顺治帝的皇后人选一波三折。顺治初年，多尔衮摄政，权倾一时，孝庄太后为了儿子下嫁多尔衮。母子两人见面不易，年幼的皇帝很难享受到母爱，也不能得到很好的教育。顺治帝亲政以后，竟然看不懂大臣的奏章。
顺治五年（1648），多尔衮派亲王阿济格到蒙古为幼帝选聘皇后。满蒙联姻是清初政坛的重要举措，通过婚姻关系，满蒙两族牢牢地结合到一起，清朝政局得以稳定。清太宗有封号的后妃，几乎全是蒙古博尔济吉特氏的妇女，顺治帝本人的九位有封号的后妃，五位姓博尔济吉特。
孝庄皇太后本人就是博尔济吉特家的姑娘，她当然乐意看到家族血统通过联姻在清皇室中传之不绝。多尔衮为皇帝选的新娘是孝庄太后的亲侄女，虽然未到婚礼多尔衮已经病逝，但皇帝投鼠忌器，不敢随意撤后。顺治八年（1651）八月，册封新后，颁诏全国。两人婚后感情不和，据顺治帝自述，皇后嫉妒奢靡，把宫中奏乐的教坊司的女乐全部改用太监，并且喜好奢华，食器有一样不是金制的便不高兴。顺治帝早早把皇后冷落到一边，两人别官而居，皇后一直没有子嗣。孝庄太后见势难挽回，谕由皇帝“裁酌”此事，默许皇帝另择良偶。顺治十年（1653）八月，皇帝下令礼部官员及内院诸大臣，考察历代废后事例，向废后迈出一步。
大臣纷纷上表劝谏，并提出册立东西两宫的折中方案，顺治一概不听，向群臣诉苦，表示婚后三载一直别宫而居。九月初，第一位博尔济吉特皇后被打入冷宫。清初著名诗人吴梅村有《古意》六首，吟废后之事，笔底流露出同情，第五首云：
银海居然妒女津，南山仍锢慎夫人。
君王自有他生约，此去惟应礼玉真。
顺治十一年（1654），在孝庄太后的授意下，蒙古科尔沁贝勒的两个女儿被接进宫中，一个月后，姐姐被册封为后，即孝惠章皇后，妹妹封淑惠妃。这两位博尔济吉特姑娘仍然命运不济，受到冷落，终身无子。顺治十三年（1656）四月，宫中乾清、坤宁、景仁三殿落成，例应册立嫔妃。而此时皇帝的心已全部在董鄂氏身上。
董鄂氏是内大臣鄂硕之女，隶属正白旗，原为顺治同父异母弟襄昭亲王博穆博果尔之妻。博穆博果尔南征北战，是一员武将。顺治初年，有贵族命妇轮番入宫侍候后妃的定制，董鄂氏时为襄亲王妃，有机会接触到顺治帝。汤若望回忆道：“顺治皇帝对于一位满籍军人之夫人起了一种火热的爱恋。当这位军人因此申斥他的夫人时，他竟被对于他申斥有所闻知的天子，打了一个极其怪异的耳掴。这位军人于是乃因怨愤致死，或许竟是自杀而死。皇帝遂将这位军人的未亡人收入宫中，封为贵妃。”顺治十一年（1654）四月，孝庄太后下令停止命妇入宫侍候后妃，但为时已晚，顺治十三年（1656）七月，襄亲王病死，八月，皇帝册立董鄂氏为贤妃，遣官祭奠襄亲王，十二月，董鄂氏正式被封为皇贵妃，照册立皇后的仪式颁诏天下。为向母后示威，19天后，顺治帝下诏太庙牌匾停书蒙古字，只写满汉两种文字。
董鄂妃天性柔婉，对孝庄太后极其恭敬，曾五昼夜不眠照顾生病的皇后，宽待下人。董鄂妃虽不预政，但总能提出一些建议帮助皇帝，成为顺治帝的精神支柱，皇帝暴躁的脾气因此柔和了许多，顺治帝与大臣共食次数明显增多，死刑犯也大大减少。
但是，不论董鄂妃如何出色，她的存在本身便是对蒙古族后妃的威胁，孝庄太后的忌恨可想而知。顺治十四年（1657）十月七日，董鄂妃产下皇四子，宫内宫外猜测这位新生儿一定是将来的皇太子。孝庄太后在董鄂妃临产前移居与皇宫相距二十多里京郊南苑，董鄂妃产子不久，太后借口身体不适，诏谕后宫妃嫔及亲王大臣前往问安。董鄂妃被留在太后身边，以产后之躯朝夕侍奉，很快形销骨立。与此形成对照的是，皇后安居如往常，甚至没有派人前往南苑问候。十二月二十九日，孝庄太后病愈，顺治帝压抑不住愤怒，指责皇后不尽孝道，下令停进皇后的中宫笺表，让议政王大臣议罪，摆出再次废后的架势。太后置之不理。董鄂妃意识到问题的严重，哭请皇帝收回废后之心。三个月后，董鄂妃之子死去，原因不明。顺治十七年（1660）八月十九日，董鄂妃病逝于承乾宫，年仅22岁。
顺治帝追封董鄂妃为皇后，谥号 “孝献庄和至德宣仁温惠端敬皇后”。
十月八日，西苑万善殿内举行了一场隆重法事，香烟缭绕，梵呗祝诵，万乘之尊的顺治皇帝落发为僧，主持者是浙江吴兴报恩寺的首座禅师茆溪森。入关后的首位满族皇帝剃度为僧，激起朝廷的极大恐慌，以孝庄太后为首的勋贵们慌乱不堪，急于设法阻止。因为皇帝出家有辱国体，所以有关顺治出家的记载很少，只有禅师们的语录泄漏一丝天机。
顺治帝好佛，据禅师们揣摩骨相，认为顺治帝是金轮王转世，顺治帝信以为真。他敬事玉林、木陈两位禅师，尤其尊重玉林。《玉林国师年谱》记载，顺治十六年，世祖请玉林取法名，要求“用丑些的字眼”，在玉林奉上的十多个字中亲选“痴”字，“行”字是龙地祖法派的排行，玉林即顺治帝的本师。顺治帝自称“痴道人”。
在顺治帝礼佛参禅的西苑万善殿，正中高悬顺治御笔亲书的“敬佛”二字，左边楹联：万象证圆通，金轮妙转；三乘皈定慧，华海长涵。因顺治帝自信为金轮王转世，所以楹联内有金轮字样。万善殿后的千圣殿供奉七级千佛浮屠，西配殿后的五间僧寮，居住着从南方迎来的禅宗临济派高僧。西苑同时是顺治帝避痘、处理政务的地方，天花俗称水痘，在当时是一种绝症，因顺治帝未出过天花，需要每年在深宫躲避痘神的侵袭。
能劝顺治帝回心转意的只有两人，一是传教士汤若望。顺治帝对其宠信有加，称为“玛法”（满语爷爷），孝庄太后尊其为“义父”。汤若望曾成功劝阻顺治帝御驾亲征郑成功，但今非昔比，皇帝对西方基督教义不感兴趣，汤若望早被冷落。另一人就是清初政坛的实力人物孝庄太后，为巩固顺治的帝位，她下嫁摄政王多尔衮，很多事顺治帝需要“告而后行”。
一年前，皇帝想出家而未下决心，曾说：“若非皇太后，便可随老和尚出家去。”但因种种后宫细故，尤其因董鄂妃，母子感情大不如前。
十月中旬，吴兴报恩寺的主持玉林匆匆赶到北京。据称，他接到朝廷的诏书，说皇帝骑马外出，因坐骑惊蹶有所省悟，特召其入京证道。他下车伊始，听闻大弟子为皇帝剃度一事，勃然大怒，在宫外某寺架起柴堆，下令捆缚罪人，用火烧死。茆溪森被押到柴堆之前，静待最后涅槃时刻的到来。众人苦苦等待半日，宫中传出急谕：皇帝答应蓄发还俗，和尚无罪开释。
十三天后，茆溪森离京，七年后，他在浙江仁和县圆照寺圆寂，临终作偈一首：“慈翁老，六十四年，倔强遭瘟，七颠八倒，开口便骂人，无事寻烦恼，今朝收拾去了，妙妙！人人道你大清国里度天子，金銮殿一说禅道，呀呀！总是一场好笑！”
十月十五日，顺治帝在西苑万善殿召见玉林，两人见面，相视而笑。
顺治帝提出，愿效仿释迦如来和普提达摩，舍弃王位而为禅祖。玉林回答：“若以世法论，皇上宜永居正伴，上以安圣母之心，下以乐万民之业；
若以出世法论，皇上宜永作国王，外以护持诸佛正法之论，内住一切大权菩萨智所住处。”玉林提出佛教需要皇帝的护持，实际上，玉林来京前，与曹洞宗僧人为争正宗宝座吵得不可开交，临济宗也需要皇帝的力量。顺治帝对禅师的回答非常满意。不久，顺治帝选派一千五百名僧众，在慈寿寺从玉林受菩萨戒；太监吴良辅作为皇帝的替身，在悯忠寺（今法源寺）落发出家。顺治帝五台山朝香计划也在安排之中。王林以机智解决了一大难题，赢得朝廷上下的欢心，他被封为 “大觉普济能仁国师”，取得被国家认可的佛教正宗地位。
五台山与清皇室结下不解之缘，清初著名文人吴梅村的《清凉山赞佛诗》四阙为顺治帝五台山进香而作，康熙帝曾屡次巡幸五台山，光绪庚子年间，皇室西逃，在晋北的一应器物也都由五台山供应，顺治帝五台山出家的传说广为流传。
顺治帝痛失爱妃，出家不成，郁郁寡欢。四个月后，顺治十八年（1661）正月初七，顺治帝突染天花去世，距23周岁还有40天。
据曾为顺治帝起草遗诏的王熙在文集中记载，顺治帝死前一日，召见他于养心殿，说：“朕患痘，势将不起，尔可详听朕言，速撰诏书，即就榻前书写。”皇帝患病的消息被严密封锁，正月初二，顺治强撑病体到悯忠寺观看吴良辅落发；初四，大臣问安，才得知皇上患病之事，初七，朝廷发布命令，禁止民间炒豆、点灯、泼水，百姓始知晓皇上出痘。顺治帝死后，董鄂妃之妹贞妃被逼殉葬。四月十七日，仍由茆溪森主持，同在董鄂妃火葬的景山寿椿殿前，顺治帝在大火中涅槃。
清朝重用汤若望
汤若望是继利玛窦之后又一个明清之际的著名传教士。他是德国人，受葡萄牙耶稣会的派遣到中国传教，明天启二年（1622）进入中国，取汉名汤若望。他有天文学方面的专业知识，崇祯三年（1630），徐光启预备修订新历，将汤若望从西安调到北京，进入历局成为徐光启的助手。他不仅是天文学家，在机械制造方面也十分在行，帮助崇祯皇帝制造出威力强大的“红夷大炮”，在对抗清军的战争中发挥了巨大的作用，这使得明、清双方都将他当成不可多得的全能人才。
崇祯十七年（1644），他在改朝换代的大动荡中坚持留在北京。六月，多尔衮率清军进入北京城，命令城内居民搬出城外以安置大军，汤若望上书请求保护，获得清政府的优礼，他的教堂、三千卷书籍和为崇祯皇帝修订的《崇祯历书》刻板得到妥善安置。
清政府上台，一项重要的工作是编制新历法颁行天下，代替前王朝的旧历。多尔衮命令钦天监官员负责新历法的修订。当时钦天监官员使用中国传统的大统历和回历，推算出天文现象出现的时间与实际发生时间差距较大，影响到新王朝在百姓心目中的威望。多尔衮对此十分不满，召见汤若望询问有关技术问题。通过同年八月对日食时间的测定，三种历法优劣顿现，汉、回历法分别相差二刻、四刻，而“西洋新法”的测算结果丝毫不差。清政府当即宣布采用西洋新法，将新历书赐名“时宪历”，不久汤若望接任钦天监正，相当于国家天文台的台长。能推算历法的人在被当时被认为懂占星术，受到官员和民众的崇拜。自汤若望以后，直到清道光年间，钦天监官员都用西方传教士担当。
汤若望获得清朝统治者极大的尊崇，在中国受到如此礼遇的传教士独此一人。多尔衮极尊重他的意见，顺治的生母也因为汤若望治好了自己侄女即顺治皇帝未来皇后的病而感激之至。少年顺治皇帝听了太后和朝中大臣对这位西洋教士的褒扬，自然产生信赖感，更由于顺治帝极强的求知欲，屡屡召汤若望进宫讲解天文学等自然科学知识，两人之间建立起超越寻常君臣之间的关系。顺治帝称汤若望为“玛法”即满语爷爷，顺治八年（1651）一年之内，汤若望连升三次，从“通议大夫”、“太仆寺卿”到“太常寺卿”，官级从五品升到正三品。顺治十年（1653），赐给汤若望“通微教师’的尊号，地位相当于国师。顺治十五年（1658），汤若望获赠“光禄大夫”的荣誉头衔，官位升至正一品。不仅如此，顺治帝还经常御驾汤若望府邸，长时间畅谈。这种做法被认为尊卑不分、有违礼教，激起了朝中大臣的不满。虽然如此，汤若望仍借助与顺治皇帝的亲近关系，得到了崇高的地位和行动的自由。
汤若望早在刚担任钦天监正一职时，便在北京宣武门内建立了一座欧式风格的雄伟教堂，参观的人员络绎不绝，顺治十四年，顺治皇帝御笔亲书“通微佳境”，制成匾额悬挂于宣武门的天主教堂，汤若望还把顺治帝御制碑文刻成石碑竖立在教堂前面。这一举动等于默认了汤若望有自由传教的权力。事实上，汤若望也经常利用接近皇帝的机会向皇帝灌输基督教义，顺治皇帝也阅读了有关书籍。由于汤若望的声望，中国境内的传教士都得到了保护，入教的群众竟达上万人。
顺治十八年（1661），才24岁的皇帝因病去世，他的继承人是年仅8岁的小皇帝康熙，宫内由祖母皇太后照料，朝中则由四位顾命大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜联合执政，实权人物则只有鳌拜。随着顺治皇帝的去世，汤若望的地位每况愈下。
首先是顺治末年，一个略有小名的文人杨光先写作《摘谬论》和《辟邪论》，投疏到礼部，分别攻击西洋新法和基督教，在前书中，杨光先认为汤若望别有用心地用西洋历法替代中国本土历法，是蔑视大清的恶毒之举，在后书中以中国传统伦理观念为参照系全面批驳基督教义。由于顺治帝尚在世，礼部官员拒绝了杨光先的弹劾申请。传教士一方于康熙三年由利类思创作《天学传概》，介绍天主教的产生及在中国的传播历史，反驳杨光先的指控。文中过分夸大基督教义的神圣，激化了矛盾。这时，汤若望中风病倒，由南怀仁代其履行公务。杨光先代表着反西方传教士的一批人，包括儒士、回教徒等人，他们积极支持杨光先，使这一案件越来越复杂。
康熙三年秋到次年春天，朝廷公开审理此案，杨光先指控汤若望等人犯有三条大罪：阴谋叛逆、宣扬邪教和传布错误的天算学。长期审判的结果是，汤若望和钦天监七位官员被判处死刑，各地传教士集中到北京接受审讯，拆毁全国教堂。但在审判的最后关头，北京发生强烈地震，顺治帝的母亲孝庄太后直接干预此案，汤若望和仆人才被释放，五名中国官员仍被处死。不久汤若望病故，葬于利玛窦墓旁，集中到北京的25名传教士被驱逐出境。
杨光先就任钦天监监正。走马上任后，他遇到历法推算的技术问题。
杨光先恢复大统历和回历，结果当然错误百出。康熙年事稍长，不满于鳌拜的专权，从钦天监入手追查。康熙八年（1669）春，康熙仿效乃父顺治命汤若望的助手南怀仁和杨光先实地测试，以辨优劣。经过几次考查，杨光先败下阵来，被革职，病死在回安徽老家的途中。
康熙皇帝恢复了汤若望的尊号，肯定了他的贡献。南怀仁接任钦天监监正，经过这一重大曲折，以后历任钦天监主要官员均为西方传教士。
传教士在天文学上取得胜利，传教的阻力却越来越大，清政府对传教活动的控制康熙中后期以后越来越紧，最终进入全面禁教阶段。
顺治年间科场案
清代恢复科举取士制度，明末科场通关节、受贿、抄袭、借代等种种舞弊风气也随之而来。顺治十年（1653）四月，顺治帝就此事发表意见：
“提学官未出都门，在京各官开单嘱托。既到地方，提学官又访探乡绅子弟亲戚，曲意逢迎。甚至贿赂公行，照等定价。督学之门，竟同商贾。”下决心痛改积弊。