此外，此时士大夫以及文人学士参禅著述，蔚然成风，也助长了禅门的声势。例如《景德传灯录》由翰林学士杨亿等人参与刊削，《天圣广灯录》由驸马都尉李遵勖编撰。再如苏东坡的“吴越多名僧，与予善者常十九”（见《苏东坡传》）；苏辙不仅广与禅师交游，而且还为禅僧语录作序；一向自诩文士的司马光，经常斋僧、诵经、追荐祖先；被尊为唐宋古文八大家之一的欧阳修，自号“六一居士”；宰相王安石“舍宅为寺”等等。由于士大夫、文人好禅，可以说．其时宰官身着官服，实是禅的行者；还有禅僧文学素养精湛，亦如是身着僧服的士人才子，于是禅师与文人士子之间你来我往，彼此相得益彰，平添了许多禅门的佳话。
面对禅宗熠熠光辉，不可一世的局面，净土宗也不惶相让。
首先是此时净土宗出了两位伟大的祖师，一个就是提倡“禅净共修”的永明延寿；永明本是禅师，因其调合禅净二宗的法执，因此奠定他日后在净土宗的地位。另一位则是被尊为净土七祖的杭州省常大师（公元九五九——公元一○二○）。
省常大师七岁出家，十七岁受具足戒，戒行严谨，精通《大乘起信论》，修习天台止观法门。宋太宗淳化年间（公元九九○——公元九九四），因仰慕庐山远公遗风，于杭州西湖昭庆寺结社专修净业，号“白莲社”，后改为“净行社”，五代后唐的宰相王旦为社首，公卿文士预其会者，皆投诗颂，自称“净行弟子”。大师又以栴檀香木刻无量寿佛像，集众誓曰：“我与一千大众、八十比丘，始从今日，发菩提心，穷未来际，行菩萨行，愿尽此报身，以生安养国。”往昔庐山莲社的盛况，于焉再现。
省常大师之后，再传莲池、蕅益、截流、省庵、彻悟、印光等诸师，他们都因光大净宗而被尊为净土祖师。
除此，宋朝时期修学净土法门的，并不限于净土宗的人士，例如：中兴天台的知礼“结社万人，誓取往生”；同为天台的另一要人遵式，立“晨朝十念法”；编纂净土宗文献《乐邦五类》和《乐邦遗稿》的宗晓（公元一一五——公元一二一四），也是天台宗人。
此时不但天台宗的祖庭宛如净土道场，即以禅宗本身，如五祖门下的弟子法持（公元六三五——公元七○二）、智诜（公元五三九——公元六一八）、宣什（生卒年不详），以及智诜系统的处寂（公元六四八——公元七三四）、无相（公元六四八——公元七六二）、无住（公元七一四——公元七七四），惠能门下的南阳慧忠国师（？——公元七七五）等人，都是“禅净一如”的行者。及至宋朝，临济宗的死心悟新（公元一○四四——公元一一五）、北涧居简（公元——六四——公元一二四六）；曹洞宗的真歇清了（公元一○八九——公元一一五一）等人，也都主张参禅亦得念佛。可以说，一时之间整个禅界似有被念佛席卷之势。甚至天台宗僧志磐著《佛祖统纪》，将宋代僧侣七十五人列入《往生高僧传》，几乎囊括了当时各宗所有代表人物。所谓“千经万论，导归极乐”，乃至元照律师作偈：“听教参禅逐外寻，未尝回首一沉吟，眼光将落前途暗，始信平生错用心”（《乐邦文类》），都能说明当时的净宗已非单一的宗派，而是各宗各派所共信、共宗了。
由于各宗各派僧人归心净土，而使净宗达于鼎盛时期，也因此导致禅净互相争取主流地位的情形就更为白热化了。
首先，禅门倡导离语言文字，不着一法，所谓“直指人心”、“见性成佛”，亦即提倡成佛作祖，或求开悟，应不执外修、不假外求，而以般若智慧，觉知自心真性即可达到目的。《坛经机缘品》说：“汝之本性犹如虚空，了无一物可见，是名正见；无一物可知，是名真知。无有青黄长短，但见本源清净，觉体圆明，即名见性成佛。”
在禅宗的行者认为，佛性本具，无须依靠名言教相及念佛修忏，即可悟入“即心即佛、非心非佛”之境，因此讥嘲净土宗是靠“他力”的佛教，是属于老公公、老婆婆等人所修行的“钝渐法门”，不似禅宗的一超直入之“顿悟法门”为高。如《永嘉证道歌》说：“争似无为实相门，一超直入如来地。”
因为禅宗主张扬眉瞬目、搬柴运水，都是禅法；《六祖坛经》更提出质疑：“此土念佛，求生西方；西方念佛，欲生何处？”因此我国初期禅宗的寺院，都只有法堂和僧舍，而无佛殿（见《禅宗全书》）；禅宗大德更有“闻念佛声，饬人以水洗禅堂”，“念佛一句，漱口三日”之说。甚至有“佛之一字，吾不喜闻”，以及“不作佛求、不作法求、不作僧求”等嘲讽净土之语（见《景德传灯录》），让净土行者深深不以为然，所以也引起净土人士对禅宗提出反击。例如慈愍大师撰文，批评禅林空腹高心，执理废事（见《佛祖统记》）；认为禅宗的修行者狂妄傲慢，诃佛骂祖，偏见执著，没有宗教情操。又说禅者的修行容易走火入魔，不如净土三根普被、广大易行（见《净土全书》）；支持净土的行人，赞美念佛可以带业往生、一生成就（印光大师语）。于是禅净互相诋毁，互相批评，彼此势如水火，更加互不兼容了。
其实，禅宗既然认为搬柴运水、扬眉瞬目都是禅，为什么念佛就不是禅呢？禅门说参禅时讲究心要定于一境，而净土宗如《阿弥陀经》说，念佛要一心不乱，这不就是禅的定境吗？心定于阿弥陀佛，以此为所缘境，有何不可？为何要批评呢？所以任何佛法都是佛法，都应互相包容，不要排斥，排斥则如过去的君主独裁，一心想要打倒别人，如果别人都被打倒了，到最后只剩下自己一人，既没有饭吃，也没有衣穿、没有日用，又如何生存呢？所以禅门排斥念佛应该是不当的，念佛的人不容禅者也是不对的，禅净应该彼此相互融摄；禅净皆为我佛金口所宣、同源所流，有此认识，才合乎佛法的精神。
所幸在此一时期，禅净互相争取主流地位的时候，永明延寿禅师（公元九○四——公元九七五）对禅净都深有体会，故而出来调和，他倡导禅净共修，不但撰著《万善同归集》，阐明见性成佛，亦得诵经，并且广作万善行门；尤其他作《参禅念佛四料简》偈，曰：“有禅无净土，十人九蹉路，阴境若现前，瞥尔随他去。无禅有净土，万修万人去，但得见弥陀，何愁不开悟？有禅有净土，犹如戴角虎，现世为人师，来世作佛祖。无禅无净土，铁床并铜柱，万劫与千生，没个人依怙。”（见《净土指归》）以标明“有禅有净土，犹如戴角虎”是最理想的修行方式。此即永明大师“禅净共修”的具体念佛思想，电是他平生的一贯行持。
宋永明大师提倡“禅净共修”的风气，尤其《宗镜录》调和禅教学律的贡献，排除当时禅宗唯尚坐禅，而以义学为“着相”的偏见。后世诸大禅家，如天衣义怀（公元九八九——公元一○六○）著《劝修净土说》，直陈“若言无净土，则违佛语”；相国寺慧林禅刹第一祖慧林宗本（公元一○二○——公元一○九九），晚年住平江灵光寺，闭门修禅，专力净业，他们都主张定观念佛、禅修念佛等。
其实，星云在大陆参学时期，于栖霞或焦山，每年打七皆是“禅净共修”；星云来台后，约百次以上的禅七，也都是“禅净共修”，参与的信徒每次都不下千人，大家都是禅悦法喜，欢喜踊跃，所以当时就提出“解在一切佛法，行在禅净共修”的主张，尤其认定未来推动“人间佛教”，当以实践“禅净共修”为要务。
总之，佛法本是一体的，纵有层次上的不同，也是“归元无二路”，何必贬此褒彼呢？再说，禅门既然走寺院的路线，重在僧众行者的修持；净土念佛法门则是走上社会民间，重在信众的修持，本来应该是井水不犯河水，彼此各行其道才是，或者百川流归大海，同一水性，却因中国人总是好划分立场，彼此好作争论，比较来比较去，多所饶舌，因此才引出许多无谓的纷争与是非。
在佛经中有一个譬喻，师兄弟二人因为师父腿患风湿，每天分别为师父按摩双腿，因为彼此敌对，互相打断对方所按摩的腿，最后受伤害的是师父。禅净互相排斥，不但有违佛门广大、佛心无所不包的胸怀，而且正如“师父的腿”，最后受伤害的，还是佛教本身。
所以，若说禅是一朵花，其实净土也是一朵花，“二花并艳”不是很好吗？“二花争艳”，皆为第一，何必互比高下？彼此相争，最后只有两败俱伤，此实不智之举也！
四、宫廷密教时期（元明皇朝时期）
密教，是相对于显教而言，世俗又称密教为喇嘛教。
密教经典最早是在三国时期传入中国内地，有支谦译的《无量门微密持经》等经典；西晋时，又有《大灌顶经》等密教经典的译出。但是，直到唐朝，密教才经由“开元三大士”善无畏（天竺人）、金刚智（天竺人）、不空（师子国人）的提倡，而使密宗的灌顶传法及各种仪规，如禳灾、祈福、求雨、治病、降伏鬼魅、护摩等，受到皇朝的重视，盛行一时，并且由信奉道教以求长生不老的唐玄宗之支持，蔚然成宗。
唐朝的帝王，如唐太宗晚年，仿效秦始皇、汉武帝，希望求得长生不老之法；及至后世的高宗、玄宗等诸多帝王，也因受长生之术的诱惑，而与密教结下不解之缘。
到了元朝，蒙古人希图统辖西藏，因此以喇嘛教为国教，许多喇嘛受到帝王的尊仰，如元世祖忽必烈礼喇嘛八思巴为国师，八思巴成为中央统治的官员，统领总制院事，管理全国佛教及藏族地区的事务，中国广大显宗的僧侣，受到严重的压制。及至明代，一样尊崇喇嘛，朝廷封有八大法王；乃至清朝时期，西藏四大政教领袖：达赖、班禅、哲布尊丹巴及章嘉胡图克图，再受清朝敕封。这段时期，密教与帝王、宫廷的密切关系，形成中国佛教史上特殊的“宫廷密教时期”。
根据《元史释老篇》记载：“释老之教行于中国，已有千数百年，然其盛衰系于时君之好恶，如佛之于晋、宋、梁、陈，如黄老之于汉、魏、唐、宋，其效可观。元兴，崇尚释氏，而帝师之盛，尤不可与古昔同语。”清代历史学家赵翼在《考史杂录》《陔余丛考》卷十八“元时崇奉教滥”一节中提到，“古来佛事之盛，未有如元朝者。”元朝喇嘛教盛行情况可见一斑。
元朝崇敬喇嘛教，始自第一代皇帝元世祖忽必烈，他在“万机之暇，自持数珠，课诵、施食”外，并曾在太庙落成时，亲自与全国四万僧侣举行戒会七天，从此定为永式；此外，他向群臣宣布：“自有天下，寺院田产，二税尽蠲免之，并令缁侣安心办道。”（见《佛祖统纪》卷四十八）
元朝著名的喇嘛，首推八思巴。忽必烈在元宪宗在位时，曾率兵进入西藏，见到七岁的八思巴纵横说法，辩才无碍。及位后，礼八思巴为国师，并“授以玉印，任中原法王，统天下教门。”元世祖接受八思巴的灌顶仪式，并受持戒法。至元六年时（公元一二六九）世祖又命八思巴为蒙古制造文字，称为“八思巴文”，后封他为“大宝法王”，对蒙古文化的影响深远。
元朝国祚九十八年，十一位皇帝全都礼拜喇嘛为国师、帝师。每一位皇帝即位之前，均需经过拜师受戒仪式，方得登基为帝。在《辍耕录》卷二即记载着：“累朝皇帝先受佛戒九次方正大宝，而近侍陪位者必九人或七人，译语之‘囊达’，实此国俗然也。”
忽必烈至元十七年（公元一二八○）八思巴圆寂，元世祖下诏：“自是，每帝师一人死，必自西域取一人嗣，终元世无改焉。”（见《蒙古源流笺证》卷六）于是继之有亦邻真、答儿麻八剌乞列、亦摄思连真等多人受封为国师（见《新元史》，释老传）。国师的迎立，必需先遣大臣颁珠字诏，仪式隆重，如同元首。
此外，胆巴受八思巴推荐入朝，号为金刚上师，圆寂后进号“帝师”；阿鲁浑萨理是维吾尔人，从八思巴学习，亦精通其他民族语言及汉文经史百家，曾官拜集贤学士及平章政事；沙罗巴，西域人，小时即礼八思巴为剃度师，精通藏文，并且担任八思巴及元世祖之间翻译；达益巴，亲近八思巴十三年学习，元武宗即位时，曾受召进朝问法，圆寂后，谧号为“佑圣国师”；迦鲁纳答思是维吾尔族人，通达佛理及各民族语言，元世祖命他跟从八思巴学习佛法及藏文，曾用维吾尔文翻译梵文和藏文经论；必兰纳识里，维吾尔族学者，精通佛教三藏及诸国语言，至顺二年（公元一三三一年）受封为“国师”。
国师的地位尊荣，不仅帝后、太子受教，大臣也会相继前往受戒。除了封国师外，喇嘛优异而受朝廷赐封勋爵者，亦达十余人，如教瓦班受封“翰林丞旨左丞相知枢密院事”、从吉祥受封“荣禄大夫司加禄大夫司徒”等（见《元史本纪》二十九、三十三、三十五）。
当时辅佐帝王朝政者有宰相耶律楚材，僧人刘秉忠等。据《元史》卷一四六载：“楚材自幼聪敏好学，涉猎群书，天文、地理、术数、律历、释老、医卜之术等无一不通。楚材二十七岁时，太祖成吉思汗攻袭金都燕京，风闻楚材名声，召来陪侍左右，做政治顾问，礼遇有加。其后成吉思汗讨伐西域，每有楚材参划，屡次上谏而使太祖终有大成。”
在《翰林学士王磐碑铭文》则详细记载刘秉忠的事迹，说他是一位政治家，更是一名僧侣。世祖即位，从朝仪官制创定到元号更新，悉依其草案，厘定社稷大计。刘秉忠虽位极人臣，仍斋居素食，未忽僧行，并且以天下为己任，贡献元朝发展。最重要的是，刘秉忠将中国佛教灌输到异族帝王心中，汉族受惠无计，带给国家社会影响很大。
元朝宫廷相当重视佛事，如大婚、出行，无不受戒；或者启建法会，法会内容相当多，例如《元史本纪》二十九记载：“泰定元年二月，修西番佛事于寿安寺”；同卷又载：“昭献元圣皇后忌，白修佛事，饭僧百万人。”《元史
本纪》十五提到：“命思麻等七百余人作佛事于玉塔殿、寝殿、万寿山护国仁王寺四十五会”等等。其他如祈雨、祈风、止雨、镇雷、荣星、修疫、超度等，也都是元朝宫廷中常作的佛事。甚至，如元世祖、元裕宗、元仁宗、元成宗之后等，往生后，皆奉祀在喇嘛寺中。诸帝的谥号更以梵、藏文取名，以表示聪明、吉祥等意义。
整个元朝由朝廷兴建的佛寺达千五百所，如大护国仁王寺、大圣寿万安寺、城南寺、兴教寺、大崇国寺、大崇恩福元寺等等。根据《元史》各本纪中记载，当代由大内召宣所刊行的藏经多种，如元世祖刊大藏三十六藏；成宗刊河西吐蕃两体字藏经；仁宗命杭州刊经八藏；文宗命江淛刊经二十七藏，以泥金写经规模宏伟，空前盛况；其他还有金字藏经、梵文维摩经、西番字藏经、畏兀字无量寿佛经一千部等；其中以元世祖召集汉藏大德僧人编辑的《至元法宝勘同总录》十卷最为著名，是研究西藏经典与汉译经典比较研究的重要文献。
到了明朝，喇嘛仍然受到相当的尊重。明太祖朱元璋虽然曾经出家为汉僧，他深知元代因为崇尚喇嘛教，因此衍生出诸多的流弊，例如供养糜费，国库亏空等，但是他为了怀柔蒙古、西藏地区，还是一样给予喇嘛诸多的殊遇。
另一方面，由于朱元璋自己曾经当过和尚，他深知宗教凝聚群众的力量，所以为了强化对宗教的管理，一直想方设法，务要切断佛教与民众的联系。只是尽管他废除喇嘛教在内地中央的特权，最终还是没有削弱喇嘛教在汉地的重要地位。他不仅设西宁僧纲司，任喇嘛三刺为都纲，甚至在甘肃河州设置番汉二僧纲司，任用西藏僧人为僧官。洪武六年（公元一三七三）元朝帝师喃迦巴藏卜入朝，明太祖封“炽盛佛宝国师”；七年，八思巴的后代公哥列思八纳思监藏班藏卜入朝，亦被加封“国师”称号。