对袁世凯已经告假回国这件事，李鸿章只给了吴大澄三个字：放一放。不说查，也不说不查，暂且放一放。吴大澄心知肚明：李鸿章这么做，无非是想保护袁世凯。大清国的事情最怕放，一放，基本就烟消云散了。吴大澄却不想就此放过袁世凯，他给李鸿章打电报，说：别的事可以不查，但袁某人克扣军饷、军营招妓的事却不能不查。李鸿章没有回电，分明是对一些鸡毛蒜皮的事不感兴趣。吴大澄有些慌了，他怕放过袁世凯日本人不答应。竹添仿佛看透了吴大澄的心思，从袁世凯离开朝鲜的当天起，他与井上毅和吴大澄再谈判时，就开始公开指责袁世凯了。不仅把一切责任都转嫁到袁身上，还说袁世凯打着戡乱的旗号进宫，就是要袭击日军，否则日兵不可能有这么大的伤亡。井上馨与竹添一唱一和，要求吴大澄奏明国内，严惩罪魁祸首袁世凯，撤退中国驻韩军队，派钦差到日本向天皇及死难者家属谢罪。更可气的还有朝鲜君臣，一会儿帮着日本人说话，指责中国驻防军多管闲事，还说就因为中国驻防军进宫乱放枪，把国王李熙的胆子吓破了，已经卧床休养多日；一会儿又说袁世凯的确罪大恶极，敢当着国王的面扇宫女的耳光，致使该宫女的嘴角至今还在淌血。出尔反尔原本就是朝鲜小朝廷的拿手好戏，吴大澄懒得理他们，只与日本人对话。吴大澄见竹添把话说得与先前大不一样，忙问一句：“据本官所知，敝军进宫前，曾有信送达，贵公使也承认了这点。这该不会错吧？”竹添脸一红，答：“的确有一封信送到，但未及拆阅，贵军的枪炮已经轰鸣起来。这不是有意要与我军开衅吗？”吴大澄急忙加问一句：“据本钦差所知，事发当天，贵国侨眷被百姓所围，是袁司马派兵送至仁川。若袁司马有意要与贵国开衅，他为什么还要保护贵国侨眷？”竹添一见吴大澄并非他想的那样熊包，所问之言句句入骨，登时有些发窘。井上馨马上接口，说：“贵国袁某居心叵测，他做的每一件事都是有预谋的。他如果理直，为什么要告假回国？他敢回来与我们对证吗？”吴大澄听竹添、井上馨二人说话越来越离谱，一时被搅得头昏脑涨，只好给袁世凯发电，把竹添和井上馨的指责复述一遍，命其从速答辩；又和北洋水师提督丁汝昌相商，请其派军舰把袁追回。吴大澄是钦差，丁汝昌不好硬抗，转日就给各口发了电报，又背着吴大澄向李鸿章请示机宜。李鸿章长叹一口气，发电给沿途各口，命袁世凯重返朝鲜接受调查。袁世凯很快回到汉城军营，当天就按着吴大澄的吩咐，致书竹添、井上馨二人，对二人的无理指控，逐条给予驳复：“弟等以为邪臣作乱，敢拒天兵，故而施放小枪，自为捍御，初不知先发枪炮者，即贵公使为之也。且云赠书未及拆封，我兵闯入，夫兵家之情，瞬息万变，贵公使朝奉我书，日夕不觉，以此为词，弟所不解。”袁世凯在文中所提之“贵公使朝奉我书，日夕不觉”，可谓一语中的，戳穿了竹添的一切谎言。一见袁世凯又出现在谈判桌前，竹添和井上馨在短时间内没有做更深一步的指责。伊藤博文一见局面对本国不利，马上又加派素有辩才之称的栗野慎一郎赴韩，为日中、日韩谈判增加筹码。初始，因不知吴大澄的意图，吴兆有、张光前还替袁世凯分担一些责任。后见袁世凯越陷越深，日人对他的攻击、恶意中伤越来越狠，二人于是就开始把所有的事情都推到袁的身上。吴大澄听之任之，不讲一句公道话，这就导致袁世凯对吴大澄很是不满，认为照此交涉下去，有理的事也要变成无理。袁世凯决定绕开吴大澄，亲自给李鸿章写封信，把朝鲜事变及中日交兵的实际情形详细复述一遍，把谈判调子改过来。袁世凯在信中这样写道：“朝鲜君臣为日人拨弄，执迷不悟，每浸润于王，王亦深被其惑，欲离中国，更思他图。探其本源，由法人有事，料中国兵力难分，不唯不能加兵朝鲜，更不能起衅俄人。乘此时机引强邻自卫，即可称雄自主，并驾齐驱，不受制中国，并不俯首他人。此等意见，举国之有权势者半皆如是，独金允植、尹泰骏、闵泳翊意见稍岐，大拂王意，王浸疏远。似此情形，窃虑三数年后，形迹必彰。朝鲜屏藩中国，实为门户关键，他族逼处殊堪隐忧。该国王执拗任性，日事嬉游，见异思迁，朝令夕改。近时受人愚弄，似已深信不疑，如不设法杜其鹜外之心，异日之患实非浅鲜。卑职谬膺重任，日思维系，不避艰险，竭力图维。初犹譬喻可悟，自中法兵端既开，人心渐岐，举止渐异，虽百计诱导似格格难入。日夕焦灼，寝兴俱废，大局所关，不敢壅于宪听。近闻福州、台湾同时告警，东洋讹传最多，韩人不久必又有新闻，鬼蜮之谋益难设想。外署虽与日人不睦，而王之左右咸用其谋，不知伊于胡底也。”袁世凯向李鸿章反映的都是实情。日本朝夕想着把韩国据为己有，但李熙每日照常与宫女打逗，戏耍，有时还认贼作父，把保护他的中国人当成了仇家。袁世凯的信交丁汝昌派船送回。李鸿章读过吴大澄的禀复和袁世凯的信后，马上对年轻的袁世凯又有了重新的认识。李鸿章认为袁世凯在处置朝鲜政变时，头脑清晰，行动果敢。这时，身兼北洋海防营务与旅顺港坞工程总办的袁保龄，又给李鸿章寄了一封私信，言称“愚侄世凯愚钝顽暝，做事鲁莽，深负宪恩”，请李鸿章看在自己的薄面上，从宽发落于他。袁保龄是咸丰、同治年间漕运总督袁甲三的次子，是袁世凯的叔父，也是李鸿章身边比较得力的能员之一。袁保龄说了话，李鸿章自然还要高看袁世凯一眼。思考了几天，李鸿章给总理衙门写了这样一封公函：袁（世凯）、吴（兆有）“所言系二十一以后的事，而前后情形可参观大略。以日本一面回护之词，不足凭信。据称日兵先放枪，我军死伤四十余人，在我数足相抵，理非不直。至云日人自焚使馆，虽未必确料，因朝民不服閧闹，是必与华军无干矣。”这封信虽然不长，但却把袁世凯的责任摘了个干干净净。何况用四十人抵二人，日本不仅无亏，还大赚特赚。当日本驻华公使又到总理衙门去搅闹时，奕劻便拿出李鸿章的调查报告和写给总署的这封公函相辩论。吴兆有、张光前把责任全部推给袁世凯，于情于理都说不过去。试想，论地位官位，袁世凯在吴兆有之下；论资历，他又不及张光前。尽管袁世凯有专断跋扈的毛病，但若没有吴兆有、张光前二人的同意，他是调不动防军的。吴大澄对这些都心知肚明，但就是不肯为袁辩解。张謇曾为此专门致书袁保龄，说：“慰亭任事非不勇，治事非不勤，而时时杂以世故客气之习，故举动辄不胜有识之求，而其材固公家谢幼度也。方戍乱国，幸属慎之。”应该承认，张謇的这段话，对袁世凯还是比较中肯的评语。这期间，吴大澄又经吴兆有揭发，查出袁世凯的另一件对袁本人很不利的事：被开化派戕杀的闵台镐、尹泰骏、赵宁夏等六人，既是事大党的首要人物，又是袁世凯的心腹。袁顾念旧情，在平乱之后，决定重恤遗属。一听要往外拿银子，昏庸透顶的李熙只出棺材钱，抵死不拿恤银，仓促之间，袁世凯未经吴兆有同意，便从军营粮台挪用了一笔银子急需。事定之后，为了平账，袁世凯不得不把这笔额外支出的银子，禀请李鸿章“作正开销”。现在一见袁世凯深陷内忧外困地步，粮台慌忙把这件事密告给吴兆有，还很委屈地说：“司马大人总理营务处，他老吩咐怎么办，卑职不敢不照办。”
吴大澄当日就把吴兆有的揭发电转给李鸿章。李鸿章无奈，只好札饬吴兆有：“责令该管带，借用之饷，照数赔补。”吴兆有拿上电报就找到袁世凯，装作很替袁不平的样子说：“钦差大人也不知怎么知道了老弟借用军饷的事，看看，这是傅相的电报，让老弟照数赔补。老弟以后还怎么干下去？这件事，老哥早晚要替老弟喊把冤。”袁世凯收下电报，默然无语，心里想的却是：“看样子，朝鲜是不能再干下去了。”临走，吴兆有又和袁世凯明确了一下还款时间。
这时，朝鲜在美国驻汉城公使的调停下，已经彻底向日本屈服，并与日本签订了一面倒的《汉城条约》：朝鲜致国书向日本道歉；支付十一万元作为日本被害者家属抚恤费和财产损失的赔款；二十日内逮捕和严惩杀害日本人的凶手；支付建筑费二万元，重建日本公使馆和兵营。还有别的条件，此不一一列举。把朝鲜搞定，日本开始全力以赴对付中国。
众矢之的
光绪十年十二月十三日（1885年1月28日），一名侍卫慌慌张张闯进吴大澄的钦差行辕，称袁世凯早起突发急症，服药以后仍不见好，请示怎么办。吴大澄急忙赶到袁世凯的卧房，见袁世凯脸色蜡黄，身体裹棉被躺在床上。听说吴大澄来看自己，袁世凯勉强起身，和吴大澄见了个礼，说：“可能是夜里着凉了，浑身一直冷，不告几天假怕是不行了。”“昨天还好好的，怎么说病就病了呢？歇几天吧，反正日本人最近光忙着调查，也没来闹。”官不踩病人，吴大澄很无奈地说。袁世凯一脸真诚：“卑职谢大人体谅。”
吴大澄刚离开，朝鲜兵曹判书金允植走进来。兵曹判书相当于大清的兵部尚书。金与袁一直接触频繁，经常把王宫里的事情、日本人的动向以及李熙和闵妃的做法透露一些出来。金允植也是袁世凯在朝鲜的心腹之一。一见袁世凯突患重病，金允植慌忙来到床头问候，语气当中，难免替袁世凯抱怨了几句。袁世凯小声说：“说起来也怨不得别人，都是日本人闹得鬼，加上韩王无定见，才变成如此局面。袁某人病成这样，这里偏又缺医少药，郎中给开的药，到现在都抓不齐。有人这是分明要拿走我的命啊。奈何？”金允植安慰了袁世凯几句便起身告辞，直接来见吴大澄，说：“金玉均政变失败，全因袁司马平叛及时。司马大人在韩期间，功劳最大，威望最高。下国小臣希望钦差大人能据实禀告北洋李爵相，不要上倭人的当。我们这里缺医少药，钦差是否考虑，让袁司马回国去看看病？”吴大澄知道金允植和袁世凯私人的感情很好，便说：“大司马但请放心，袁大人在韩的功劳，不仅本钦差知道，李傅相也知道。现在是日本人不依不饶，而贵国王又少不更事。希望大司马能经常劝劝国王，不要和日本人走得太近。朝鲜是中国的属国，不是日本人的属国啊。至于袁大人回国看病这件事，本钦差哪里说了算啊。”
金允植诺诺告退，走出大门便仰天长叹：“都说倭人是魔鬼，哪知吴钦差比魔鬼还凶啊！袁司马这回可遇到大麻烦了！”金允植从袁世凯的脸色上推测，袁这次病得不轻，若医治不及时，很可能有性命之虞。金允植和吴大澄都被袁世凯伪装的假象给骗了，袁世凯其实什么病都没有。脸色蜡黄，是因为袁世凯往脸上抹了两遍黄纸水。袁世凯此时没太多心思，就想尽早离开这里。
翌日晨，袁世凯派人给吴大澄捎话，提出回国治病的要求。吴大澄碍于情面，只得来见袁世凯，说：“慰亭此时回国不合时宜，如果竹添又横生枝节可怎么办？还是在营里养病吧。”袁世凯眼珠转了三转：“卑职也知此时回国不甚妥当，可傅相命卑职尽快把亏空补齐，卑职早晚都得回国去筹措呀。”吴大澄低头想了想：“老哥把老弟的话寻机报给傅相，看傅相怎么说吧。”袁世凯知道吴大澄是托词，但口里并不说破：“卑职这条命，就赚在大人手里。卑职先谢大人肯周全。”吴大澄说过这话以后什么都没有办，但袁世凯却打发身边的人四处放风说：“钦差大人已经同意袁大人回国治病。袁大人这几天就要动身。”保守派金允植等人听说后，马上进宫奏请，以上国袁司马练兵辛苦、平乱功高为由，请国王设宴欢送袁世凯回国治病。李熙此时的心情正是矛盾之际，与中国人走近了，怕日本人不高兴；与日本打得火热，又怕惹恼上国派来的钦差大人。闵妃可不管李熙是什么心情，当天就命人在宫廷大摆酒宴，打发人去请钦差大臣吴大澄、商务委员陈树棠以及商务帮办谭养尧、提督统领吴兆有、同知袁世凯、总兵张光前等人赴宴，美其名曰为袁司马送行。吴大澄忙问一句：“袁司马要到哪里去？”来人答：“钦差大人已经答应，准袁司马回河南治病。国王念及司马大人的功劳，决定设宴送行。”吴大澄大惊：“你们听谁说的？”“我家国王说，是钦差大人亲口说的。”吴大澄有口难辩，又不能不去。袁世凯被人搀扶到会，表情很是痛苦。
酒过三巡菜过五味，吴大澄因为还有别的事情需要办理，所以只好提前退席。为澄清事实，吴大澄郑重声明：“北洋李傅相尚没有批复寄来，袁司马到底是在军中养病还是回原籍延医，仍属未知之数。”这无疑是在告诉朝鲜君臣，自己没有批准袁世凯离营回籍。
一见吴大澄离开，金允植站将起来，把自己连夜草拟的《送慰庭归河南》一诗，当场朗诵了一遍，弄得吴兆有、张光前二人很是尴尬。诗曰：“名高人多嫉，功成众所忌，此事古今同，处世谅不易。曩直危急日，人皆歛手避，黜者怀首鼠，懦夫常惴惴。事定反觅疵，利口交渐渍，遂将功为过，摧折丈夫志。君今浩然归，俯仰无所愧，天日照孔昭，贤才岂中弃。相见知不远，努力勉王事。”诗并不长，但却把吴兆有、张光前二人听得面红耳赤，几次想离席而去。金允植其实是想让吴大澄难堪，哪知把吴兆有、张光前捎上了，吴大澄反倒没有听到。
袁世凯此时已不管吴大澄说什么、怎么说，在当晚便把行装打点好。李熙赏赐的上等好山参以及朝鲜土特产，都派人连夜运到码头，打通关节，悄悄装船。
光绪十年十二月十六日（1885年1月31日）早饭刚过，吴大澄收到袁世凯打发人送来的一封书信，言称夜里病情突然加重，不得不回原籍延医治疗，顺便变卖家产，争取早日把军营亏空堵上。吴大澄一惊，急忙赶往码头，但回国的船只已离开这里两刻钟之久。
吴大澄望洋兴叹，当天就把袁世凯不辞而别的事电告给李鸿章。李鸿章回电，命其从速返回。因为日本首相伊藤博文即将赴华，与中国交涉中日冲突问题，兼筹两国间“善后事宜”。上授李鸿章全权代表，负责与伊藤谈判。李鸿章调吴大澄回国筹备一切。
得知袁世凯在焦头烂额之际仍能平安归来，久历官场的袁保龄不仅诧为奇迹，对家里人连连夸奖道：“凯侄脱身回里，觉此子狡狯，亦复胜其痴叔矣！”袁保龄据此推断，袁世凯肯定能有大作为。
袁世凯回到陈州，先卖地把军营欠款堵上，又陪于氏回了趟娘家，这才乘船赶往旅顺来看望堂叔袁保龄，但袁保龄此时并未在旅顺，而是进京公干去了。袁世凯无奈，只好怏怏返回。回到陈州，袁世凯一边闭门读书，一边思考以后的出路。这个时期的袁世凯，情绪异常低落，经常一个人坐在书房里发呆，有时还自言自语。于氏知道，夫君此次在朝鲜受到的打击太大了。
伊藤博文到华后，在天津一共与李鸿章进行了六次谈判。第一次谈判是光绪十一年二月十八日（1885年4月3日），双方以争吵开始，又以争吵结束。伊藤一见面就采用先发制人的方法，指控中国驻朝防军贸然入宫袭击日本军兵，事后又杀害日侨。李鸿章不慌不忙，对伊藤的指控一一加以反驳。有模糊不清的地方，吴大澄及时站出来说明，弄得伊藤很是被动。双方僵持不下，谈判毫无进展。第二次会面仍旧争吵的很激烈。直到第六次谈判，才勉强达成一个协议，亦称《中日天津会议专条》或《朝鲜撤兵条约》。该专条一共三款：1、议定中国撤驻扎朝鲜之兵，日本国撤在朝鲜护卫使馆之兵弁。自画押盖印之日起，以四个月为期，限内各行尽数撤回，以免两国有滋端之虞。中国兵由马山浦撤去，日本国兵由仁川港撤去；2、两国均允劝朝鲜国王教练兵士，足以自护治安，又由朝鲜国王选雇外国武弁一人或数人，委以教演之事。嗣后中、日两国均勿派员在朝鲜教练；3、将来朝鲜国若有变乱重大事件，中、日两国或一国要派兵，应先互行文知照，及其事定，仍即撤回不再留防。为了给日本受伤士兵或战死遗属一个交代，经伊藤反复恳求李鸿章，李又答应以私人名义行文朝鲜，“戒饬”驻朝防军营官。从条约中可以看出，李鸿章已经把袁世凯从平定朝鲜政变中完全摘除，没有任何过错。伊藤见李鸿章如此维护袁世凯，知道再纠缠无益，也只好作罢。从幕僚的口中知道谈判的结果后，袁保龄欣喜若狂，当日给袁世凯写信通报此事：“伊藤此次极力欲撼汝，尚赖合肥相国持正，颇费唇舌。此节自是可感，我临行时早料及，亦曾与之面谕及此也。”信到陈州，直把个袁世凯读得心潮澎湃，欷歔不已。袁世凯心里异常清楚，自己能否逃过此劫，关键在于李鸿章；而李鸿章怎么做，又完全取决于袁保龄在李心目中的地位。现在看来，袁保龄在李鸿章心目中的地位并没因袁世凯而降低分毫，相反，好像更高了。李鸿章对自己在处理朝鲜政变这件事上是不是完全认可，袁世凯还拿不准，但有一点可以肯定，李鸿章也并没有完全否定自己。一连多日，袁世凯开始认真思考自己以后的出路问题。袁世凯决定再到旅顺走一趟，好好和堂叔（袁保龄）谋划一下自己以后的事。