1961年7月，中央军委第八十七次办公会议批准了萧劲光的建议，由三机部和海军所属机构组成了舰艇研究院，日常工作的组织领导由海军负责。在此后的10多年内，海军共生产了62型护卫艇300余艘，装备了几十个护卫艇大队，成为海军水面舰艇中的一支重要的战斗力量。猎潜艇的设计和研制，经过舰艇研究院的701研究所6年研究设计和试航，也于1966年开始成批建造。1968年12月，051型导弹驱逐舰建造完毕。这是中国自行设计制造，材料和设备全部立足国内的第一代中型水面舰艇，排水量达3000多吨。它是全国20多个省市和10多个工业部门协作配合研制的结果，是独立自主、自立更生精神开出的灿烂之花。
“核潜艇，一万年也要搞出来！”面对赫鲁晓夫撕毁新技术协定，妄图垄断核技术的巨大压力，毛泽东于1959年说出了这句无比愤慨的话。在这之后，中共中央批准国防科委主任聂荣臻“关于开展研制核动力潜艇的报告”。萧劲光等海军领导，立即与国务院第二机械工业部和舰艇研究院的的领导人磋商，迅速组织科研人员开展了研究工作。但由于三年暂时经济困难，面临着难以开展下去的局面，萧劲光心急如焚。经他的多方争取，周恩来总理召集有关会议研究批准，保留了少量研究人员，继续从事核动力装置的理论研究和实验，为设计试制核潜艇作技术上的准备。
1964年10月16日，我国的第一颗原子弹爆炸成功，海军的科研人员受到极大鼓舞。1965年，核潜艇的研制工作重新上马，总体方案的设计工作交给了舰艇研究院的719研究所。在这以后的一段时间内，设计研究工作有了较大进展，中共中央专门委员会批准了“第一步先研制攻击型核潜艇，第二步再搞导弹核潜艇”的计划。
“文化大革命”开始后，工厂、科研单位陷入一片混乱，这项涉及27个省、市，上千个科研单位的尖端工程，面临中断的危险。这时，萧劲光已多次受到造反派的批斗，精神受到严重摧残，但他仍然以海军建设事业为重，在毛泽东，周恩来的支持下，于1969年10月，主持召开由海军牵头，有国家计委、国防工办、国防科委以及有关工业部，研究院600多人参加的造船工业、科研体系“抓革命、促生产”大会，检查了建造第一艘核潜艇的进展情况，协调了各方面的关系。1970年7月，第一个陆上模拟动力反应堆终于如期完工。萧劲光十分高兴，立即召开核潜艇工程领导小组会议，检查启动运转试验前的准备情况，并把这一重大行动报告了周恩来。根据周恩来“充分准备，一丝不苟，万无一失、一次成功”的指示，工程领导小组精心组织，试验终于获得了一次成功。同年12月，我国自行设计制造的第一艘核潜艇胜利下水。
有谁知道，这一胜利的成果得来是如何的不易。从1962年起，萧劲光就同林彪及其派到海军争夺指挥权的李作鹏、张秀川等人作了长达10年的苦斗。
1962年，李作鹏到了海军，萧劲光便没有安宁，副职可以无休止地斗正职。但不久林彪死了，张春桥也不放过萧劲光，海军党委第一书记免了，但海军司令的职务保留了。
庐山会议以后，林彪主持军委工作。他打着“高举”的旗号，大搞空头政治，叫喊“政治可以冲击一切”，用“四个第一”代替全盘工作。1962年4月，他派亲信、原任总参训练部部长的李作鹏和原任总政组织部副部长的张秀川等人组成的军委检查团，到海军东海舰队检查工作。
检查结束后，林彪把李作鹏留在海军任常务副司令员、张秀川任政治部主任。他们到海军后，和对萧劲光不满的副司令员王宏坤结合在一起，年底便在海军党委扩大会议上发难，对萧劲光的“错误”进行揭发批判。萧劲光连气加累，心脏病复发，住进了医院。李作鹏操纵会议，在对他进行“缺席批判”之后，决定海军工作“由李作鹏、张秀川为第一线”；“王宏坤和海军政委苏振华为第二线”；萧劲光被排斥到第三线，实际上是靠边站了。
在1966年8月1日开始的党的八届十一中全会上，林彪被提升到“一人之下，万人之上”的副统帅的特殊地位。8月13日，他便对李、王、张来了一个“高度评价”，说他们“是高举毛泽东思想红旗的，是突出政治的，是有干劲的”，同时指责“萧、苏是反对我的”。随后，他即从大连回到北京，在人民大会堂召集几个老帅和海军党委常委开会，下令海军的会议立即“停战收兵”。于是，一场由林彪指使，李作鹏策划的向萧、苏夺权的阴谋活动开始了。
正当海军领导班子争斗进入白热化时，事情出现了转机。8月18日，毛泽东在天安门城楼上检阅红卫兵。当他看到萧劲光、苏振华、李作鹏，王宏坤、张秀川等海军领导人时，便主动走过来，同大家握手、交谈。他指着萧、苏对李、王、张说：“萧劲光是老同志，苏振华是好同志，你们整萧劲光、苏振华做什么？你们要好好团结起来，搞好工作嘛！”说得李作鹏等人脸上红一阵，白一阵，随后，毛泽东还和萧劲光站在一起，让记者照了相。
一次，林彪又向毛泽东告萧劲光的状，要求罢了他的官，毛泽东有些生气地说：“海军司令还是要有萧劲光来当，萧劲光是终身海军司令！”萧劲光后来也认为，这可能是他在十年动乱中始终没被彻底打倒的主要原因。
1月18日，海军党委改组，李作鹏任党委第二书记，并被指定主持常委工作。几天后，由李作鹏主持召开“庆祝以李、王、张为核心的海军新党委成立大会”，一面肉麻地吹捧李、王、张，一面残酷地揪斗一些海军领导干部。
会议中间，一个造反派跳到他面前，指着他的鼻子说：“萧司令，你反对毛主席！”萧劲光心里很坦然，冷笑一声说：“我反对毛主席？笑话！”造反派又说：“你反对林副主席！”萧劲光没有吱声，因为林彪确实说过萧反对他。
“九一三”事件，像一声炸雷，震撼着神州大地。当萧劲光得知林彪摔死在蒙古温都尔汗的消息时，乐得心花怒放。他把子女们叫到跟前，斟满一杯酒，一饮而尽，兴奋地说：“恶有恶报！林彪的这一天终于到来了，国家有希望了，军队有救了，我心中的一块石头也落地了！”
林彪反党集团的主要成员李作鹏被停职审查，萧劲光重新主持海军工作。他又像在50年代那样豪情满怀，精神焕发地抓海军建设了。他在各种会议上讲话，大声疾呼要广泛揭批林彪、李作鹏破坏海军建设的罪行，努力做好各方面的工作。在“文革”前，海军共有14所院校。仅1969年，就被林彪、李作鹏等人砍掉了9所，剩下的5所也基本上处于停办状态。他主持海军党委常委开会研究，并报请军委批准，在不到一年之内就先后恢复了4所院校。这一年，海军各方面的建设都有了新的起色。
然而，树欲静而风不止。林彪垮台了，“四人帮”又兴风作浪。海军大批解放干部引起了当时中央政治局分管海军工作的张春桥的极大不满。
1972年7月，海军党委召开四届五次党委扩大会议(简称“四·五”会议)。会议快结束时，形势又突然急转直下。军委传达中央政治局的指示说，海军的会议在第二阶段又“颠倒了主次”。不久，军委又召开了一次办公会议，吸收海军常委列席。张春桥、江青、姚文元、王洪文等“大人物”都前来压阵，会议气氛十分紧张，会议的矛头集中指向萧劲光。
1973年春，萧劲光担任的海军党委第一书记的职务被撤销了，但仍保留着海军司令员的头衔。一个上了“贼船”的司令员，今后的路该怎么走啊？然而，他心里很坦然。他回想起第二次国内革命战争期间，受到王明“左”倾路线的无情打击，曾经弄到被撤职、判刑，还差点被杀头的地步。在他的一生中，他尝过胜利的甘甜，也经历过多少磨难啊！今天历史又重演，难道因此就一蹶不振吗？不！他傲然挺立着……
灾难沉重的1976年来到了。1月8日，全党全国人民衷心爱戴的周恩来逝世。7月6日，朱德又与世长辞，萧劲光潸然泪下，再一次沉浸在悲痛的泪水中。9月9日，毛泽东又猝然病逝。天灾人祸，接踵而来。萧劲光陷入了更大的悲痛之中。在向毛泽东遗体告别时，他像孩子一样，痛哭失声。
在感到巨大悲痛的同时，萧劲光还深深感到忧虑，为党，为人民，为国家。“四人帮”早就虎视眈眈，党和国家的最高领导权如果落入他们手中，可就糟了！当他刚得知毛泽东病危的消息之后，曾驱车来到叶剑英副主席寓所，两位老人进行了深谈。
萧劲光：“张春桥这些人，很可能要摊牌了。”叶剑英：“是啊！他们早就等不及了。”萧劲光：“得想个办法把这些家伙搞掉！主席身后让他们掌了权，党和国家就遭殃了。”叶剑英深深地点了点头。萧劲光：“下命令调军队，把他们一个个抓起来！”叶剑英：“主席病重，现在还不是时候。”1977年5月萧劲光(招手者)视察海军福建某基地部队。
10月6日上午，萧劲光第二次驱车来到叶剑英寓所。萧劲光说：“看了这几天的报纸，一个劲的宣传‘按既定方针办’，晚上睡不着觉啊！”叶剑英：“我何尝不是如此呢！”萧劲光：“事不宜迟。再不动手，他们可就要先动手了。”叶剑英：“正在准备采取措施。”
说着，叶剑英拿起电话，接通了华国锋。叶剑英说：萧劲光对解决江青他们的问题有一些很重要的想法，你抽时间当面与他谈谈，好吗？电话中传来华国锋的声音，说：“等一会儿吧！”
当天夜里，华国锋、叶剑英等代表中央政治局，采取断然措施，一举粉碎了“四人帮”。消息传开，亿万人民拍手称快，举国上下一片欢腾。萧劲光眼里闪动着喜悦的泪花，再一次举杯称庆。他说：“还是朱老总说得好啊！辩证法终究会战胜形而上学。”
不久，在中南海怀仁堂召开的一次会议上，华国锋见到萧劲光，走过来握着他的手说：“萧老，那次叶帅打电话，要我听听您对解决‘四人帮’的问题的意见。因为正在忙于布置解决这个问题，没有能够与你面谈，太对不起了。”
“四人帮”被粉碎后，国家又经历了两年的徘徊。在1978年和1979年的两年中，萧劲光两次患了大面积的心肌梗塞。他在病情垂危时两次上书军委和党中央，要求为他平反。在邓小平、陈云、叶剑英等亲自过问下，1979年5月5日，中共中央终于批发了(1979)19号文件，决定撤销1973年中央10号文件，并明确指出：“萧劲光同志是受林彪、‘四人帮’打击迫害的，所谓‘贼船’问题完全是张春桥蓄意制造的一桩冤案，应当予以彻底平反。”
1979年6月，在全国人大五届二次会议上，萧劲光当选为人大常委会副委员长。1980年1月，他正式离开海军司令员的工作岗位，结束了整整30年的海军战斗生涯。
1989年3月29日，南征北战、战功卓着的大将萧劲光走完了光辉的一生。