接着，曾国藩又公布水陆各营的编制和各营营官的人选名单，准备出征。经过编练的湘军人数是，水陆两军的正式官兵各为5000人，加上长夫等其他辅助人员，全军共计达17000人。
这年的正月，湖南的雨也特别多，接连许多天总是大一阵小一阵地下个不停。湘江的水也涨起来了。雨水、阴冷和泥泞，给湘军出征前的最后准备工作带了诸多的不便。根据曾国藩的要求，全军各位官兵都在抓紧时间干着自己的事情。已经招募成营的部队继续加紧进行训练。水师个别营的水勇还未招募整齐，也正在突击招募。
曾国藩每天都要听取水陆师各个方面的情况汇报，都要阅读从安徽、江西、湖北和长沙寄来的各种各样的信函，了解战场情况及其他消息。出征在即，他的心情却越来越沉重。
这一天，他突然得到一个消息：江忠源已战死在当时的安徽临时省城庐州，这不禁让他大吃一惊。庐州也就是现在的合肥，是皖北重镇，战略地位十分重要。然而当时这里所驻守的清军兵力很少，兵不到300人，勇只有5000人。太平军因江忠源等守江西南昌，久攻不克，东王杨秀清乃决定从南昌撤围，转攻皖北和两湖。并派翼王石达开亲自坐镇安庆，调度指挥。进军皖北的太平军，一路势如破竹，兵锋直指庐州。江忠源则因为固守南昌有功，被清廷提升为安徽巡抚，命他火速赶往庐州。
江忠源死后几天，曾国藩才知道他战死的确切消息。他为江忠源的命运结局悲哀。他想：从此以后，自己不但失去了一位朋友，也失去了一位有才的弟子。
十多天后，当曾国藩开始努力从江忠源丧命庐州所造成的沉重心情中解脱出来的时候，一个新的不好的消息又从湖北传到衡阳。湖广总督吴文镕又因战败在湖北黄州自杀了。吴文镕在一帮满洲亲贵的压迫下，无奈之中于1854年1月底率兵勇4000人进驻黄州以北25里的堵城，以图攻占黄州。时太平军从江西西进的曾天养部西征军进驻黄州，使其防守力量大大增强。2月初，正值太平天国天历的新年，黄州城里举行庆祝活动。吴文镕以为有机可乘，下令所部清军发动进攻。太平军则派出一支部队，绕出清军之后，隐蔽埋伏。2月12日，黄州城内的太平军全部出动，猛攻清军，同时伏兵也突起对清军进行两面夹击。清军两面受敌，死伤大半。吴文镕于绝望之中自杀。
吴文镕的死又是对曾国藩的一大打击。湘军还未正式出征，他和刘蓉等人当初所设想的湘军事业中可以依靠的三个人，两人已先他而死，现在就剩下他自己一人了。看来，湘军今后只能是靠他了。他强烈地感觉到，在江、吴两人死后，人们很自然地已将目光更集中于他和他所统率的湘军身上。的确，此时在湖南以外的战场上，由湖南人带出去的大支的湘勇部队，已逐渐在人们的视线中消失了。曾国藩越来越成为人们关注的集点。
果然，当咸丰皇帝得知吴文镕战死，武昌再次危急之时，立刻便想起了曾国藩和他的湘军。1854年2月25日，咸丰皇帝从北京发出上谕，命曾国藩率部“刻日开行”。为了堵住曾国藩的嘴，谕旨中称：“现在已逾正月下旬，船、勇当早齐备，广东所购洋炮谅也已陆续解到。”
同一天，在湖南的衡阳，连日阴雨之后终于见到了太阳。这也正是曾国藩所确定的湘军从衡阳出发开赴前线的日子。
曾国藩并没有在衡阳举行出征仪式，他此时根本没有这份心情。但是，他让部下将几天前刚刚印刷好的《讨粤匪檄》张贴到衡阳的几处显眼的地方，又让人送给附近的地方官和绅士。
曾国藩率领湘军离开衡阳，顺湘江北上。在船上，他给咸丰皇帝发去一封奏折，正式报告了湘军东征启程的时间和具体情况，并表示他的决心：
“臣才智浅薄，素乏阅历，本不足以统此大众。然当此时事艰难，人心涣散之秋，若非广为号召，大振声威，则未与贼战之先，而士卒已丧沮不前了。所以，臣与湖南巡抚来往函商，竭力经营，图此一举。事之成败，不暇深思，饷之有无，不暇熟计，但期稍振众人之心而作士气，即臣区区效命之微诚也。”
进退隐显，有章可循
曾国藩凭着自己几十年的仕宦生涯，对官场的险恶看得最清楚，深知一入仕途人则毫无“自由”。即使是一只猛虎，也只能变成犬鼠可欺的可怜虫了。但是，几千年学而优则仕的传统谁能改变得了?更何况，一个有抱负的人不借助权力可以说是毫无作为的。因此，出——进官场之局，处——居江湖之远，就十分难以决断了。俗话说，伴君如伴虎，遇见圣明的君主尚可保平安，如果遇见猜嫌之君，那脑袋不搬家就是最好的了。因此，饱尝了世态炎凉的曾国藩临终前立下遗训：后世子孙可以不做官，但不可废耕读。
曾国藩自己对出处之际虽然感到难以决断，但凭他的老道经验还是能够掌握火候的。这里说的是对其九弟曾国荃出处之疑的安排，更可见曾国藩的韬晦。
曾家兄弟为大清朝把老命搭上了好几条，尤其是曾国荃攻下天京城，用曾国藩的话说是千古以来最艰难的一次攻坚战。攻占南京后，曾家成为大功臣，按曾国荃的设想，清廷应功高厚赏，自己该做个总督巡抚，享享清福了。可是，清政府对这位敢作敢为的曾九最不放心。曾国荃虽读过几年书，但学识浅薄，急功好利，老饕之名满天下，一时成为众矢之的。尤其处死李秀成后，“群言益欢，争指目曾国荃”，“诸宿将如多隆阿、杨岳斌、彭玉麟、鲍超等欲告去，人辄疑与国荃不和，且言江宁镃货尽入军中”。同时，清政府对他也最不放心，欲其速离军营而不令其赴浙江巡抚任。
曾国藩无奈，只好以病情严重为由，陈请曾国荃开浙江巡抚缺，回乡调理，以避开舆论的锋芒，解除清政府的这块心病。不出曾国藩所料，这一奏请正合那拉氏的心意。曾国藩1864年9月27日出奏，10月5日即获批准，并赏给曾国荃人参六两，以示关怀。这本来是曾国藩的韬晦之计，暂时退避正是为了永久保住他们的既得利益。然而，曾国荃在曾国藩移驻江宁那天，当着满堂宾客大发怨言，致使曾国藩狼狈万状，无地自容。后来，曾国藩回顾当时的情景说：“三年秋，吾进此城行署之日，舍弟甫解浙抚任，不平见于辞色。时会者盈庭，吾直无地置面目。”为了开其心窍，曾国荃四十一岁生日那天，曾国藩除派赵烈文专门劝慰外，还特写七绝十二首为他祝寿。据传，当曾国荃读至“刮骨箭瘢天鉴否，可怜叔子独贤劳”一句时，竟放声大哭，以泄胸中抑郁之气。11月2日曾国荃带着满腹委屈和怨愤返回湖南，由于怨气仍未平消，终致大病一场。
多年征战在外，此时退隐乡间，本是休养身心的最好时机，但曾国荃是个不甘寂寞的人，尤其是对于清廷有意牵制曾氏兄弟的举措表示不满，不时流露出怨恨之情。曾国藩老谋深算，一再嘱咐曾国荃不要轻易出山，时局严重，不必惹火烧身，最好在家静养一年。如他在1865年4月《致沅弟》的家书中指出：有见识的人士和相爱的朋友大多奉劝弟弟暂缓出山。我的意思也是让弟弟多调养一段有病的身体，在家闭门三年，再插身而出，担当天下的艰巨大任。进一步，他又在其他书信中具体安排曾国荃如何打发时光的计划。一是修身养性，不要干预湖南地方事务：弟弟平素的性情就好打抱不平，发泄公愤，同时又对朋友情谊深厚，非常仗义。这个时候告病在家，千万不要对(地方公事)干预丝毫。二是趁休闲之际补攻讲求诗文奏议之学：弟弟以不善作文章而为深深的耻辱……眼下用力于奏议文章的学习，也应当稍稍具备当年拼命的那种精神。在另一封信中，他又嘱咐曾国荃趁空闲时间，读些有关文史方面的好书，以加强自身的学识素养。同时，又寄去历年所写日记，希望曾国荃等明白他在外受苦，即所谓“近来衰惫之状”，以使他更加安心在家教育子侄辈读书做人。在曾国藩的耐心开导之下，曾国荃耐着性子终于在湖南老家呆了一年多时间，清政府曾诏谕他出任山西巡抚，他硬坚辞不受。于1866年2月下旬，清政府又颁诏命曾国荃改任湖北巡抚，并帮办“剿捻”军务。此时，曾国藩认为时机已成熟，力促曾国荃出而任事：“惟决计出山，则不可再请续假，恐人讥为自装身份太重。余此信已为定论，下次不再商矣。君恩过厚，无令外人疑为装腔作势也。”于是，曾国荃决定再度出山。
急流勇退，时哲保身
人生是一个不断进取的过程，同时也要把握时机知进退，明晓时务，急流勇退。他深通天道盈缩、洪荒变换的道理。
在曾国藩的处世经中，人们都知道他处处以小心谨慎、谦忍退让、委屈求全作为准则，而往往不知道他的处事之道也有另外的重要一条，那就是“敢”字，即“勇毅”。他的“敢”、“勇毅”虽然体现并不算多，但却往往用得适时、适机，对以后的成败起着十分重要的作用。
在削平太平天国之乱，湘军声威达于极盛之时，曾国藩毅然以“湘军作战年久，暮气已深”为理由，奏请裁湘军归乡里，明白表示无挟军权以自重的态度。至于湘军的遣散，远在攻克天京前，曾国藩兄弟就曾经有所商讨，非曾国藩个人的最先主张。裁军最早的动机，当在同治三年（1864）正月，天京围城之后，因为胜利在望，此时已可开始思考善后问题。曾国藩在二月初二致曾国荃信中，确已透露，曾国荃则表示速裁全裁，也与当时郁愤的心情有关，在曾国藩家书中皆可找到二人裁军的蓝图与构想。他早已知道，那些清军将领自己不行，却嫉贤妒能，早已讨厌曾国藩这班书生风头太健，常想惩罚一下他们。他先裁湘军，以免授人以柄，就是这个关系。在裁军上，曾国藩的计谋手法，自是超人一等。他在战事尚未结束之前，即计划裁撤湘军。他在两江总督任内，便已拼命筹钱，两年之间，已筹到500万两。钱筹好了，办法拟好了，战事一告结束，便立即宣告裁兵。不要朝廷一分钱，裁兵费用已筹妥了。
曾国藩在削平太平天国之乱后，皇帝封他为一等毅勇侯，世袭罔替。他是事实上的湘军领袖，凡是湘军出身的将领，无论是执掌兵权抑或出征疆场，都视他为精神上、思想上的领导者。湘军在裁遣之后，被裁者多至数万，功名路断，难免有很多人感到心情不满。曾国藩如果在此时请求解官回籍终老，皇帝当然不能不接受他的要求。但如他在回到乡间之后，以一个在籍乡绅的地位，忽然为一群图谋不逞之人所挟制，并奉之为领袖人物，即使曾国藩知所自处，而对清朝政府来说，也仍然不是保全功臣之道。如果清政府怀有过人的恐惧，曾国藩之辞卸官职，正表示他有不愿继续为朝廷效力的意愿，那就更容易发生不必要的猜忌了。
所以，曾国藩在此时一方面自动解除兵柄，一方面更留在两江总督任上继续为清政府效力，绝不轻言去留，无疑正是使清政府绝对感觉放心的最好办法。试看他在两江总督任内因奉旨剿捻而不以劳苦为辞，逢到军事失利，立即趁机推荐李鸿章自代，亦无非仍是远权势而避嫌疑的做法，不过在表面上做得不太显露痕迹而已。
从古至今，与人同事，患难时，别人能任用贤能，以图恢复与发展功业；而安乐时，则会担心身边人谋夺其位。所以，只要你无志于夺其权位的话，在你功名成就之时就急流勇退，实为上上之策。