章士钊还有两件事给人们留下非常深刻的印象：1932年10月16日陈独秀在上海被捕。章士钊出任义务辩护律师。他向法庭讲解现代政法常识：“起诉书所引罪名，一则曰叛国，再则危害民国。窃思国家作何解释，应为法院之所熟知。国家与主持国家之机关即政府或人物既截然不同范畴，因而攻击机关或人物之言论，遽断为危及国家，于逻辑无取，即于法理不当。……不问对于政府及政府中何人何党有何抨击，举为政治经程中必要之途。临之于刑，惟内崇阴谋，外肆虐政，一夫半开化之国为然。以示法制，断无此象。”义正词严地指出：“以言论反对或攻击政府，无论何国，均不为罪。”“凡以合法之方法更易政府，即无触犯刑章之虞”。国民党的《中央日报》有所反驳，他亦详加驳斥，显示了反抗暴政的胆识。
1967年3月间，文化大革命正以刘少奇为主要目标。他敢于致函刘少奇指斥那些攻击刘氏的所谓“十大罪状”等等，是“黑白骤尔变色”，是“欲加之罪，何患无词，斯殆别有用心”！
新文化运动中的保守派
历史上看，康有为在戊戌变法中就曾一再陈述其流血恐怖的惨状，企图以此说服朝廷主动变法。章士钊则从思维方法等更高层次，开中国人总结这一重大事件负面教训的先河。民国初年，以批判态度观察政局发展的中国人为数不少，但能联系世界历史全局反复思考的却不多见。针对这样的现实，章氏认为思想和制度等方面都应以调和立国论为指导，作出相应的转变。首要的是必须确立一个根本观念：“社会化同以迎异则进，异以存同则退。”把好同恶异的专制恶习逐步排除。他认为，先秦以后，中国政治和学术文化停滞不前，就是以利禄之途，逼人尊孔，吃了好同恶异的大亏。
他清醒地看到，空谈无益，不能真正确立良好的风气和社会运行机制。关键要培养对抗力，从制度层面解决问题。他以赞同的态度引用张东荪的话：“强有力者，恒喜滥用其力，滥用而其锋若有所婴而顿焉，则知敛。敛则其滥用之一部削灭以去，而力乃轨于正。”然后指出：“其所以使之然者，则他方面之对抗力不可侮也。苟一国焉，而无此对抗力，则其政象为专制……养成对抗，必如斯宾塞言：‘圆满一己之义务，而不侵害他人。’惟其圆满己之义务，故‘不肯屈服强者之指命’；惟其不侵及他人，故得保持平等之权利”。这也就是所谓正义。调和立国也离不开这个基础。
五四运动之后，章士钊的思想发生了巨大变化。引人注目的是他坚决反对新文化运动。早在1919年9月，新文化运动进入高潮，章士钊已为文学和道德领域破旧立新深感忧虑。他说：“今人讲新文学，颇采报端之见，挥斥一切旧者，欲从文学上划出一新纪元，号之曰新。愚谓所见太狭，且亦决不可能。”“今之社会道德，旧者破坏，新者未立，颇呈青黄不接之观……人心世道之忧。莫切于此。”因此，他认为：“新机不可滞，旧德亦不可忘，挹彼注此，逐渐改善，新旧相衔，斯成调和。”本来强调横向宽容的调和，转而注重纵向新旧融合。随后，反对新文化运动的态度更趋坚决。
1921年2月至9月间，他再次游欧。10月归来后，态度大变。以反对直线发展观为藉口，他断言：“所谓文明野蛮，不过循环蝉递”。“新旧并无一定之界限，何者为新，何者为旧，很难于断定……新旧是循环的，昔日以为新者，今日或视为旧，甲地以为旧者，乙地或反视为新。”“故思想之进化，亦是循环的，并无新旧之不同。”于是，新文化运动全都是无事生非，有害无益。白话文在他看来更是“文词鄙俚，国家未灭，文字先亡”！简直是奇灾大祸。其恶果是：“躁妄者悍然莫明其非，谨厚者然丧其所守，父无以教子，兄无以诏弟，以言教化，乃全陷于青黄不接、辕辙背驰之一大恐慌也。”用现在流行的话来说，就是造成“文化断裂”，罪莫大焉！
特别是他提出一个“农国”论，几乎全盘否定了自己过去的社会政治理念。主要内容如下：
1、中国一直以农立国，要坚持此传统。他认为，西方面对的是工人问题，而中国的基本问题是农民。因此，“非农业不能救中国。溯自西风东渐，我国人舍其农家淳厚之风，而效工业国伪物质文明之奇技淫巧。人心日益险。道德日益丧。变乱相寻，争夺无已。使中国趋于沦亡者，恐怕就是此工业国之伪物质文明……所可幸者，我国受工业之毒尚不深，颇有挽救之望。此一点希望，即在乎农业。我国三千余年传来之农业制度，与农业文明，并未完全因工业之毒而崩坏，起而图之，犹未为晚。”
2、抛弃一切与工商立国相关联的追求与制度。他说：“农国讲节欲勉无为，知足戒争。”“欲寡而事节，财足而不争……农国之精神也。欲多而事繁、明争以足财，工国之精神也。”他认为中国人应该选择前者。进一步看，“人生世界，本应有高尚目的，以为世界谋福利，乃此时之资本家只知孳孳为利……利与生活，本为人类之手段，今竟变为人类之目的，则人生尚有何意义耶？”他还讲“一言以蔽之，吾为农国，不能妄采工业国之制度。”
3、返归传统，建立农业社会经济制度。他非常明确地指出，以农立国就是要摒弃外来的现代文化，回归传统。他说：“建国之本原既异，所有政治、道德、法律、习惯，皆缘是两歧。农国讲节欲勉无为，知足戒争。一言蔽之，老子之书，为用极宏，以不如此不足以消息盈虚，咸得其宜也。工国则反是纵欲有为，无足贵争……”。
以此为指导思想，章氏1923年10月在长沙演讲中设计了一幅美妙的农村图景：“……以村为单位，调查一村内农产物之出额几何？如不足，则自外买入，多则酌量卖出，概由公共管理，以资调剂。另发行一种纸币，流通本村，则一村之人都可无衣食之虞。由此建筑道路，改良建筑，办小学及文明应有之机关，都可由公共买卖局设立。凡是人民的生活，务须保持在水平线以上，村村如此。由村而县而省，均以本地之出产，维持本地人之生活”。六天后，他进一步工笔描绘：“将这地方的出产通通计算起来，一年能够有多少产物，价值多少，以价值作标准，发行一种村券……这种村券不以金钱为本位，是以物产为本位的。一村的出产由公共保管，设一公共买卖社，除掉要应用的以外，由公家以纸币收买，以所余的运到各处去发卖，村里没有的到各处买回来。这村内的人民，各按各人所能作的，分工去作。在应受教育年龄期内的，要强迫去受教育。在村内的，人人有饭吃，人人有工作”的。
章士钊思想的转变，并非一人一时的迷误。在20年代，以农立国已形为互相呼应的全国性的思潮。晏阳初在河北定县的乡村建设实验；山西督军阎锡山推行的“村治”以及河南、山东等地的有关活动最引人注目。他们同气相求，互相联络；办报；出书；开办学校，培训干部；成为一个独特的思想文化现象。中国农村非常落后，任何有助于农村经济文化发展的活动，都是久旱甘霖。这些活动确实各自为改善农村状况，作出大小不同的贡献，有不容否定的历史功绩。但是，除晏阳初等少数人外，这一活动的领袖人物，大都与章士钊一样，企图在思想文化领域另辟蹊径，回归传统，成为这一运动的一大特色。
与章士钊鼓吹农国论差不多同时，国民党着手改组，实行“国民革命”，组建“党军”北伐，推行武力统一政策。这个“革命”的基本政策之一，是“以党治国”，取消各种自由。章士钊非常敏锐地注视和坚决反对这种倒行逆施。1925年，他已开始揭露这一现象：“吾人之赴粤东者，偶或不慎，身体自由当被如何限制，至不可料，其夙经名捕，不得入境者，又别论也。”他说：“南军之兴也，标榜以党治国，凡异党之人，举不得有政治权利……一国之中，从政只许一党。一党之众，所奉只许一义。有异于是，其视吾力，斯今之所谓党治。”他一针见血地说，蒋介石高叫“以党治国”，实质是扼住人们的喉咙，把人民当奴隶，不让自由说话：“蒋介石者……手握军政大权，控抑全党……今军势大张，行此愈厉，以党治国四字……且直扼全国士夫之吭，迫为然否从违之答而无所遁逃。”“平心论之，革命者自然之权也……然反革命与不革命者，其为吾人自然之权，量适与齐。凡人类而正反两面之论不见，时曰奴隶。凡同种而思想言论自由之权不保，时有强暴。”
与此同时，他总结辛亥以来的历史经验，旧话重提，认为要保障公民权利，就必须推行人身保护令制度；并为自己在司法总长任内着手建立这一制度，功亏一篑而深感惋惜。在国民党和蒋介石专制统治兴起之初，章士钊就进行了如此尖锐的批判，确实难能可贵。后来的历史也证明了他有先见之明。那么，能否据此断定章氏的农国论是现代性的体现呢？看看他对社会制度的设计，情况就清楚了。在经济层面，他所勾画的农国，由村、县、省到全国，层层“自给”，“知足戒争”，“概由公共管理”，“以村为单位”，甚至货币也由各村发行！这样的“单位”体制，等于强迫各个公民把自己的命运交给各级官员处理。
纵观章士钊一生，大体上可以得出这么一个结论：他们在思想史上值得肯定的建树，大都来自现代西方主流思想的介绍和坚持；执意回归传统，往往误入歧途。