根据这个计划，冯玉祥将由河南进攻武汉，威胁攻桂蒋军中央军之后方，而桂军的任务则是“拿下广东，剪除牵制，再和蒋氏周旋”。5月5日，李宗仁在梧州通电组织“护党讨贼军”（后改称“护党救国军”）自任南路总司令。这是蒋介石先没有预料到的，面对这一突如其来的新形势，蒋介石首先指示淞沪警备司令熊式辉封锁消息，对外界封闭了黄绍竑、白崇禧挥师东进的真相。接着为抵御桂军的进攻，他先后两次电示陈济棠，一次是要求陈济棠马上破坏某些失控的军事装备和设施，另一次是要求陈密切注意敌军动向和肃清内部，巩固后方。
蒋介石自己的当务之急则是解决冯玉祥的力量，冯玉祥进攻武汉是事关全局的大问题。武汉一失，不但前功尽弃，且湘粤攻桂各军也势必腹背受敌，陷入被动，后果严重。所以，此时此刻，在蒋介石布置抵御桂军攻粤的同时，应该格外地重视防备冯玉祥对武汉的进攻。这种防御不是此前蒋对冯的一贯的“和援”为主的单独防御策略，在蒋介石看来，不管冯玉祥对讨桂如何消极，只要冯不阵前倒戈，将枪口对准自己，就是胜利。
保卫武汉，事关全局。蒋介石首先想到的是遣散已改编为新编各师的仍集结在鄂西长江北岸的胡宗铎旧部。因为蒋认为，冯玉祥之所以企图攻击武汉，很大程度上是因为胡的旧部可以内应支援。事实上，自从胡的旧部被编入讨逆军后，其部将并非十分驯服，为了减少威胁，必须先解决其与冯里应外合的可能性。5月12日，何应钦奉命到达汉口，依据蒋的意思，再次将胡宗铎所部全部遣散，彻底清除了祸起萧墙的隐患。与此同时，蒋介石还指示所部必须对河南实行攻势防御，积极做好对豫作战的准备。5月11日，蒋致电何应钦、刘峙等人，根据冯玉祥的调兵动向和移兵路线，设置防御，务必将冯军有力地阻止在对桂作战之外。
蒋介石另外一个策略是分化冯之内部，收买部分高级将领，关键时刻临阵叛离。在4月10日，武汉刚刚恢复，蒋介石就在汉口召见韩复榘，蒋召见韩时，亲切倍至，甜言蜜语，并且掺杂其他一些手段拉拢韩。因为韩复榘作为冯玉祥的部下，虽然战功显著，但长期处于一种不得志、受压抑的状态。另外，韩与冯之间还有些过结，对冯的一些家长制作风也甚为反对，在蒋的亲善友好的诱引之下，韩复榘最终还是背叛冯玉祥，并且还拉拢石友三同他一起，再度造反，投靠蒋介石，石与韩是同命相连，再加上蒋介石也及时给石友三钱财诱惑。22日，韩、石二人联合通电“护中央”，给冯玉祥重重一击。冯玉祥被迫辞职隐退。
韩复榘和石友三的叛变，使冯玉祥部队元气大伤，进攻武汉已是心有余而力不足了。无奈之中，冯玉祥只得令全军西撤，武汉形势缓和，蒋介石迅速将注意力转向两广战场。5月18日，陈济棠下达总攻击令，21日，粤军大获全胜，桂军损失数千人。19日，蒋介石命令李明瑞、杨腾辉率所部两师南下，先后于25日和28日抵达广东。6月2日，与湘、粤联军共克梧州。6日，李明瑞在梧州就任第八路军副总指挥，拒绝接受黄绍竑、白崇禧所派代表请其收编黄、白桂军的要求。7月12日，蒋介石任命俞作柏为广西省政府主席。7月15日，俞作柏在南宁宣布正式成立广西省政府，就任省政府主席之职。蒋介石如愿以偿地取得了以夺取桂系根据地广西为目标的第二期作战最后胜利。
这样，蒋介石取得蒋桂战争的彻底胜利。在这场战争中，蒋介石面对冯玉祥的威胁，及时调整了军事部署，有效地遏制了冯玉祥对武汉的胁攻，再度集中兵力进攻桂军，从而表现了一个成熟的军事统帅的临危不乱和随机就变的指挥才能。但他很快发现，更大的对手早已蠢蠢欲动了。
二、蒋冯战争
1．事起编遣会议
蒋桂战争之后，是冯玉祥带来的倒蒋高潮。冯玉祥出生于安徽巢县的一个瓦匠家庭，父亲冯有茂因家境窘迫参加淮军，转徙于济宁、青县、保定等地。
冯玉祥自小家贫，读书不多，只读过一年半塾。在其母去世之年，适逢其父所在军中缺一名额，管带苗开泰便为冯补了一恩饷，因当时不知冯玉祥的原名，又怕错过时机误事，苗管带就随口叫了个“冯玉祥”，冯玉祥名字便是由此而来。1926年9月16日，冯玉祥在五原誓师，由此进入国民革命军的序列，这时北伐军已从广东出师北伐。
1927年5月，武汉国民政府和南京国民政府关系更加紧张，双方都想争夺冯玉祥。6月8日，汪精卫、谭延闿、顾孟余、孙科、何键等到了郑州，与冯会晤，召开了郑州会议。汪精卫在会上一面大骂蒋介石独裁，一面骂共产党搞阶级斗争，破坏国民革命。冯玉祥对宁汉之间的纷争采取了尽力调和的态度，促成了蒋汪合作、宁汉合流，导致国民革命失败。
蒋介石在二期北伐结束后，便以裁军建设为名，召开编遣会议，企图遣散和削弱地方军阀的军队，加强中央集权。
1928年6月中旬，蒋介石与宋子文等共同制定了《军事善后整理案》和《军事整理案》，以节省财政开支、实行和平建设为名，在上海、南京分别召开全国经济会议、财政会议，为裁军制造舆论。宋子文提出的《克期裁兵从事建设案》认为，当时全国共有84个军、272个师、21个独立团，这些部队一年共需军费6.4亿元，无疑是国家的一个极大包袱。7月5日蒋介石发出通电，也是呼吁裁军，将裁军提高到救国的高度，以博取各界同情。
接着，蒋介石在北平提出了《军事善后案》，认为全国军队共达300个师，应裁250个师，留50个师，每师15000人，共80万人，全国划分12个军区，各军区按比例裁汰，各集团军自行办理。依此方案，冯、阎、桂各派需大量裁军，蒋系军队因可转移到其他军区，不但不会被裁，反而可以扩充，蒋的这一方案遭到各实力派的反对。
国民党二届五中全会以后，蒋介石积极筹备召开全国编遣会议。他采取了以派制派，各个击破的方针，首先挑动冯玉祥与其他实力派的矛盾。在蒋介石的诱导下，冯玉祥在1928年12月16日编遣会议首次预备会议上，提出了几项编遣标准：有训练者编，无训练者遣；有革命性者编，无革命性者遣；有作战功劳者编，无作战功劳者遣；枪械齐全者编，枪械不全者遣。在第二次会议上，冯又进一步提出具体方案：第一、二集团军各编12个师；第三、四集团军各编8个师；其他部队共编8个师。蒋介石在冯玉祥提出方案的同时，也要求阎锡山提出另一个方案来与冯案抗衡：“一、二集团军各编10个师；三、四集团各编8个师；其他非正式部队编6到8个师；其余6到8个师由中央处理。”如此一来，阎锡山的提案给蒋提供了可加利用的机会。
1929年1月1日全国编遣会议在南京正式开幕，国民党中央执监委员、各集团军总司令等40人出席。蒋介石将冯、阎的两个方案交会讨论，各派对两个方案做出表决。在经过数日的争吵后，各派通过了阎案，蒋介石也表示赞成阎案，同时提出在中央编遣区外，再增加一个东北编遣区，借此笼络张学良。冯玉祥感到受了蒋介石的玩弄，气得称病离会。
会议最后确定全国设8个编遣区，蒋介石直接控制的中央直辖编遣区、海军编遣区，设办事处于南京；第二编遣区属冯玉祥的第二集团军即原西北军，办事处设开封；第三编遣区属晋系阎锡山，办事处设太原；第四编遣区属桂系，办事处设汉口；第五编遣区属东北军，办事处设沈阳；第六编遣区属云、贵、川、康各部队，办事处地点未定。
蒋介石还授意设立全国编遣委员会，制定《国民编遣委员会进行大纲》，规定从此全国军队归中央统一调度，各总司令部由南京国民政府下令取消，各部队只能在原驻地听候编点，各集团军无权自行调动和任免军官。这样一来，地方军阀的实力大为削弱，心中不满与日俱增。
在蒋介石组织的对地方军阀的编遣过程中，冯玉祥的第二集团军遭受严重削弱，首先，在二期北伐中，第二集团军40万军队全部出动，为攻下北京城立了汗马功劳，蒋介石却将北京城划给了阎锡山，实在难以让人心服。其次，阎锡山老奸巨猾，毫无诚信可言，完全是利欲熏心之徒，在南口战役时帮助张作霖、吴佩孚在背后捅西北军一刀，差点截断冯玉祥部的退路，还抢走了绥远地盘。二期北伐开始，到第一、二、四集团军胜利在望时，晋绥军才出娘子关，想不劳而获。再次北伐结束，实力居于第二位的第二集团军成为编谴的第一号目标，军队数量与其差不多的第一集团军，因为编遣区占绝对优势，在蒋介石看来，军队全部保留还嫌不足，而第二集团军则要裁去大部军队。
此外，第二集团军要裁撤9个军团部、10个军部、近20余万部队。在1928年10月间的整编中，所部编为12个师，蒋介石又采取掺沙子的方法，把一些杂牌军寄居西北军内。原来与第一集团军实力几乎相等的第二集团，经过编遣实力不及其一半，这就是蒋介石式的整军，冯玉祥显然无法接受。
蒋冯之争的另外一个焦点便是山东问题。蒋介石二期北伐结束时山东划归第二集团军，冯玉祥任命孙良诚出任山东省主席，因为济南惨案没有解决，无法履行全部职责，直到1929年3月23日中日两国才正式签订协议，协议中日方完全推卸责任和逃避制裁，但同意在两个月内撤出全部驻军。南京国民政府以日军撤退后中央政权没有军队在济南，无法维护日侨安全为名，有意让日军推迟撤退，从而将在山东的第二集团军置于被动的境地，全国对于冯部驱逐日军自然是一片谴责之声。4月26日，孙良诚迫于压力，辞去山东省主席职务，当然这也是蒋介石所希望的结果，因为这样就可以把西北军挤出山东。
2．一败冯玉祥
蒋介石与桂系开战后，蒋介石深恐冯与李白合兵，故特派邵力子等人到冯的驻节地华阴见冯，劝冯玉祥同蒋介石合作。当时在华阴总司令部内盛传邵力子带来了三个重要条件：一是冯玉祥任行政院院长。二是要孙良诚回山东担任主席，如果有所不便的话，也可派石敬亭去山东任主席，青岛特别市归西北军接收。三是由冯在湖北、安徽两省中任选一省为西北军的地盘。蒋介石的要求是让冯玉祥通电声讨桂系，出兵湖北。但冯玉祥还是虚与委蛇，不作正面的答复，尽量拖延时间以待事态的发展。
不料正当长江战事激烈的时候，桂系将领李明瑞被蒋介石收买，突然倒戈，桂系遂一败涂地，这场战事如此迅速结束，对冯玉祥来说大大出乎他的意外。于是冯不得不答应蒋介石的要求，赶忙发了个声讨桂系的通电。可是这时蒋介石见目的已达，竟把上述的三个条件原封收了回去，冯玉祥真如哑巴吃黄连，有苦说不出。
在蒋介石基本上平定了桂系的挑战之后，将下一个目标对准了冯玉祥。蒋介石派特务散布说，冯玉祥和苏俄勾结，中央获苏联东方政治分会1929年2月10日致驻外各临时政治分会和军事分会训令一件，声称苏俄支持冯玉祥向天津、浦口发展，进攻蒋介石，向山西发展，打倒阎锡山，将中国西北部与苏联连成一片。这些说法引起阎锡山的警惕，随即加强黄河一线防务，以防冯军进攻山西。至此，蒋介石与冯玉祥之间的不满与日俱增，矛盾无法避免，战争一触即发。
1929年5月7日，蒋介石发布题为《和平统一为国民政府唯一之希望》的文告，称“欲消弭内乱，非铲除军阀不可；欲铲除军阀，非根本扑灭封建地盘思想不可。”矛头直接指向冯玉祥。冯玉祥也大造舆论，5月15日，冯部将领刘郁芬、孙良诚等通电指责蒋介石在外交上卖国、党务上非法指派国民党三全大会代表、行政上用人不当等，要求他立即下野，并公推冯玉祥为“护党救国西北军”总司令，正式向蒋发难。同时冯军主力集中于豫西、潼关一带，炸桥毁路，冯、蒋之间的军事行动呈一触即发之势。孰料就在双方即将交兵的关键时刻，原来依附冯玉祥的刘镇华、杨虎城、马鸿逵等部先后归顺中央，冯的心腹爱将韩复榘、石友三在蒋介石的“糖衣炮弹”的攻击下，纷纷背叛了冯玉祥，于5月2日通电“拥护中央”。
至此，双方还没有大规模的交战，韩、石率部东行途中即遭忠于冯玉祥的孙良诚、庞炳勋等部阻击。眼看内部相残，又见从滦州起兵时就追随自己的老部下竟临阵倒戈，再加上蒋介石强大的政治和军事压力，冯玉祥受到沉重打击，不得已采取了避战自保的防御策略，于5月27日发表“洁身引退，以谢国人”，“入山读书，遂我初衷”的下野通电，上华山隐居读书去了。冯玉祥第一次反蒋行动便胎死腹中。
3．冯玉祥的二次倒蒋
在扳倒冯玉祥之后，蒋介石便将打击目标对准了山西的土皇帝阎锡山。1929年8月1日，蒋介石在南京召开第二次编遣会议，这次会议明确规定军队总数不得超出65个师，省主席不得兼任军职，师长不得兼任政务官。政军分开主要是针对阎锡山，其时冯玉祥已经通电下野，李宗仁正在流亡，张学良与蒋介石私交甚好，晋绥平津地区就成了事实上唯一的编遣区。会议通过的《编遣实施会议闭会宣言》中宣称，编遣的目的在于化地方军为中央军，实行公军主义，各集团军交出军队，由蒋介石一人掌握，这让蒋介石分外紧张。
阎锡山对蒋介石分化瓦解地方实力派，以求各个击破的计谋洞若观火，眼见各集团军中力量最强的冯玉祥起兵伊始，即被蒋介石消弭于一旦，唇亡齿寒，阎锡山心惊胆战。1929年6月25日，阎锡山亲至南同蒲路上的介休县迎接冯玉祥抵太原，阎、冯二人见面，回想离北伐全胜仅只一年功夫，二、三集团军的鼎盛已如昨日黄花，不禁百感交集。但是双方仍是同床异梦，阎锡山窃喜冯玉祥为自己所困，又痛恨蒋介石过河拆桥，决计挟冯与蒋周旋到底。冯玉祥初到太原后，被阎锡山安排到太原南郊名胜晋祠小住，阎每隔三、五日即去探望一次。但阎锡山此时并未打算切实和冯商讨反蒋大计，而是把精力放在与蒋及其近臣的电报战上，屡唱“与冯同行出洋，促成统一”的高调，使蒋无法下台，只得在授意国民党中央诸大员和供职南京的赵戴文接连去电拉拢阎锡山的同时，亲自赴北平约见阎锡山，以解决北方问题。