李秀成改苏州北街吴乐复园为忠王府，出告示官民，城内城外所收集到的尸体共达八万三千余具。五月，太平军攻泾县，杀总兵李嘉万等。六月，官军吴云部与洋将华尔（外国侵略军）共同进攻青浦，李秀成亲自率兵支援，将他们击败。七月，停泊于黄浦江的外国战舰两次开炮轰击太平军。清朝廷赐号华尔为常胜军。八月，李秀成奉洪秀全之命由苏州回南京，后由皖南向湖北、江西进军。当他尚在南京时，曾与诸将集议，李秀成对大家说：“曾国藩很善于用兵，将士们都愿听从他的指挥，不是向荣、张国梁之流所能比得上的。将来七困天京（南京），必然是他。如能保全安徽，尚不足虑，否则，一旦有失，京城势必受困。为了京城的安全，必须多购粮食，作长期固守的打算。”洪秀全听说后，斥责李秀成说“你怕死！我是天生真主，不待用兵就能使天下统一，哪里值得有这样多的顾虑？”李秀成有苦难言，只好叹息着向他告辞而去；其实，其他人如蒙得恩、林绍璋等全都很同意他的见解。
十一年正月，原来跟随石达开的傅忠信等多人离开了石达开而归附于李秀成。李秀成率部攻建昌，太湖全部被占据。二月，陈玉成与捻军协同作战，连陷黄州、德安府、随州，武昌戒严。十月，清朝廷委任曾国藩管辖江苏、安徽、江西、浙江军务。洪秀全担心南京的安全，下令各地太平军加紧分头出击，分散官军兵力。李秀成于是进军浙江，攻杭州，官军提督张玉良中炮阵亡，杭州被攻克。十二月，太平军六合守将黄雅冬叛降官军。六合失守，太平军将领林国安、魏正福等被杀。
同治元年正月（公元1862年），曾国藩荐举福建李鸿章署理江苏巡抚，另立一军；把围攻南京的任务交给了曾国荃，浙江委托给了左宗棠。三月，曾国荃攻占西梁山，逼近南京。四月，陈玉成兵败于庐州，带着两千余人撤退到寿州，其时苗沛霖正驻军寿州。苗沛霖，安徽凤台人，秀才出身，原在寿州办团练，接受了朝廷给予的官职。后来据地自守，因见太平军和捻军势力强大，又改入捻军，被洪秀全封为秦王。同治元年，苗沛霖暗中投靠了清军将领胜保。陈玉成到达寿州后，前去向苗沛霖求援。苗沛霖背信弃义，将陈玉成和导王陈士才、从王陈德以及将领陈聚成、向士才、陈安成、梁显新等全部扣押。其时胜保正驻军颖州，陈玉成等被送交给他以后，立遭杀害。陈玉成是太平军中的一员猛将，类似于杨秀清，精通战略战术，威望颇高。李秀成听说他牺牲了，叹息说：“我再也没有得力的帮手了。”南京的处境从此也更为艰难了。苗沛霖的最后结局是于同治二年十月，被僧格林沁击败后，企图逃窜，为其手下刺杀而死。
五月，洪秀全见官军已进抵南京城下，力促在浙江的李侍贤和在江苏的李秀成援救南京。李秀成主张先围宁国，太平军截断曾国荃的后路。但洪秀全不同意，非叫他先援南京不可。李秀成被迫派四万人从苏州出发西援。六月，左宗棠败李侍贤于寿昌，李部撤回金华。八月，帝国主义军侵略军头目华尔因在战斗中负伤，随后死去。
九月，李秀成率领六十万大军聚集于南京，东向方山，西至板桥镇，直逼官军营垒。李侍贤也自浙东率部求援。双方激战四十六昼夜，李秀成改屯秣陵关、六郎桥一带。曾国荃在战斗中被飞弹击中，血流满面，但未危及生命。
李秀成未能将官军彻底击溃，南京仍处于被围状态。李侍贤对李秀成说“如今官军重兵集结于南京，江北便空虚了，不如出其不意，急攻扬州、六合，把他们的粮食夺过来；再派人去打安庆的曾国藩，促使他们分兵救援。”李秀成采纳了他的建议，命纳王郜永宽、对王洪元春等带着五六万人渡江攻陷巢县、含山、和州。二年正月，李秀成亦率部陆续渡江，企图从皖北进军湖北，截断官军后路运输线，采取所谓“近攻不如取远”的战略。但渡江以后，进展并不太顺利，转战各地，互有胜败。曾国荃对李秀成的意图自然是十分清楚的，仍咬住南京不放，继续猛攻。四月，在官军攻夺了雨花台后，李秀成又不得不改变方针，准备南渡。六、七、八三个月，洪秀全多次派兵离城出击，也未能取得显著战绩，大多是仍被追撤回。十月，李秀成被官军及由帝国主义分子戈登率领的“常胜军”围困于苏州。敌军三面逼城后，李秀成和谭绍光仍决心死守，但郜云官等已暗中投降了李鸿章。官军战地将领程光启和戈登命令郜云官杀掉李秀成和谭绍光，郜云官只同意杀谭绍光，不同意杀李秀成。李秀成已察觉郜云官的行动，流着眼泪与谭绍光握手告别，连夜率一万余人自胥门出去嘉善。郜云官等果然杀谭绍光而投降了官军。但郜云官等并未因此而得到官军优待，李鸿章在程学启的坚持下，待他们投降后立即将他们全都杀掉了。十二月，李秀成率数百骑兵从太平门回到南京，苦劝洪秀全放弃南京和他一起外撤。洪秀全仍以一副天王派头高坐在宝座上，说：“我奉天父、天兄之命，为天下万国独立真主，天兵还多得很呢，没有什么可畏惧的！”李秀成说：“粮道已经断绝，不走会马上饿死的。”洪秀全说：“食天生甜露，自能救饥。”他所说的“甜露”，乃是指杂草。李秀成见洪秀全实际上是合不得离开南京，再同他争论已毫无意义，便写信给在溧阳的李侍贤，同他约定一同去江西。这一年四月，石达开在天全被四川总督骆秉章击败，被俘后遭杀害。
三年四月，“洪秀全以金陵危急，服毒死”。他的儿子时年十六岁，继承了他的王位。洪秀全在儿子初生时，即已号称他为幼主，也有人说他本名叫天贵福。后来刻制的印章，名字是洪福，旁边分列“真王”二字，“真王”二字被误合为一个字成了个“琪”字，所以又常有人称呼他为“洪福琪”。其实，经他仔细辨认印文，“真王”二字实为“真主”二字，说“真王”也是错的。
六月十六日，曾国荃下令引爆太平门的地雷，城墙被轰塌二十余丈。官军纷纷发起进攻，于是南京陷落。当天夜晚，天王府大火，李秀成带着洪秀全的儿子从城墙缺口处逃，把自己的马让给了洪秀全的儿子骑。曾国荃下令“闭门封缺口，搜杀三日，毙寇十余万”。天王府中的妇女绝大多数自杀。李秀成及洪仁发、洪仁达被俘于江宁天印山，后遭曾国藩杀害。
洪秀全的儿子逃出南京，被太平军经宁国护送到昌化的白牛桥，后又经开化进入江两。九月，洪仁玕、洪仁政及黄文英被俘后遭杀害于广昌白水岭，洪秀全的儿子被官军游击周家良在石城黄谷搜获，押解到南昌后遭杀害。在太平天国败亡时，太平军的主要成员及洪秀全的家属，只要被发现了，无人幸免。
【评点解析】
众所周知，青少年时代的毛泽东对于他的乡人曾国藩是十分敬佩的，他曾对知己好友发出过“愚于近人独服曾文正”的感慨。并深受以曾国藩为首的，主张“实践理性”旗帜的湘学传统的影响。然而，当接受了马克思主义之后，他的立场和观点就改变了，不再以“英雄伟业”的观点来看历史，而是站在被压迫者一边，以批判的眼光重新审视历史，从钦服曾国藩“讨平洪杨”的完满无缺，到痛斥其镇压农民革命之凶残。这是毛泽东历史观的一个飞跃，这种飞跃我们在他日后的许多著述以及读书批注中都可以见到其痕迹。
毛泽东在《纪念巴黎公社的重要意义》中是这样评论曾国藩在剿灭太平天国的政治立场：
其实四千多年的历史，何尝不是一部阶级斗争历史呢？如秦二世时，起来革命的陈胜、吴广是农民。汉高祖是流氓，也是无产阶级推倒贵族阶级的革命，不过在农业社里，他们革命成功后，又做起皇帝，自己又变成贵族阶级了。太平王洪秀全号召广西一班失业农民起来革命，大有社会革命的意义，孙中山也很佩服他。大家只知道打倒他的是清朝政府，而不知真正打倒他的主力军，却是地主阶级。打倒太平天国出力最多的是曾国藩，他当时是地主阶级的领袖。曾国藩是团练出身，团练即是地主阶段压迫农民的武力，他们见洪秀全领导一班农民革命，于他们不利，遂出死力来打倒他。故太平天国之事，不是满汉的战争，实是农民和地主的阶级斗争。