阿奎那没有写下系统的教学论专着或论文，但在他一生的神学教学的工作中，却体现着中世纪独特的经院主义的教学程式--通过理性的辩论阐明神秘的教义，用哲学解释神学。这一教学程式的特点是，就教学目的与内容而言，理性与神性合而为一，理性服务于神性；就教学方法而言，严密性与繁琐性交织在一起，在严密中渗透着繁琐。他在巴黎大学主持的辩论曾记录下来，题名为《论真理》。这一辩论涉及了哲学和神学的许多问题，如上帝、天使和人的真理及对真理的认识，天命和预定，恩典和辩护、理性、良心和自由意志、情绪、狂喜、先知、教育等二十九个问题。每个问题只涉及一个主题；每个主题又分为许多辩论的“条目”。
例如以真理为主题的辩论包括十二个辩论条目，其中第一个条目是：“什么是真理？”，最后一条目是：“理解会有错误吗？”。在“什么是真理”这一条目下，其教学的形式和方法如下：首先提出七个论证，说明“真理即存在”。其次提出五个相反的论证，说明“存在与真理决不是同一个东西。”
然后，阿奎那对这个辩论作出裁决。他区分了“真”和“真理”的三种意义：真理是心灵与实在的一致，即思想和思想对象一致；思想为真的事实本身也可称作“真理”，即真理就是存在的东西；一种没有根据的思想也有可能与实在相符，但只有在判断一个思想与实在相符时，才为真理。
总之，真理是以不同的方式分别属于实在、思想和判断的。最后，阿奎那又回到一开始提出的七个正面论证和五个反面论证，指出哪些是正确的，哪些是错误的。如果通读辩论这一条目的记录摘要，约需半小时。
如系全部的如实的记录，则通读一遍约需五小时。此外，阿奎那还不定期地举行即兴的辩论，如“修士是否有义务从事体力劳动”等。有时也解答个别听众出于好奇心而提出的问题。例如有人问：“在地狱里是否有实在的虫？”托马斯·阿奎那答：“没有！这里只有良心的持续的剧痛”。
阿奎那认为，教育和教学工作是一项繁难的费时耗力的事业。
他指出：“教育是与人类密切相关联的一项活动。人类的养育并不是唯一的要旨。教育包含了教学，而所有的教学都需要时间。教导人们所需要的时间，远较教导鸟飞翔所需的时间为多。”
阿奎那非常重视在教学过程中学生个人的潜在的学习能力。他认为，在教学过程中要把人的潜能性(Potentialites)变成现实性。教学活动并非教师的单纯传递知识，也不是学生被动的接受教材。学生学习中的成就绝大部分依靠学生个人心智活动的状况。
在教学过程中，必须运用“符号”(Sign)作为媒介，教学离不开语言、文字、图形和实物，知识即寓于这些符号之中。学生接受知识的程度决定于学生对符号的理解，学生的个人经验和接受知识的能力。没有这些条件，教学便无法进行。阿奎那指出，如果没有教学的媒介物，“没有一个人能够传授知识给另外一个人；没有一个人能够认为教学为传授知识者。”不过，他又强调，教学时要依靠学生本身的能力，“感觉性的符号，乃是人用来作为教学的工具，”符号可影响感官，但不能启迪理性。而教学的实质是用种种方法引发学生的知识，为学在己，而不由人。在这个意义上可以说，人靠自己来接受教育，而不是由他人来教育。
阿奎那把学习分为两种：一是发现，即凭靠理性，去认识学生本人的未知的领域；二是在教学中进行学习(Learningbyinstruction)，即学习者在他人的帮助下，诱发学习者本人的理性活动，从而得到知识。
在基督教神学禁锢人们头脑的时代，教学中盛行盲目信仰，机械背诵。阿奎那作为一个神学家，十分强调学习过程中学生的主观能动性，他不是虚无缥缈地单凭灌输、说教，而是注重外界客观事物及符号对于引发学生智力的重要作用，这些都是难能可贵之处。他的教学观点同古希腊哲学家苏格拉底的“认识你自己”的启发教学十分相似；我国古代教育家孟子说：“君子深造之以道、欲其自得之也。
自得之，则居之安；居之安，则资之深；资之深，则取之左右逢其源。”两相比较，也有相通之处。当然也应指出，阿奎那作为经院主义者，他的教学形式和方法充满繁琐性，他的教学目的和内容具有神学性；其教学理论的基础是唯心主义的。阿奎那以为学生的理性能力来自天启；其实，理性乃是人们从不断认识客观事物中获得的能力。阿奎那把人的学习划分为两种，是二元论的机械观；实则第一种学习(发现的学习)乃是通过第二种学习获得的能力的进一步运用，是运用已知探求未知的过程。
人类教育思想的发展史，古希腊应是第一个教育思想的辉煌的时代。其时，教育思想寓于哲学之中，带有浓重的思辨性。早期中世纪是教育思想发展的又一个时代，那时，教育思想寓于神学之中，具有深厚的神秘性。阿奎那私心感觉经验，理性引进教育思想，形成了独特的经院主义教育观。可以说，阿奎那的教育思想处于附属于神学的年代，其内核已蕴含着近代教育思想，强调理性，尊崇科学的重要成分，为教育思想发展到尊重人性的文艺复兴时代，起到了铺石垫路的作用。