”
听到姐夫的豪言，孙传芳很虚心的请教姐夫：“接下来我应当怎么做？希望姐夫能对我今后道路指点一二。”
“你先去天津直隶督练公所报到，今年的8月份会有一次甄拔考试，是针对留日士官生的考试，报名之后，你要好好准备考试。”王英楷说，“考试合格者，授举人功名，再授官衔，最后分派录用。”
孙传芳点头道：“这是一个好机会，我一定会努力准备的。”
不到半年，陆军部开始了留日士官生考试。陆军部功名考试的主考官是军部尚书铁良，副考官两人：左侍郎琉朗和右侍郎王英楷。
来自各省的留学生鱼贯而入，孙传芳走在最前面，他看见姐夫王英楷端坐在考官的位置上，心中特别踏实。对于考试的事，二人自然是心照不宣。首先是笔试，每个考生都要答一份试卷，随后是口试，由考官现场提出问题，考生回答。这次功名考试的总成绩是把考生的笔试和口试成绩加在一起。采取这一措施主要是选取一批综合实力较强的留日学生。孙传芳凭借所学的知识顺利的通过笔试考试，成绩优异。口试是他的强项，他在接下来的口试中对考官所提出的问题对答如流。在场的几位考官频频点头，流露出赞许的目光。王英楷也对孙传芳的表现很是满意，笑容爬满了脸庞。
甄拔考试过后，到了发榜的日子，人们都围上来寻找自己的名字。榜上有名的欢呼雀跃，落榜的垂头丧气的离开。孙传芳固然是榜上有名，他被陆军部授予“步兵科举人”，并授步兵协军校。根据他的成绩，天津督练公所派他到。同年参加甄拔考试的留日士官生还有阎锡山、唐继尧、李烈钧、张凤翔、刘存厚、赵恒惕、尹昌衡等人，正是这些留洋学生在之后的动荡时期掀起一波又一波的惊涛骇浪。