明成祖即位后，对喇嘛更加尊重。永乐元年（公元一四○三）曾派遣中官侯显进入西藏，迎请哈立麻喇嘛至南京，除了亲自前往慰问外，封他为“大宝法王”，并且请他在南京灵谷寺启建法会；此外，当时在西藏弘法的宗喀巴派他的首座弟子释迦智到中土来，明成祖即封他为“大慈法王”，后来释迦智还当了永乐、宣德两代国师。
根据《明史会要》的记载，明成祖永乐时代所封藏族喇嘛有五王、二法王、二西天佛子、九大灌顶国师及十八灌顶国师。
后来的宪宗、孝宗、武宗三代，也都相当敬崇喇嘛，东来中土的西藏喇嘛，多给予“西天佛子”、“灌顶国师”的尊称。
因为元明王朝一直崇拜喇嘛教，汉传各大乘宗派至此黯然失色，并且渐趋没落。直到清朝，大抵承袭明朝，连僧官的职别名称，都和明代相同（见《大清会典》卷七十一）。清皇室相当崇敬喇嘛教，顺治九年时（公元一六五二）达赖五世应世祖之邀入京，受朝廷册封为“西天大善自在佛领天下释教普通鄂济达赖喇嘛”，这也是西藏黄教取得中央政府认同之始，而成为正式的法王地位。
此外，《光绪大清会典事例》记载：康熙三十二年封哲布尊丹巴呼图克图为大喇嘛，于喀尔喀建库伦，广敷黄教。自此至乾隆年间，哲布尊丹巴都受到清朝朝廷的重视和礼遇。
最著名的是雍正捐舍自己位于北京紫禁城内潜邸，设成喇嘛教本山的雍和宫，以表示对佛教的尊敬。
世宗雍正曾自号圆明居士，收辑古德禅语成为《御选语录》十九卷，世祖喜受参禅，并且以禅门宗匠自居。他曾召请憨璞性聪、玉林通琇及木陈道忞等禅师先后入京说法。另外还曾选点一千五百位僧人从玉林通琇受戒，并尊为国师，以表示他对汉人佛教的贡献。（见《普济玉林国师语录年谱》）
此外，世宗也从章嘉活佛学禅，并言自己在禅方面的造诣多得力于章嘉，他曾赞叹章嘉是“乃真再来人，实大善知识也，梵行精纯，圆通无碍，西藏蒙古中外诸士，之所归依，僧俗万众之所敬仰。藩邸清闲，时接茶话者十余载，得其善权方便，因知究竟此事。”（见《御选语录卷十八》）后又称赞他是“秉质灵异，符验显然；且其教法流行，徒众日广。”
乾隆四十四年时（公元一七七九），第六世班禅抵达北京，自乾隆皇帝起，皈依班禅为师，亲受佛教教义，宫中大臣、后妃、嫔妾、太监等，无不敬班禅如佛。
虽然从元到明清，朝廷崇佛如仪，遗憾的是，历代的喇嘛并未真正在佛法上引导帝王治国之道，只是一味地以密法来迎合帝王富贵欢乐的美梦，以致帝王被世间声色之娱所迷，朝纲不振，国势积弱，诚所谓“因地不正，果遭迂曲”。帝王信佛的出发心不正，本身之因已偏；帝师喇嘛又未能施之以佛法善缘，其他汉传宗派亦未能受到重视，难怪元朝历任皇帝的政权短暂，国祚不长，自是意料中事，又何足为怪呢？
五、经忏香火时期（清朝民国时期）
佛教僧团经济生活的来源，在佛世时是靠托钵乞食，或者由信徒供养。这样的佛教生活，透过托钵跟信徒建立了相互的关系，信徒供养饮食，僧众给予说法，此即《金刚经》所谓的“财法二施，等无差别”。
但是，佛教传入中国以后，受到气候、风俗习惯的影响，托钵生活不容易实践，所以就建立寺庙，由信徒来供养僧侣的资生物用。供养的生活制度如果能够树立、健全，必能养成僧众人格道德的提升；否则僧众人格堕落，不易受到供养。
佛教初传时期，帝王宰官竞相建立佛寺，供养土地。由于历代官方捐建寺院，以及帝王护持，有的设立“无尽藏”，有的成立“僧祇户”，甚至有的供养大片的田园土地，使得佛教的经济生活无有忧虑。
然而，由于国家社会给予佛教的经济支持，使得佛教在中国的传播也增加了许多的困难与障碍。因为一般社会大众，尤其官僚体系的政治人物，总觉得僧侣应该有清贫的苦行，如果寺院建得庄严堂皇，生活过得与社会人士一样优渥的时候，有的人就会嫉妒，有的人就会批评，甚至南北朝魏、周时期所发生的“三武一宗”等教难，也是缘于佛教经济太富裕，因而引发危机。
根据《粱传》记载：北魏太武帝在太平真君六年（公元四四五），下令诛杀长安僧侣，焚毁佛像，全国废佛。翌年，再度下令各地官员焚毁佛像、经籍，坑杀寺僧。幸有太子晃暗中相告，各地僧侣得以隐匿，免去劫难。然而北魏境内一切的佛像、经典，全遭破坏。这次事件在中国佛教史上，划下了第一道伤痕。
在《广弘明集》第八卷也记载着：北周武帝因听信道士张宾奏言“沙门身缠黑衣，于国不祥。”加上还俗沙门卫元嵩附和“沙门怠惰，多贪财食，不足为尚。”武帝于是在建德二年（公元五七三）下令所有的沙门、道士还俗；禁绝儒家以外的祭祀；官立或私立寺院一概拆除，还给王公作舍地；寺院财物尽充官府，废去四万寺院；三百万僧众还俗为军民，充作攻伐北齐的军容。
会昌五年（公元八四五），唐武宗也下诏废佛。在《旧唐书》武宗本纪载：“天下所拆寺四千六百余所，还俗僧尼二十六万五千人，收充两税户，拆招提、兰若四万余所，收膏腴上田数千万顷，收奴婢为两税户十五万人。”加上改铸钟磬铜像为钱、农具，此一空前浩劫，史称“会昌法难”，这是我国佛教史上三武一宗法难中，最大的一次破佛事件。
继武宗毁佛事件百年之后，后周世宗在显德二年（公元九五五）断然实行废佛政策，下诏禁止私自出家，不许创建寺院或兰若，废止未受敕额寺院，民间佛像、铜器皆交由官司铸钱。总计被毁寺院有三万三百三十六所，大量佛像、钟、磬等法器被铸成钱。
所幸“三武一宗”的政治生命都非常短暂，他们的皇权顶多只有延续三、五年不等，即刻就结束了，而且灭佛的帝王皆不得善终，此亦因果示人也！
根据《世界主要宗教》（田海华、陈麟书著）及《宗教福利》（王顺民著）等书所说，天主教、基督教在西方的教堂，都是金碧辉煌，传教士、修士也曾拥有财富，他们也曾遭受政治的迫害；但基本上西方的信徒们都承认天主教的组织，容许辉煌的教堂建筑存在。而在中国，佛教因为不懂从事福利事业，致与民间隔绝，不能走上社会跟全民融和，故而遭受各朝代的嫉恨，僧侣们也不能不切实的反省改进。
经过“三武一宗”的教难，中国佛教到了明清，已经逐渐衰微。明太祖出身沙弥，知道宗教对社会大众的影响力，令僧侣移居山林，严格禁止社会大众擅入寺院，也禁止僧众接触信众，以防止僧俗混淆之名，行压抑佛教之实（《明太祖实录》）。
元明清年间，更由于皇室多崇拜喇嘛教，对佛、道亦行打压。甚至清朝法律更禁止妇女至寺院烧香供佛，僧众不可以在街市中诵经托钵，这些政策都使得佛教一转成为山林佛教，远离了群众，对佛教发展造成莫大的伤害。
由于明清以来，佛教受外力逼往山林，许多僧侣也以为出家即是“入山清修”、“了生脱死”，正如唐朝惟政禅师所说：“为僧只合居岩谷，国士筵中甚不宜”，就是一种消极、避世的心理。
到了清末民初时，有些知识分子及政府官员误解佛教，加上野心分子对庙产的觊觎，于是有假兴学之名，行并吞寺产之实的强盗土匪行为发生；许多寺院财产被侵占，僧尼被迫还俗。
公元一八九八年的戊戌变法，张之洞主张用全国寺院财产作为兴学办教育之用，引起各地土豪劣绅藉办学名义，公然并吞寺田，影响所及，军队、警察、各种团体亦一并侵占寺庙，而当时教界竟无力维护自身权益。后来幸有学者对此重视，如章太炎发表《告佛子书》，呼吁教徒应自办学校，以迎头赶上时代趋势，并且忠告世人对佛教应加以保护发扬。
清后有关教产被掠夺的事实，如：
公元一九一二年，袁世凯颁布《管理寺庙条例》，企图将全国佛教寺产纳入社会公益事业。幸赖当时天童山寄禅法师等教内外人士发起设立“中华佛教总会”，共拟保护庙产对策。
公元一九三○年，南京中央大学教授邰爽秋再度提出庙产兴学案，主张“打倒僧阀，解散僧众，划拨庙产，振兴教育”，组织庙产兴学促进委员会，消息传来，教界哗然，形成全国佛教徒的大团结。翌年，太虚大师撰《上国民会议代表诸公意见书》陈国民会议，表示抗议。同年，幸赖蒋介石因幼年与佛教的因缘，代表政府公布保护寺庙财产规定，庙产兴学风波方告平息。
公元一九二七年，冯玉祥以“打倒迷信”为由，包围相国寺，没收寺院财产，捣毁佛像，改为市场，于是千年佛寺毁于一旦。当地学阀地痞趁火打劫，没收寺产作为升官发财之路，如中土第一座佛寺——白马寺及达摩祖师面壁九年的少林寺，无一幸免；三十万僧尼，勒令还俗，寺院改为救济院，乃至成为娱乐场所，宛如一群禽兽的世界，弱肉强食。
除了来自外力的教难，造成对佛教莫大的伤害之外，僧团本身寻找其他的方法维生，甚至渐渐沦为经忏道场，或者只作香火拜拜，以致不能真正发挥寺院教化的功能。像唐、宋之后，有的寺院靠着广大的田产，以收租来维生，也有的寺院走上了朝山拜佛、接受信徒的维护。后来到了明清时期，佛教更是走上以经忏为职业、以香火为收入的窘境，这就让佛教与文教事业愈走愈远了。
当然，有心的古德们也提倡僧徒自己本身应该要有道德、学问、技能，如百丈禅师（公元七二○——公元八一四）提倡“农禅”的生活，太虚大师（公元一八八九——公元一九四七）喊出“工禅”的宣言。数十年来，星云也一直主张：僧侣可以做医生、教诲师、心理咨商师、弘法师，比丘尼可以做护士、大中小学幼教的老师、家庭心理咨商的老师，或是艺术家、文学家、音乐家等，让社会认同佛教拥有的经济生活，都是靠着自己的能力所得，或者靠着自己的道德、学问，而获得信徒的供养。
只是从明清直到民国，佛教经济生活已经以经忏、香火、法会作为主要的经济来源。根据《大醒法师遗著》第三二六页记载，民国二十三年八月廿五日，内政部曾下令取缔盂兰盆法会；同书第四四二页记载，慈溪县下令要征收经忏的税捐等，可见政府已经看中佛教在法会经忏上的丰厚收入了。
其他全国各地，有些寺院在信徒心目中认为有佛菩萨的灵感事迹，因此香火鼎盛，不断地捐献香油钱，致使各处的地方官员见了眼红，例如四大名山、城隍庙、妈祖宫，都有政府强迫缴纳税捐的命令。
其实，政府也不要嫉妒佛教，即使是劳工的作业，也应该有权利维持自己的生活；僧侣以“弘法为家务，利生为事业”，何以独不能享有正当的经济生活呢？
一个政府到了嫉妒宗教的经济富有，却不想宗教的所有一切都是用在社会的福利上；政府如此浅见，这也是宗教界的一大悲哀。
不过说到“经忏佛事”，自从梁武帝（公元四六四——公元五四九）礼请宝志公禅师著述《梁皇宝忏》，唐朝悟达国师（公元八一一——公元八八三）编述《慈悲三昧水忏》，乃至宋朝敕修的《金山御制水陆斋仪》，甚至瑜伽焰口、三时系念的各种忏仪经本等，基本上此时中国佛教已经走上了“经忏葬仪”的佛教了。尤其到了清末民初，“经忏香火”更是普及全国，而且维系了绝大部分寺院的经济生活。
“经忏佛事”到底利弊得失如何？如果站在宗教的立场，僧众为生者说法利众，固然重要；为亡者诵经超度，也是需要。正如水陆仪规所说：“冥阳两利”，能够“生亡得度”也是宗教对人间的具体贡献。
例如台湾九二一震灾之后，死亡二千余人，虽然棺木在旁，但是尸体如何搬入棺木之中？所幸佛光山云水念佛车，在诵经念佛声中，让罹难者的尸体得以入殓，以安慰眷属心灵，你能说经忏佛事没有需要吗？
甚至一般人家中有长辈往生，子孙没有经验，往往手足无措。此时如果有出家僧侣出面，为其张罗佛事，家属总是万分感谢，因此得度者也不计其数。
再说，经忏的发展，其实一如托钵乞食，也是“财法二施”，彼此互利。不过，也有人持不同的看法，总认为经忏制度造成僧才人格的堕落，戕害了佛教文教事业的发展。举例说，现在的社会，一位讲经传教的法师，往往不容易引起社会的重视，有时举办一场弘法大会，不但讲者要自己张罗说法处、购买经本，甚至讲经时也不容易集众。反之，一场经忏佛事，为人诵经超度，不但受到丧家斋主的恭敬，而且能够获得相当丰厚的供养，所谓“会得香云盖，到处吃素菜”，所以衍生出青年僧宝宁可念经，却不愿讲经弘法等诸多的弊病，这是应该引为深思的地方。
总之，透过经忏法会，可以接引广大的信众接触佛教，让佛教得以走向信徒，对佛法的普及，也有许多的功劳。只是另一方面也造成多数僧侣们躲开困难的讲经，而去迁就容易的诵经佛事，这就难免要遭受有识之士所垢病了。例如太虚大师的新僧教团、大醒法师、芝峰法师、文涛法师、常惺法师、觉斌法师、默如法师等，因为他们不做经忏，所以才能弘法利生。
明代四大僧之一的憨山大师（公元一五四六——公元一六二三），当初也是一个做经忏的人，有一天，当他放完焰口归家途中，走路的声音惊动了一户人家屋子里的老夫妇，老太婆惊奇在半夜三更还有什么人走路，老头儿回答说：“半夜三更走路的，不是贼骨头，就是经忏鬼。”把贼骨头和经忏鬼放在一起，憨山大师认为有辱自家身份，从此发愿“宁在蒲团静坐死，不作人间应赴僧。”
总之，中国的丛林佛寺之多，如扬州便有二十四家丛林，其他小型的寺院更是不计其数。在《洛阳伽蓝记》里便记载了许许多多的寺院，例如上海的海会寺、龙华寺，南京的毗卢寺、古林寺、鸡鸣寺；甚至光是一个南京，所谓“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”。尽管道场很多，但是一旦不从事弘法利生的文教事业，或是以香火为收入，就会失去了宗教化世的力量了。
相同的，一位青年僧侣如果不在大海丛林里磨练深造，而投入到经忏佛事之中，身价立刻就会被人贬低，甚至遭受人家的轻视了。
因此，清朝民国时期的经忏香火佛教，几使佛教趋于没落；若要严格说来，其实这也是中国佛教史上一次无形的教难。当时如果经忏佛事和朝山香火能够加以规划，让它和弘法布教相辅相成。也就是说，当做经忏的时候，一定要说法；当朝山的时候，一定要讲经说教，则佛法配合经忏和香火，佛教就更加能发扬光大了。
六、人间佛教时期（二十世纪以后）
总计前面佛教在中国传播的时期，计有：
秦汉魏晋的东传译经时期；
隋陈李唐的八宗成立时期；
五代赵宋的禅净争主时期；
元明皇朝的宫廷密教时期；
清朝民国的经忏香火时期。
到了二十世纪，由于佛教徒的觉醒，佛教回归到传统的根本教理，而作现代化的适应，所以二十一世纪的“人间佛教”时期，就此顺时应运而生了。