在这个时期方志敏还不顾我党江西省委内部的一些右倾机会主义分子的阻挠，召开了农协干部会，传达了毛泽东的《湖南农民运动考察报告》的精神，并举办了江西农民运动训练班，亲自讲课，为农运工作培养了一批骨干。到1927年6月，江西已有10县、171个区、2009个乡成立了农民协会，农协会员已增至382600人，全省的农民运动如火如荼地开展起来。
南昌起义和八七会议后，方志敏组织弋横暴动。暴动失败后，方志敏认真总结教训，并保存队伍实力，粉碎了敌人数次“围剿”。1929年冬成立了信江工农民主政府，任主席，后又组成红十军，赣东北根据地形成。
蒋介石在上海发动“四一二”反革命政变后，江西的反革命势力也开始抬头了。6月5日，朱培德终于彻底撕下伪装，动手清党。那天，方志敏正在省农协办公室研究各县农民斗争的情况报告，忽然有一个人来通知他赶快离开。在来人的催促下，方志敏到了省委机关。过后不久，果真来了一个营的兵力，将省农协团团围住，收缴了自卫军的枪械，并搜查了方志敏的卧室。过后，朱培德强令方志敏、袁玉冰等24名共产党员和国民党左派，限期离开江西境内。
方志敏由于及时转移，暂时脱离危险，在省委安排下暂住南昌党委的秘密交通机关，方志敏在那里遇到了彭湃和长江局书记罗亦农。大家聚在一起，研究下一步的对策，经过分析，一致认为目前城市工作只有转入地下，而农村则有广阔的空间，一定会大有作为。组织决定派方志敏以全国农协特派员的身份到安全地区视察党务，并领导开展农运工作。
几天之后，方志敏告别了彭湃和新婚不久的妻子缪敏等人，化名李祥松，搭乘小轮船，离开南昌，向赣西南一带农村进发了。
方志敏到达吉安后，在当地党组织配合下，深入农村调查研究，发动农民掀起了声势浩大的“二五减租”运动。方志敏还到吉水、莲花、安福一带开展减租运动，培养了一大批农运骨干，为以后的农村革命的开展打下了良好的干部和群众基础。
7月中旬，汪精卫在武汉公开叛变革命，国共合作完全破裂。不久，八一南昌起义的消息到了吉安，方志敏精神为之一振。他意识到一场革命风暴很快就会到来，他认真总结了大革命失败的经验教训，考虑到家乡是他多年从事革命实践的地方，那里仍保存着一大批党团员和革命骨干，群众思想觉悟高，革命的思想和组织基础都较好，同时，赣东北地处闽浙皖赣的结合部，敌人力量薄弱，地势又险要，有回旋余地。因此，他决计回弋阳从事革命活动，组织农民暴动。
1940年，叶剑英为被捕后的方志敏照片题诗。1927年8月下旬，方志敏化装潜回湖塘村。当时弋阳的党组织被破坏严重，许多共产党员和革命群众惨遭逮捕杀害，反动派还四处张贴告示“悬赏捉拿方志敏”。方志敏怀着强烈的革命热情，不顾个人安危，仍然积极进行秘密串连和发动。方志敏设法把潜伏在磨盘山一带的邵式平、黄道、邹琦、彭皋等人和分散在弋横各地的农运骨干黄镇中、方远辉、方志纯、吴先民、邹秀峰等都重新聚集到一起，依靠他们分头回乡发动群众，7天之中就组建了七十几个党支部，恢复了20多个农民协会及其他群众团体。在方志敏的正确领导下，弋横地区的革命斗争很快就重新打开了局面。
不久，方志敏从省委特派员刘琦那里了解到中央召开的八七会议的精神。这次会议集中批判并纠正了陈独秀右倾投降主义错误，并且作出了实行土地革命，举行秋收暴动的决定，方志敏深受鼓舞。之后，方志敏遵照指示，返回弋阳九区，准备召开邻近几县党员骨干会议，传达八七会议的精神。方志敏赶到漆工时，九区的农民团300多人，在方远辉、黄镇中等人的领导下，已经行动起来，缴了敌人两条枪，攻打了张念诚的老窝——烈桥，拉开了武装暴动的序幕。
11月25日，方志敏在窑头村祠堂主持召开了着名的弋阳、横峰、贵溪、上饶、铅山(缺席)五县党员会议，到会的有邵式平、黄道、方远辉、方志纯、邹琦、邹秀峰、吴先民等10多人。方志敏传达了八七会议精神，指出当前赣东北党组织的主要任务就是深入开展土地革命，实行武装暴动。
会议决定以自然村为单位，组织农民革命团，30人以上为一个团，团下设排，排下设班，以作为武装起义的组织形式，并制订了农民革命团团员公约。
这时由于叛徒告密，弋阳县委机关遭到破坏，党组织和革命运动遭受重大的挫折，缪敏和两位负责人被捕，弋横等地党组织与上级党又失去了联系。方志敏毅然重新成立了中共五县工作委员会，作为五县党组织的领导机构。同时还成立了暴动总指挥部，由方志敏任总指挥。
1927年12月初，按照五县党委会议的分工，方志敏化名汪祖海深入到横峰刘底蓝家村发动群众。
1928年元月，年关逼近，地主豪绅们又开始凶神恶煞似地逼租逼债，刘底蓝家村的贫苦农民因交不起煤税和收税官发生了冲突，收税官扬言要血洗刘底村。在方志敏的领导下，刘底蓝家村的革命团抄了地主的家，烧毁了地主的田契、借据，分了他们的粮食，没收了他们的土地，分掉了他们的金银财宝和衣物。紧接着，附近各个村庄的贫农团也采取了同样的行动。暴动范围纵横百余里，参加农民达五六万人。为了迅速扩大暴动的范围和影响，方志敏和邵式平、黄道、方志纯、吴先民等商定，将起义的农民组成农民自卫军，兵分五路向四周出击。农军声势浩大，所到之处，平时欺压百姓的地主、反革命、反动军警等望风而逃，革命运动取得了重大的胜利。为了适应形势的发展，党正式将五县党委会改组为由方志敏任书记的弋横中心县委。
轰轰烈烈的弋横暴动持续了两个多月，取得了巨大的革命成果，鼓舞了整个地区的群众的革命热情，打击了反动分子的嚣张气焰。但是在面对武装精良的反动军队，缺乏经验和装备低劣的农民军遭到严重的挫折。
弋横暴动失败之后，方志敏与邵式平、黄道等人商量，决定将队伍拉上磨盘山，在那里打游击，创建根据地。不久后，磨盘山上，方志敏集中30多名农民骨干，30多条枪，成立了工农革命军第二军第二师十四团一营一连，与40余倍于己的敌人周旋了两个多月。但由于敌我力量悬殊太大，为寻求更大的发展空间，方志敏、黄道等人商议决定赴贵溪、万年一带创建新的革命根据地。
1928年7月下旬，方志敏一上贵溪，他和黄道等人研究了开展革命工作的办法和今后的任务。方志敏认为：开辟第二根据地的工作，不能只着眼于贵溪一县，而应将邻近的余江、万年连成一片进行，当前革命的任务就是要尽力实现以贵溪为中心的贵余万三县武装暴动，把三县作为今后发展的根据地，大家一致赞成方志敏的建议。
1928年8月，朱培德集中了一个团又一个营的兵力向弋横地区大举进剿。方志敏立即从贵溪赶回弋阳，投入到领导第二次反“围攻”的斗争中去。他和邵式平采取声东击西的战术，带领工农革命军一连和地方武装，一面兵临弋阳，摆出攻打烈桥的阵势，一面暗地集结队伍准向横峰进发。9月23日夜，方志敏带领部队长途跋涉，直扑横峰城下，并于次日拂晓大举攻城，敌人措手不及，横峰城被一举攻破，敌人的第二次“围攻”就这样被粉碎了。根据地军民人心大快，弋阳、横峰先后召开了全县工农兵代表大会，选举产生了县工农民主政府。革命武装力量由一个连扩大到两个连，改编为江西红军独立第五团，各县也开始有了自己的革命武装。
1928年10月底，方志敏秘密到湖口出席了中共江西省第二次代表大会，大会传达了六大制定的关于开展土地革命和武装斗争及建立根据地工农民主政权等一系列重要决议。在这次会议上，方志敏当选为省委执行委员。新省委决定：为了便于统一领导，信江八县成立信江特委，由省委直接领导，派唐在刚担任特委书记，方志敏、邵式平、黄道、吴先民、方志纯等为特委委员。省委还指示，要迅速成立以方志敏为主席的信江特区工农民主政府。
1929年5月29日，方志敏与黄道一起，以周坊为中心领导了暴动，一举解除了反动团练的武装，就地镇压了一贯为非作歹的5名恶霸，没收了他们的财产，烧毁了一切借据和契约，接着成立了苏维埃政权，组建了武装游击队。7月，暴动区域扩大到周坊为中心的周围3县，人数达7万，余江、万年县的一部分村庄也举起了义旗，赣东北第二块根据地已初具规模。
这时，贵溪的官僚地主翁志高拼凑了一支百余人的反动武装围攻周坊，红军生擒翁志高，缴枪40余支。但不久，敌军十八师戴岳旅陆续进驻信江流域，派出一个正规连驻扎贵溪县城，配合贵、余、万3县靖卫团攻占了周坊。
1929年9月，信江特委又派方志敏五上贵溪并兼任贵溪县委书记。方志敏经过了四次反“围攻”斗争，总结经验教训，摸索出了一套卓有成效的作战方法，即：出敌不意、攻敌不备、声东击西、避实就虚；集中兵力、争取主动，打不打操之于我；扎口子、打埋伏，打小仗、吃补药，吃得下就吃，吃不下就跑。有了这套战术，方志敏下定信心准备重新夺回周坊。
对敌情作了认真的分析调查后，他决定首先发动周围乡村的群众起来斗争，把周坊孤立起来。随后，他把红军调往横峰，攻敌弱点，一举攻下了横峰城，缴获了一大批枪械。20多天之后，红军重新开回贵溪作战，这时防守周坊的敌人已经被困得疲惫不堪。方志敏抓住时机，和邵式平带领3个连，分三路围攻周坊，在赤卫队和农民的支援和帮助下，红军一举夺回了周坊，并缴获了大量的枪支弹药。接着，方志敏又化装去喜子岗侦察，随后率领红军和赤卫队聚歼了驻在那里的敌军，消除了敌军对万年革命中心——富林的威胁。不久，万年周围的4个乡都建立了工农民主政权，巩固了革命根据地。
1929年冬，在赣东北连成一片，革命形势大好的情况下，弋信江第一次工农兵代表大会召开，正式成立了信江八县统一的工农民主政府，方志敏担任工农民主政府主席。这时，一些人出现了懈怠情绪，方志敏及时出现并帮助同志们克服这种不良倾向，提出下一步的任务是“立足八县，四出发展”。特委完全同意方志敏的意见，并且认为在新的条件下，只有采取强有力的军事行动，主动出击才是进一步扩大根据地的有效手段。
为了培养更多的红军基层干部，1929年秋，方志敏建议特委在弋阳吴家墩创办了信江军政学校，方志敏和特委的其他领导人经常到军校给学员授课，提高红军干部的军政素质，加强红军队伍建设。这所学校历经五年，培养出了许多优秀的红军指战员，这些人后来转战南北，为中国的革命事业作出了卓越贡献。
1930年2月，方志敏就任信江革命军事委员会主席。虽然当时红军已经有5个正规连，1个补充营，各县都有游击大队，但仍然面临诸多的困难。首先部队装备很差，只有1挺机关枪，大多数是步枪，还有少数鸟铳、大刀。其次是队伍素质急待提高改进，战士们大都来自农民，没有受过正规的军事训练；还有一部分从白军队伍里起义过来的士兵，现当了干部，给部队带来了一些腐朽的军阀作风。
方志敏决心要把独立团建成一支坚强的革命柱石，他用两个月的时间，集中开展整军运动。在整训中，方志敏特别重视思想政治教育，经常给战士作报告。“对于管理，主张严格，一举一动，都需照规定执行。”经过整训，部队建立和完善了政治工作制度，民主管理制度，建立和健全了士兵委员会组织，消除了打人骂人的现象，密切了官兵关系和军民关系。独立团被方志敏改造成了一支整齐严肃的正规红军，战斗力大大加强了。
方志敏率领整顿后的独立团向各地的反动武装发动进攻，势如破竹，并于1930年4月消灭了最顽固的德兴黄柏塘靖卫团。当地群众无不拍手称快，称红军是“天兵天将”，红军队伍随即开始向根据地外围主动出击。第一个目标就是驻扎在与弋阳地区相邻县的经常骚扰根据地的一个连的国民党军。方志敏将红军集中隐蔽在万年，扬言要攻打乐平秧坂之敌，当秧坂守敌慌忙收缩兵力防守时，方志敏却率军奔袭乐平鸣山，一战而胜，首次缴获几台机床，运回根据地办起了第一个兵工厂。接着，他们又乘秧坂敌军慌乱动摇之机，于5月5日全歼了驻秧坂的白军一个连和靖卫团，红军乘胜进军。第二天，又攻克乐平县东南乡的大集镇众埠街，并分兵到各村收缴了地主武装的枪械，一周内缴到长短枪300余支。此外还攻占了铁山黎桥等地。北进乐平节节胜利之后，方志敏又趁热打铁，带领独立团进行了长距离的奔袭作战，东取德兴城，南克铅山河口镇。接着又冒雨长途奔袭140里，于5月13日清晨智取了景德镇市。而后，方志敏挥军直奔上饶，未及交战，又突然回师急袭弋阳城。6月20日，一举歼灭弋阳守敌200余人。这一连串的胜利不仅巩固和扩大了信江八县根据地，而且有力地支持了留在乐平开展活动的人员，他们在人民群众的支持下，很快建立了乐平县民主政权，成为向赣北、皖南进一步发展牢固的革命的根据地。
6月下旬，独立团在芳家墩整编为江西红军独立师，并设置了营一级的编制。而这时根据地的规模已达纵横500余里、人口100万，并且同闽北根据地连成一片。中央决定将信江特委改为赣东北特委和工农民主政府，由方志敏担任工农民主政府的领导工作，统一领导原信江8县和闽北地区的革命斗争。随后江西红军独立师再次扩编，于7月2日在众埠街正式宣告成立中国工农红军第十军，由周建屏、邵式平分别担任军长、政委。
方志敏积极发展苏区力量，粉碎了敌人多次进攻，扩大巩固了根据地，赣东北根据地被毛泽东称为中国革命根据地的一种形式——方志敏式。1932年赣东北、闽北、浙西根据地合并，组成闽浙赣省工农政府，方志敏任主席。
红十军刚刚建立时，李立三“左”倾冒险主义错误已在中央占据了统治地位。中央命令刚刚组建的红十军远离根据地，进攻九江。方志敏不同意这种冒险方针，但“左”倾领导人一意孤行，并且还将根据地各县的独立营收编入红十军，使留守根据地的方志敏手中无一兵一卒。