1858年11月，陈玉成部太平军攻逼曾国华、李续宾湘军大营，曾国华、李续宾战死。对于曾国华的死，曾国藩感到非常痛心。他在家书中表示：要为曾国华作哀辞、墓志、家传等文，并建议曾国荃也应作文以抒其意。他的理由不仅仅因为曾国华死得惨烈，死后多日才收捡到尸骨，更重要的是曾国华在“生前于科名之途太蹇，死后又有阙憾”，所以他要为弟弟立传扬名于天下。
四年之后，曾国藩的最小弟弟曾国葆病逝军中，对此，曾国藩深表哀痛，除为其撰墓志铭外，在挽联中情意深切地说：“大地干戈十二年，举室效愚忠，自称家国报恩子；诸兄离散三千里，音书寄涕泪，同哭天涯急难人。”曾国藩尽管由于两个弟弟接连死于军中，颇觉悲痛，发出“举室效愚忠”的慨叹，但他认定：急国家之难，是最大的“公”。曾国葆死的同年四月，曾国藩还写信给初任江苏巡抚的李鸿章，告诫他说：“吾辈当为餐冰茹蘖之劳臣，不为脑满肠肥之达官也。”
息事宁人，委曲为官
曾国藩刚办团练时，由各处调来省城的绿营兵，也有数千之众。按照往例：一省的军事最高长官是提督，训练绿营兵本是提督的职责。湖南提督鲍起豹无能，这几千绿营兵乃一并归曾国藩所识拔的中军参将塔齐布统一训练。湘勇与绿营，共同操练。
曾国藩对于训练，要求颇为严格，风雨烈日，操练不休。这对于来自田间的乡勇而言，并不以为太苦，但对于平日只知喝酒、赌钱、抽鸦片的绿营兵而言，便无异是一种“酷刑”。先是副将清德拒不到操，根本没有把曾国藩和塔齐布放在眼里。接着提督鲍起豹也和清德联合起来，与塔齐布为难寻衅。公然对士兵宣称：“大热天还要出操，这不是存心跟将士们过不去吗?”
于是绿营兵大恨曾、塔等人。当时长沙城内，同时驻扎着两种部队：绿营兵与湘勇。绿营兵因战斗力差，颇受勇丁轻视，而勇丁的月饷，高出绿营兵二三倍之多，绿营兵也嫉愤交集。因此兵与勇时生摩擦。鲍起豹等人又从中挑拨，双方愈来愈情同水火，渐至常生械斗。
曾国藩起初本着“息事宁人”的态度，只将参与械斗的勇丁加以棍责，严行约束；绿营兵则置之不问。谁知这一来，正合了曾国藩的两句话：“君子愈让，小人愈妄。”绿营兵气焰更盛，益发耀武扬威，公然凌辱勇丁了。曾国藩不得已而咨请鲍起豹按军法整饬，鲍置之不理。绿营兵于是胆子更壮了。
1853年9月8日，绿营兵居然整齐队伍，带着兵器，鸣号击鼓，包围了参将府，要杀塔齐布。吓得塔齐布躲在菜园旁边的草丛里，没有被找到，才逃过一命。绿营兵找不到塔齐布，放把火把参将府烧了，又一窝蜂拥到团练大臣曾国藩的官邸，照样团团围住，扬言要杀曾国藩。幸而曾国藩的临时行馆设在紧靠巡抚衙门的射圃中。见事已急，乃亲自去叩巡抚骆秉章的偏门，骆出来喝止，绿营兵才悻悻作鸟兽散。然而曾国藩所统率的湘勇，日子却更难过了，进出城门的盘查斥骂，街头的公然侮辱，甚至拳打脚踢，都是常事。有人劝曾国藩据实参奏鲍起豹等人，而曾国藩刚于不久前参革了副将清德，这时不便再动弹章，于是托言：“做臣子的，不能为国家平乱，反以琐屑小事，使君父烦心，实在惭愧得很。”即日将所部湘勇分别遣驻外县，自己的司令部也移驻于衡州。其实这也是曾国藩一贯所奉行的息事宁人、委曲求全的处世之道的体现。
曾国藩在与太平军斗争的过程中，他的最大困难，不是敌人的强大，而是清政府本身在政治、军事与财政各方面，存在着太多的矛盾和弱点，不能形成强大的力量，与太平军作战。其次就是湘军本身缺少战斗经验，难当大敌。因此在以后的六七年中，曾国藩虽然为自己建立了一点声望，而来自各方面的挫辱和打击，也不是常人所能忍受的。而在这种境遇下他能够立足，主要就是他奉行了“息事宁人、委曲为官”的处世哲学。
这时又发生了万载知县李告与举人彭寿颐因办理团练不和，互相纠控一案。经曾国藩查得有受人贿赂，弃城逃走等罪；而彭寿颐却为人刚直，办理团练，也颇具才华。可是巡抚陈启迈却有意曲庇，而加罪彭寿颐。曾国藩也只得委曲忍让不想与陈发生正面冲突，于是面商陈氏，咨调彭寿颐至军营效力。用意不过想借此平息李、彭的控案，息事宁人，化纷争于无形而已。
不料陈启迈却认为曾国藩干涉了他的统辖权力，勃然大怒。不仅拒绝将彭寿颐调用曾营，反命按察使恽光宸将彭逮捕下狱，用刑逼供，坐以诬告之罪。这分明是要给曾国藩难堪了。曾国藩至此忍无可忍，也发了火，立即具折参了陈启迈一本。罗列陈氏诸项劣迹，请旨惩处。这时江西、湖南、湖北三省地盘，清廷全仗曾国藩支撑。得奏不敢迟疑，立将陈启迈、恽光宸先行革职；所参各案，着新任巡抚文俊查奏。
1858年6月，曾国藩命被再出，于江西领导湘军作战。湘军之在江西，虽有守土却敌之功，然与各地乡团不相和睦，常常被团丁伏击截杀，竟至数十数百地被消灭。又逢疫病流行，营中军士纷纷病倒。因此曾国藩再至江西以后，深感诸多问题棘手。9月间，安徽传来败讯，李续宾、曾国华于三河镇被陈玉成击败，全军覆没，李、曾以下，湘军官兵阵亡六千余人。这支军队是湘军的精锐劲旅，被歼以后，全军为之震动。景德镇一带的湘军，也连连失利。幸赖曾国藩与胡林翼等竭力挽救，大局才得初定。
而这时的曾国藩，忽而奉命援浙，继又改令赴闽，不久又命筹援安徽。及石达开有由湘入蜀之势，朝旨又令前赴四川夔州扼守，同时命其分兵协防湖南、安徽，并留兵防守江西。朝令夕改，杂乱无章，使曾国藩无所适从。他自知因无固定地盘，只好由人摆布，委曲求全，精神极感苦恼。可见息事宁人的处世哲学也要付出精神痛苦的代价。
1861年8月，曾国荃攻下安庆，长江千里，已全归湘军掌握。曾国藩分兵三路，直指江浙地区，准备给日渐衰微的太平军最后致命一击。可是曾国藩所遭遇的困难，仍是纷至沓来。先是最能与他合作无间的湖北巡抚胡林翼，积劳病死，顿使曾国藩失去一个最有力的伙伴，未免平添后顾之忧。曾国藩为之彻夜不眠。而三路东向的大军，只有曾国荃一军，因为是亲弟弟，始终听命于他。其余李鸿章与左宗棠两路，都时时表现不合作的态度，使曾国藩伤透脑筋。但按曾国藩的为官之道，还是按捺性情，息事宁人，没有激化矛盾。
曾国荃围攻金陵的军队，虽未发生不听指挥的问题，然而屯兵城下日久，师老兵疲，军饷不继，军心士气日渐涣散，也使曾国藩忧心忡忡，日夜焦灼。同治二三年间，金陵城外的湘军，因为粮饷缺乏，每天喝稀饭度日，几个月不发饷，更是常事。曾国荃对那些家乡子弟兵，渐感难以约束。他们甚至发生把营官捆绑起来，勒发欠饷的暴行。至于抢掠平民、奸淫妇女的事，也层出不穷。曾国荃拿不出粮饷来解决问题，自感无颜以对部属，只好置之不问。消息传到安庆，曾国藩一面担心弟弟的病体，不能支持，军纪败坏的湘军，随时有叛变崩溃的可能；一面还要承受来自清廷的猜疑、言官的谤劾、僚属的离心等等打击。当时湘军缺饷，不仅限于金陵的曾国荃军。其余各部也很严重。大营所设山内粮台，竟遭驻守附近的两营湘军的自行抢劫一空。曾国藩身体素来孱弱，至此郁气中结，旧疾新病，一齐并发，饭后呕吐、牙痛、头脑晕眩、手脚抽筋，痛不可忍，至于不能工作，逼得只好奏请给假调养。
所以曾国藩曾说：“困心恒虑，正是磨炼英雄，玉汝于成。李申夫尝谓余叹气从不说出，一味忍耐，徐图自强。”这句话体现了曾国藩在矛盾丛集、内忧外患的十分艰难的境况下的一种息事宁人、委曲求全的一种处世观，而对于当时为官的他，可以说是无奈中的有奈。
身处逆境，勇于面对
一个人无论多么伟大，相对于奔腾不息的历史而言，总是渺小的。就一个人的一生而言，也往往是逆境多而顺境少。孟子有言：“天将降大任于斯人也，必先苦其心志，劳其筋骨，饿其体肤，空乏其身，行拂乱其所为，所以动心忍性，曾益其所不能。”也是说一个人要想有所作为，必须忍受住逆境的煎熬。
对待逆境，曾国藩首先是承认现实，保存自己，不做以卵击石般的无谓牺牲。他说：我在《杂著》中专门引用《周易》的“否卦”，我对这一卦的卦辞有不同常人的理解。事业得不到发展，道路闭塞不通，是因为行为不正的奸佞之徒当道而造成的。奸佞当道，道德高尚、坚守正道的人是吃不开的。这种时刻，做什么事情总是失去的多，得到的少。
奸佞当道，小人得势，不会政通人和，事业会遭受损失。正派而能干的人是不能展示才干、发挥作用的；如果直言或试图有所作为，不仅无济于事，反而会遭受陷害。大的方针政策不能变动，只好在具体工作的小地方做些补救。损失是不可避免的。曾国藩所讲的是“识时务”。
但是，如果一味顺从，人成为逆境的奴隶，也就不能改善自己的环境，更谈不到有所为了。因此，曾国藩从承认现实、识时务的角度出发，引申出逆境的第二种应对策略：练内功，求自强。他于1866年12月在一封家书中历数自己经历许多逆境而成功的例子说：“困心横虑，正是磨炼英雄，玉汝于成。李申夫尝谓余怄气从不说出，一味忍耐，徐图自强。因引谚曰：‘好汉打脱牙，和血吞。’此二语是余生平咬牙立志之诀。余庚戌辛亥间为京师权贵所唾骂，癸丑甲寅为长沙所唾骂，乙卯丙辰为江西所唾骂，以及岳州之败，靖江之败，湖口之败，盖打脱门牙之时多矣，无一次不和血吞之。”
曾国藩自谓“打脱门牙之时多矣，无一次不和血吞之”，可见其坚忍卓绝的意志，强毅不屈的气度。惟其时受挫折，经患难，故其德业也时有长进。对此，曾国藩说：
“谚云：‘吃一堑，长一智。’吾生平长进，全在受挫受辱之时。”
又说：“余生平吃数大堑，而癸丑六月不与焉。第一次壬辰年发佾生，学台悬牌，责其文理之浅。第二，庚戌年上日讲疏，内画一图，甚陋，九卿中无人不冷笑而薄之。第三，甲寅年岳州靖港败后，栖于高峰寺，为通省官绅所鄙夷。第四，乙卯年九江败后，赧颜走入江西，又参抚臬，丙辰被困南昌，官绅人人目笑存之。吃此四堑，无地自容，故近虽忝窃大名，而不敢自诩为有本领，不敢自以为是。俯畏人言，仰畏天命，皆从磨炼后得来。”
对身处逆境时应守的道理，曾国藩说：就像《西铭》所讲的“没有地方可以躲避，只有等着被烹死，这就是晋献公世子申生的恭顺。勇敢地承认现实，又顺从命令的，只有伯奇能做得到”。这些话，太真切了。